Sample Resequencing Stats

Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
ALE, Flask, Isolate Predicted Mutations Mean Coverage Total Reads Percent Mapped Mapped Reads Average Read Length
A5 F28 I3 R2 489 0.0 1652083 58.3% 963164 55.2

Breseq alignment

BRESEQ :: Evidence
Predicted mutation
evidence seq id position mutation annotation gene description
RA W3110S.gb 4,273,185 G→A G60G (GGG→GGA)  aphA → acid phosphatase/phosphotransferase, class B, non‑specific

Read alignment evidence...
  seq id position ref new freq score (cons/poly) reads annotation genes product
*W3110S.gb4,273,1850GA88.4% 440.7 / 32.6 199G60G (GGG→GGA) aphAacid phosphatase/phosphotransferase, class B, non‑specific
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base G (23/0);  new base A (0/176);  total (23/176)
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.30e-30
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.91e-01

Only 100 of 199 total aligned reads displayed.

AAATTGAAAATAGCCTCGCAGGGCGTCCGCCAATGGCGGTGGGGTTTGATATCGATGACACGGTACT  >  W3110S.gb/4273163‑4273229
                      |                                            
aaaTTGAAAATAGCCT‑‑CAGGACGTCCGCCAATGGCGGTGGGGTTTGATATCGATGATACGGt     <  1:557753/62‑1 (MQ=255)
  aTTTAAAATAGCCTCGCAGGACGTCCGCCAATGGCGGTGGGGTTTGATATCGATGATACGGt     <  1:414009/62‑1 (MQ=255)
  aTTGAAAATAGCCTCGCAGGACGTCCGCCAATGGCGGTGGGGTTTGATATCGATGATACGGt     <  1:624280/62‑1 (MQ=255)
  aTTGAAAATAGCCTCGCAGGACGTCCGCCAATGGCGGTGGGGTTTGATATCGATGATACGGt     <  1:1453369/62‑1 (MQ=255)
  aTTGAAAATAGCCTCGCAGGACGTCCGCCAATGGCGGTGGGGTTTGATATCGATGATACGGt     <  1:757618/62‑1 (MQ=255)
  aTTGAAAATAGCCTCGCAGGACGTCCGCCAATGGCGGTGGGGTTTGATATCGATGATACGGt     <  1:1532088/62‑1 (MQ=255)
  aTTGAAAATAGCCTCGCAGGACGTCCGCCAATGGCGGTGGGGTTTGATATCGATGATACGGt     <  1:713637/62‑1 (MQ=255)
  aTTGAAAATAGCCTCGCAGGACGTCCGCCAATGGCGGTGGGGTTTGATATCGATGATACGGt     <  1:687870/62‑1 (MQ=255)
  aTTGAAAATAGCCTCGCAGGACGTCCGCCAATGGCGGTGGGGTTTGATATCGATGATACGGt     <  1:1611734/62‑1 (MQ=255)
  aTTGAAAATAGCCTCGCAGGACGTCCGCCAATGGCGGTGGGGTTTGATATCGATGATACGGt     <  1:67995/62‑1 (MQ=255)
  aTTGAAAATAGCCTCGCAGGACGTCCGCCAATGGCGGTGGGGTTTGATATCGATGATACGGt     <  1:67431/62‑1 (MQ=255)
  aTTGAAAATAGCCTCGCAGGACGTCCGCCAATGGCGGTGGGGTTTGATATCGATGATACGGt     <  1:1631062/62‑1 (MQ=255)
  aTTGAAAATAGCCTCGCAGGACGTCCGCCAATGGCGGTGGGGTTTGATATCGATGATACGGt     <  1:673154/62‑1 (MQ=255)
  aTTGAAAATAGCCTCGCAGGACGTCCGCCAATGGCGGTGGGGTTTGATATCGATGATACGGt     <  1:1651228/62‑1 (MQ=255)
  aTTGAAAATAGCCTCGCAGGACGTCCGCCAATGGCGGTGGGGTTTGATATCGATGATACGGt     <  1:166208/62‑1 (MQ=255)
  aTTGAAAATAGCCTCGCAGGACGTCCGCCAATGGCGGTGGGGTTTGATATCGATGATACGGt     <  1:667023/62‑1 (MQ=255)
  aTTGAAAATAGCCTCGCAGGACGTCCGCCAATGGCGGTGGGGTTTGATATCGATGATACGGt     <  1:641377/62‑1 (MQ=255)
  aTTGAAAATAGCCTCGCAGGACGTCCGCCAATGGCGGTGGGGTTTGATATCGATGATACGGt     <  1:141888/62‑1 (MQ=255)
  aTTGAAAATAGCCTCGCAGGACGTCCGCCAATGGCGGTGGGGTTTGATATCGATGATACGGt     <  1:594481/62‑1 (MQ=255)
  aTTGAAAATAGCCTCGCAGGACGTCCGCCAATGGCGGTGGGGTTTGATATCGATGATACGGt     <  1:578657/62‑1 (MQ=255)
  aTTGAAAATAGCCTCGCAGGACGTCCGCCAATGGCGGTGGGGTTTGATATCGATGATACGGt     <  1:56487/62‑1 (MQ=255)
  aTTGAAAATAGCCTCGCAGGACGTCCGCCAATGGCGGTGGGGTTTGATATCGATGATACGGt     <  1:313330/62‑1 (MQ=255)
  aTTGAAAATAGCCTCGCAGGACGTCCGCCAATGGCGGTGGGGTTTGATATCGATGATACGGt     <  1:326626/62‑1 (MQ=255)
  aTTGAAAATAGCCTCGCAGGACGTCCGCCAATGGCGGTGGGGTTTGATATCGATGATACGGt     <  1:511326/62‑1 (MQ=255)
  aTTGAAAATAGCCTCGCAGGACGTCCGCCAATGGCGGTGGGGTTTGATATCGATGATACGGt     <  1:509208/62‑1 (MQ=255)
  aTTGAAAATAGCCTCGCAGGACGTCCGCCAATGGCGGTGGGGTTTGATATCGATGATACGGt     <  1:397695/62‑1 (MQ=255)
  aTTGAAAATAGCCTCGCAGGACGTCCGCCAATGGCGGTGGGGTTTGATATCGATGATACGGt     <  1:495641/62‑1 (MQ=255)
  aTTGAAAATAGCCTCGCAGGACGTCCGCCAATGGCGGTGGGGTTTGATATCGATGATACGGt     <  1:488812/62‑1 (MQ=255)
  aTTGAAAATAGCCTCGCAGGACGTCCGCCAATGGCGGTGGGGTTTGATATCGATGATACGGt     <  1:454595/62‑1 (MQ=255)
  aTTGAAAATAGCCTCGCAGGACGTCCGCCAATGGCGGTGGGGTTTGATATCGATGATACGGt     <  1:486335/62‑1 (MQ=255)
  aTTGAAAATAGCCTCGCAGGACGTCCGCCAATGGCGGTGGGGTTTGATATCGATGATACGGt     <  1:922663/62‑1 (MQ=255)
  aTTGAAAATAGCCTCGCAGGACGTCCGCCAATGGCGGTGGGGTTTGATATCGATGATACGGt     <  1:800774/62‑1 (MQ=255)
  aTTGAAAATAGCCTCGCAGGACGTCCGCCAATGGCGGTGGGGTTTGATATCGATGATACGGt     <  1:1228246/62‑1 (MQ=255)
  aTTGAAAATAGCCTCGCAGGACGTCCGCCAATGGCGGTGGGGTTTGATATCGATGATACGGt     <  1:120651/62‑1 (MQ=255)
  aTTGAAAATAGCCTCGCAGGACGTCCGCCAATGGCGGTGGGGTTTGATATCGATGATACGGt     <  1:1188615/62‑1 (MQ=255)
  aTTGAAAATAGCCTCGCAGGACGTCCGCCAATGGCGGTGGGGTTTGATATCGATGATACGGt     <  1:11568/62‑1 (MQ=255)
  aTTGAAAATAGCCTCGCAGGACGTCCGCCAATGGCGGTGGGGTTTGATATCGATGATACGGt     <  1:115150/62‑1 (MQ=255)
  aTTGAAAATAGCCTCGCAGGACGTCCGCCAATGGCGGTGGGGTTTGATATCGATGATACGGt     <  1:113087/62‑1 (MQ=255)
  aTTGAAAATAGCCTCGCAGGACGTCCGCCAATGGCGGTGGGGTTTGATATCGATGATACGGt     <  1:902918/62‑1 (MQ=255)
  aTTGAAAATAGCCTCGCAGGACGTCCGCCAATGGCGGTGGGGTTTGATATCGATGATACGGt     <  1:1238360/62‑1 (MQ=255)
  aTTGAAAATAGCCTCGCAGGACGTCCGCCAATGGCGGTGGGGTTTGATATCGATGATACGGt     <  1:1106393/62‑1 (MQ=255)
  aTTGAAAATAGCCTCGCAGGACGTCCGCCAATGGCGGTGGGGTTTGATATCGATGATACGGt     <  1:954936/62‑1 (MQ=255)
  aTTGAAAATAGCCTCGCAGGACGTCCGCCAATGGCGGTGGGGTTTGATATCGATGATACGGt     <  1:1063810/62‑1 (MQ=255)
  aTTGAAAATAGCCTCGCAGGACGTCCGCCAATGGCGGTGGGGTTTGATATCGATGATACGGt     <  1:969234/62‑1 (MQ=255)
  aTTGAAAATAGCCTCGCAGGACGTCCGCCAATGGCGGTGGGGTTTGATATCGATGATACGGt     <  1:1029919/62‑1 (MQ=255)
  aTTGAAAATAGCCTCGCAGGACGTCCGCCAATGGCGGTGGGGTTTGATATCGATGATACGGt     <  1:1023556/62‑1 (MQ=255)
  aTTGAAAATAGCCTCGCAGGACGTCCGCCAATGGCGGTGGGGTTTGATATCGATGATACGGt     <  1:1003937/62‑1 (MQ=255)
  aTTGAAAATAGCCTCGCAGGACGTCCGCCAATGGCGGTGGGGTTTGATATCGATGATACGGt     <  1:865026/62‑1 (MQ=255)
  aTTGAAAATAGCCTCGCAGGACGTCCGCCAATGGCGGTGGGGTTTGATATCGATGATACGGt     <  1:127142/62‑1 (MQ=255)
  aTTGAAAATAGCCTCGCAGGACGTCCGCCAATGGCGGTGGGGTTTGATATCGATGATACGGt     <  1:817574/62‑1 (MQ=255)
  aTTGAAAATAGCCTCGCAGGACGTCCGCCAATGGCGGTGGGGTTTGATATCGATGATACGGt     <  1:1243926/62‑1 (MQ=255)
  aTTGAAAATAGCCTCGCAGGACGTCCGCCAATGGCGGTGGGGTTTGATATCGATGATACGGt     <  1:1302866/62‑1 (MQ=255)
  aTTGAAAATAGCCTCGCAGGACGTCCGCCAATGGCGGTGGGGTTTGATATCGATGATACGGt     <  1:1319578/62‑1 (MQ=255)
  aTTGAAAATAGCCTCGCAGGACGTCCGCCAATGGCGGTGGGGTTTGATATCGATGATACGGt     <  1:1337822/62‑1 (MQ=255)
  aTTGAAAATAGCCTCGCAGGACGTCCGCCAATGGCGGTGGGGTTTGATATCGATGATACGGt     <  1:1349691/62‑1 (MQ=255)
  aTTGAAAATAGCCTCGCAGGACGTCCGCCAATGGCGGTGGGGTTTGATATCGATGATACGGt     <  1:1390635/62‑1 (MQ=255)
   ttGAAAATAGCCTCGCAGGAGGTCCGCCAATGGCGGTGGGGTTTGATATCGATGATACGGt     <  1:1379531/61‑1 (MQ=255)
   ttGAAAATAGCCTCGCAGGACGTCCGCCAATGGCGGTGGGGTTTGATATCGATGATACGGt     <  1:780514/61‑1 (MQ=255)
   ttGAAAATAGCCTCGCAGGACGTCCGCCAATGGCGGTGGGGTTTGATATCGATGATACGGt     <  1:1000744/61‑1 (MQ=255)
   ttGAAAATAGCCTCGCAGGACGTCCGCCAATGGCGGTGGGGTTTGATATCGATGATACGGt     <  1:984684/61‑1 (MQ=255)
   ttGAAAATAGCCTCGCAGGACGTCCGCCAATGGCGGTGGGGTTTGATATCGATGATACGGt     <  1:77459/61‑1 (MQ=255)
   ttGAAAATAGCCTCGCAGGACGTCCGCCAATGGCGGTGGGGTTTGATATCGATGATACGGt     <  1:724695/61‑1 (MQ=255)
   ttGAAAATAGCCTCGCAGGACGTCCGCCAATGGCGGTGGGGTTTGATATCGATGATACGGt     <  1:719921/61‑1 (MQ=255)
   ttGAAAATAGCCTCGCAGGACGTCCGCCAATGGCGGTGGGGTTTGATATCGATGATACGGt     <  1:804750/61‑1 (MQ=255)
   ttGAAAATAGCCTCGCAGGACGTCCGCCAATGGCGGTGGGGTTTGATATCGATGATACGGt     <  1:86855/61‑1 (MQ=255)
   ttGAAAATAGCCTCGCAGGACGTCCGCCAATGGCGGTGGGGTTTGATATCGATGATACGGt     <  1:457311/61‑1 (MQ=255)
   ttGAAAATAGCCTCGCAGGACGTCCGCCAATGGCGGTGGGGTTTGATATCGATGATACGGt     <  1:1016425/61‑1 (MQ=255)
   ttGAAAATAGCCTCGCAGGACGTCCGCCAATGGCGGTGGGGTTTGATATCGATGATACGGt     <  1:1072535/61‑1 (MQ=255)
   ttGAAAATAGCCTCGCAGGACGTCCGCCAATGGCGGTGGGGTTTGATATCGATGATACGGt     <  1:1115784/61‑1 (MQ=255)
   ttGAAAATAGCCTCGCAGGACGTCCGCCAATGGCGGTGGGGTTTGATATCGATGATACGGt     <  1:1120554/61‑1 (MQ=255)
   ttGAAAATAGCCTCGCAGGACGTCCGCCAATGGCGGTGGGGTTTGATATCGATGATACGGt     <  1:1276817/61‑1 (MQ=255)
   ttGAAAATAGCCTCGCAGGACGTCCGCCAATGGCGGTGGGGTTTGATATCGATGATACGGt     <  1:1395621/61‑1 (MQ=255)
   ttGAAAATAGCCTCGCAGGACGTCCGCCAATGGCGGTGGGGTTTGATATCGATGATACGGt     <  1:1411637/61‑1 (MQ=255)
   ttGAAAATAGCCTCGCAGGACGTCCGCCAATGGCGGTGGGGTTTGATATCGATGATACGGt     <  1:1468700/61‑1 (MQ=255)
   ttGAAAATAGCCTCGCAGGACGTCCGCCAATGGCGGTGGGGTTTGATATCGATGATACGGt     <  1:1537066/61‑1 (MQ=255)
   ttGAAAATAGCCTCGCAGGACGTCCGCCAATGGCGGTGGGGTTTGATATCGATGATACGGt     <  1:1561583/61‑1 (MQ=255)
   ttGAAAATAGCCTCGCAGGACGTCCGCCAATGGCGGTGGGGTTTGATATCGATGATACGGt     <  1:1624111/61‑1 (MQ=255)
   ttGAAAATAGCCTCGCAGGACGTCCGCCAATGGCGGTGGGGTTTGATATCGATGATACGGt     <  1:336241/61‑1 (MQ=255)
   ttGAAAATAGCCTCGCAGGACGTCCGCCAATGGCGGTGGGGTTTGATATCGATGATACGGt     <  1:477833/61‑1 (MQ=255)
   ttGAAAATAGCCTCGCAGGACGTCCGCCAATGGCGGTGGGGTTTGATATCGATGATACGGt     <  1:375187/61‑1 (MQ=255)
   ttGAAAATAGCCTCGCAGGACGTCCGCCAATGGCGGTGGGGTTTGATATCGATGATACGGt     <  1:183939/61‑1 (MQ=255)
   ttGAAAATAGCCTCGCAGGACGTCCGCCAATGGCGGTGGGGTTTGATATCGATGATACGGt     <  1:281704/61‑1 (MQ=255)
   ttGAAAATAGCCTCGCAGGACGTCCGCCAATGGCGGTGGGGTTTGATATCGATGATACGGt     <  1:269927/61‑1 (MQ=255)
   ttGAAAATAGCCTCGCAGGACGTCCGCCAATGGCGGTGGGGTTTGATATCGATGATAAGGt     <  1:1046070/61‑1 (MQ=255)
   ttGAAAATAGCCTCGCAGGACGTCCGCCAATGGCGGTGGGGATTGATATCGATGATACGGt     <  1:429050/61‑1 (MQ=38)
   ttGAAAATAGCCTCGCAGGACGTCCGCAAATGGCGGTGGGGTTTGATATCGATGATACGGt     <  1:21886/61‑1 (MQ=255)
    tGAAAATAGCCTCGCAGGACGTCCGCCAATGGCGGTGGGGTTTGATATCGATGATACGGt     <  1:1348845/60‑1 (MQ=255)
     gAAAATAGCCTCGCAGGGCGTCCGCCAATGGCGGTGGGGTTTGatat                 >  1:1519805/1‑47 (MQ=255)
     gAAAATAGCCTCGCAGGGCGTCCGCCAATGGCGGTGGGGTTTGATATCGATGACACg       >  1:1253849/1‑57 (MQ=255)
     gAAAATAGCCTCGCAGGGCGTCCGCCAATGGCGGTGGGGTTTGATATCGATGACACGGTACt  >  1:354764/1‑62 (MQ=255)
     gAAAATAGCCTCGCAGGGCGTCCGCCAATGGCGGTGGGGTTTGATATCGATGACACGGTACt  >  1:175697/1‑62 (MQ=255)
     gAAAATAGCCTCGCAGGGCGTCCGCCAATGGCGGTGGGGTTTGATATCGATGACACGGTACt  >  1:972253/1‑62 (MQ=255)
     gAAAATAGCCTCGCAGGGCGTCCGCCAATGGCGGTGGGGTTTGATATCGATGACACGGTACt  >  1:417726/1‑62 (MQ=255)
     gAAAATAGCCTCGCAGGGCGTCCGCCAATGGCGGTGGGGTTTGATATCGATGACACGGTACt  >  1:163467/1‑62 (MQ=255)
     gAAAATAGCCTCGCAGGGCGTCCGCCAATGGCGGTGGGGTTTGATATCGATGACACGGTACt  >  1:227964/1‑62 (MQ=255)
     gAAAATAGCCTCGCAGGGCGTCCGCCAATGGCGGTGGGGTTTGATATCGATGACACGGTACt  >  1:548142/1‑62 (MQ=255)
     gAAAATAGCCTCGCAGGGCGTCCGCCAATGGCGGTGGGGTTTGATATCGATGACACGGTACt  >  1:1615363/1‑62 (MQ=255)
     gAAAATAGCCTCGCAGGGCGTCCGCCAATGGCGGTGGGGTTTGATATCGATGACACGGTACt  >  1:1495083/1‑62 (MQ=255)
     gAAAATAGCCTCGCAGGGCGTCCGCCAATGGCGGTGGGGTTTGATATCGATGACACGGTACt  >  1:1588180/1‑62 (MQ=255)
     gAAAATAGCCTCGCAGGACGTCCGCCAATGGCGGTGGGGTTTGATATCGATGATACGGt     <  1:1167180/59‑1 (MQ=255)
                      |                                            
AAATTGAAAATAGCCTCGCAGGGCGTCCGCCAATGGCGGTGGGGTTTGATATCGATGACACGGTACT  >  W3110S.gb/4273163‑4273229

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑

GATK/CNVnator alignment

N/A