GLU: BOP27-M9-NC_000913_3gb-log-37-Glucose2-NH4Cl1-KH2PO43-MgSO4024-O2
Stats |
Metadata |
Mutations |
Converged Mutations |
Fixed Mutations |
Filter
Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate | Predicted Mutations | Mean Coverage | Total Reads | Percent Mapped | Mapped Reads | Average Read Length |
|---|---|---|---|---|---|---|
| A7 F422 I51 R1 | 223 | 69.9 | 1534784 | 95.1% | 1459579 | 214.4 |
Breseq alignment
| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 3,662,163 | A→C | N584H (AAC→CAC) | mdtF → | anaerobic multidrug efflux transporter, ArcA‑regulated |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,662,163 | 0 | A | C | 98.4% | 204.8 / ‑4.1 | 64 | N584H (AAC→CAC) | mdtF | anaerobic multidrug efflux transporter, ArcA‑regulated |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/1); new base C (30/33); total (30/34) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.20e-01 | |||||||||||
GCCCTGTT‑CGCACGCTTCAACACGCTGTTTGAAAAATCAACTCAACACTATACCGATAGCACCCGCTCGCTGTTGCGTTGTACCGGTCGCTACATGGTGGTCTACCTGCTGATTTGCGCCGGGATGGCGGTGCTGTTCCTGCGCACGCCGACCTCTTTCTTACCAGAAGAGGATCAGGGGGTATTTATGACCACCGCGCAGTTACCTTCCGGTGCCACCATGGTTAACACCACGAAAGTGCTGCAACAGGTGACGGATTATTATCTGACTAAAGAGAAAGATAATGTCCAGTCGGTGTTTACCGTTGGCGGCTTTGGCTTCAGCGGTCAGGGGCAAAACAACGGCCTGGCGTTTATCAGTCTCAAGCCGTGGTCTGAACGTGTCGGTGAGGAAAACTCGGTTACCGCGATCATTCAGCGGGCAATGATTGCGTTAAGCAGTATCAATAAAGC > NC_000913/3661938‑3662389 | ccacTGTTCCGCACGGTTCAACCAGTAGATGGAAAACTCAACGCAACGCTGTACAGATCGCACCCGCTCGTTGTTGGGTTGTACCGGTCGCTACATGGTGGTCTACCTGCTGATTTGCGCCGGGATGGCGGTGCTGTTCCTGCGCACGCCGACCTCTTTCTTACCAGAAGAGGATCAGGGGGTATTTATGACCACCGCGCAGTTACCTTCCGGTGCCACCATGGTTCACACCACGa < 2:436343/233‑1 (MQ=255) gttt‑CGCACGTTTACACCCGCTTATTGAAAATTCAACCCAACGCTAGCCCGATTGCACCCGCTCGTTGTTGCCTTGTACCGGTCGCTACATGGTTGTCTACCTGCTGATTTGCGCCGGGATGGCGGTGCTGTTCCTGCGCACGCCGACCTCTTTCTTACCAGAAGAGGATCAGGGGGTATTTATGACCACCGCGCAGTTACCTTCCGGTGCCACCATGGTTCACACCACGAAAGtg < 2:668707/234‑1 (MQ=255) tCAACACGCTGTTTGAAAAATCAACTCAACACTATACCGATAGCACCCGCTCGCTGTTGCGTTGTACCGGTCGCTACATGGTGGTCTACCTGCTGATTTGCGCCGGGATGGCGGTGCTGTTCCTGCGCACGCCGACCTCTTTCTTACCAGAAGAGGATCAGGGGGTATTTATGACCACCGCGCAGTTACCTTCCGGTGCCACCATGGTTCACACCACGAAAGTGCTGCAACAGGTg < 1:354832/236‑1 (MQ=255) aaCGCGCTGTTTGAAACATCAACTCAACCCTATACCGATAGCACCCGCTCGCTGTTGCGTTGTACCGGTCGCTACATGGTGGTCTACCTGCTGATTTGCGCCGGGATGGCGGTGCTGTTCCTGCGCACGCCGACCTCTTTCTTACCAGAAGAGGATCAGGGGGTATTTATGACCACCGCGCAGTTACCTTCCGGTGCCACCATGGTTCACACCACGAAAGTGCTGCAACAGGTGAc < 1:113651/236‑1 (MQ=255) aaCACGCTGTTTGAAAAATCAACTCAACACTATACCGATAGCACCCGCTCGCTGTTGCGTTGTACCGGTCGCTACATGGTGGTCTACCTGCTGATTTGCGCCGGGATGGCGGTGCTGTTCCTGCGCACGCCGACCTCTTTCTTACCAGAAGAGGATCAGGGGGTATTTATGACCACCGCGCAGTTACCTTCCGGTGCCACCATGGTTCACACCACGAAAGTGCTGCAACAGGTGAc < 1:210762/236‑1 (MQ=255) 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tATTTATGACCACCGCGCAGTTACCTTCCGGTGCCACCATGGTTCACACCACGAAAGTGCTGCAACAGGTGACGGATTATTATCTGACTAAAGAGAAAGATAATGTCCAGTCGGTGTTTACCGTTGGCGGCTTTGGCTTCAGCGGTCAGGGGCAAAACAACGGCCTGGCGTTTATCAGTCTCAAGcc > 2:611402/1‑187 (MQ=255) tATTTATGACCACCGCGCAGTTACCTTCCGGTGCCACCATGGTTCACACCACGAAAGTGCTGCAACAGGTGACGGATTATTATCTGACTAAAGAGAAAGATAATGTCCAGTCGGTGTTTACCGTTGGCGGCTTTGGCTTCAGCGGTCAGGGGCAAAACAACGGCCTGGCGTTTATCAGTCTCAAGcc < 1:611402/187‑1 (MQ=255) aTTTATGACCACCGCGCAGTTACCTTCCGGTGCCACCATGGTTCACACCACGAAAGTGCTGCAACAGGTGACGGATTATTATCTGACTAAAGAGAAAGATAATGTCCAGTCGGTGTTTACCGTTGGCGGCTTTGGCTTCAGCGGTCAGGGGCAAAACAACGGCCTGGCGGTTATCAGTCT‑AAGCCGTGGTCTGAACGTTTCGGTGAGGAAAACTCGGTTACCTCGGTAAtttaact > 2:387288/1‑231 (MQ=255) ttATGACCACCGCGCAGTTACCTTCCGGTGCCACCATGGTTCACACCACGAAAGTGCTGCAACAGGTGACGGATTATTATCTGACTAAAGAGAAAGATAATGTCCAGTCGGTGTTTACCGTTGGCGGCTTTGGCTTCAGCGGTCAGGGGCAAAACAACGGCCTGGCGTTTATCAGTCTCAAGCCGTGGTCTGAACGTGTCGGTGAGGAAAACTCGGTTACCGCGATCATTCAGCg < 2:629983/235‑1 (MQ=255) 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gTGCCACCATGGTTCACACCACGAAAGTGCTGCAACAGGTGACGGATTATTATCTGACTAAAGAGAAAGATAATGTCCAGTCGGTGTTTACCGTTGGCGGCTTTGGCTTCAGCGGTCAGGGGCAAAACAACGGCCTGGCGTTTATCAGTCTCAAGCCGTGGTCTGAACGGGTCGGTGAGGAAAACTCGGTTACCGCGATCATTCAGCGGGCAATGATTGCGTTAAGCAGGATCaaa > 2:324334/1‑235 (MQ=255) gTGCCACCATGGTTCACACCACGAAAGTGCTGCAACAGGAGACGGATTATTATCTGACTAAAGAGAAAGATAATGTCCAGTCGGTGTTTACCGTTGGCGGCTTTGGCTTCAGCGGTCAGGGGCAAAACAACGGCCTGGCGTTTATCAGTCTCAAGCCGTGGTCTGAACGTGTCGGTGAGGAAAACTCGGTTACCGCGATCATTCAGCGGGCAATGATTGCGTTAAGCAGTATCAAt > 2:376499/1‑236 (MQ=255) ccgatgTTCACACCCCGAAAGTTCTGCAACAGGGTACGGATTAGTATCGAACTAAAGAGAAAGAGAATGTCCAGTCGGTGTTTACCGTTGGCGGCTTTGGCTTCAGCGGTCAGGGGCAAAACAACGGCCTGGCGTTTATCAGTCTCAAGCCGTGGTCTGAACGTGTCGGTGAGGAAAACTCGGTTACCGCGATCATTCAGCGGGCAATGATGGCGTTAAGCAGTATCAATAAAGc < 2:610260/230‑1 (MQ=255) | GCCCTGTT‑CGCACGCTTCAACACGCTGTTTGAAAAATCAACTCAACACTATACCGATAGCACCCGCTCGCTGTTGCGTTGTACCGGTCGCTACATGGTGGTCTACCTGCTGATTTGCGCCGGGATGGCGGTGCTGTTCCTGCGCACGCCGACCTCTTTCTTACCAGAAGAGGATCAGGGGGTATTTATGACCACCGCGCAGTTACCTTCCGGTGCCACCATGGTTAACACCACGAAAGTGCTGCAACAGGTGACGGATTATTATCTGACTAAAGAGAAAGATAATGTCCAGTCGGTGTTTACCGTTGGCGGCTTTGGCTTCAGCGGTCAGGGGCAAAACAACGGCCTGGCGTTTATCAGTCTCAAGCCGTGGTCTGAACGTGTCGGTGAGGAAAACTCGGTTACCGCGATCATTCAGCGGGCAATGATTGCGTTAAGCAGTATCAATAAAGC > NC_000913/3661938‑3662389 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |