Sample Resequencing Stats

Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
ALE, Flask, Isolate Predicted Mutations Mean Coverage Total Reads Percent Mapped Mapped Reads Average Read Length
A5 F28 I3 R2 489 0.0 1652083 58.3% 963164 55.2

Breseq alignment

BRESEQ :: Evidence
Predicted mutation
evidence seq id position mutation annotation gene description
RA W3110S.gb 4,374,990 C→T L35L (CTG→CTA)  yjeH ← predicted transporter

Read alignment evidence...
  seq id position ref new freq score (cons/poly) reads annotation genes product
*W3110S.gb4,374,9900CT100.0% 697.4 / NA 240L35L (CTG→CTA) yjeHpredicted transporter
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base C (0/0);  new base T (240/0);  total (240/0)

Only 100 of 240 total aligned reads displayed.

GGCCACGCCCACAGGCTGTTATTGCCCGCTACCAGCGCAGCTAACGCAGG  >  W3110S.gb/4374958‑4375007
                                |                 
ggCCACGCCCACAGGCTGTTATTGCCTGCTCCTAGCGCAGCTAACGCAgg  >  1:647552/1‑50 (MQ=255)
ggCCACGCCCACAGGCTGTTATTGCCTGCTACTAGCGCAGCTAACGCAgg  >  1:448786/1‑50 (MQ=255)
ggCCACGCCCACAGGCTGTTATTGCCTGCTACTAGCGCAGCTAACGCAgg  >  1:585788/1‑50 (MQ=255)
ggCCACGCCCACAGGCTGTTATTGCCTGCTACTAGCGCAGCTAACGCAgg  >  1:554015/1‑50 (MQ=255)
ggCCACGCCCACAGGCTGTTATTGCCTGCTACTAGCGCAGCTAACGCAgg  >  1:542302/1‑50 (MQ=255)
ggCCACGCCCACAGGCTGTTATTGCCTGCTACTAGCGCAGCTAACGCAgg  >  1:537860/1‑50 (MQ=255)
ggCCACGCCCACAGGCTGTTATTGCCTGCTACTAGCGCAGCTAACGCAgg  >  1:533563/1‑50 (MQ=255)
ggCCACGCCCACAGGCTGTTATTGCCTGCTACTAGCGCAGCTAACGCAgg  >  1:517491/1‑50 (MQ=255)
ggCCACGCCCACAGGCTGTTATTGCCTGCTACTAGCGCAGCTAACGCAgg  >  1:498690/1‑50 (MQ=255)
ggCCACGCCCACAGGCTGTTATTGCCTGCTACTAGCGCAGCTAACGCAgg  >  1:488710/1‑50 (MQ=255)
ggCCACGCCCACAGGCTGTTATTGCCTGCTACTAGCGCAGCTAACGCAgg  >  1:474133/1‑50 (MQ=255)
ggCCACGCCCACAGGCTGTTATTGCCTGCTACTAGCGCAGCTAACGCAgg  >  1:467708/1‑50 (MQ=255)
ggCCACGCCCACAGGCTGTTATTGCCTGCTACTAGCGCAGCTAACGCAgg  >  1:461845/1‑50 (MQ=255)
ggCCACGCCCACAGGCTGTTATTGCCTGCTACTAGCGCAGCTAACGCAgg  >  1:632442/1‑50 (MQ=255)
ggCCACGCCCACAGGCTGTTATTGCCTGCTACTAGCGCAGCTAACGCAgg  >  1:439636/1‑50 (MQ=255)
ggCCACGCCCACAGGCTGTTATTGCCTGCTACTAGCGCAGCTAACGCAgg  >  1:426489/1‑50 (MQ=255)
ggCCACGCCCACAGGCTGTTATTGCCTGCTACTAGCGCAGCTAACGCAgg  >  1:404396/1‑50 (MQ=255)
ggCCACGCCCACAGGCTGTTATTGCCTGCTACTAGCGCAGCTAACGCAgg  >  1:378895/1‑50 (MQ=255)
ggCCACGCCCACAGGCTGTTATTGCCTGCTACTAGCGCAGCTAACGCAgg  >  1:374091/1‑50 (MQ=255)
ggCCACGCCCACAGGCTGTTATTGCCTGCTACTAGCGCAGCTAACGCAgg  >  1:365673/1‑50 (MQ=255)
ggCCACGCCCACAGGCTGTTATTGCCTGCTACTAGCGCAGCTAACGCAgg  >  1:36012/1‑50 (MQ=255)
ggCCACGCCCACAGGCTGTTATTGCCTGCTACTAGCGCAGCTAACGCAgg  >  1:355200/1‑50 (MQ=255)
ggCCACGCCCACAGGCTGTTATTGCCTGCTACTAGCGCAGCTAACGCAgg  >  1:34760/1‑50 (MQ=255)
ggCCACGCCCACAGGCTGTTATTGCCTGCTACTAGCGCAGCTAACGCAgg  >  1:335564/1‑50 (MQ=255)
ggCCACGCCCACAGGCTGTTATTGCCTGCTACTAGCGCAGCTAACGCAgg  >  1:331981/1‑50 (MQ=255)
ggCCACGCCCACAGGCTGTTATTGCCTGCTACTAGCGCAGCTAACGCAgg  >  1:798345/1‑50 (MQ=255)
ggCCACGCCCACAGGCTGTTATTGCCTGCTACTAGCGCAGCTAACGCAgg  >  1:977844/1‑50 (MQ=255)
ggCCACGCCCACAGGCTGTTATTGCCTGCTACTAGCGCAGCTAACGCAgg  >  1:941035/1‑50 (MQ=255)
ggCCACGCCCACAGGCTGTTATTGCCTGCTACTAGCGCAGCTAACGCAgg  >  1:93508/1‑50 (MQ=255)
ggCCACGCCCACAGGCTGTTATTGCCTGCTACTAGCGCAGCTAACGCAgg  >  1:927032/1‑50 (MQ=255)
ggCCACGCCCACAGGCTGTTATTGCCTGCTACTAGCGCAGCTAACGCAgg  >  1:900546/1‑50 (MQ=255)
ggCCACGCCCACAGGCTGTTATTGCCTGCTACTAGCGCAGCTAACGCAgg  >  1:883539/1‑50 (MQ=255)
ggCCACGCCCACAGGCTGTTATTGCCTGCTACTAGCGCAGCTAACGCAgg  >  1:873230/1‑50 (MQ=255)
ggCCACGCCCACAGGCTGTTATTGCCTGCTACTAGCGCAGCTAACGCAgg  >  1:865827/1‑50 (MQ=255)
ggCCACGCCCACAGGCTGTTATTGCCTGCTACTAGCGCAGCTAACGCAgg  >  1:855879/1‑50 (MQ=255)
ggCCACGCCCACAGGCTGTTATTGCCTGCTACTAGCGCAGCTAACGCAgg  >  1:826267/1‑50 (MQ=255)
ggCCACGCCCACAGGCTGTTATTGCCTGCTACTAGCGCAGCTAACGCAgg  >  1:808784/1‑50 (MQ=255)
ggCCACGCCCACAGGCTGTTATTGCCTGCTACTAGCGCAGCTAACGCAgg  >  1:629033/1‑50 (MQ=255)
ggCCACGCCCACAGGCTGTTATTGCCTGCTACTAGCGCAGCTAACGCAgg  >  1:787829/1‑50 (MQ=255)
ggCCACGCCCACAGGCTGTTATTGCCTGCTACTAGCGCAGCTAACGCAgg  >  1:772503/1‑50 (MQ=255)
ggCCACGCCCACAGGCTGTTATTGCCTGCTACTAGCGCAGCTAACGCAgg  >  1:759627/1‑50 (MQ=255)
ggCCACGCCCACAGGCTGTTATTGCCTGCTACTAGCGCAGCTAACGCAgg  >  1:74215/1‑50 (MQ=255)
ggCCACGCCCACAGGCTGTTATTGCCTGCTACTAGCGCAGCTAACGCAgg  >  1:738369/1‑50 (MQ=255)
ggCCACGCCCACAGGCTGTTATTGCCTGCTACTAGCGCAGCTAACGCAgg  >  1:729248/1‑50 (MQ=255)
ggCCACGCCCACAGGCTGTTATTGCCTGCTACTAGCGCAGCTAACGCAgg  >  1:709351/1‑50 (MQ=255)
ggCCACGCCCACAGGCTGTTATTGCCTGCTACTAGCGCAGCTAACGCAgg  >  1:690658/1‑50 (MQ=255)
ggCCACGCCCACAGGCTGTTATTGCCTGCTACTAGCGCAGCTAACGCAgg  >  1:674268/1‑50 (MQ=255)
ggCCACGCCCACAGGCTGTTATTGCCTGCTACTAGCGCAGCTAACGCAgg  >  1:658544/1‑50 (MQ=255)
ggCCACGCCCACAGGCTGTTATTGCCTGCTACTAGCGCAGCTAACGCAgg  >  1:100872/1‑50 (MQ=255)
ggCCACGCCCACAGGCTGTTATTGCCTGCTACTAGCGCAGCTAACGCAgg  >  1:1169344/1‑50 (MQ=255)
ggCCACGCCCACAGGCTGTTATTGCCTGCTACTAGCGCAGCTAACGCAgg  >  1:1396454/1‑50 (MQ=255)
ggCCACGCCCACAGGCTGTTATTGCCTGCTACTAGCGCAGCTAACGCAgg  >  1:1365355/1‑50 (MQ=255)
ggCCACGCCCACAGGCTGTTATTGCCTGCTACTAGCGCAGCTAACGCAgg  >  1:1338654/1‑50 (MQ=255)
ggCCACGCCCACAGGCTGTTATTGCCTGCTACTAGCGCAGCTAACGCAgg  >  1:1317356/1‑50 (MQ=255)
ggCCACGCCCACAGGCTGTTATTGCCTGCTACTAGCGCAGCTAACGCAgg  >  1:1303211/1‑50 (MQ=255)
ggCCACGCCCACAGGCTGTTATTGCCTGCTACTAGCGCAGCTAACGCAgg  >  1:1299341/1‑50 (MQ=255)
ggCCACGCCCACAGGCTGTTATTGCCTGCTACTAGCGCAGCTAACGCAgg  >  1:1283275/1‑50 (MQ=255)
ggCCACGCCCACAGGCTGTTATTGCCTGCTACTAGCGCAGCTAACGCAgg  >  1:1240146/1‑50 (MQ=255)
ggCCACGCCCACAGGCTGTTATTGCCTGCTACTAGCGCAGCTAACGCAgg  >  1:1199623/1‑50 (MQ=255)
ggCCACGCCCACAGGCTGTTATTGCCTGCTACTAGCGCAGCTAACGCAgg  >  1:1183797/1‑50 (MQ=255)
ggCCACGCCCACAGGCTGTTATTGCCTGCTACTAGCGCAGCTAACGCAgg  >  1:1176180/1‑50 (MQ=255)
ggCCACGCCCACAGGCTGTTATTGCCTGCTACTAGCGCAGCTAACGCAgg  >  1:295586/1‑50 (MQ=255)
ggCCACGCCCACAGGCTGTTATTGCCTGCTACTAGCGCAGCTAACGCAgg  >  1:1167340/1‑50 (MQ=255)
ggCCACGCCCACAGGCTGTTATTGCCTGCTACTAGCGCAGCTAACGCAgg  >  1:1159156/1‑50 (MQ=255)
ggCCACGCCCACAGGCTGTTATTGCCTGCTACTAGCGCAGCTAACGCAgg  >  1:1154667/1‑50 (MQ=255)
ggCCACGCCCACAGGCTGTTATTGCCTGCTACTAGCGCAGCTAACGCAgg  >  1:1150796/1‑50 (MQ=255)
ggCCACGCCCACAGGCTGTTATTGCCTGCTACTAGCGCAGCTAACGCAgg  >  1:1119633/1‑50 (MQ=255)
ggCCACGCCCACAGGCTGTTATTGCCTGCTACTAGCGCAGCTAACGCAgg  >  1:1067506/1‑50 (MQ=255)
ggCCACGCCCACAGGCTGTTATTGCCTGCTACTAGCGCAGCTAACGCAgg  >  1:1063952/1‑50 (MQ=255)
ggCCACGCCCACAGGCTGTTATTGCCTGCTACTAGCGCAGCTAACGCAgg  >  1:104854/1‑50 (MQ=255)
ggCCACGCCCACAGGCTGTTATTGCCTGCTACTAGCGCAGCTAACGCAgg  >  1:103816/1‑50 (MQ=255)
ggCCACGCCCACAGGCTGTTATTGCCTGCTACTAGCGCAGCTAACGCAgg  >  1:1017179/1‑50 (MQ=255)
ggCCACGCCCACAGGCTGTTATTGCCTGCTACTAGCGCAGCTAACGCAgg  >  1:1003636/1‑50 (MQ=255)
ggCCACGCCCACAGGCTGTTATTGCCTGCTACTAGCGCAGCTAACGCAgg  >  1:1441514/1‑50 (MQ=255)
ggCCACGCCCACAGGCTGTTATTGCCTGCTACTAGCGCAGCTAACGCAgg  >  1:311267/1‑50 (MQ=255)
ggCCACGCCCACAGGCTGTTATTGCCTGCTACTAGCGCAGCTAACGCAgg  >  1:265907/1‑50 (MQ=255)
ggCCACGCCCACAGGCTGTTATTGCCTGCTACTAGCGCAGCTAACGCAgg  >  1:252564/1‑50 (MQ=255)
ggCCACGCCCACAGGCTGTTATTGCCTGCTACTAGCGCAGCTAACGCAgg  >  1:243824/1‑50 (MQ=255)
ggCCACGCCCACAGGCTGTTATTGCCTGCTACTAGCGCAGCTAACGCAgg  >  1:234126/1‑50 (MQ=255)
ggCCACGCCCACAGGCTGTTATTGCCTGCTACTAGCGCAGCTAACGCAgg  >  1:219956/1‑50 (MQ=255)
ggCCACGCCCACAGGCTGTTATTGCCTGCTACTAGCGCAGCTAACGCAgg  >  1:209494/1‑50 (MQ=255)
ggCCACGCCCACAGGCTGTTATTGCCTGCTACTAGCGCAGCTAACGCAgg  >  1:207057/1‑50 (MQ=255)
ggCCACGCCCACAGGCTGTTATTGCCTGCTACTAGCGCAGCTAACGCAgg  >  1:197355/1‑50 (MQ=255)
ggCCACGCCCACAGGCTGTTATTGCCTGCTACTAGCGCAGCTAACGCAgg  >  1:169951/1‑50 (MQ=255)
ggCCACGCCCACAGGCTGTTATTGCCTGCTACTAGCGCAGCTAACGCAgg  >  1:1648591/1‑50 (MQ=255)
ggCCACGCCCACAGGCTGTTATTGCCTGCTACTAGCGCAGCTAACGCAgg  >  1:1634174/1‑50 (MQ=255)
ggCCACGCCCACAGGCTGTTATTGCCTGCTACTAGCGCAGCTAACGCAgg  >  1:1630621/1‑50 (MQ=255)
ggCCACGCCCACAGGCTGTTATTGCCTGCTACTAGCGCAGCTAACGCAgg  >  1:1604794/1‑50 (MQ=255)
ggCCACGCCCACAGGCTGTTATTGCCTGCTACTAGCGCAGCTAACGCAgg  >  1:1592267/1‑50 (MQ=255)
ggCCACGCCCACAGGCTGTTATTGCCTGCTACTAGCGCAGCTAACGCAgg  >  1:1566109/1‑50 (MQ=255)
ggCCACGCCCACAGGCTGTTATTGCCTGCTACTAGCGCAGCTAACGCAgg  >  1:1563782/1‑50 (MQ=255)
ggCCACGCCCACAGGCTGTTATTGCCTGCTACTAGCGCAGCTAACGCAgg  >  1:1528104/1‑50 (MQ=255)
ggCCACGCCCACAGGCTGTTATTGCCTGCTACTAGCGCAGCTAACGCAgg  >  1:150259/1‑50 (MQ=255)
ggCCACGCCCACAGGCTGTTATTGCCTGCTACTAGCGCAGCTAACGCAgg  >  1:1472515/1‑50 (MQ=255)
ggCCACGCCCACAGGCTGTTATTGCCTGCTACTAGCGCAGCTAACGCAgg  >  1:146549/1‑50 (MQ=255)
ggCCACGCCCACAGGCTGTTATTGCCTGCTACTAGCGCAGCTAACGCAgg  >  1:1427458/1‑50 (MQ=255)
ggCCACGCCCACAGGCTGTTATTGCCTGCTACTAGCGCAGCTAACGCAg   >  1:1585877/1‑49 (MQ=255)
ggCCACGCCCACAGGCTGTTATTGCCTGCTACTAGCGCAGATAACGCAg   >  1:984969/1‑49 (MQ=38)
ggCCACGCCCACAGGCTGTTATTGCATGCTACTAGCGCAGCTAACGCAgg  >  1:1267566/1‑50 (MQ=255)
ggCCACGCACACAGGCTGTTATTGCCTGCTACTAGCGCAGCTAACGCAgg  >  1:83593/1‑50 (MQ=255)
                                |                 
GGCCACGCCCACAGGCTGTTATTGCCCGCTACCAGCGCAGCTAACGCAGG  >  W3110S.gb/4374958‑4375007

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑

GATK/CNVnator alignment

N/A