Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A15 F54 I1 R1
|
12 |
114.1 |
2913296 |
89.9% |
2619053 |
134.8 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
USA300TCH1516_ALE |
2,710,898 |
(T)6→7 |
coding (29/1812 nt) |
oatA_2 ← |
O‑acetyltransferase OatA |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | USA300TCH1516_ALE | 2,710,892 | 1 | . | T | 93.8%
| 294.4
/ 13.3
| 96 | coding (35/1812 nt) | oatA_2 | O‑acetyltransferase OatA |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (2/4); new base T (55/35); total (57/39) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.20e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 102 total aligned reads displayed.
AATAACCTGAAATAACGAAGAATGTATCTACTCCTAAAAAGCCCCCACTTAACCATTGTGCATTCAAGTGATAAATAATGATTCCTATAACTGCGAATGCCCTCAATCCATCTAATCCAGGTAAGTATCGCGGGGAATACA‑TTTTTTCTAAACGTTT‑AAAGTCTTTTGTATCCATGTTAATAAACGCCCCA‑TTTATTTTTCTCTATTTTGTAGCATATCACAATATTTTTGAAAATAAAATATTGCACTGATTTTCATTAATTGATTTAACCCTTAATTAA > USA300TCH1516_ALE/2710752‑2711032
|
aaTAACCTGAAATAACGAAGAATGTATCTACTCCTAAAAAGCCCCCACTTAACCATTGTGCATTCAAGTGATAAATAATGATTCCTATAACTGCGAATGCCCTCAATCCATCTAATCCAGGTAAGTATCGCGGGGAATACa > 2:250555/1‑141 (MQ=255)
aaCCTGAAATAACGAAGAATGTATCTACTCCTAAAAAGCCCCCACTTAACCATTGTGCATTCAAGTGATAAATAATGATTCCTATAACTGCGAATGCCCTCAATCCATCTAATCCAGGTAAGTATCGCGGGGAATACA‑ttt < 4:319224/141‑1 (MQ=255)
ccTGAAATAACGAAGAATGTATCTACTCCTAAAAAGCCCCCACTTAACCATTGTGCATTCAAGTGATAAATAATGATTCCTATAACTGCGAATGCCCTCAATCCATCTAATCCAGGTAAGTATCGCGGGGAATACA‑ttttt > 2:648729/1‑141 (MQ=255)
tGAAATAACGAAGAATGTATCTACTCCTAAAAAGCCCCCACTTAACCATTGTGCATTCAAGTGATAAATAATGATTCCTATAACTGCGAATGCCCTCAATCCATCTAATCCAGGTAAGTATCGCGGGGAATACA‑ttttttt < 2:657390/141‑2 (MQ=255)
aaTAACGAAGAATGTATCTACTCCTAAAAAGCCCCCACTTAACCATTGTGCATTCAAGTGATAAATAATGATTCCTATAACTGCGAATGCCCTCAATCCATCTAATCCGGGTAAGTATCGCGGGGAATACA‑TTTTTTCTaa < 1:838323/141‑1 (MQ=255)
aTAACGAAGAATGTATCTACTCCTAAAAAGCCCCCACTTAACCATTGTGCATTCAAGTGATAAATAATGATTCCTATAACTGCGAATGCCCTCAATCCATCTAATCCAGGTAAGTATCGCGGGGAATACA‑tttttttctaa < 2:225570/141‑6 (MQ=255)
cGAAGAATGTATCTACTCCTAAAAAGCCCCCACTTAACCATTGTGCATTCAAGTGATAAATAATGATTCCTATAACTGCGAATGCCCTCAATCCATCTAATCCAGGTAAGTATCGCGGGGAATACATTTTTTTCTAAACGt > 1:884522/1‑141 (MQ=255)
cGAAGAATGTATCTACTCCTAAAAAGCCCCCACTTAACCATTGTGCATTCAAGTGATAAATAATGATTCCTATAACTGCGAATGCCCTCAATCCATCTAATCCAGGTAAGTATCGCGGGGAATACATTTTTTTCTAAACGt > 2:266700/1‑141 (MQ=255)
gaagaaTGTATCTACTCCTAAAAAGCCCCCACTTAACCATTGTGCATTCAAGTGATAAATAATGATTCCTATAACTGCGAATGCCCTCAATCCATCTATTCCAGGTAAGTATCGCGGGGAATACATTTTTTTCTAAACGtt > 2:968099/1‑141 (MQ=255)
aagaaTGTATCTACTCCTAAAAAGCCCCCACTTAACCATTGTGCATTCAAGTGATAAATAATGATTCCTATAACTGCGAATGCCCTCAATCCATCTAATCCGGGTAAGTATCGCGGGGAATACA‑TTTTTTCTAAACGTTT‑a > 3:68309/1‑141 (MQ=255)
agaaTGTATCTACTCCTAAAAAGCCCCCACTTAACCATTGTGCATTCAAGTGATAAATAATGATTCCTATAACTGCGAATGCCCTCAATCCATCTAATCCGGGTAAGTATCGCGGGGAATACA‑TTTTTTCTAAACGTTT‑aa < 1:691653/141‑1 (MQ=255)
agaaTGTATCTACTCCTAAAAAGCCCCCACTTAACCATTGTGCATTCAAGTGATAAATAATGATTCCTATAACTGCGAATGCCCTCAATCCATCTAATCCAGGTGAGTATCGCGGGGAATACATTTTTTTCTAAACGTTT‑a < 3:76137/141‑1 (MQ=255)
agaaTGTATCTACTCCTAAAAAGCCCCCACTTAACCATTGTGCATTCAAGTGATAAATAATGATTCCTATAACTGCGAATGCCCTCAATCCATCTAATCCAGGTAAGTATCGCGGGGAATACATTTTTTTCTAAACGTTT‑a < 2:441049/141‑1 (MQ=255)
aTGTATCTACTCCTAAAAAGCCCCCACTTAACCATTGTGCATTCAAGTGATAAATAATGATTCCTATAACTGCGAATGCCCTCAATCCATCTAATCCAGGTAAGTATCGCGGGGAATACATTTTTTTCTAAACGTTT‑AAAg < 1:195446/141‑1 (MQ=255)
aTCTACTCCTAAAAAGCCCCCACTTAACCATTGTGCATTCAAGTGATAAATAATGATTCCTATAACTGCGAATGCCCTCAATCCATCTAATCCAGGTAAGTATCGCGGGGAATACATTTTTTTCTAAACGTTT‑AAAGTCtt > 1:633187/1‑141 (MQ=255)
tCTACTCCTAAAAAGCCCCCACTTAACCATTGTGCATTCAAGTGATAAATAATGATTCCTATAACTGCGAATGCCCTCAATCCATCTAATCCAGGTAAGTATCGCGGGGAATACATTTTTTTCTAAACGTTT‑AAAGTCttt < 3:113634/141‑1 (MQ=255)
tACTCCTAAGAAGCCCCCGCGGAACCAGTGGTCATTCAAGTGATAAATAAGGAGTCCTAGAACTGCGAATGCCCTCAATCCATCTAATCCCGGTAAGTATCGCGGGGAATACATTTTTTTCTAAACGTTT‑AAAGTCTTTTg < 1:461337/141‑1 (MQ=255)
tACTCCTAAAAAGCCCCCACTTAACCATTGTGCATTCAAGTGATAAATAATGATTCCTATAACTGCGAATGCCCTCAATCCATCTAATCCAGGTAAGTATCGCGGGGAATACATTTTTTTCTAAACGTTT‑AAAGTCTTTTg < 1:968099/141‑1 (MQ=255)
tCCTAAANAGCCCCCACTTAACCATTGTGCATTCAAGTGATAAATAATGATTCCTATAACTGCGAATGCCCTCAATCCATCTAATCCGGGTAAGTATCGCGGGGAATACATTTTTTTCTAAACGTTT‑AAAGTCTTTTGTAt < 2:759140/141‑1 (MQ=255)
tCCTAAAAAGCCCCCACTTAACCATTGTGCATTCAAGTGATAAATAATGATTCCTATAACTGCGAATGCCCTCAATCCATCTAATCCAGGTAAGTATCGCGGGGAATACATTTTTTTCTAAACGTTT‑AAAGTCTTTTGTAt > 1:231554/1‑141 (MQ=255)
tCCTAAAAAGCCCCCACTTAACCATTGTGCATTCAAGTGATAAATAATGATGCCTAGAACTGCGAATGCCCTCAATCCATCTAATCCAGGTAAGTATCGCGGGGAATACATTTTTTTCTAAACGTTT‑AAAGTCTTTTGTAt < 1:461296/141‑1 (MQ=255)
ccTAAAAAGCCCCCACTTAACCATTGTGCATTCAAGTGATAAATAATGATTCCTATAACTGCGAATGCCCTCAATCCATCTAATCCAGGTAAGTATCGCGGGGAATACATTTTTTTCTAAACGTTT‑AAAGTCTTTTGTATc < 1:562344/141‑1 (MQ=255)
aaGCCCCCACTTAACCATTGTGCATTCAAGTGATAAATAATGATTCCTATAACTGCGAATGCCCTCAATCCATCTAATCCAGGTAAGTATCGCGGGGAATACATTTTTTTCTAAACGTTT‑AAAGTCTTTTGTATCCATGtt < 1:955063/141‑1 (MQ=255)
gCCCCCACTTAACCATTGTGCATTCAAGTGATAAATAATGATTCCTATAACTGCGAATGCCCTCAATCCATCTAATCCAGGTAAGTATCGCGGGGAATACATTTTTTTCTAAACGTTT‑AAAGTCTTTTGTATCCATGTtaa > 2:340363/1‑141 (MQ=255)
gCCCCCACTTAACCATTGTGCATTCAAGTGATAAATAATGATTCCTATAACTGCGAATGCCCTCAATCCATCTAATCCAGGTAAGTATCGCGGGGAATACATTTTTTTCTAAACGTTT‑AAAGTCTTTTGTATCCATGTtaa > 2:84901/1‑141 (MQ=255)
gCCCCCACTTAACCATTGTGCATTCAAGTGATAAATAATGATTCCTATAACTGCGAATGCCCTCAATCCATCTAATCCAGGTAAGTATCGCGGGGAATACATTTTTTTCTAAACGTTT‑AAAGTCTTTTGTATCCATGTtaa < 2:70822/141‑1 (MQ=255)
ccccACTTAACCATTGTGCATTCAAGTGATAAATAATGATTCCTATAACTGCGAATGCCCTCAATCCATCTAATCCAGGTAAGTATCGCGGGGAATACATTTTTTTCTAAACGTTT‑AAAGTCTTTTGTATCCATGttggaa > 1:347532/1‑137 (MQ=255)
cccACTGAACCATTGTGCATTCAAGTGATAAATAATGATTCCTATAACTGCGAATGCCCTCAATCCATCTAATCCAGGTAAGTATCGCGGGGAATACATTTTTTTCTAAACGTTT‑AAAGTCTTTTGTATCCATGTtaataa > 2:876136/1‑141 (MQ=255)
ccACTTAACCATTGTGCATTCAAGTGATAAATAATGATTCCTATAACTGCGAATGCCCTCAATCCATCTAATCCAGGTAAGTATCGCGGGAAATACATTTTTTTCTAAACGTTT‑AAAGTCTTTTGTATCCATGTTAATaaa > 4:376592/1‑141 (MQ=255)
tAACCATTGTGCATTCAAGTGATAAATAATGATTCCTATAACTGCGAATGCCCTCAATCCATCTAATCCAGGTAAGTATCGCGGGGAATACATTTTTTTCTAAACGTTT‑AAAGTCTTTTGTATCCATGtt < 1:500789/130‑1 (MQ=255)
tAACCATTGTGCATTCAAGTGATAAATAATGATTCCTATAACTGCGAATGCCCTCAATCCATCTAATCCAGGTAAGTATCGCGGGGAATACATTTTTTTCTAAACGTTT‑AAAGTCTTTTGTATCCATGtt > 2:500789/1‑130 (MQ=255)
tAACCATTGTGCATTCAAGTGATAAATAATGATTCCTATAACTGCGAATGCCCTCAATCCATCTAATCCAGGTAAGTATCGCGGGGAATACATTTTTTTCTAAACGTTT‑AAAGTCTTTTGTATCCATGTTAATAAACGccc > 1:486160/1‑141 (MQ=255)
aCCATTGTGCATTCAAGTGATAAATAATGATTCCTATAACTGCGAATGCCCTCAATCCATCTAATCCAGGTAAGTATCGCGGGGAATACATTTTTTTCTAAACGTTT‑AAAGTCTTTTGTATCCATGTTAATAAACGCCCCa > 1:561212/1‑141 (MQ=255)
cATTGTGCATTCAAGTGATAAATAATGATTCCTATAACTGCGAATGCCCTCAATCCATCTAATCCAGGTAAGTATCGCGGGGAATACATTTTTTTCTAAACGTTT‑AAAGTCTTTTGTATCCATGTTAATAAACGCCCCa‑tt > 1:841774/1‑141 (MQ=255)
aTTCAAGTGATAAATAATGATTCCTATAACTGCGAATGCCCTCAATCCATCTAATCCAGGTAAGTATCGCGGGGAATACATTTTTTTCTAAACGTTT‑AAAGTCTTTTGTATCCATGTTAATAAACGCCCCA‑TTTATTTTtc < 1:876136/141‑1 (MQ=255)
aTTCAAGTGATAAATAATGATTCCTATAACTGCGAATGCCCTCAATCCATCTAATCCAGGTAAGTATCGCGGGGAATACATTTTTTTCTAAACGTTT‑AAAGTCTTTTGTATCCATGTTAATAAACGCCCCA‑TTTATTTTtc > 4:21079/1‑141 (MQ=255)
tCAAGTGATAAATAATGATTCCTATAACTGCGAATGCCCTCAATCCATCTAATCCAGGTAAGTATCGCGGGGAATACATTTTTTTCTAAACGTTT‑AAAGTCTTTTGTATCCATGTTAATAAACGCCCCA‑TTTATTTTtctc < 2:784098/141‑1 (MQ=255)
tCAAGTGATAAATAATGATTCCTATAACTGCGAATGCCCTCAATCCATCTAATCCAGGTAAGTATCGCGGGGAATACATTTTTTTCTAAACGTTT‑AAAGTCTTTTGTATCCATGTTAATAAACGCCCCA‑TTTATTTTtctc < 3:183190/141‑1 (MQ=255)
gTGATAAATAATGATTCCAATAACTGCGAATGCCCTCACTCCATCTACTCCAGGTAAGTATCGCGGGGAATACATTTTTTTCGAAACGTTT‑ACAGTCTTTTGTATCCATGTTAATAAACGCCCCA‑TTTATTTTTCTCTAtt > 4:262957/1‑141 (MQ=255)
ataaataaTGATTCCTATAACTGCGAATGCCCTCAATCCATCTAATCCGGGTAAGTATCGCGGGGAATACA‑TTTTTTCTAAACGTTT‑AAAGTCTTTTGTATCCATGTTAATAAACGCCCCA‑TTTATTTTTCTCTATTTTGt < 2:192604/141‑1 (MQ=255)
ataaataaTGATTCCTATAACTGCGAATGCCCTCAATCCATCTAATCCAGGTAAGTATCGCGGGGAATACATTTTTTTCTAAACGTTT‑AAAGTCTTTTGTATCCATGTTAATAAACGCCCCA‑TTTATTTTTCTCTATTTTg < 2:479527/141‑1 (MQ=255)
ataaataaTGATTCCTATAACTGCGAATGCCCTCAATCCATCTAATCCAGGTAAGTATCGCGGGGAATACATTTTTTTCTAAACGTTT‑AAAGTCTTTTGTATCCATGTTAATAAACGCCCCA‑TTTATTTTTCTCTATTTTg > 1:1005519/1‑141 (MQ=255)
taaataaTGATTCCTATAACTGCGAATGCCCTCAATCCATCTAATCCAGGTAAGTATCGCGGGGAATACATTTTTTTCTAAACGTTT‑AAAGTCTTTTGTAt < 4:398177/101‑1 (MQ=255)
taaataaTGATTCCTATAACTGCGAATGCCCTCAATCCATCTAATCCAGGTAAGTATCGCGGGGAATACATTTTTTTCTAAACGTTT‑AAAGTCTTTTGTAt > 3:398177/1‑101 (MQ=255)
taaataaTGATTCCTATAACTGCGAATGCCCTCAATCCATCTAATCCAGGTAAGTATCGCGGGGAATACATTTTTTTCTAAACGTTT‑AAAGTCTTTTGTATCCATGTTAATAAACGCCCCA‑TTTATTTTTCTCTATTTTGt > 1:306562/1‑141 (MQ=255)
ataatGATTCCTATAACTGCGAATGCCCTCAATCCATCTAGTCCAGGTAAGTATCGCGGGGAATACATTTTTTTCTAAACGTTT‑AAAGTCTTTTGTATCCATGTTAATAAACGCCCCA‑TTTATTTTTCTCTATTTTGTAGc > 3:419042/1‑141 (MQ=255)
aatGATTCCTATAACTGCGAATGCCCTCAATCCATCTAATCCAGGTAAGTATCGCGGGGAATACATTTTTTTCTAAACGTTT‑AAAGTCTTTTGTATCCATGTTAATAAACGCCCCA‑TTTATTTTTCTCTATTTTGTAGCat > 2:758557/1‑141 (MQ=255)
aatGATTCCTATAACTGCGAATGCCCTCAATCCATCTAATCCAGGTAAGTATCGCGGGGAATACATTTTTTTCTAAACGTTT‑AAAGTCTTTTGTATCCATGTTAATAAACGCCCCA‑TTTATTTTTCTCTATTTTGTAGCat > 1:738856/1‑141 (MQ=255)
atGATTCCTATAACTGCGAATGCCCTCAAGCCATCTAATCCAGGTAAGTATCGCGGGGAATACATTTTTTTCTAAACGTTT‑AAAGTCTTTTGTATCCATGTTAATAAACGCCCCA‑TTTATTTTTCTCTATTTTGTAGCata > 1:24280/1‑141 (MQ=255)
aTTCCTATAACTGCGAATGCCCTCAATTCATCTAATCCAGGTAAGTATCGCGGGGAATACATTTTTTTCTAAACGTTT‑AAAGTCTTTTGTATCCATGTTAATAAACGCCCCA‑TTTATTTTTCTCTATTTTGTAGCATATca > 4:275419/1‑141 (MQ=255)
aTTCCTATAACTGCGAATGCCCTCAATCCATCTAATCCAGGTAAGTATCGCGGGGAATACATTTTTTTCTAAACGTTT‑AAAGTCTTTTGTATCCATGTTAATAAACGCCCCA‑TTTATTTTTCTCTATTTTGTAGCATATca < 1:161723/141‑1 (MQ=255)
aTTCCTATAACTGCGAATGCCCTCAATCCATCTAATCCAGGTAAGTATCGCGGGGAATACATTTTTTTCTAAACGTTT‑AAAGTCTTTTGTATCCATGTTAATAAACGCCCCA‑TTTATTTTTCTCTATTTTGTAGCATATca < 1:648729/141‑1 (MQ=255)
cTATAACTGCGAATGCCCTCAATCCATCTAATCCAGGTAAGTATCGCGGGGAATACATTTTTTTCTAAACGTTT‑AAAGTCTTTTGTATCCATGTTAATAAACGCCCCA‑TTTATTTTTCTCTATTTTGTAGCATATCACAat > 2:356235/1‑141 (MQ=255)
cTATAACTGCGAATGCCCTCAATCCATCTAATCCAGGTAAGTATCGCGGGGAATACATTTTTTTCTAAACGTTT‑AAAGTCTTTTGTATCCATGTTAATAAACGCCCCA‑TTTATTTTTCTCTATTTTGTAGCATATCACAat > 2:79954/1‑141 (MQ=255)
tataACTGCGAATGCCCTCAATCCATCTAATCCAGGTAAGTATCGCGGGGAATACATTTTTTTCTAAACGTTT‑AAAGTCTTTTGTATCCATGTTAATAAACGCCCCA‑TTTATTTTTCTCTATTTTGTAGCATATCACAata < 2:115861/141‑1 (MQ=255)
tataACTGCGAATGCCCTCAATCCATCTAATCCAGGTAAGTATCGCGGGGAATACATTTTTTTCTAAACGTTT‑AAAGTCTTTTGTATCCATGTTAATAAACGCCCCA‑TTTATTTTTCTCTATTTTGTAGCATATCACAata < 2:70364/141‑1 (MQ=255)
taACTGCGAATGCCCTCAATCCATCTAATCCAGGTAAGTATCGCGGGGAATACATTTTTTTCTAAACGTTT‑AAAGTCTTTTGTATCCATGTTAATAAACGCCCCA‑TTTATTTTTCTCTATTTTGTAGCATATCACAATAtt > 3:69272/1‑141 (MQ=255)
aaCTGCGAATGCCCTCAATCCATCTAATCCAGGTAAGTATCGCGGGGAATACATTTTTTTCTAAACGTTT‑AAAGTCTTTTGTATCCATGTTAATAAACGCCCCA‑TTTATTTTTCTCTATTTTGTAGCATATCACAATAttt > 2:131166/1‑141 (MQ=255)
aCTGCGAATGCCCTCAATCCATCTAATCCAGGTAAGTATCGCGGGGAATACATTTTTTTCTAAACGTTT‑AAAGTCTTTTGTATCCATGTTAATAAACGCCCCA‑TTTATTTTTCTCTATTTTGTAGCATATCACAATAtttt < 1:688515/141‑1 (MQ=255)
cGAATGCCCTCAATCCATCTAATCCAGGTAAGTATCGCGGGGAATACATTTTTTTCTAAATGTTT‑AAAGTCATTTGTATCCATGTTAATAAACGCCCAA‑TTTATTTTTCTCTATTTTATAGAATTTCACAATATTTTTGaa > 4:103013/1‑141 (MQ=255)
gAATGCCCTCAATCCATCTAATCCAGGTAAGTATCGCGGGGAATACATTTTTTTCTAAACGTTT‑AAAGTCTTTTGTATCCATGTTAATAAACGCCCCA‑TTTATTTTTCTCTATTTTGTAGCATATCACAATATTTTTGaaa > 1:362134/1‑141 (MQ=255)
aaTGCCCTCAATCCATCTAATCCAGGTAAGTATCGCGGGGAATACATTTTTTTCTAAACGTTT‑AAAGTCTTTTGTATCCATGTTAATAAACGCCCCA‑TTTATTTTTCTCTATTTTGTAGCATATCACAATATTTTTGaaaa > 1:313604/1‑141 (MQ=255)
aTGCCCTCAATCCATCTAATCCAGGTAAGTATCGCGGGGAATACATTTTTTTCTAAACGTTT‑AAAGTCTTTTGTATCCATGTTAATAAACGCCCCA‑TTTATTTTTCTCTATTTTGTAGCATATCACAATATTTTTGaaaat < 2:48994/141‑1 (MQ=255)
aTGCCCTCAATCCATCTAATCCAGGTAAGTATCGCGGGGAATACATTTTTTTCTAAACGTTT‑AAAGTCTTTTGTATCCATGTTAATAAACGCCCCA‑TTTATTTTTCTCTATTTTGTAGCATATCACAATATTTTTGaaaat > 1:989854/1‑141 (MQ=255)
tGCCCTCAATCCATCTAATCCAGGTAAGTATCGCGGGGAATACATTTTTTTCTAAACGTTT‑AAAGTCTTTTGTATCCATGTTAATAAACGCCCCA‑TTTATTTTTCTCTATTTTGTAGCATATCACAATATTTTTGaaaata > 1:187905/1‑141 (MQ=255)
aaTCCATCTAATCCAGGTAAGTATCGCGGGGAATACATTTTTTTCTAAACGTTT‑AAAGTCTTTTGTATCCATGTTAATAAACGCCCCA‑TTTATTTTTCTCTATTTTGTAGCATATCACAATATTTTTGAAAATAAAATAtt > 2:281522/1‑141 (MQ=255)
aaTCCATCTAATCCAGGTAAGTATCGCGGGGAATACATTTTTTTCTAAACGTTT‑AAAGTCTTTTGTATCCATGTTAATAAACGCCCCA‑TTTATTTTTCTCTATTTTGTAGCATATCACAATATTTTTGAAAATAAAATAtt > 2:281517/1‑141 (MQ=255)
ccATCTAATCCAGGTAAGTATCGCGGGGAATACATTTTTTTCTAAACGTTT‑AAAGTCTTTTGTATCCATGTTAATAAACGCCCCA‑TTTATTTTTCTCTATTTTGTAGCATATCACAATATTTTTGAAAATAAAATATTGCa < 4:381811/141‑1 (MQ=255)
cATCTAATCCAGGTAAGTATCGCGGGGAATACATTTTTTTCTAAACGTTT‑AAAGTCTTTTGTATCCATGTTAATAAACGCCCCA‑TTTATTTTTCTCTATTTTGTAGCATATCACAATATTTTTGAAAATAAAATATTGCAc < 1:250555/141‑1 (MQ=255)
cATCTAATCCAGGTAAGTATCGCGGGGAATACATTTTTTTCTAAACGTTT‑AAAGTCTTTTGTATCCATGTTAATAAACGCCCCA‑TTTATTTTTCTCTATTTTGTAGCATATCACAATATTTTTGAAAATAAAATATTGCAc < 1:415696/141‑1 (MQ=255)
cATCTAATCCAGGTAAGTATCGCGGGGAATACATTTTTTTCTAAACGTTT‑AAAGTCTTTTGTATCCATGTTAATAAACGCCCCA‑TTTATTTTTCTCTATTTTGTAGCATATCACAATATTTTTGAAAATAAAATATTGCAc > 1:177629/1‑141 (MQ=255)
ttCTAATCCAGGTAAGTATCGCGGGGAATACATTTTTTTCTAAACGTTT‑AAAGTCTTTTGTATCCATGTTAATAAACGCCCCA‑TTTATTTTTCTCTATTTTGTAGCATATCACAATATTTTTGAAAATAAAATATTGCACt < 2:835346/140‑1 (MQ=255)
aTCTAATCCAGGTAAGTATCGCGGGGAATACATTTTTTTCTAAACGTTT‑AAAGTCTTTTGTATCCATGTTAATAAACGCCCCA‑TTTATTTTTCTCTATTTTGTAGCATATCACAATATTTTTGAAAATAAAATATTGCACt < 2:513983/141‑1 (MQ=255)
aTCTAATCCAGGTAAGTATCGCGGGGAATACATTTTTTTCTAAACGTTT‑AAAGTCTTTTGTATCCATGTTAATAAACGCCCCA‑TGTATTTTTCTCTATTTTGTAGCATATCACAATATCTTTGAAAATAAAATATTGCACt < 4:429569/141‑1 (MQ=255)
tCTAATCCAGGTAAGTATCGCGGGGAATACATTTTTTTCTAAACGTTT‑AAAGTCTTTTGTATCCATGTTAATAAACGCCCCA‑TTTATTTTTCTCTATTTTGTAGCATATCACAATATTTTTGAAACTAAAATATTGCACTg > 4:418007/1‑141 (MQ=255)
tCTAATCCAGGTAAGTATCGCGGGGAATACATTTTTTTCTAAACGTTT‑AAAGTCTTTTGTATCCATGTTAATAAACGCCCCA‑TTTATTTTTCTCTATTTTGTAGCATATAACAATATTTTTGAAAATCCAATATTGGACTg > 1:614343/1‑141 (MQ=255)
cTAATCCAGGTAAGTATCGCGGGGAATACATTTTTTTCTAAACGTTT‑AAAGTCTTTTGTATCCATGTTAATAAACGCCCCA‑TTTATTTTTCTCTATTTTGTAGCATATCACAATATTTTTGAAAATAAAATATTGCACTGa > 2:950004/1‑141 (MQ=255)
cTAATCCAGGTAAGTATCGCGGGGAATACATTTTTTTCTAAACGTTT‑AAAGTCTTTTGTATCCATGTTAATAAACGCCCCA‑TTTATTTTTCTCTATTTTGTAGCATATCACAATATTTTTGAAAATAAAATATTGCACTGa > 2:334898/1‑141 (MQ=255)
cTAATCCAGGTAAGTATCGCGGGGAATACATTTTTTTCTAAACGTTT‑AAAGTCTTTTGTATCCATGTTAATAAACGCCCCA‑TTTATTTTTCTCTATTTTGTAGAATATCACAATATTTTTGAAAATAAAATATTGctttga > 3:200462/1‑136 (MQ=255)
tAATCCAGGTAAGTATCGCGGGGAATACATTTTTTTCTAAACGTTT‑AAAGTCTTTTGTATCCATGTTAATAAACGCCCCA‑TTTATTTTTCTCTATTTTGTAGCATATCACAATATTTTTGAAAATAAAATATTGCACTGAt > 3:381839/1‑141 (MQ=255)
aaTCCAGGTAAGTATCGCGGGGAATACATTTTTTTCTAAACGTTT‑AAAGTCTTTTGTATCCATGTTAATAAACGCCCCA‑TTTATTTTTCTCTATTTTGTAGCATATCACAATATTTTTTTTTTTTTAATATTGCACTGAtt > 4:149851/1‑141 (MQ=255)
aaTCCAGGTAAGTATCGCGGGGAATACATTTTTTTCTAAACGTTT‑AAAGTCTTTTGTATCCATGTTAATAAACGCCCCA‑TTTATTTTTCTCTATTTTGTAGCATATCACAATATTTTTGAAAATAAAATATTGCACTGAtt < 2:274962/141‑1 (MQ=255)
aaTCCAGGTAAGTATCGCGGGGAATACATTTTTTTCTAAACGTTT‑AAAGTCTTTTGTATCCATGTTAATAAACGCCCCA‑TTTATTTTTCTCTATTTTGTAGCATATCACAATATTTTTGAAAATAAAATATTGCACTGAtt > 2:535569/1‑141 (MQ=255)
aaTCCAGGTAAGTATCGCGGGGAATACATTTTTTTCTAAACGTTT‑AAAGTCTTTTGTATCCATGTTAATAAACGCCCCA‑TTTATTTTTCTCTATTTTGTAGCATATCACAATATTTTTGAAAATAAAATATTGCACTGAtt > 2:855966/1‑141 (MQ=255)
ccgggTAAGTATCGCGGGGAATACA‑TTTTTTCTAAACGTTT‑AAAGTCTTTTGTATCCATGTTAATAAACGCCCCA‑TTTATTTTTCTCTATTTTGTAGCATATCACAATATTTTTGAAAATAAAATATTGCACTGATTTTCa < 1:59045/138‑1 (MQ=255)
ccAGGTAAGTATCGCGGGGAATACATTTTTTTCTAAACGTTT‑AAAGTCTTTTGTATCCATGTTAATAAACGCCCCA‑TTTATTTTTCTCTATTTTGTAGCATATCACAATATTTTTGAAAATAAAATATTGCACTGATTTTc < 1:612946/141‑1 (MQ=255)
aGGTAAGTATCGCGGGGAATACATTTTTTTCTAAACGTTT‑AAAGTCTTTTGTATCCATGTTAATAAACGCCCCA‑TTTATTTTTCTCTATTTTGTAGCATATCACAATATTTTTGAAAATAAAATATTGCACTGATTTTCAt > 1:293234/1‑141 (MQ=255)
aaGTATCGCGGGGAATACATTTTTTTCTAAACGTTT‑AAAGTCTTTTGTATCCATGTTAATAAACGCCCCA‑TTTATTTTTCTCTATTTTGTAGCATATCACAATATTTTTGAAAATAAAATATTGCACTGATTTTCATTAAt > 3:121015/1‑141 (MQ=255)
gTATCGCGGGGAATACATTTTTTTCTAAACGTTTAAAAGTCTTTTGTATCCATGTTAATAAACGCCCCATTTTATTTTTCTCTATTTTGTAGCATATCACAATATTTTTGAAAATAAAATATTGCACTGATTTTCATTAAt < 2:772921/141‑1 (MQ=255)
tATCGCGGGGAATACATTTTTTTCTAAACGTTT‑AAAGTCTTTTGTATCCATGTTAATAAACGCCCCA‑TTTATTTTTCTCTATTTTGTAGCATATCACAATATTTTTGAAAATAAAATATTGCACTGATTTTCATTAATTGa < 1:311598/141‑1 (MQ=255)
tCGCGGGGAATACATTTTTTTCTAAACGTTT‑AAAGTCTTTTGTATCCATGTTAATAAACGCCCCA‑TTTATTTTTCTCTATTTTGTAGCATATCACAATATTTTTGAAAATAAAATATTGCACTGATTTTCATTAATTGAtt > 2:1010910/1‑141 (MQ=255)
tCGCGGGGAATACA‑TTTTTTCTAAACGTTT‑AAAGTCTTTTGTATCCATGTTAATAAACGCCCCA‑TTTATTTTTCTCTATTTTGTAGCATATCACAATATTTTTGAAAATAAAATATTGCACTGATTTTCATTAATTGAttt > 2:918618/1‑141 (MQ=255)
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AATAACCTGAAATAACGAAGAATGTATCTACTCCTAAAAAGCCCCCACTTAACCATTGTGCATTCAAGTGATAAATAATGATTCCTATAACTGCGAATGCCCTCAATCCATCTAATCCAGGTAAGTATCGCGGGGAATACA‑TTTTTTCTAAACGTTT‑AAAGTCTTTTGTATCCATGTTAATAAACGCCCCA‑TTTATTTTTCTCTATTTTGTAGCATATCACAATATTTTTGAAAATAAAATATTGCACTGATTTTCATTAATTGATTTAACCCTTAATTAA > USA300TCH1516_ALE/2710752‑2711032
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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
