Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A15 F40 I1 R1
|
11 |
154.7 |
3977138 |
89.4% |
3555561 |
134.7 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
USA300TCH1516_ALE |
2,710,898 |
(T)6→7 |
coding (29/1812 nt) |
oatA_2 ← |
O‑acetyltransferase OatA |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | USA300TCH1516_ALE | 2,710,892 | 1 | . | T | 95.0%
| 441.1
/ 16.2
| 142 | coding (35/1812 nt) | oatA_2 | O‑acetyltransferase OatA |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (5/2); new base T (77/57); total (82/60) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.99e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.74e-01 |
Only 100 of 152 total aligned reads displayed.
ATAACCTGAAATAACGAAGAATGTATCTACTCCTAAAAAGCCCCCACTTAACCATTGTGCATTCAAGTGATAAATAATGATTCCTATAACTGCGAATGCCCTCAATCCATCTAATCCAGGTAAGTATCGCGGGGAATA‑CA‑TTT‑TTTCTAAACGTTTAAAGTCTTTTGTATCCATGTTAATAAACGCCCCATTTATTTTTCTCTATTTTGTAGCATATCACAATATTTTTGAAAATAAAATATTGCACTGATTTTCATTAATTGATTTAACCCTTA > USA300TCH1516_ALE/2710753‑2711027
|
aTAACCTGAAAGAACGAAGAATGTATGTACTCCTAAAAAGCCCCCACGTAACCATTGTGCATTCAAGTGATAAATAATGATTCCTATAACTGCGAATGCCCTCAATCCATCTAATCCAGCTAAGTATCGCGGGGAACA‑CA‑t > 2:663580/1‑141 (MQ=255)
tAACCTGAAATAACGAAGAATGTATCTACTCCTAAAAAGCCCCCACTTAACCATTGTGCATTCAAGTGATAAATAATGATTCCTATAACTGCGAATGCCCTCAATCCATCTAATCCAGGTAAGTATCGCGGGGAATA‑CA‑tt < 1:509681/141‑1 (MQ=255)
aCCTGAAATAACGAAGAATGTATCTACTCCTAAAAAGCCCCCACTTAACCATTGTGCATTCAAGTGATAAATAATGATTCCTATAACTGCGAATGCCCTCAATCCATCTAATCCAGGTAAGTATCGCGGGGAATA‑CA‑ttt‑t > 2:8565/1‑141 (MQ=255)
ccTGAAATAACGAAGAATGTATCTACTCCTAAAAAGCCCCCACTTAACCATTGTGCATTCAAGTGATAAATAATGATTCCTATAACTGCGAATGCCCTCAATCCATCTAATCCAGGTAAGTATCGCGGGGAATA‑CA‑ttt‑tt < 1:497753/141‑1 (MQ=255)
tGAAATAACGAAGAATGTATCTACTCCTAAAAAGCCCCCACTTAACCATTGTGCATTCAAGTGATAAATAATGATTCCTATAACTGCGAATGCCCTCAATCCATCTAATCCAGGTAAGTATCGCGGGGAATA‑CA‑ttt‑tttt < 2:16614/141‑2 (MQ=255)
gAAATAACGAAGAATGTATCTACTCCTAAAAAGCCCCCACTTAACCATTGTGCATTCAAGTGATAAATAATGATTCCTATAACTGCGAATGCCCTCAATCCATCTAATCCGGGTAAGTATCGCGGGGAATA‑CA‑TTT‑TTTCt > 4:475774/1‑141 (MQ=255)
gAAATAACGAAGAATGTATCTACTCCTAAAAAGCCCCCACTTAACCATTGTGCATTCAAGTGATAAATAATGATTCCTATAACTGCGAATGCCCTCAATCCATCTAATCCAGGTAAGTATCGCGGGGAATA‑CA‑ttt‑ttttc > 1:1069505/1‑139 (MQ=255)
aaaTAACGAAGAATGTATCTACTCCTAAAAAGCCCCCACTTAACCATTGTGCATTCAAGTGATAAATAATGATTCCTATAACTGCGAATGCCCTCAATCCATCTAATCCAGGTAAGTATCGCGGGGAATA‑CA‑ttt‑ttttct > 2:419110/1‑138 (MQ=255)
aTAACGAAGAATGTATCTACTCCTAAAAAGCCCCCACTTAACCATTGTGCATTCAAGTGATAAATAATGATTCCTATAACTGCGAATGCCCTCAATCCATCTAATCCAGGTAAGTATCGCGGGGAATA‑CA‑ttt‑ttttctaa < 1:122406/141‑6 (MQ=255)
aTAACGAAGAATGTATCTACTCCTAAAAAGCCCCCACTTAACCATTGTGCATTCAAGTGATAAATAATGATTCCTATAACTGCGAATGCCCTCAATCCATCTAATCCAGGTAAGTATCGCGGGGAATA‑CA‑ttt‑ttttctaa < 1:513015/141‑6 (MQ=255)
aCGAAGAATGTATCTACTCCTAAAAAGCCCCCACTTAACCATTGTGCATTCAAGTGATAAATAATGATTCCTATAACTGTGAATGCCCTCAATCCATCTAATCCAGGTAAGTATCGCGGGGAATA‑CATTTT‑TTTCTAAACg > 4:592630/1‑141 (MQ=255)
aCGAAGAATGTATCTACTCCTAAAAAGCCCCCACTTAACCATTGTGCATTCAAGTGATAAATAATGATTCCTATAACTGCGAATGCCCTCAATCCATCTAATCCAGGTAAGTATCGCGGGGAATA‑CATTTT‑TTTCTAAACg > 1:1034803/1‑141 (MQ=255)
cGAAGAATGTATCTACTCCTAAAAAGCCCCCACTTAACCATTGTGCATTCAAGTGATAAATAATGATTCCTATAACTGCGAATGCCCTCAATCCATCTAATCCAGGTAAGTATCGCGGGGAATA‑CATTTT‑TTTCTAAACGt > 4:386142/1‑141 (MQ=255)
gaagaaTGTATCTACTCCTAAAAAGCCCCCACTTAACCATTGTGCATTCAAGTGATAAATAATGATTCCTATAACTGCGAATGCCCTCAATCCATCTAATCCAGGTAAGTATCGCGGGGAATA‑CATTTT‑TTTCTAAATGtt > 2:388101/1‑141 (MQ=255)
aagaaTGTATCTACTCCTAAAAAGCCCCCACTTAACCATTGTGCATTCAAGTGATAAATAATGATTCCTATAACTGCGAATGCCCTCAATCCATCTAATCCAGGTAAGTATCGCGGGGAATA‑CATTTT‑TTTCTACACGttt > 2:958640/1‑141 (MQ=255)
aagaaTGTATCTACTCCTAAAAAGCCCCCACTTAACCATTGTGCATTCAAGTGATAAATAATGATTCCTATAACTGCGAATGCCCTCAATCCATCTAATCCAGGTAAGTATCGCGGGGAATA‑CATTTT‑TTTCTAAACGttt > 1:271730/1‑141 (MQ=255)
aagaaTGTATCTACTCCTAAAAAGCCCCCACTTAACCATTGTGCATTCAAGTGATAAATAATGATTCCTATAACTGCGAATGCCCTCAATCCATCTAATCCAGGTAAGTATCGCGGGGAATA‑CATTTT‑TTTCTAAACGttt > 3:366366/1‑141 (MQ=255)
agaaTGTATCTACTCCTAAAAAGCCCCCACTTAACCATTGTGCATTCAAGTGATAAATAATGATTCCTATAACTGCGAATGCCCTCAATCCATCTAATCCAGGTAAGTATCGCGGGGAATA‑CATTTT‑TTTCTAAACGTTTa < 1:389692/141‑1 (MQ=255)
agaaTGTATCTACTCCTAAAAAGCCCCCACTTAACCATTGTGCATGCAAGTGATAAATAATGATTCCTATAACTGCGAATGCCCTCAATCCATCTAATCCAGGTAAGTATCGCGGGGAATA‑CATTTT‑TTTCTAAACGTTTa < 3:5312/141‑1 (MQ=255)
tGTATCTACTCCTAAAAAGCCCCCACTTAACCATTGTGCATTCAAGTGATAAATAATGATTCCTATAACTGCGAATGCCCTCAATCCATCTAATCCAGGTAAGTATCGCGGGGAATA‑CATTTT‑TTTCTAAACGTTTAAAGt < 2:869034/141‑1 (MQ=255)
tATCTACTCCTAAAAAGCCCCCACTTAACCATTGTGCATTCAAGTGATAAATAATGATTCCTATAACTGCGAATGCCCTCAATCCATCTAATCCAGGTAAGTATCGCGGGGAATA‑CATTTT‑TTTCTAAACGTTTAAAGTCt < 3:196674/141‑1 (MQ=255)
aTCTACTCCTAAAAAGCCCCCACTTAACCATTGTGCATTCAAGTGATAAATAATGATTCCTATAACTGCGAATGCCCTCAATCCATCTAATCCAGGTAAGTATCGCGGGGAATACCT‑TTT‑TTTCTAAACGTTTAAAGTCtt > 3:447697/1‑141 (MQ=255)
tCTACTCCTAAAAAGCCCCCACTTAACCATTGTGCATTCAAGTGATAAATAATGATTCCTATAACTGCGAATGCCCTCAATCCATCTAATCCAGGTAAGTATCGCGGGGAATA‑CATTTT‑TTTCTAAACGTTTAAAGTCttt < 4:10946/141‑1 (MQ=255)
tCTACTCCTAAAAAGCCCCCACTTAACCATTGTGCATTCAAGTGATAAATAATGATTCCTATAACTGCGAATGCCCTCAATCCATCTAATCCAGGTAAGTATCGCGGGGAATA‑CATTTT‑TTTCTAAACGTTTAAAGTCttt > 4:119274/1‑141 (MQ=255)
tAAAAAGCCCCCACTTAACCATTGTGCATTCAAGTGATAAATAATGATTCCTATAACTGCGAATGCCCTCAATCCATCTAATCCAGGTAAGTATCGCGGGGAATA‑CATTTT‑TTTCTAAACGTTTAAAGTCTTTTGTATCCa > 1:875491/1‑141 (MQ=255)
aaaaGCCCCCACTTAACCATTGTGCATTCAAGTGATAAATAATGATTCCTATAACTGCGAATGCCCTCAATCCATCTAATCCAGGTAAGTATCGCGGGGAATA‑CATTTT‑TTTCTAAACGTTTAAAGTCTTTTGTATCCATg > 2:725802/1‑141 (MQ=255)
aaGCCCCCACTTAACCATTGTGCATTCAAGTGATAAATAATGATTCCTATAACTGCGAATGCCCTCAATCCATCTAATCCAGGTAAGTATCGCGGGGAATA‑CATTTT‑TTTCTAAACGTTTAAAGTCTTTTGTATCCATGtt < 3:92011/141‑1 (MQ=255)
aaGCCCCCACTTAACCATTGTGCATTCAAGTGATAAATAATGATTCCTATAACTGCGAATGCCCTCAATCCATCTAATCCAGGTAAGTATCGCGGGGAATA‑CATTTT‑TTTCTAAACGTTTAAAGTCTTTTGTATCCATGtt > 4:301600/1‑141 (MQ=255)
aaGCCCCCACTTAACCATTGTGCATTCAAGTGATAAATAATGATTCCTATAACTGCGAATGCCCTCAATCCATCTAATCCAGGTAAGTATCGCGGGGAATA‑CATTTT‑TTTCTAAACGTTTAAAGTCTTTTGTATCCATGtt > 2:477139/1‑141 (MQ=255)
gCCCCCACTTAACCATTGTGCATTCAAGTGATAAATAATGATTCCTATAACTGCGAATGCCCTCAATCCATCTAATCCAGGTAAGTATCGCGGGGAATA‑CATTTT‑TTTCTAAACGTTTAAAGTCTTTTGTATCCATGTtaa < 2:287435/141‑1 (MQ=255)
gCCCCCACTTAACCATTGTGCATTCAAGTGATAAATAATGATTCCTATAACTGCGAATGCCCTCAATCCATCTAATCCAGGTAAGTATCGCGGGGAATA‑CATTTT‑TTTCTAAACGTTTAAAGTCTTTTGTATCCATGTtaa > 3:514212/1‑141 (MQ=255)
ccccACTTAACCATTGTGCATTCAAGTGATAAATAATGATTCCTATAACTGCGAATGCCCTCAATCCATCTAATCCAGGTAAGTATCGCGGGGAATA‑CATTTT‑TTTCTAAACGTTTAAAGTCTTTTGTATCCATGTtaata > 2:632957/1‑141 (MQ=255)
cACTTAACCATTGTGCATTCAAGTGATAAATAATGATTCCTATAACTGCGAATGCCCTCAATCCATCTAATCCAGGTAAGTATCGCGGGGAATA‑CATTTT‑TTTCTAAACGTTTAAAGTCTTTTGTATCCATGTTAATAAAc > 4:190823/1‑141 (MQ=255)
cTTAACCATTGTGCATTCAAGTGATAAATAATGATTCCTATAACTGCGAATGCCCTCAATCCATCTAATCCAGGTAAGTATCGCGGGGAATA‑CATTTT‑TTTCTAAACGTTTAAAGTCTTTTGTATCCATGTTAATAAACGc > 1:960431/1‑141 (MQ=255)
tAACCATTGTGCATTCAAGTGATAAATAATGATTCCTATAACTGCGAATGCCCTCAATCCATCTAATCCAGGTAAGTATCGCGGGGAATA‑CATTTT‑TTTCTAAACGTTTAAAGTCTTTTGTATCCATGTTAATAAACGccc < 4:19594/141‑1 (MQ=255)
aaCCATTGTGCATTCAAGTGATAAATAATGATTCCTATAACTGCGAATGCCCTCAATCCATCTAATCCAGGTAAGTATCGCGGGGAATA‑CATTTT‑TTTCTAAACGTTTAAAGTCTTTTGTATCCATGTTAATAAACGcccc > 1:588759/1‑141 (MQ=255)
cATTGTGCATTCAAGTGATAAATAATGATTCCTATAACTGCGAATGCCCTCAATCCATCTAATCCAGGTAAGTATCGCGGGGAATA‑CATTTT‑TTTCTAAACGTTTAAAGTCTTTTGTATc > 3:24058/1‑120 (MQ=255)
cATTGTGCATTCAAGTGATAAATAATGATTCCTATAACTGCGAATGCCCTCAATCCATCTAATCCAGGTAAGTATCGCGGGGAATA‑CATTTT‑TTTCTAAACGTTTAAAGTCTTTTGTATCCATGTTAATAAACGCCCCatt > 2:1208611/1‑141 (MQ=255)
ttCAAGTGATAAATAATGATTCCTATAACTGCGAATGCCCTCAATCCATCTAATCCAGGTAAGTATCGCGGGGAATA‑CATTTT‑TTTTTTTATGTTTAAAGTTTTTTGTATCCATGTTAATAAACGCCCCATTTAttttttt > 2:1138318/1‑139 (MQ=255)
ttCAAGTGATAAATAATGATTCCTATAACTGCGAATGCCCTCAATCCATCTAATCCAGGTAAGTATCGCGGGGAATA‑CATTTT‑TTTCTAAACGTTTAAAGTCTTTTGTATCCATGTTAATAAACGCCCCATTTATTTTtct > 2:413887/1‑141 (MQ=255)
ttCAAGTGATAAATAATGATTCCTATAACTGCGAATGCCCTCAATCCATCTAATCCAGGTAAGTATCGCGGGGAATA‑CATTTT‑TTTCTAAACGTTTAAAGTCTTTTGTATCCATGTTAATAAACGCCCCATTTATTTTtct > 2:1048124/1‑141 (MQ=255)
tCAAGTGATAAATAATGTTTTTTATAACTGCGAATGCCCTCAATCCATCTAATCCAGGTAAGTATCGCGGGGAATA‑CATTTT‑TTTCTAAACGTTTAAAGTCTTTTGTATCCATGTTAATAAACGCCCCATTTATTTTtctc < 3:153580/141‑1 (MQ=255)
aaGTGATAAATAATGATTCCTATAACTGCGAATGCCCTCAATCCATCTAATCCAGGTAAGTATCGCGGGGAATA‑CATTTT‑TTTCTAAACGTTTAAAGTCTTTTGTATCCATGTTAATAAACGCCCCATTTATTTTTCTCTa < 2:557253/141‑1 (MQ=255)
gTGATAAATAATGATTCCTATAACTGCGAATGCCCTCAATCCATCTAATCCAGGTAAGTATCGCGGGGAATA‑CATTTT‑TTTCTAAACGTTTAAAGTCTTTTGTATCCATGTTAATAAACGCCCCATTTATTTTTCTCTAtt > 1:953861/1‑141 (MQ=255)
gTGATAAATAATGATTCCTATAACTGCGAATGCCCTCAATCCATCTAATCCAGGTAAGTATCGCGGGGAATA‑CATTTT‑TTTCTAAACGTTTAAAGTCTTTTGTATCCATGTTAATAAACGCCCCATTTATTTTTCTCTAtt > 2:501318/1‑141 (MQ=255)
tGATAAATAATGATTCCTATAACTGCGAATGCCCTCAATCCATCTAATCCAGGTAAGTATCGCGGGGAATA‑CATTTT‑TTTTTTTTTTTTTAAAGTCTTTTGTATCCATGTTAATAAACGCCCCATTTATTTTTATCTAttt > 2:755488/1‑141 (MQ=255)
tGATAAATAATGATTCCTATAACTGCGAATGCCCTCAATCCATCTAATCCAGGTAAGTATCGCGGGGAATA‑CATTTT‑TTTCTAAACGTTTAAAGTCTTTTGTATCCATGTTAATAAACGCCCCATTTATTTTTCTCTAttt > 4:41601/1‑141 (MQ=255)
taaataaTGATTCCTATAACTGCGAATGCCCTCAATCCATCTAATCCAGGTAAGTATCGCGGGGAATA‑CATTTT‑TTTCTAAACGTTTAAAGTCTTTTGTATCCATGTTAATAAACGCCCCATTTATTTTTCTCTATTTTGt > 2:304824/1‑141 (MQ=255)
taaataaTGATTCCTATAACTGCGAATGCCCTCAATCCATCTAATCCAGGTAAGTATCGCGGGGAATA‑CATTTT‑TTTCTAAACGTTTAAAGTCTTTTGTATCCATGTTAATAAACGCCCCATTTATTTTTCTCTATTTTGt > 2:305802/1‑141 (MQ=255)
ataatGATTCCTATAACTGCGAATGCCCTCAATCCATCTAATCCAGGTAAGTATCGCGGGGAATA‑CATTTT‑TTTCTAAACGTTTAAAGTCTTTTg > 2:1227150/1‑95 (MQ=255)
ataatGATTCCTATAACTGCGAATGCCCTCAATCCATCTAATCCAGGTAAGTATCGCGGGGAATA‑CATTTT‑TTTCTAAACGTTTAAAGTCTTTTGTATCCATGTTAATAAACGCCCCATTTATTTTTCTCTATTTTGTAGc > 1:469108/1‑141 (MQ=255)
aatGATTCCTATAACTGCGAATGCCCTCAATCCATCTAATCCAGGTAAGTATCGCGGGGAATA‑CATTTT‑TTTCTAAACGTTTAAAGTCTTTTGTATCCATGTTAATAAACGCCCCATTTATTTTTCTCTATTTTg < 4:296108/135‑1 (MQ=255)
gATTCCTATAACTGCGAATGCCCTCAATCCATCTAATCCGGGTAAGTATCGCGGGGAATA‑CA‑TTT‑TTTCTAAACGTTTAAAGTCTTTTGTATCCATGTTAATAAACGCCCCATTTATTTTTCTCTATTTTGTAGCATATca > 3:305498/1‑141 (MQ=255)
gATTCCTATAACTGCGAATGCCCTCAATCCATCTAATCCAGGTAAGTATCGCGGGGAATA‑CATTTT‑TTTCTAAACGTTTAAAGTCTTTTGTATCCATGTTAATAAACGCCCCATTTAttttt < 1:880061/122‑1 (MQ=255)
ccTATAACTGCGAATGCCCTCAATCCATCTAATCCAGGTAAGTATCGCGGGGAATA‑CATTTT‑TTTCTAAACGTTTAAAGTCTTTTGTATCCATGTTAATAAACGCCCCATTTATTTTTCTCTATTTTGTAGCATATCACaa > 2:760301/1‑141 (MQ=255)
ccTATAACTGCGAATGCCCTCAATCCATCTAATCCAGGTAAGTATCGCGGGGAATA‑CATTTT‑TTTCTAAACGTTTAAAGTCTTTTGTATCCATGTTAATAAACGCCCCATTTATTTTTCTCTATTTTGTAGCATATCACaa > 1:605462/1‑141 (MQ=255)
ccTATAACTGCGAATGCCCTCAATCCATCTAATCCAGGTAAGTATCGCGGGGAATA‑CATTTT‑TTTCTAAACGTTTAAAGTCTTTTGTATCCATGTTAATAAACGCCCCATTTATTTTTCTCTATTTTGTAGCATATCACaa < 4:178797/141‑1 (MQ=255)
ccTATAACTGCGAATGCCCTCAATCCATCTAATCCAGGTAAGTATCGCGGGGAATA‑CATTTT‑TTTCTAAACGTTTAAAGTCTTTTGTATCCATGTTAATAAACGCCCCATTTATTTTTCTCTATTTTGTAGCATATCACaa > 2:1339429/1‑141 (MQ=255)
aaCTGCGAATGCACTCAATCCATCTAATCCAGGTAAGTATCGCGGGGAATA‑CATTTT‑TTTCTAAACGTTTAAAGTCTTTTGTATCCATGTTAATAAACGCCCCATTTATTTTTCTCTATTTTGTAGCATATCACAATAttt > 4:240516/1‑141 (MQ=255)
aCTGCGAATGCCCTCAATCCATCTAATCCAGGTAAGTATCGCGGGGAATA‑CATTTT‑TTTCTAAACGTTTAAAGTCTTTTGTATCCATGTTAATAAACGCCCCATTTATTTTTCTCTATTTTGTAGCATATCACAATAtttt > 3:251704/1‑141 (MQ=255)
cGAATGCCCTCAATCCATCTAATCCAGGTAAGTATCGCGGGGAATA‑CATTTT‑TTTCTAAACGTTTAAAGTCTTTTGTATCCATGTTAATAAACGCCCCATTTATTTTTCTCTATTTTGTAGCATATCACAATATTTTTGaa > 1:269146/1‑141 (MQ=255)
cGAATGCCCTCAATCCATCTAATCCAGGTAAGTATCGCGGGGAATA‑CATTTT‑TTTCTAAACGTTTAAAGTCTTTTGTATCCATGTTAATAAACGCCCCATTTATTTTTCTCTATTTTGTAGCATATCACAATATTTTTGaa > 2:1047034/1‑141 (MQ=255)
gAATGCCCTCAATCCATCTAATCCAGGTAAGTATCGCGGGGAATA‑CATTTT‑TTTCTAAACGTTTAAAGTCTTTTGTATCCATGTTAATAAACGCCCCATTTATTTTTCTCTATTTTGTAGCATATCACAATATTTTTGaaa > 1:232688/1‑141 (MQ=255)
gAATGCCCTCAATCCATCTAATCCAGGTAAGGGGCGGGGGTAATA‑CATTTT‑TTTCTAAACGTTTAAAGTCTTTTGTATCCATGTTAATAAACGCCCCATTTATTTTTCTCTATTTTGTAGCATATCACAATATTTTTGaaa > 2:62771/1‑141 (MQ=255)
aaTGCCCTCAATCCATCTAATCCAGGTAAGTATCGCGGGGAATA‑CATTTT‑TTTCTAAACGTTTAAAGTCTTTTGTATCCATGTTAATAAACGCCCCATTTATTTTTCTCTATTTTGTAGCATATCACAATATTTTTGaaaa < 2:661205/141‑1 (MQ=255)
ccTCAATCCATCTAATCCAGGTAAGTATCGCGGGGAATA‑CATTTT‑TTTCTAAACGTTTAAAGTCTTTTGTAt > 1:263785/1‑72 (MQ=255)
ccTCAATCCATCTAATCCAGGTAAGTATCGCGGGGAATA‑CATTTT‑TTTCTAAACGTTTAAAGTCTTTTGTAt < 2:263785/72‑1 (MQ=255)
aaTCCATCTAATCCAGGTAAGTATCGCGGGGAATA‑CATTTT‑TTTCTAAACGTTTAAAGTCTTTTGTATCCATGTTAATAAACGCCCCATTTATTTTTCTCTATTTTGTAGCATATCACAATATTTTTGAAAATAAAATAtt > 3:478013/1‑141 (MQ=255)
aaTCCATCTAATCCAGGTAAGTATCGCGGGGAATA‑CATTTT‑TTTCTAAACGTTTAAAGTCTTTTGTATCCATGTTAATAAACGCCCCATTTATTTTTCTCTATTTTGTAGCATATCACAATATTTTTGAAAATAAAATAtt > 3:418203/1‑141 (MQ=255)
aTCCATCTAATCCAGGTAAGTATCGCGGGGAATA‑CATTTT‑TTTCTAAACGTTTAAAGTCTTTTGTATCCATGTTAATAAACGCCCCATTTATTTTTCTCTATTTTGTAGCATATCACAATATTTTTGAAAATAAAATATTg > 4:17174/1‑141 (MQ=255)
cATATAATCCAAGTAAGTATCGCGGGGAATA‑CATTTT‑TTTCTAAACGTTTAAAGTCTTTTGTATCCATGTTAATAAACGCCCCATTTATTTTTCTCTATTTTGTAGCATATCAAAAAAAAAAAAAAAATAAAATATTGCAc < 2:920233/141‑1 (MQ=255)
aTCTACTCCAGGTAAGTATCGCGGGGAATA‑CATTTT‑TTTCTAAACGTTTAAAGTCTTTTGTAGCCATGTTAATAAACGCCCCATTTATTTTTCTCTATTTTGTAGCATATCACAATATTTTTGAAAATAAAATATTGCACt < 1:195943/141‑1 (MQ=255)
aTCTAATCCAGGTAAGTATCGCGGGGAATA‑CATTTT‑TTTCTAAACGTTTAAAGTCTTTTGTATCCATGTTAATAAACGCCCCATTTATTTTTCTCTATTTTGTAGCATATCACAATATTTTTGAAAATAAAATATTGCACt < 2:996833/141‑1 (MQ=255)
aTCTAATCCAGGTAAGTATCGCGGGGAATA‑CATTTT‑TTTCTAAACGTTTAAAGTCTTTTGTATCCATGTTAATAAACGCCCCATTTATTTTTCTCTATTTTGTAGCATATCACAATATTTTTGAAAATAAAATATTGCACt < 1:19371/141‑1 (MQ=255)
aTCTAATACAGGTAAGTATCGCGGGGTATA‑CATTTT‑TTTCTAACCGTTTAAAGTCTTTTGTATCCATGTTAATAAACGCCCCATTTATTTTTCTCTATTTTGTAGCATATCACAATATTTTTGAAAATAAAATATTGCACt < 4:235265/141‑1 (MQ=255)
tCTAATCCAGGTAAGTATCGCGGGGAATA‑CATTTT‑TTTCTAAACGTTTAAAGTCTTTTGTATCCATGTTAATAAACGCCCCATTTATTTTTCTCTATTTTGTAGCATATCACAATATTTTTGAAAATAAAATATTGCACTg < 2:557016/141‑1 (MQ=255)
tCTAATCCAGGTAAGTATCGCGGGGAATA‑CATTTT‑TTTCTAAACGTTTAAAGTCTTTTGTATCCATGTTAATAAACGCCCCATTTATTTTTCTCTATTTTGTAGCATATCACAATATTTTTGAAAATAAAATATTGCACTg > 1:1235287/1‑141 (MQ=255)
tCTAATCCAGGTAAGTATCGCGGGGAATA‑CATTTT‑TTTCTAAACGTTTAAAGTCTTTTGTATCCATGTTAATAAACGCCCCATTTATTTTTCTCTATTTTGTAGCATATCACAATATTTTTGAAAATAAAATATTGCACTg > 1:501896/1‑141 (MQ=255)
cTAATCCAGGTAAGTATCGCGGGGAATA‑CATTTT‑TTTCTAAACGTTTa > 1:157414/1‑48 (MQ=255)
cTAATCCAGGTAAGTATCGCGGGGAATA‑CATTTT‑TTTCTAAACGTTTa < 2:157414/48‑1 (MQ=255)
tAATCCAGGTAAGTATCGCGGGGAATA‑CATTTT‑TTTCTAAACGTTTAAAGTCTTTTGTATCCATGTTAATAAACGCCCCATTTATTTTTCTCTATTTTGTAGCATATCACAATATTTTTGAAAATAAAATATTGCACTGAt < 1:443265/141‑1 (MQ=255)
aaTCCAGGTAAGTATCGCGGGGAATA‑CATTTT‑TTTCTAAACGTTTAAAGTCTTTTGTATCCATGTTAATAAACGCCCCATTTATTTTTCTCTATTTTGTAGCATATCACAATATTTTTGAAAATAAAATATTGCACTGAtt > 1:146357/1‑141 (MQ=255)
aaTCCAGGTAAGTATCGCGGGGAATA‑CATTTT‑TTTCTAAACGTTTAAAGTCTTTTGTATCCATGTTAATAAACGCCCCATTTATTTTTCTCTATTTTGTAGCATATCACAATATTTTTGAAAATAAAATATTGCACTGAtt < 3:190823/141‑1 (MQ=255)
gtCCAGGTAAGTATCGCGGGGACTA‑CAGTTT‑TTTCTAAACGTTTAAGGTCTTTTGTATCCATGTTAATAAACGCCCCATTTATTTTTCTCTATTTTGTAGCATATCACAATACTTTTGAAAATAAAATATTGCACTGAttt < 2:881550/140‑1 (MQ=255)
ccAGGTAAGTATCGCGGGGAATA‑CATTTT‑TTTCTAAATGTTTAAAGTCTTTTGTATCCATGTTAATAAACGCCCCATTTATTTTTCTCTATTTTGTAGCATATCACAATATTTTTGAAAATAAAATATTGCACTGATTTTc < 1:388101/141‑1 (MQ=255)
cAGGTAAGTATCGCGGGGAATA‑CATTTT‑TTTCTAAACGTTTAAAGTCTTTTGTATCCATGTTAATAAACGCCCCATTTATTTTTCTCTATTTTGTAGCATATCACAATATTTTTGAAAATAAAATATTGCACTGATTTTCa < 3:476698/141‑1 (MQ=255)
cAGGTAAGTATCGCGGGGAATA‑CATTTT‑TTTCTAAACGTTTAAAGTCTTTTGTATCCATGTTAATAAACGCCCCATTTATTTTTCTCTATTTTGTAGCATATCACAATATTTTTGAAAATAAAATATTGCACTGATTTTCa < 2:777618/141‑1 (MQ=255)
ggTAAGTATCGCGGGGAATA‑CATTTT‑TTTCTTAACGTTTAAAGTCTTTTGTATCCATGTTAATAAACGCCCCATTTATTTTTCTCTATTTTGTAGCATATCACAATATTTTTGAAAATAAAATATTGCACTGATTTTCAtt > 2:1253615/1‑141 (MQ=255)
ggTAAGTATCGCGGGGAATA‑CATTTT‑TTTCTAAACGTTTAAAGTCTTTTGTATCCATGTTAATAAACGCCCCATTTATTTTTCTCTATTTTGTAGCATATCACAATATTTTTGAAAATAAAATATTGCACTGATTTTCAtt > 1:1346614/1‑141 (MQ=255)
ggTAAGTATCGCGGGGAATA‑CATTTT‑TTTCTAAACGTTTAAAGTCTTTTGTATCCATGTTAATAAACGCCCCATTTATTTTTCTCTATTTTGTAGCATATCACAATATTTTTGAAAATAAAATATTGCACTGATTTTCAtt < 1:1344010/141‑1 (MQ=255)
aaGTATCGCGGGGAATA‑CATTTT‑TTTCTAAACGTTTAAAGTCTTTTGTATCCATGTTAATAAACGCCCCATTTATTTTTCTCTATTTTGTAGCATATCACAATATTTTTGAAAATAAAATATTGCACTGATTTTCATTAAt < 2:1377288/141‑1 (MQ=255)
aGTATCGCGGGGAATA‑CATTTT‑TTTCTAAACTTTTAAATCTTTTTGTATTCTTCTTTTTATTCGCCTCTTTTATTGTTCTCTATTTTGTAGCATATCACAATATTTTTGAAAATAAAATATTGCACTGATTTTCATTAAtt < 1:1243247/141‑1 (MQ=255)
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gcgGGGAATA‑CATTTT‑TTTCTTAACGTTTAAAGTCTTTTGTATCCATGTTAATAAACGCCCCATTTATTTTTCTCTATTTTGTAGCATATCACAATATTTTTGAAAATAAAATATTGCACTGATTTTCATTAATTGATTTa > 2:1384318/1‑141 (MQ=255)
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gtaaTA‑CATTTT‑TTTCTAAACGTTGAAAGTCTTTTGTATCCATTTTAATAGACGCCCCATTTATTTTTGTCTATTTTGTAGCATATCACAATATTTTTGAAAATAAAATATTGCACTGATTTTCATTAATTGATTTAGccc < 4:514212/139‑1 (MQ=255)
ggAATA‑CATTTT‑TTTCTAAACGTTTAAAGTCTTTTGTATCCATGTTAATAAACGCCCCATTTATTTTTCTCTATTTTGTAGCATATCACAATATTTTTGAAAATAAAATATTGCACTGATTTTCAATAATTGATTTAAccc > 3:359124/1‑141 (MQ=255)
aTA‑CA‑TTTCTTTCTAAACGTTTAAAATCATTTGTATCCATGTTAATACACGCCCCATTTATTCTTCTATATTTTGTAGCATCTCAAAATATTTTTGAAAATAAAATATTGCACTGATTTTCATTAATTGATTTAACCCtta < 1:697874/141‑1 (MQ=255)
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ATAACCTGAAATAACGAAGAATGTATCTACTCCTAAAAAGCCCCCACTTAACCATTGTGCATTCAAGTGATAAATAATGATTCCTATAACTGCGAATGCCCTCAATCCATCTAATCCAGGTAAGTATCGCGGGGAATA‑CA‑TTT‑TTTCTAAACGTTTAAAGTCTTTTGTATCCATGTTAATAAACGCCCCATTTATTTTTCTCTATTTTGTAGCATATCACAATATTTTTGAAAATAAAATATTGCACTGATTTTCATTAATTGATTTAACCCTTA > USA300TCH1516_ALE/2710753‑2711027
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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
