Sample Resequencing Stats

Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
ALE, Flask, Isolate Predicted Mutations Mean Coverage Total Reads Percent Mapped Mapped Reads Average Read Length
A5 F28 I3 R2 489 0.0 1652083 58.3% 963164 55.2

Breseq alignment

BRESEQ :: Evidence
Predicted mutation
evidence seq id position mutation annotation gene description
RA W3110S.gb 1,060,272 C→T L199L (CTG→TTG)  torA → trimethylamine N‑oxide (TMAO) reductase I, catalytic subunit

Read alignment evidence...
  seq id position ref new freq score (cons/poly) reads annotation genes product
*W3110S.gb1,060,2720CT86.4% 368.0 / 35.5 177L199L (CTG→TTG) torAtrimethylamine N‑oxide (TMAO) reductase I, catalytic subunit
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base C (24/0);  new base T (152/0);  total (177/0)
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00

Only 100 of 177 total aligned reads displayed.

TACGGGCGGAGATTACTCTACCGGTGCTGCGCAGGTGATCCTGCCGCGCGTAGTCGGTTCGAT  >  W3110S.gb/1060232‑1060294
                                        |                      
tACGGGCGGAGATTACTCTACCGGTGCTGCGCAGGTGATCCTGCcg                   >  1:1179894/1‑46 (MQ=255)
tACGGGCGGAGATTACTCTACCGGTGCTGCGCAGGTGATCCTGCCGCGCGTAGTCGGTTc     >  1:1177955/1‑60 (MQ=255)
tACGGGCGGAGATTACTCTACCGGTGCTGCGCAGGTGATCCTGCCGCGCGTAGTCGGTTCg    >  1:1338335/1‑61 (MQ=255)
tACGGGCGGAGATTACTCTACCGGTGCTGCGCAGGTGATCCTGCCGCGCGTAGTCGGTTCg    >  1:582884/1‑61 (MQ=255)
tACGGGCGGAGATTACTCTACCGGTGCTGCGCAGGTGATCCTGCCGCGCGTAGTCGGTTCGa   >  1:1001248/1‑62 (MQ=255)
tACGGGCGGAGATTACTCTACCGGTGCTGCGCAGGTGATCCTGCCGCGCGTAGTCGGTTCGa   >  1:181995/1‑62 (MQ=255)
tACGGGCGGAGATTACTCTACCGGTGCTGCGCAGGTGATCCTGCCGCGCGTAGTCGGTTCGa   >  1:340391/1‑62 (MQ=255)
tACGGGCGGAGATTACTCTACCGGTGCTGCGCAGGTGATCCTGCCGCGCGTAGTCGGTTCGa   >  1:1441508/1‑62 (MQ=255)
tACGGGCGGAGATTACTCTACCGGTGCTGCGCAGGTGATCCTGCCGCGCGTAGTCGGTTCGa   >  1:1379103/1‑62 (MQ=255)
tACGGGCGGAGATTACTCTACCGGTGCTGCGCAGGTGATCCTGCCGCGCGTAGTCGGTTCGa   >  1:1309636/1‑62 (MQ=255)
tACGGGCGGAGATTACTCTACCGGTGCTGCGCAGGTGATCCTGCCGCGCGTAGTCGGTTCGa   >  1:641557/1‑62 (MQ=255)
tACGGGCGGAGATTACTCTACCGGTGCTGCGCAGGTGATCCTGCCGCGCGTAGTCGGTTCGa   >  1:1233898/1‑62 (MQ=255)
tACGGGCGGAGATTACTCTACCGGTGCTGCGCAGGTGATCCTGCCGCGCGTAGTCGGTTCGa   >  1:1057193/1‑62 (MQ=255)
  cGGGCGGAGATTACTCTACCGGTGCTGCGCAGTTGATCTTGCCGCGCGTGGTTGGCTCAAt  >  1:552977/1‑61 (MQ=255)
  cGGGCGGAGATTACTCTACCGGTGCTGCGCAGGTGATCTTGcc                    >  1:419700/1‑43 (MQ=255)
  cGGGCGGAGATTACTCTACCGGTGCTGCGCAGGTGATCTTGcc                    >  1:351342/1‑43 (MQ=255)
  cGGGCGGAGATTACTCTACCGGTGCTGCGCAGGTGATCTTGCcgcgc                >  1:916454/1‑47 (MQ=255)
  cGGGCGGAGATTACTCTACCGGTGCTGCGCAGGTGATCTTGCCGCGCGTGGTTGGGTca    >  1:1597243/1‑58 (MQ=255)
  cGGGCGGAGATTACTCTACCGGTGCTGCGCAGGTGATCTTGCCGCGCGTGGTTGGCTcaa   >  1:1348252/1‑58 (MQ=255)
  cGGGCGGAGATTACTCTACCGGTGCTGCGCAGGTGATCTTGCCGCGCGTGGTTGGCTcaa   >  1:1116804/1‑58 (MQ=255)
  cGGGCGGAGATTACTCTACCGGTGCTGCGCAGGTGATCTTGCCGCGCGTGGTTGGCTCAAt  >  1:332298/1‑61 (MQ=255)
  cGGGCGGAGATTACTCTACCGGTGCTGCGCAGGTGATCTTGCCGCGCGTGGTTGGCTCAAt  >  1:379031/1‑61 (MQ=255)
  cGGGCGGAGATTACTCTACCGGTGCTGCGCAGGTGATCTTGCCGCGCGTGGTTGGCTCAAt  >  1:962865/1‑61 (MQ=255)
  cGGGCGGAGATTACTCTACCGGTGCTGCGCAGGTGATCTTGCCGCGCGTGGTTGGCTCAAt  >  1:369407/1‑61 (MQ=255)
  cGGGCGGAGATTACTCTACCGGTGCTGCGCAGGTGATCTTGCCGCGCGTGGTTGGCTCAAt  >  1:980569/1‑61 (MQ=255)
  cGGGCGGAGATTACTCTACCGGTGCTGCGCAGGTGATCTTGCCGCGCGTGGTTGGCTCAAt  >  1:173339/1‑61 (MQ=255)
  cGGGCGGAGATTACTCTACCGGTGCTGCGCAGGTGATCTTGCCGCGCGTGGTTGGCTCAAt  >  1:307493/1‑61 (MQ=255)
  cGGGCGGAGATTACTCTACCGGTGCTGCGCAGGTGATCTTGCCGCGCGTGGTTGGCTCAAt  >  1:299793/1‑61 (MQ=255)
  cGGGCGGAGATTACTCTACCGGTGCTGCGCAGGTGATCTTGCCGCGCGTGGTTGGCTCAAt  >  1:29359/1‑61 (MQ=255)
  cGGGCGGAGATTACTCTACCGGTGCTGCGCAGGTGATCTTGCCGCGCGTGGTTGGCTCAAt  >  1:255096/1‑61 (MQ=255)
  cGGGCGGAGATTACTCTACCGGTGCTGCGCAGGTGATCTTGCCGCGCGTGGTTGGCTCAAt  >  1:222665/1‑61 (MQ=255)
  cGGGCGGAGATTACTCTACCGGTGCTGCGCAGGTGATCTTGCCGCGCGTGGTTGGCTCAAt  >  1:982696/1‑61 (MQ=255)
  cGGGCGGAGATTACTCTACCGGTGCTGCGCAGGTGATCTTGCCGCGCGTGGTTGGCTCAAt  >  1:730083/1‑61 (MQ=255)
  cGGGCGGAGATTACTCTACCGGTGCTGCGCAGGTGATCTTGCCGCGCGTGGTTGGCTCAAt  >  1:433356/1‑61 (MQ=255)
  cGGGCGGAGATTACTCTACCGGTGCTGCGCAGGTGATCTTGCCGCGCGTGGTTGGCTCAAt  >  1:489315/1‑61 (MQ=255)
  cGGGCGGAGATTACTCTACCGGTGCTGCGCAGGTGATCTTGCCGCGCGTGGTTGGCTCAAt  >  1:497322/1‑61 (MQ=255)
  cGGGCGGAGATTACTCTACCGGTGCTGCGCAGGTGATCTTGCCGCGCGTGGTTGGCTCAAt  >  1:563366/1‑61 (MQ=255)
  cGGGCGGAGATTACTCTACCGGTGCTGCGCAGGTGATCTTGCCGCGCGTGGTTGGCTCAAt  >  1:862799/1‑61 (MQ=255)
  cGGGCGGAGATTACTCTACCGGTGCTGCGCAGGTGATCTTGCCGCGCGTGGTTGGCTCAAt  >  1:82525/1‑61 (MQ=255)
  cGGGCGGAGATTACTCTACCGGTGCTGCGCAGGTGATCTTGCCGCGCGTGGTTGGCTCAAt  >  1:596577/1‑61 (MQ=255)
  cGGGCGGAGATTACTCTACCGGTGCTGCGCAGGTGATCTTGCCGCGCGTGGTTGGCTCAAt  >  1:608159/1‑61 (MQ=255)
  cGGGCGGAGATTACTCTACCGGTGCTGCGCAGGTGATCTTGCCGCGCGTGGTTGGCTCAAt  >  1:632464/1‑61 (MQ=255)
  cGGGCGGAGATTACTCTACCGGTGCTGCGCAGGTGATCTTGCCGCGCGTGGTTGGCTCAAt  >  1:815586/1‑61 (MQ=255)
  cGGGCGGAGATTACTCTACCGGTGCTGCGCAGGTGATCTTGCCGCGCGTGGTTGGCTCAAt  >  1:645618/1‑61 (MQ=255)
  cGGGCGGAGATTACTCTACCGGTGCTGCGCAGGTGATCTTGCCGCGCGTGGTTGGCTCAAt  >  1:677312/1‑61 (MQ=255)
  cGGGCGGAGATTACTCTACCGGTGCTGCGCAGGTGATCTTGCCGCGCGTGGTTGGCTCAAt  >  1:69420/1‑61 (MQ=255)
  cGGGCGGAGATTACTCTACCGGTGCTGCGCAGGTGATCTTGCCGCGCGTGGTTGGCTCAAt  >  1:711310/1‑61 (MQ=255)
  cGGGCGGAGATTACTCTACCGGTGCTGCGCAGGTGATCTTGCCGCGCGTGGTTGGCTCAAt  >  1:762655/1‑61 (MQ=255)
  cGGGCGGAGATTACTCTACCGGTGCTGCGCAGGTGATCTTGCCGCGCGTGGTTGGCTCAAt  >  1:748420/1‑61 (MQ=255)
  cGGGCGGAGATTACTCTACCGGTGCTGCGCAGGTGATCTTGCCGCGCGTGGTTGGCTCAAt  >  1:1260661/1‑61 (MQ=255)
  cGGGCGGAGATTACTCTACCGGTGCTGCGCAGGTGATCTTGCCGCGCGTGGTTGGCTCAAt  >  1:1203489/1‑61 (MQ=255)
  cGGGCGGAGATTACTCTACCGGTGCTGCGCAGGTGATCTTGCCGCGCGTGGTTGGCTCAAt  >  1:104162/1‑61 (MQ=255)
  cGGGCGGAGATTACTCTACCGGTGCTGCGCAGGTGATCTTGCCGCGCGTGGTTGGCTCAAt  >  1:1650867/1‑61 (MQ=255)
  cGGGCGGAGATTACTCTACCGGTGCTGCGCAGGTGATCTTGCCGCGCGTGGTTGGCTCAAt  >  1:1604487/1‑61 (MQ=255)
  cGGGCGGAGATTACTCTACCGGTGCTGCGCAGGTGATCTTGCCGCGCGTGGTTGGCTCAAt  >  1:1303045/1‑61 (MQ=255)
  cGGGCGGAGATTACTCTACCGGTGCTGCGCAGGTGATCTTGCCGCGCGTGGTTGGCTCAAt  >  1:1048102/1‑61 (MQ=255)
  cGGGCGGAGATTACTCTACCGGTGCTGCGCAGGTGATCTTGCCGCGCGTGGTTGGCTCAAt  >  1:1331359/1‑61 (MQ=255)
  cGGGCGGAGATTACTCTACCGGTGCTGCGCAGGTGATCTTGCCGCGCGTGGTTGGCTCAAt  >  1:1332204/1‑61 (MQ=255)
  cGGGCGGAGATTACTCTACCGGTGCTGCGCAGGTGATCTTGCCGCGCGTGGTTGGCTCAAt  >  1:1343412/1‑61 (MQ=255)
  cGGGCGGAGATTACTCTACCGGTGCTGCGCAGGTGATCTTGCCGCGCGTGGTTGGCTCAAt  >  1:1092564/1‑61 (MQ=255)
  cGGGCGGAGATTACTCTACCGGTGCTGCGCAGGTGATCTTGCCGCGCGTGGTTGGCTCAAt  >  1:1403107/1‑61 (MQ=255)
  cGGGCGGAGATTACTCTACCGGTGCTGCCCAGGTGATCTTGCCGCGCGTGGTTGGCTCAAt  >  1:1404768/1‑61 (MQ=255)
  cGGGCGGAGATTACTATACCGGTGCTGCGCAGGTGATCTTGCCGCGCGTGGTTGGCTcaa   >  1:1164173/1‑58 (MQ=255)
  cGGGCGGAGATTACTATACCGGTGCTGCGCAGGTGATCTTGCCGCGCGTGGTTGGCTCAAt  >  1:830261/1‑61 (MQ=255)
  cGGGCGGAGATTACTATACCGGTGCTGCGCAGGTGATCTTGCCGCGCGTGGTTGGCTCAAt  >  1:1002783/1‑61 (MQ=255)
  cGGGCGGAGATTACTATACCGGTGCTGCGCAGGTGATCTTGCCGCGCGTGGTTGGCTCAAt  >  1:661390/1‑61 (MQ=255)
  cGGGCGGAGATTACTATACCGGTGCTGCGCAGGTGATCTTGCCGCGCGTGGTTGGCTCAAt  >  1:1216437/1‑61 (MQ=255)
  cGGGCGGAGATTACTATACCGGTGCTGCGCAGGTGATCTTGCCGCGCGTGGTTGGCTCAAt  >  1:1035680/1‑61 (MQ=255)
  cGGGCGGAGATTACTATACCGGTGCTGCGCAGGTGATCTTGCCGCGCGTGGTTGGCTCAAt  >  1:954604/1‑61 (MQ=255)
  cGGGCGGAGATTACTATACCGGTGCTGCGCAGGTGATCTTGCCGCGCGTGGTTGGCTCAAt  >  1:93801/1‑61 (MQ=255)
  cGGGCGGAGATTACTATACCGGTGCTGCGCAGGTGATCTTGCCGCGCGTGGTTGGCTCAAt  >  1:1080704/1‑61 (MQ=255)
  cGGGCGGAGATTACTATACCGGTGCTGCGCAGGTGATCTTGCCGCGCGTGGTTGGCTCAAt  >  1:836708/1‑61 (MQ=255)
  cGGGCGGAGATTACTATACCGGTGCTGCGCAGGTGATCTTGCCGCGCGTGGTTGGCTCAAt  >  1:786881/1‑61 (MQ=255)
  cGGGCGGAGATTACTATACCGGTGCTGCGCAGGTGATCTTGCCGCGCGTGGTTGGCTCAAt  >  1:1189437/1‑61 (MQ=255)
  cGGGCGGAGATTACTATACCGGTGCTGCGCAGGTGATCTTGCCGCGCGTGGTTGGCTCAAt  >  1:1155617/1‑61 (MQ=255)
  cGGGCGGAGATTACTATACCGGTGCTGCGCAGGTGATCTTGCCGCGCGTGGTTGGCTCAAt  >  1:1116431/1‑61 (MQ=255)
  cGGGCGGAGATTACTATACCGGTGCTGCGCAGGTGATCTTGCCGCGCGTGGTTGGCTCAAt  >  1:1137014/1‑61 (MQ=255)
  cGGGCGGAGATTACTATACCGGTGCTGCGCAGGTGATCTTGCCGCGCGTGGTTGGCTCAAt  >  1:1294606/1‑61 (MQ=255)
  cGGGCGGAGATTACTATACCGGTGCTGCGCAGGTGATCTTGCCGCGCGTGGTTGGCTCAAt  >  1:763372/1‑61 (MQ=255)
  cGGGCGGAGATTACTATACCGGTGCTGCGCAGGTGATCTTGCCGCGCGTGGTTGGCTCAAt  >  1:1465430/1‑61 (MQ=255)
  cGGGCGGAGATTACTATACCGGTGCTGCGCAGGTGATCTTGCCGCGCGTGGTTGGCTCAAt  >  1:1630945/1‑61 (MQ=255)
  cGGGCGGAGATTACTATACCGGTGCTGCGCAGGTGATCTTGCCGCGCGTGGTTGGCTCAAt  >  1:190625/1‑61 (MQ=255)
  cGGGCGGAGATTACTATACCGGTGCTGCGCAGGTGATCTTGCCGCGCGTGGTTGGCTCAAt  >  1:210288/1‑61 (MQ=255)
  cGGGCGGAGATTACTATACCGGTGCTGCGCAGGTGATCTTGCCGCGCGTGGTTGGCTCAAt  >  1:214839/1‑61 (MQ=255)
  cGGGCGGAGATTACTATACCGGTGCTGCGCAGGTGATCTTGCCGCGCGTGGTTGGCTCAAt  >  1:1598743/1‑61 (MQ=255)
  cGGGCGGAGATTACTATACCGGTGCTGCGCAGGTGATCTTGCCGCGCGTGGTTGGCTCAAt  >  1:1578289/1‑61 (MQ=255)
  cGGGCGGAGATTACTATACCGGTGCTGCGCAGGTGATCTTGCCGCGCGTGGTTGGCTCAAt  >  1:1540272/1‑61 (MQ=255)
  cGGGCGGAGATTACTATACCGGTGCTGCGCAGGTGATCTTGCCGCGCGTGGTTGGCTCAAt  >  1:1532513/1‑61 (MQ=255)
  cGGGCGGAGATTACTATACCGGTGCTGCGCAGGTGATCTTGCCGCGCGTGGTTGGCTCAAt  >  1:1478838/1‑61 (MQ=255)
  cGGGCGGAGATTACTATACCGGTGCTGCGCAGGTGATCTTGCCGCGCGTGGTTGGCTCAAt  >  1:1468076/1‑61 (MQ=255)
  cGGGCGGAGATTACTATACCGGTGCTGCGCAGGTGATCTTGCCGCGCGTGGTTGGCTCAAt  >  1:1250496/1‑61 (MQ=255)
  cGGGCGGAGATTACTATACCGGTGCTGCGCAGGTGATCTTGCCGCGCGTGGTTGGCTCAAt  >  1:145217/1‑61 (MQ=255)
  cGGGCGGAGATTACTATACCGGTGCTGCGCAGGTGATCTTGCCGCGCGTGGTTGGCTCAAt  >  1:1434026/1‑61 (MQ=255)
  cGGGCGGAGATTACTATACCGGTGCTGCGCAGGTGATCTTGCCGCGCGTGGTTGGCTCAAt  >  1:432206/1‑61 (MQ=255)
  cGGGCGGAGATTACTATACCGGTGCTGCGCAGGTGATCTTGCCGCGCGTGGTTGGCTCAAt  >  1:467125/1‑61 (MQ=255)
  cGGGCGGAGATTACTATACCGGTGCTGCGCAGGTGATCTTGCCGCGCGTGGTTGGCTCAAt  >  1:473158/1‑61 (MQ=255)
  cGGGCGGAGATTACTATACCGGTGCTGCGCAGGTGATCTTGCCGCGCGTGGTTGGCTCAAt  >  1:1352283/1‑61 (MQ=255)
  cGGGCGGAGATTACTATACCGGTGCTGCGCAGGTGATCTTGCCGCGCGTGGTTGGCTCAAt  >  1:629681/1‑61 (MQ=255)
  cGGGCGGAGATTACTATACCGGTGCTGCGCAGGTGATCTTGCCGCGCGTGGTTGGCTCAAt  >  1:1263708/1‑61 (MQ=255)
  cGGGAGGAGATTACTAAACCGGTGCTGCGCAGGTGATCTTGCCGCGCGTGGTTGGCTCAAt  >  1:1264091/1‑61 (MQ=255)
                                        |                      
TACGGGCGGAGATTACTCTACCGGTGCTGCGCAGGTGATCCTGCCGCGCGTAGTCGGTTCGAT  >  W3110S.gb/1060232‑1060294

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑

GATK/CNVnator alignment

N/A