Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A5 F17 I0 R2
|
162 |
60.6 |
4616657 |
98.5% |
4547407 |
62.1 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
W3110S.gb |
3,936,857 |
G→A |
7.3% |
D97N (GAC→AAC) |
dppD → |
dipeptide transporter |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | W3110S.gb | 3,936,857 | 0 | G | A | 7.3%
| 175.0
/ 3.4
| 55 | D97N (GAC→AAC) | dppD | dipeptide transporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (29/22); new base A (2/2); total (31/24) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.55e-01 |
GATTTGCAGCGTATCTCAGAAAAAGAGCGCCGCAACCTGGTGGGTGCCGAAGTGGCGATGATCTTCCAGGACCCGATGACCAGCCTTAACCCGTGCTACACCGTGGGTTTCCAGATTATGGAAGCGATTAAG > W3110S.gb/3936788‑3936919
|
gATTTGCAGCGTATCTCAGAAAAAGAGCGCCGCAACCTGGTGGGTGCCGAAGTGGCGATGATCTTCCAGGa > 1:4255593/1‑71 (MQ=255)
gATTTGCAGCGTATCTCAGAAAAAGAGCGCCGCAACCTGGTGGGTGCCGAAGTGGCGATGATCTTCCAGGa < 1:3322309/71‑1 (MQ=255)
gATTTGCAGCGTATCTCAGAAAAAGAGCGCCGCAACCTGGTGGGTGCCGAAGTGGCGATGATCTTCCAGGa > 1:1523066/1‑71 (MQ=255)
gCAGCGTATCTCAGAAAAAGAGCGCCGCAACCTGGTGGGTGCCGAAGTGGCGATGATCTTCCAGGACCCg < 1:2002788/70‑1 (MQ=255)
cAGCGTATCTCAGAAAAAGAGCGCCGCAACCTGGTGGGTGCCGAAGTGGCGATGATCTTCCAGGACCCGAt < 1:3803894/71‑1 (MQ=255)
cGTATCTCAGAAAAAGAGCGCCGCAACCTGGTGGGTGCCGAAGTGGCGATGATCTTCCAggcc > 1:1391003/1‑61 (MQ=255)
tATCTCAGAAAAAGAGCGCCGCAACCTGGTGGGTGCCGAAGTGGCGATGATCTTCCAGGACCCGATGAc > 1:82787/1‑69 (MQ=255)
tATCTCAGAAAAAGAGCGCCGCAACCTGGTGGGTGCCGAAGTGGCGATGATCTTCCAGGACCCGATGACCa < 1:3522156/71‑1 (MQ=255)
tctcAGAAAAAGAGCGCCGCAACCTGGTGGGTGCCGAAGTGGCGATGATCTTCCAGGACCCGATGACCAGc > 1:3424583/1‑71 (MQ=255)
aGAAAAAGAGCGCCGCAACCTGGTGGGTGCCGAAGTGGCGATGATCTTCCAGGACCCGATGACCAGCCtt < 1:1459857/70‑1 (MQ=255)
gAAAAAGAGCGCCGCAACCTGGTGGGTGCCGAAGTGGCGATGATCTTCCAGAACCCGATGACCAGCCTTaa < 1:2308977/71‑1 (MQ=255)
aaaaGAGCGCCGCAACCTGGTGGGTGCCGAAGTGGCGATGATCTTCCAGAACCCGATGACCAGCCTTAAcc > 1:2019035/1‑71 (MQ=255)
aaaGAGCGCCGCAACCTGGTGGGTGCCGAAGTGGCGATGATCTTCCAGGACCCGATGa > 1:2013596/1‑58 (MQ=255)
aaaGAGCGCCGCAACCTGGTGGGTGCCGAAGTGGCGATGATCTTCCAGGACCCGATGACCAGCCTTAAccc < 1:3254026/71‑1 (MQ=255)
agagCGCCGCAACCTGGTGGGTGCCGAAGTGGCGATGATCTTCCAGAACCCGATGACCAGCCTTAAccc > 1:946503/1‑69 (MQ=255)
ccgcAACCTGGTGGGTGCCGAAGTGGCGATGATCTTCCAGGACCCGATGACCAGCCTTAACCCGt < 1:3968742/65‑1 (MQ=255)
cAACCTGGTGGGTGCCGAAGTGGCGATGATCTTCCAGGACCCGATGACCAGCCTTAACCCGTGCTACACCg > 1:1157570/1‑71 (MQ=255)
cAACCTGGTGGGTGCCGAAGTGGCGATGATCTTCCAGGACCCGATGACCAGCCTTAACCCGTGCTACACCg > 1:2513430/1‑71 (MQ=255)
ccTGGTGGGTGCCGAAGTGGCGATGATCTTCCAGGACCCGa > 1:4044577/1‑41 (MQ=255)
ccTGGTGGGTGCCGAAGTGGCGATGATCTTCCAGGACCCGATGACCAGCCTTAACCCGt < 1:1665476/59‑1 (MQ=255)
tggtggGTGCCGAAGTGGCGATGATCTTCCAGGACCCGATGACCAGCCTTAACCCg < 1:3346545/56‑1 (MQ=255)
ggtgggtgCCGAAGTGGCGATGATCTTCCAGGACCCGATGACCAGCCTTaa > 1:607866/1‑51 (MQ=255)
gtgggtgCCGAAGTGGCGATGATCTTCCAGGACCCGATGACCAGCCTTAACCCGTGCTACACCGTGGGttt < 1:1310884/71‑1 (MQ=255)
gtgggtgCCGAAGTGGCGATGATCTTCCAGGACCCGATGACCAGCCTTAACCCGTGCTACACCGTGGGt < 1:2717547/69‑1 (MQ=255)
ggtgCCGAAGTGGCGATGATCTTCCAGGACCCGATGACCAGCCTTAACCCGTGCTACACCGTGGGTTTcc < 1:306732/70‑1 (MQ=255)
tgCCGAAGTGGCGATGATCTTCCAGGACCCGATGACCAGCCTTaa < 1:4091410/45‑1 (MQ=255)
tgCCGAAGTGGCGATGATCTT‑‑AGGACCCGATGACCAGCCTTAACCCGTGCTACACCGTGGGTTTCCAGAt < 1:3792939/70‑1 (MQ=255)
gCCGAAGTGGCGATGATCTTCCAGGACCCGATGACCAGCCTTAACCCGt > 1:3226953/1‑49 (MQ=255)
gCCGAAGTGGCGATGATCTTCCAGGACCCGATGACCAGCCTTAACCCGt > 1:733172/1‑49 (MQ=255)
gCCGAAGTGGCGATGATCTTCCAGGACCCGATGACCAGCCTTAACCCGTGCTACAcc > 1:397157/1‑57 (MQ=255)
gCCGAAGTGGCGATGATCTTCCAGGACCCGATGACCAGCCTTAACCCGTGCTACAcc > 1:1299761/1‑57 (MQ=255)
gCCGAAGTGGCGATGATCTTCCAGGACCCGATGACCAGCCTTAACCCGTGCTACAcc > 1:1973244/1‑57 (MQ=255)
gCCGAAGTGGCGATGATCTTCCAGGACCCGATGACCAGCCTTAACCCGTGCTACACCGTGGGTTTCCAGa < 1:672966/70‑1 (MQ=255)
gAAGTGGCGATGATCTTCCAGGACCCGATGACCAGCCTTAACCCGTGCTac > 1:102610/1‑51 (MQ=255)
gAAGTGGCGATGATCTTCCAGGA‑CCGATGACCAGCCTTAACCCGTGCTacac > 1:3268781/1‑52 (MQ=37)
aaGTGGCGATGATCTTCCAGGACCCGATGACCAGCCTTAACCCGTGCTACACCGTGGGTTTCCAGATTATg > 1:1719854/1‑71 (MQ=255)
aGTGGCGATGATCTTCCAGGACCCGATGACCAGCCTTAACCCGTGc > 1:2824640/1‑46 (MQ=255)
gTGGCGATGATCTTCCAGGACCCGATGACCAGCCTTAACCCg > 1:4425277/1‑42 (MQ=255)
gTGGCGATGATCTTCCAGGACCCGATGACCAGCCTTAACCCg > 1:120961/1‑42 (MQ=255)
tGGCGATGATCTTCCAGGACCCGATGACCAGCCTTAACCCGTGCTACACCGt < 1:4435330/52‑1 (MQ=255)
tGGCGATGATCTTCCAGGACCCGATGACCAGCCTTAACCCGTGCTACACCGTGGGTTTCCAGATTa < 1:4587303/66‑1 (MQ=255)
gCGATGATCTTCCAGGACCCGATGACCAGCCTTAACCCg > 1:3154616/1‑39 (MQ=255)
cGATGATCTTCCAGAACCCGATGACCAGCCTTAACCCGTGCTACACCGTGGGTTTCCAGATTATGGAAGCg < 1:1401575/71‑1 (MQ=255)
gatgatCTTCCAGGACCCGATGACCAGCCTTAACCCGTGCTACACCGTGGGTTTcc > 1:1699955/1‑56 (MQ=255)
gatgatCTTCCAGGACCCGATGACCAGCCTTAACCCGTGCTACACCGTGGGTTTCCAGATTATGGAAGCGa < 1:3319330/71‑1 (MQ=255)
gatgatCTTCCAGGACCCGATGACCAGCCTTAACCCGTGCTACACCGTGGGTTTCCAGATTATGGAAGCGa > 1:850103/1‑71 (MQ=255)
gatgatCTTCCAGGACCCGATGACCAGCCTTAACCCGTGCTACACCGTGGGTTTCCAGATTATGGAAGCGa > 1:3955682/1‑71 (MQ=255)
atgatCTTCCAGGACCCGATGACCAGCCTTAACCCGt < 1:2743628/37‑1 (MQ=255)
tgatCTTCCAGGACCCGATGACCAGCCTTAACCCGTGCTACACCGTGGGTTTCCAGATTATGGAAGc > 1:721001/1‑67 (MQ=255)
gatCTTCCAGGACCCGATGACCAGCCTTAACCCGTGCTACACCGTGGGTTTCCAGa > 1:1298246/1‑56 (MQ=255)
gatCTTCCAGGACCCGATGACCAGCCTTAACCCGTGCTACACCGTGGGTTTCCAGATTATGGAAGCGAt > 1:611592/1‑69 (MQ=255)
ttCTTCCAGGACCCGATGACCAGCCTTAACCCGTGCTACACCGTGGGTTTCCAGAt < 1:1990621/55‑1 (MQ=255)
cTTCCAGGACCCGATGACCAGCCTTAACCCGTGCTACACCGTg > 1:3176962/1‑43 (MQ=255)
tCCAGGACCCGATGACCAGCCTTAACCCGTGCTACACCGTggg > 1:2343802/1‑43 (MQ=255)
ccAGGACCCGATGACCAGCCTTAACCCGTGCTACACCGTGGGTTTCCAGATTATGGAAGCGATTaa < 1:4556230/66‑1 (MQ=255)
ccAGGACCCGATGACCAGCCTTAACCCGTGCTACACCGTGGGTTTCCAGATTATGGAAGCGATTAAg < 1:3976663/67‑1 (MQ=255)
|
GATTTGCAGCGTATCTCAGAAAAAGAGCGCCGCAACCTGGTGGGTGCCGAAGTGGCGATGATCTTCCAGGACCCGATGACCAGCCTTAACCCGTGCTACACCGTGGGTTTCCAGATTATGGAAGCGATTAAG > W3110S.gb/3936788‑3936919
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
