Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A26 F999 I0 R1
|
111 |
30.9 |
2867207 |
97.9% |
2806995 |
48.6 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
3,983,666 |
T→C |
F237L (TTC→CTC) |
aslB → |
putative anaerobic sulfatase maturation enzyme AslB |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 3,983,666 | 0 | T | C | 100.0%
| 176.7
/ NA
| 46 | F237L (TTC→CTC) | aslB | putative anaerobic sulfatase maturation enzyme AslB |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); new base C (22/24); total (22/24) |
TGATATTCAGGGTGAGCTAACGGAATGGTCGGTGCGCCCCGAGGAGTTCGGTGAGTTTCTGGTGGCGATATTCGACCACTGGATCAAACGC > NC_000913/3983620‑3983710
|
tGATATTCAGGGTGAGCTAACGGAATGGTCGGTGCGCCCCGAGGAGCTc < 1:2014230/49‑1 (MQ=255)
tGATATTCAGGGTGAGCTAACGGAATGGTCGGTGCGCCCCGAGGAGCTc > 1:1907503/1‑49 (MQ=255)
atatTCAGGGTGAGCTAACGGAATGGTCGGTGCGCCCCGAGGAGCTCg < 1:2153823/48‑1 (MQ=255)
atTCAGGGTGAGCTAACGGAATGGTCGGTGCGCCCCGAGGAGCTCGGt > 1:132510/1‑48 (MQ=255)
ttCAGGGTGAGCTAACGGAATGGTCGGTGCGCCCCGAGGAGCTCGGTg < 1:1559592/48‑1 (MQ=255)
aGGGTGAGCTAACGGAATGGTCGGTGCGCCCCGAGGAGCTCGGTGAGtt > 1:1791541/1‑49 (MQ=255)
gAGCTAACGGAATGGTCGGTGCGCCCCGAGGAGCTCGGTGAGTTTCtgg > 1:1515864/1‑49 (MQ=255)
aGCTAACGGAATGGTCGGTGCGCCCCGAGGAGCTCGGTGAGTTTCtgg < 1:2148294/48‑1 (MQ=255)
aGCTAACGGAATGGTCGGTGCGCCCCGAGGAGCTCGGTGAGTTTCtgg < 1:1760269/48‑1 (MQ=255)
aCGGAATGGTCGGTGCGCCCCGAGGAGCTCGGTGAGTTTCTGGTGGc < 1:2332882/47‑1 (MQ=255)
aCGGAATGGTCGGTGCGCCCCGAGGAGCTCGGTGAGTTTCTGGTGGCg < 1:1213042/48‑1 (MQ=255)
aCGGAATGGTCGGTGCGCCCCGAGGAGCTCGGTGAGTTTCTGGTGGCg < 1:2769561/48‑1 (MQ=255)
aCGGAATGGTCGGTGCGCCCCGAGGAGCTCGGTGAGTTTCTGGTGGCGa > 1:596201/1‑49 (MQ=255)
cGGAATGGTCGGTGCGCCCCGAGGAGCTCGGTGAGTTTCTGGTGGCGat < 1:2465747/49‑1 (MQ=255)
cGGAATGGTCGGTGCGCCCCGAGGAGCTCGGTGAGTTTCTGGTGGCGat < 1:2415382/49‑1 (MQ=255)
cGGAATGGTCGGTGCGCCCCGAGGAGCTCGGTGAGTTTCTGGTGGCGa > 1:1895527/1‑48 (MQ=255)
ggAATGGTCGGTGCGCCCCGAGGAGCTCGGTGAGTTTCTGGTGGCGata < 1:343291/49‑1 (MQ=255)
ggAATGGTCGGTGCGCCCCGAGGAGCTCGGTGAGTTTCTGGTGGCGata < 1:2714236/49‑1 (MQ=255)
ggAATGGTCGGTGCGCCCCGAGGAGCTCGGTGAGTTTCTGGTGGCGata > 1:1353481/1‑49 (MQ=255)
gAATGGTCGGTGCGCCCCGAGGAGCTCGGTGAGTTTCTGGTGGCGatat > 1:2851149/1‑49 (MQ=255)
gAATGGTCGGTGCGCCCCGAGGAGCTCGGTGAGTTTCTGGTGGCGatat > 1:2371744/1‑49 (MQ=255)
gAATGGTCGGTGCGCCCCGAGGAGCTCGGTGAGTTTCTGGTGGCGatat > 1:1263371/1‑49 (MQ=255)
aaTGGTCGGTGCGCCCCGAGGAGCTCGGTGAGTTTCTGGTGGCGATAtt > 1:94428/1‑49 (MQ=255)
aaTGGTCGGTGCGCCCCGAGGAGCTCGGTGAGTTTCTGGTGGCGATAtt < 1:746923/49‑1 (MQ=255)
aaTGGTCGGTGCGCCCCGAGGAGCTCGGTGAGTTTCTGGTGGCGATAtt > 1:141324/1‑49 (MQ=255)
aTGGTCGGTGCGCCCCGAGGAGCTCGGTGAGTTTCTGGTGGCGATATTc < 1:2637674/49‑1 (MQ=255)
aTGGTCGGTGCGCCCCGAGGAGCTCGGTGAGTTTCTGGTGGCGATATTc > 1:1169723/1‑49 (MQ=255)
gTCGGTGCGCCCCGAGGAGCTCGGTGAGTTTCTGGTGGCGATATTCGAc > 1:2486271/1‑49 (MQ=255)
tCGGTGCGCCCCGAGGAGCTCGGTGAGTTTCTGGTGGCGATATTCGAcc < 1:845823/49‑1 (MQ=255)
cGGTGCGCCCCGAGGAGCTCGGTGAGTTTCTGGTGGCGATATTCGACCa > 1:485848/1‑49 (MQ=255)
ggTGCGCCCCGAGGAGCTCGGTGAGTTTCTGGTGGCGATATTCGACCa < 1:563339/48‑1 (MQ=255)
cgcCCCGAGGAGCTCGGTGAGTTTCTGGTGGCGATATTCGACCACTGGa > 1:1811121/1‑49 (MQ=255)
gcCCCGAGGAGCTCGGTGAGTTTCTGGTGGCGATATTCGACCACTGGAt > 1:545835/1‑49 (MQ=255)
gcCCCGAGGAGCTCGGTGAGTTTCTGGTGGCGATATTCGACCACTGGAt < 1:1908429/49‑1 (MQ=255)
ccccGAGGAGCTCGGTGAGTTTCTGGTGGCGATATTCGACCACTGGATc < 1:1718099/49‑1 (MQ=255)
cccGAGGAGCTCGGTGAGTTTCTGGTGGCGATATTCGACCACTGGATc > 1:2021535/1‑48 (MQ=255)
cccGAGGAGCTCGGTGAGTTTCTGGTGGCGATATTCGACCACTGGATCa < 1:2667626/49‑1 (MQ=255)
ccGAGGAGCTCGGTGAGTTTCTGGTGGCGATATTCGACCACTGGATCaa < 1:1513857/49‑1 (MQ=255)
gaggagCTCGGTGAGTTTCTGGTGGCGATATTCGACCACTGGATCAAAc > 1:2864225/1‑49 (MQ=255)
gaggagCTCGGTGAGTTTCTGGTGGCGATATTCGACCACTGGATCAAAc < 1:901861/49‑1 (MQ=255)
aggagCTCGGTGAGTTTCTGGTGGCGATATTCGACCACTGGATCAAAcg > 1:2745905/1‑49 (MQ=255)
aggagCTCGGTGAGTTTCTGGTGGCGATATTCGACCACTGGATCAAAcg > 1:451765/1‑49 (MQ=255)
aggagCTCGGTGAGTTTCTGGTGGCGATATTCGACCACTGGATCAAAcg > 1:2258092/1‑49 (MQ=255)
ggagCTCGGTGAGTTTCTGGTGGCGATATTCGACCACTGGATCAAAcgc < 1:2005172/49‑1 (MQ=255)
ggagCTCGGTGAGTTTCTGGTGGCGATATTCGACCACTGGATCAAAcgc < 1:1996784/49‑1 (MQ=255)
ggagCTCGGTGAGTTTCTGGTGGCGATATTCGACCACTGGATCAAAcgc < 1:722538/49‑1 (MQ=255)
|
TGATATTCAGGGTGAGCTAACGGAATGGTCGGTGCGCCCCGAGGAGTTCGGTGAGTTTCTGGTGGCGATATTCGACCACTGGATCAAACGC > NC_000913/3983620‑3983710
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
