Sample Resequencing Stats

Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
ALE, Flask, Isolate Predicted Mutations Mean Coverage Total Reads Percent Mapped Mapped Reads Average Read Length
A5 F28 I3 R2 489 0.0 1652083 58.3% 963164 55.2

Breseq alignment

BRESEQ :: Evidence
Predicted mutation
evidence seq id position mutation annotation gene description
RA W3110S.gb 3,095,043 A→G N2S (AAT→AGT)  yggU → conserved hypothetical protein

Read alignment evidence...
  seq id position ref new freq score (cons/poly) reads annotation genes product
*W3110S.gb3,095,0430AG100.0% 298.0 / NA 103N2S (AAT→AGT) yggUconserved hypothetical protein
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base A (0/0);  new base G (0/103);  total (0/103)

Only 100 of 103 total aligned reads displayed.

ATGAATGCCGTAACAGTTAATGATGACGGTCTGGTTTTACGGCTCTATATTCAGCCGAAAGC  >  W3110S.gb/3095039‑3095100
    |                                                         
aTGAGTGCCGTAACAGTTAATGATGACGGTCTGGTTTTACGGCTCTATATTCAGCCGAAagc  <  1:467657/62‑1 (MQ=255)
aTGAGTGCCGTAACAGTTAATGATGACGGTCTGGTTTTACGGCTCTATATTCAGCCGAAagc  <  1:638695/62‑1 (MQ=255)
aTGAGTGCCGTAACAGTTAATGATGACGGTCTGGTTTTACGGCTCTATATTCAGCCGAAagc  <  1:610835/62‑1 (MQ=255)
aTGAGTGCCGTAACAGTTAATGATGACGGTCTGGTTTTACGGCTCTATATTCAGCCGAAagc  <  1:607739/62‑1 (MQ=255)
aTGAGTGCCGTAACAGTTAATGATGACGGTCTGGTTTTACGGCTCTATATTCAGCCGAAagc  <  1:58744/62‑1 (MQ=255)
aTGAGTGCCGTAACAGTTAATGATGACGGTCTGGTTTTACGGCTCTATATTCAGCCGAAagc  <  1:572171/62‑1 (MQ=255)
aTGAGTGCCGTAACAGTTAATGATGACGGTCTGGTTTTACGGCTCTATATTCAGCCGAAagc  <  1:569610/62‑1 (MQ=255)
aTGAGTGCCGTAACAGTTAATGATGACGGTCTGGTTTTACGGCTCTATATTCAGCCGAAagc  <  1:562467/62‑1 (MQ=255)
aTGAGTGCCGTAACAGTTAATGATGACGGTCTGGTTTTACGGCTCTATATTCAGCCGAAagc  <  1:56088/62‑1 (MQ=255)
aTGAGTGCCGTAACAGTTAATGATGACGGTCTGGTTTTACGGCTCTATATTCAGCCGAAagc  <  1:534029/62‑1 (MQ=255)
aTGAGTGCCGTAACAGTTAATGATGACGGTCTGGTTTTACGGCTCTATATTCAGCCGAAagc  <  1:512020/62‑1 (MQ=255)
aTGAGTGCCGTAACAGTTAATGATGACGGTCTGGTTTTACGGCTCTATATTCAGCCGAAagc  <  1:489821/62‑1 (MQ=255)
aTGAGTGCCGTAACAGTTAATGATGACGGTCTGGTTTTACGGCTCTATATTCAGCCGAAagc  <  1:473342/62‑1 (MQ=255)
aTGAGTGCCGTAACAGTTAATGATGACGGTCTGGTTTTACGGCTCTATATTCAGCCGAAagc  <  1:653183/62‑1 (MQ=255)
aTGAGTGCCGTAACAGTTAATGATGACGGTCTGGTTTTACGGCTCTATATTCAGCCGAAagc  <  1:425059/62‑1 (MQ=255)
aTGAGTGCCGTAACAGTTAATGATGACGGTCTGGTTTTACGGCTCTATATTCAGCCGAAagc  <  1:422822/62‑1 (MQ=255)
aTGAGTGCCGTAACAGTTAATGATGACGGTCTGGTTTTACGGCTCTATATTCAGCCGAAagc  <  1:410652/62‑1 (MQ=255)
aTGAGTGCCGTAACAGTTAATGATGACGGTCTGGTTTTACGGCTCTATATTCAGCCGAAagc  <  1:406348/62‑1 (MQ=255)
aTGAGTGCCGTAACAGTTAATGATGACGGTCTGGTTTTACGGCTCTATATTCAGCCGAAagc  <  1:374404/62‑1 (MQ=255)
aTGAGTGCCGTAACAGTTAATGATGACGGTCTGGTTTTACGGCTCTATATTCAGCCGAAagc  <  1:371879/62‑1 (MQ=255)
aTGAGTGCCGTAACAGTTAATGATGACGGTCTGGTTTTACGGCTCTATATTCAGCCGAAagc  <  1:36038/62‑1 (MQ=255)
aTGAGTGCCGTAACAGTTAATGATGACGGTCTGGTTTTACGGCTCTATATTCAGCCGAAagc  <  1:349190/62‑1 (MQ=255)
aTGAGTGCCGTAACAGTTAATGATGACGGTCTGGTTTTACGGCTCTATATTCAGCCGAAagc  <  1:304712/62‑1 (MQ=255)
aTGAGTGCCGTAACAGTTAATGATGACGGTCTGGTTTTACGGCTCTATATTCAGCCGAAagc  <  1:302628/62‑1 (MQ=255)
aTGAGTGCCGTAACAGTTAATGATGACGGTCTGGTTTTACGGCTCTATATTCAGCCGAAagc  <  1:264750/62‑1 (MQ=255)
aTGAGTGCCGTAACAGTTAATGATGACGGTCTGGTTTTACGGCTCTATATTCAGCCGAAagc  <  1:794833/62‑1 (MQ=255)
aTGAGTGCCGTAACAGTTAATGATGACGGTCTGGTTTTACGGCTCTATATTCAGCCGAAagc  <  1:988509/62‑1 (MQ=255)
aTGAGTGCCGTAACAGTTAATGATGACGGTCTGGTTTTACGGCTCTATATTCAGCCGAAagc  <  1:97756/62‑1 (MQ=255)
aTGAGTGCCGTAACAGTTAATGATGACGGTCTGGTTTTACGGCTCTATATTCAGCCGAAagc  <  1:95212/62‑1 (MQ=255)
aTGAGTGCCGTAACAGTTAATGATGACGGTCTGGTTTTACGGCTCTATATTCAGCCGAAagc  <  1:939744/62‑1 (MQ=255)
aTGAGTGCCGTAACAGTTAATGATGACGGTCTGGTTTTACGGCTCTATATTCAGCCGAAagc  <  1:926208/62‑1 (MQ=255)
aTGAGTGCCGTAACAGTTAATGATGACGGTCTGGTTTTACGGCTCTATATTCAGCCGAAagc  <  1:922116/62‑1 (MQ=255)
aTGAGTGCCGTAACAGTTAATGATGACGGTCTGGTTTTACGGCTCTATATTCAGCCGAAagc  <  1:918085/62‑1 (MQ=255)
aTGAGTGCCGTAACAGTTAATGATGACGGTCTGGTTTTACGGCTCTATATTCAGCCGAAagc  <  1:864987/62‑1 (MQ=255)
aTGAGTGCCGTAACAGTTAATGATGACGGTCTGGTTTTACGGCTCTATATTCAGCCGAAagc  <  1:842871/62‑1 (MQ=255)
aTGAGTGCCGTAACAGTTAATGATGACGGTCTGGTTTTACGGCTCTATATTCAGCCGAAagc  <  1:839701/62‑1 (MQ=255)
aTGAGTGCCGTAACAGTTAATGATGACGGTCTGGTTTTACGGCTCTATATTCAGCCGAAagc  <  1:825986/62‑1 (MQ=255)
aTGAGTGCCGTAACAGTTAATGATGACGGTCTGGTTTTACGGCTCTATATTCAGCCGAAagc  <  1:1037557/62‑1 (MQ=255)
aTGAGTGCCGTAACAGTTAATGATGACGGTCTGGTTTTACGGCTCTATATTCAGCCGAAagc  <  1:763314/62‑1 (MQ=255)
aTGAGTGCCGTAACAGTTAATGATGACGGTCTGGTTTTACGGCTCTATATTCAGCCGAAagc  <  1:759387/62‑1 (MQ=255)
aTGAGTGCCGTAACAGTTAATGATGACGGTCTGGTTTTACGGCTCTATATTCAGCCGAAagc  <  1:742936/62‑1 (MQ=255)
aTGAGTGCCGTAACAGTTAATGATGACGGTCTGGTTTTACGGCTCTATATTCAGCCGAAagc  <  1:730205/62‑1 (MQ=255)
aTGAGTGCCGTAACAGTTAATGATGACGGTCTGGTTTTACGGCTCTATATTCAGCCGAAagc  <  1:729737/62‑1 (MQ=255)
aTGAGTGCCGTAACAGTTAATGATGACGGTCTGGTTTTACGGCTCTATATTCAGCCGAAagc  <  1:715257/62‑1 (MQ=255)
aTGAGTGCCGTAACAGTTAATGATGACGGTCTGGTTTTACGGCTCTATATTCAGCCGAAagc  <  1:697138/62‑1 (MQ=255)
aTGAGTGCCGTAACAGTTAATGATGACGGTCTGGTTTTACGGCTCTATATTCAGCCGAAagc  <  1:682498/62‑1 (MQ=255)
aTGAGTGCCGTAACAGTTAATGATGACGGTCTGGTTTTACGGCTCTATATTCAGCCGAAagc  <  1:670603/62‑1 (MQ=255)
aTGAGTGCCGTAACAGTTAATGATGACGGTCTGGTTTTACGGCTCTATATTCAGCCGAAagc  <  1:661809/62‑1 (MQ=255)
aTGAGTGCCGTAACAGTTAATGATGACGGTCTGGTTTTACGGCTCTATATTCAGCCGAAagc  <  1:656902/62‑1 (MQ=255)
aTGAGTGCCGTAACAGTTAATGATGACGGTCTGGTTTTACGGCTCTATATTCAGCCGAAagc  <  1:1279026/62‑1 (MQ=255)
aTGAGTGCCGTAACAGTTAATGATGACGGTCTGGTTTTACGGCTCTATATTCAGCCGAAagc  <  1:1429810/62‑1 (MQ=255)
aTGAGTGCCGTAACAGTTAATGATGACGGTCTGGTTTTACGGCTCTATATTCAGCCGAAagc  <  1:1414197/62‑1 (MQ=255)
aTGAGTGCCGTAACAGTTAATGATGACGGTCTGGTTTTACGGCTCTATATTCAGCCGAAagc  <  1:1399345/62‑1 (MQ=255)
aTGAGTGCCGTAACAGTTAATGATGACGGTCTGGTTTTACGGCTCTATATTCAGCCGAAagc  <  1:139155/62‑1 (MQ=255)
aTGAGTGCCGTAACAGTTAATGATGACGGTCTGGTTTTACGGCTCTATATTCAGCCGAAagc  <  1:1389199/62‑1 (MQ=255)
aTGAGTGCCGTAACAGTTAATGATGACGGTCTGGTTTTACGGCTCTATATTCAGCCGAAagc  <  1:138429/62‑1 (MQ=255)
aTGAGTGCCGTAACAGTTAATGATGACGGTCTGGTTTTACGGCTCTATATTCAGCCGAAagc  <  1:1382262/62‑1 (MQ=255)
aTGAGTGCCGTAACAGTTAATGATGACGGTCTGGTTTTACGGCTCTATATTCAGCCGAAagc  <  1:1350485/62‑1 (MQ=255)
aTGAGTGCCGTAACAGTTAATGATGACGGTCTGGTTTTACGGCTCTATATTCAGCCGAAagc  <  1:1336918/62‑1 (MQ=255)
aTGAGTGCCGTAACAGTTAATGATGACGGTCTGGTTTTACGGCTCTATATTCAGCCGAAagc  <  1:1309200/62‑1 (MQ=255)
aTGAGTGCCGTAACAGTTAATGATGACGGTCTGGTTTTACGGCTCTATATTCAGCCGAAagc  <  1:1305075/62‑1 (MQ=255)
aTGAGTGCCGTAACAGTTAATGATGACGGTCTGGTTTTACGGCTCTATATTCAGCCGAAagc  <  1:1289296/62‑1 (MQ=255)
aTGAGTGCCGTAACAGTTAATGATGACGGTCTGGTTTTACGGCTCTATATTCAGCCGAAagc  <  1:1436073/62‑1 (MQ=255)
aTGAGTGCCGTAACAGTTAATGATGACGGTCTGGTTTTACGGCTCTATATTCAGCCGAAagc  <  1:1273952/62‑1 (MQ=255)
aTGAGTGCCGTAACAGTTAATGATGACGGTCTGGTTTTACGGCTCTATATTCAGCCGAAagc  <  1:1237395/62‑1 (MQ=255)
aTGAGTGCCGTAACAGTTAATGATGACGGTCTGGTTTTACGGCTCTATATTCAGCCGAAagc  <  1:1195264/62‑1 (MQ=255)
aTGAGTGCCGTAACAGTTAATGATGACGGTCTGGTTTTACGGCTCTATATTCAGCCGAAagc  <  1:1187440/62‑1 (MQ=255)
aTGAGTGCCGTAACAGTTAATGATGACGGTCTGGTTTTACGGCTCTATATTCAGCCGAAagc  <  1:1185306/62‑1 (MQ=255)
aTGAGTGCCGTAACAGTTAATGATGACGGTCTGGTTTTACGGCTCTATATTCAGCCGAAagc  <  1:1163418/62‑1 (MQ=255)
aTGAGTGCCGTAACAGTTAATGATGACGGTCTGGTTTTACGGCTCTATATTCAGCCGAAagc  <  1:1142712/62‑1 (MQ=255)
aTGAGTGCCGTAACAGTTAATGATGACGGTCTGGTTTTACGGCTCTATATTCAGCCGAAagc  <  1:1104580/62‑1 (MQ=255)
aTGAGTGCCGTAACAGTTAATGATGACGGTCTGGTTTTACGGCTCTATATTCAGCCGAAagc  <  1:1075680/62‑1 (MQ=255)
aTGAGTGCCGTAACAGTTAATGATGACGGTCTGGTTTTACGGCTCTATATTCAGCCGAAagc  <  1:106618/62‑1 (MQ=255)
aTGAGTGCCGTAACAGTTAATGATGACGGTCTGGTTTTACGGCTCTATATTCAGCCGAAagc  <  1:1004658/62‑1 (MQ=255)
aTGAGTGCCGTAACAGTTAATGATGACGGTCTGGTTTTACGGCTCTATATTCAGCCGAAagc  <  1:1597975/62‑1 (MQ=255)
aTGAGTGCCGTAACAGTTAATGATGACGGTCTGGTTTTACGGCTCTATATTCAGCCGAAagc  <  1:212715/62‑1 (MQ=255)
aTGAGTGCCGTAACAGTTAATGATGACGGTCTGGTTTTACGGCTCTATATTCAGCCGAAagc  <  1:227645/62‑1 (MQ=255)
aTGAGTGCCGTAACAGTTAATGATGACGGTCTGGTTTTACGGCTCTATATTCAGCCGAAagc  <  1:164106/62‑1 (MQ=255)
aTGAGTGCCGTAACAGTTAATGATGACGGTCTGGTTTTACGGCTCTATATTCAGCCGAAagc  <  1:1627949/62‑1 (MQ=255)
aTGAGTGCCGTAACAGTTAATGATGACGGTCTGGTTTTACGGCTCTATATTCAGCCGAAagc  <  1:1622764/62‑1 (MQ=255)
aTGAGTGCCGTAACAGTTAATGATGACGGTCTGGTTTTACGGCTCTATATTCAGCCGAAagc  <  1:1619678/62‑1 (MQ=255)
aTGAGTGCCGTAACAGTTAATGATGACGGTCTGGTTTTACGGCTCTATATTCAGCCGAAagc  <  1:1619629/62‑1 (MQ=255)
aTGAGTGCCGTAACAGTTAATGATGACGGTCTGGTTTTACGGCTCTATATTCAGCCGAAagc  <  1:16192/62‑1 (MQ=255)
aTGAGTGCCGTAACAGTTAATGATGACGGTCTGGTTTTACGGCTCTATATTCAGCCGAAagc  <  1:160981/62‑1 (MQ=255)
aTGAGTGCCGTAACAGTTAATGATGACGGTCTGGTTTTACGGCTCTATATTCAGCCGAAagc  <  1:242318/62‑1 (MQ=255)
aTGAGTGCCGTAACAGTTAATGATGACGGTCTGGTTTTACGGCTCTATATTCAGCCGAAagc  <  1:1608594/62‑1 (MQ=255)
aTGAGTGCCGTAACAGTTAATGATGACGGTCTGGTTTTACGGCTCTATATTCAGCCGAAagc  <  1:1569924/62‑1 (MQ=255)
aTGAGTGCCGTAACAGTTAATGATGACGGTCTGGTTTTACGGCTCTATATTCAGCCGAAagc  <  1:1510607/62‑1 (MQ=255)
aTGAGTGCCGTAACAGTTAATGATGACGGTCTGGTTTTACGGCTCTATATTCAGCCGAAagc  <  1:1492880/62‑1 (MQ=255)
aTGAGTGCCGTAACAGTTAATGATGACGGTCTGGTTTTACGGCTCTATATTCAGCCGAAagc  <  1:1491925/62‑1 (MQ=255)
aTGAGTGCCGTAACAGTTAATGATGACGGTCTGGTTTTACGGCTCTATATTCAGCCGAAagc  <  1:147982/62‑1 (MQ=255)
aTGAGTGCCGTAACAGTTAATGATGACGGTCTGGTTTTACGGCTCTATATTCAGCCGAAagc  <  1:147723/62‑1 (MQ=255)
aTGAGTGCCGTAACAGTTAATGATGACGGTCTGGTTTTACGGCTCTATATTCAGCCGAAagc  <  1:146637/62‑1 (MQ=255)
aTGAGTGCCGTAACAGTTAATGATGACGGTCTGGTTTTACGGCTCTATATTCAGCCGAAagc  <  1:1464373/62‑1 (MQ=255)
aTGAGTGCCGTAACAGTTAATGATGACGGTCTGGTTTTACGGCTCTATATTCAGCCGAAagc  <  1:1442641/62‑1 (MQ=255)
aTGAGTGCCGTAACAGTTAATGATGACGGTCTGGTTTTACGGCTCTATATTCAACCGAAagc  <  1:240939/62‑1 (MQ=255)
aTGAGTGCCGTAACAGTTAATGATGACGGGCTGGTTTTACGGCTCTATATTCAGCCGAAagc  <  1:785128/62‑1 (MQ=255)
aTGAGTGCCGAAACAGTTAATGATGACGGTCTGGTTTTACGGCTCTATATTCAGCCGAAagc  <  1:54554/62‑1 (MQ=255)
 tGAGTGCCGTAACAGTTAATGATGACGGTCTGGTTTTACGGCTCTATATTCAGCCGAAagc  <  1:200270/61‑1 (MQ=255)
 tGAGTGCCGTAACAGTTAATGATGACGGTCTGGTTTTACGGCTCTATATTCAGCCGAAagc  <  1:298007/61‑1 (MQ=255)
    |                                                         
ATGAATGCCGTAACAGTTAATGATGACGGTCTGGTTTTACGGCTCTATATTCAGCCGAAAGC  >  W3110S.gb/3095039‑3095100

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑

GATK/CNVnator alignment

N/A