Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A5 F21 I0 R2
|
316 |
65.6 |
5147759 |
97.4% |
5013917 |
60.3 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
W3110S.gb |
3,936,857 |
G→A |
9.4% |
D97N (GAC→AAC) |
dppD → |
dipeptide transporter |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | W3110S.gb | 3,936,857 | 0 | G | A | 9.4%
| 162.2
/ 6.2
| 53 | D97N (GAC→AAC) | dppD | dipeptide transporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (25/23); new base A (3/2); total (28/25) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.84e-01 |
AGCGTATCTCAGAAAAAGAGCGCCGCAACCTGGTGGGTGCCGAAGTGGCGATGATCTTCCAGGACCCGATGACCAGCCTTAACCCGTGCTACACCGTGGGTTTCCAGATTATGGAAGCGATTAAGGTGCAT > W3110S.gb/3936795‑3936925
|
aGCGTATCTCAGAAAAAGAGCGCCGCAACCTGGTGGGTGCCGAAGTGGCGATGATCTTCCAGGACCCGATg < 1:1569870/71‑1 (MQ=255)
tcAGAAAAAGAGCGCCGCAACCTGGTGGGTGCCGAAGTGGCGATGATCTTCCAGGACCCGAt < 1:692984/62‑1 (MQ=255)
cAGAAAAAGAGCGCCGCAACCTGGTGGGTGCCGAAGTGGCGATGATCTTCCAGGACCCGATGACCAGCCt > 1:879124/1‑70 (MQ=255)
gAAAAAGAGCGCCGCAACCTGGTGGGTGCCGAAGTGGCGATGATCTTCCAGGACCCGATGa < 1:3738929/61‑1 (MQ=255)
gAAAAAGAGCGCCGCAACCTGGTGGGTGCCGAAGTGGCGATGATCTTCCAGGACCCGATGACCAGCCTTaa < 1:3163335/71‑1 (MQ=255)
ccgcAACCTGGTGGGTGCCGAAGTGGCGATGATCTTCCAGGACCCGATGACCAGCCTTAACCCGTGCTaca > 1:440030/1‑71 (MQ=255)
cAACCTGGTGGGTGCCGAAGTGGCGATGATCTTCCAGGACCCGATGACCAGCCTTAACCCGTGCTACACCg < 1:3084895/71‑1 (MQ=255)
ccTGGTGGGTGCCGAAGTGGCGATGATCTTCCAGGACCCg < 1:894687/40‑1 (MQ=255)
ccTGGTGGGTGCCGAAGTGGCGATGATCTTCCAGGACCCGATGACCAGCCTTAACCCGTGCTACACCGTgg > 1:1302258/1‑71 (MQ=255)
ccTGGTGGGTGCCGAAGTGGCGATGATCTTCCAGGACCCGATGACCAGCCTTAACCCGTGCTACACCGTgg > 1:484525/1‑71 (MQ=255)
ccTGGTGGGTGCCGAAGTGCCGATGATCTTCCAGGACCCg < 1:4960663/40‑1 (MQ=255)
tggtggGTGCCGAAGTGGCGATGATCTTCCAGGACCCGATGACCAGCCTTAACCCGTGc < 1:2206137/59‑1 (MQ=255)
tggtggGTGCCGAAGTGGCGATGATCTTCCAGGACCCGATGACCAGCCTTAACCCGTGCTACACCGTGGGt > 1:838732/1‑71 (MQ=255)
tggtggGTGCCGAAGTGGCGATGATCTTCCAGGACCCGATGACCAGCCTTAACCCGTGCTACACCGTGGGt > 1:1308623/1‑71 (MQ=255)
tggtggGTGCCGAAGTGGCGATGATCTTCCAGGACCCGATGACCAGCCTTAACCCGTGCTACACCGTGGGt > 1:463051/1‑71 (MQ=255)
tggtggGTGCCGAAGTGGCGATGATCTTCCAGGACCCGATGACCAGCCTTAACCCGTGCTACACCGTGGGt > 1:1306227/1‑71 (MQ=255)
ggtgggttCCGAAGTGGCGATGATCTTCCAGGACCCGATGACCAGCCTTAACCCGTGc < 1:4767652/58‑1 (MQ=255)
ggtgggtgCCGAAGTGGCGATGATCTTCCAGGACCCGATGACCAGCCTTAACCCGTGCTACACCGTGGGtt > 1:1413380/1‑71 (MQ=255)
gCCGAAGTGGCGATGATCTTCCAGGACCCGATGACCAGCCTTAACCCGTGCTACACCGTGGGTTTCCAGAt > 1:1923525/1‑71 (MQ=255)
ccGAAGTGGCGATGATCTTCCAGGACCCGATGACCAGCCTTAACCCGTGCTACACCGTGGGTTTCCAGAt < 1:4549400/70‑1 (MQ=255)
ccGAAGTGGCGATGATCTTCCAGAACCCGATGACCAGCCTTAACCCGTGc > 1:4209323/1‑50 (MQ=255)
ccGAAGTGGCGATGATCTTCCAGAACCCGATGACCAGCCTTAACCCGTGc > 1:4628751/1‑50 (MQ=255)
ccGAAGTGGCGATGATCTTCCAGAACCCGATGACCAGCCTTAACCCGTGc > 1:4622857/1‑50 (MQ=255)
aGTGGCGATGATCTTCCAGGACCCGATGACCAGCCTTAACCCGTGCTACACCTTGGGTTTCCAGATTATg > 1:3948579/1‑70 (MQ=255)
aGTGGCGATGATCTTCCAGGACCCGATGACCAGCCTTAACCCGTGCTACACCGTGGGTTTCCAGATTATg > 1:407165/1‑70 (MQ=255)
aGTGGCGATGATCTTCCAGGACCCGATGACCAGCCTTAACCCGTGCTACACCCTGGGTTTCCAGATTATg > 1:160159/1‑70 (MQ=255)
gTGGCGATGATCTTCCAGGACCCGATGACCAGCCTTAACCCGTGCTACACCGTGGGTTTCCAGAt < 1:3956713/65‑1 (MQ=255)
gCGATGATCTTCCAGGACCCGATGACCAGCCTTAACCCGTGCTACACCGTGGGTTTCCAGATTATGGa > 1:4792903/1‑68 (MQ=255)
gCGATGATCTTCCAGGACCCGATGACCAGCCTTAACCCGTGCTACACCGTGGGTTTCCAGATTATGGa > 1:1996829/1‑68 (MQ=255)
gCGATGATCTTCCAGGACCCGATGACCAGCCTTAACCCGTGCTACACCGTGGGTTTCCAGATTATGGAAGc > 1:4479849/1‑71 (MQ=255)
gCGATGATCTTCCAGGACCCGATGACCAGCCTTAACCCGTGCTACACCGTGGGTTTCCAGATTATGGAAGc < 1:1551808/71‑1 (MQ=255)
atgatCTTCCAGGACCCGATGACCAGCCTTAACCCGTGCTACACCGTGGGTTTCCAGATTATgg < 1:2070314/64‑1 (MQ=255)
atgatCTTCCAGGACCCGATGACCAGCCTTAACCCGTGCTACACCGTGGGTTTCCAGATTATgg < 1:3457342/64‑1 (MQ=255)
atgatCTTCCAGGACCCGATGACCAGCCTTAACCCGTGCTACACCGTGGGTTTCCAGATTATGGAAGCGAt < 1:1202654/71‑1 (MQ=255)
atgatCTTCCAGGACCCGATGACCAGCCTTAACCCGTGCTACACCGTGGGTTTCCAGATTATGGAAGCGAt < 1:3094505/71‑1 (MQ=255)
tgatCTTCCAGGACCCGATGACCAGCCTTAACCCGTGCTACACCGTgg < 1:2637660/48‑1 (MQ=255)
tgatCTTCCAGGACCCGATGACCAGCCTTAACCCGTGCTACACCGTgg < 1:3935141/48‑1 (MQ=255)
tgatCTTCCAGGACCCGATGACCAGCCTTAACCCGTGCTACACCGTgg < 1:2117597/48‑1 (MQ=255)
tgatCTTCCAGGACCCGATGACCAGCCTTAACCCGTGCTACACCGTGGGTTTCCAGATTATGGAAGCGAt > 1:2993336/1‑70 (MQ=255)
tgatCTTCCAGGACCCGATGACCAGCCTTAACCCGTGCTACACCGTGGGTTTCCAGATTATGGAAGCGAt > 1:1617271/1‑70 (MQ=255)
tgatCTTCCAGAACCCGATGACCAGCCTTAACCCGTGCTACACCGTGGGTTTCCAGATTATGGAAGCGAtt < 1:1916798/71‑1 (MQ=255)
tgatCTTCCAGAACCCGATGACCAGCCTTAACCCGTGCTACACCGTGGGTTTCCAGATTATGGAAGCGAtt < 1:4930983/71‑1 (MQ=255)
gatCTTCCAGGACCCGATGACCAGCCTTAACCCGTGCTACACCGTGGGTTTCCa < 1:4670619/54‑1 (MQ=255)
atCTTCCAGGACCCGATGACCAGCCTTAACCCGTGCTACACCGTGGGTTTCCAGATTATGGAAGCGAt > 1:1530939/1‑68 (MQ=255)
atCTTCCAGGACCCGATGACCAGCCTTAACCCGTGCTACACCGTGGGTTTCCAGATTATGGAAGCGAt > 1:3242391/1‑68 (MQ=255)
atCTTCCAGGACCCGATGACCAGCCTTAACCCGTGCTACACCGTGGGTTTCCAGATTATGGAAGCGATTa < 1:1164163/70‑1 (MQ=255)
tCTTCCAGGACCCGATGACCAGCCTTAACCCGTGCTACACCGTGGGTTTCCAGATTATGGAAGCGATTAAg > 1:3172401/1‑71 (MQ=255)
ttCCAGGACCCGATGACCAGCCTTAACCCGTGCTACACCGTGGGTTTCCAGATTATGGa > 1:2155039/1‑59 (MQ=255)
ttCCAGGACCAGATGACCAGCCTTAACCCGTGCTACACCGTGGGTTTCCAGATTATGGAAGCGAATAAGGt > 1:425859/1‑71 (MQ=255)
tCCAGGACCCGATGACCAGCCTTAACCCGTGCTACACCGTGGGTTTCCAGATTATGGAAGCGATTAAGGTg > 1:1392393/1‑71 (MQ=255)
cAGGACCCGATGACCAGCCTTAACCCGTGCTACACCGTGGGTTTCCAGATTATGGAAGCGATTAAGGTGCa > 1:5062397/1‑71 (MQ=255)
aGGACCCGATGACCAGCCTTAACCCGTGCTACACCGTGGGTTTCCAGATTATGGAAGCGAtt < 1:4356676/62‑1 (MQ=255)
aGGACCCGATGACCAGCCTTAACCCGTGCTACACCGTGGGTTTCCAGATTATGGAAGCGATTaa < 1:486695/64‑1 (MQ=255)
ggACCCGATGACCAGCCTTAACCCGTGCTACACCGTGGGTTTCCAGATTATGGAAGCGATTAAGGTGCAt > 1:1416906/1‑70 (MQ=255)
gACCCGATGACCAGCCTTAACCCGTGCTACACCGTGGGTTTCCAGATTATg < 1:2969413/51‑1 (MQ=255)
|
AGCGTATCTCAGAAAAAGAGCGCCGCAACCTGGTGGGTGCCGAAGTGGCGATGATCTTCCAGGACCCGATGACCAGCCTTAACCCGTGCTACACCGTGGGTTTCCAGATTATGGAAGCGATTAAGGTGCAT > W3110S.gb/3936795‑3936925
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
