Sample Resequencing Stats

Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
ALE, Flask, Isolate Predicted Mutations Mean Coverage Total Reads Percent Mapped Mapped Reads Average Read Length
A5 F28 I3 R2 489 0.0 1652083 58.3% 963164 55.2

Breseq alignment

BRESEQ :: Evidence
Predicted mutation
evidence seq id position mutation annotation gene description
RA W3110S.gb 4,392,090 G→T L655M (CTG→ATG)  yjeP ← predicted mechanosensitive channel

Read alignment evidence...
  seq id position ref new freq score (cons/poly) reads annotation genes product
*W3110S.gb4,392,0900GT100.0% 218.9 / NA 77L655M (CTG→ATG) yjePpredicted mechanosensitive channel
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base G (0/0);  new base T (77/0);  total (77/0)

TCCACAGCATATGGTTGGTAATGTTGTCGCCGCTGCCCTCTTTGTTGAGATACAGCGGAAT  >  W3110S.gb/4392036‑4392096
                                                      |      
tCCACAGCATATGGTTGGTGATGTTGTCGCCGCTGCCCTCTTTGTTGAGATACATCgg     >  1:141438/1‑58 (MQ=255)
tCCACAGCATATGGTTGGTAATGTTGTCGCCGCTGCCCTCTTTGTTGAGATACATCgg     >  1:416354/1‑58 (MQ=255)
tCCACAGCATATGGTTGGTAATGTTGTCGCCGCTGCCCTCTTTGTTGAGATACATCgg     >  1:622361/1‑58 (MQ=255)
tCCACAGCATATGGTTGGTAATGTTGTCGCCGCTGCCCTCTTTGTTGAGATACATCgg     >  1:572544/1‑58 (MQ=255)
tCCACAGCATATGGTTGGTAATGTTGTCGCCGCTGCCCTCTTTGTTGAGATACATCgg     >  1:567863/1‑58 (MQ=255)
tCCACAGCATATGGTTGGTAATGTTGTCGCCGCTGCCCTCTTTGTTGAGATACATCgg     >  1:549643/1‑58 (MQ=255)
tCCACAGCATATGGTTGGTAATGTTGTCGCCGCTGCCCTCTTTGTTGAGATACATCgg     >  1:534278/1‑58 (MQ=255)
tCCACAGCATATGGTTGGTAATGTTGTCGCCGCTGCCCTCTTTGTTGAGATACATCgg     >  1:484515/1‑58 (MQ=255)
tCCACAGCATATGGTTGGTAATGTTGTCGCCGCTGCCCTCTTTGTTGAGATACATCgg     >  1:483570/1‑58 (MQ=255)
tCCACAGCATATGGTTGGTAATGTTGTCGCCGCTGCCCTCTTTGTTGAGATACATCgg     >  1:471801/1‑58 (MQ=255)
tCCACAGCATATGGTTGGTAATGTTGTCGCCGCTGCCCTCTTTGTTGAGATACATCgg     >  1:624990/1‑58 (MQ=255)
tCCACAGCATATGGTTGGTAATGTTGTCGCCGCTGCCCTCTTTGTTGAGATACATCgg     >  1:406534/1‑58 (MQ=255)
tCCACAGCATATGGTTGGTAATGTTGTCGCCGCTGCCCTCTTTGTTGAGATACATCgg     >  1:399856/1‑58 (MQ=255)
tCCACAGCATATGGTTGGTAATGTTGTCGCCGCTGCCCTCTTTGTTGAGATACATCgg     >  1:356131/1‑58 (MQ=255)
tCCACAGCATATGGTTGGTAATGTTGTCGCCGCTGCCCTCTTTGTTGAGATACATCgg     >  1:334367/1‑58 (MQ=255)
tCCACAGCATATGGTTGGTAATGTTGTCGCCGCTGCCCTCTTTGTTGAGATACATCgg     >  1:329139/1‑58 (MQ=255)
tCCACAGCATATGGTTGGTAATGTTGTCGCCGCTGCCCTCTTTGTTGAGATACATCgg     >  1:301095/1‑58 (MQ=255)
tCCACAGCATATGGTTGGTAATGTTGTCGCCGCTGCCCTCTTTGTTGAGATACATCgg     >  1:298469/1‑58 (MQ=255)
tCCACAGCATATGGTTGGTAATGTTGTCGCCGCTGCCCTCTTTGTTGAGATACATCgg     >  1:1048007/1‑58 (MQ=255)
tCCACAGCATATGGTTGGTAATGTTGTCGCCGCTGCCCTCTTTGTTGAGATACATCgg     >  1:782596/1‑58 (MQ=255)
tCCACAGCATATGGTTGGTAATGTTGTCGCCGCTGCCCTCTTTGTTGAGATACATCgg     >  1:992485/1‑58 (MQ=255)
tCCACAGCATATGGTTGGTAATGTTGTCGCCGCTGCCCTCTTTGTTGAGATACATCgg     >  1:991790/1‑58 (MQ=255)
tCCACAGCATATGGTTGGTAATGTTGTCGCCGCTGCCCTCTTTGTTGAGATACATCgg     >  1:96543/1‑58 (MQ=255)
tCCACAGCATATGGTTGGTAATGTTGTCGCCGCTGCCCTCTTTGTTGAGATACATCgg     >  1:865838/1‑58 (MQ=255)
tCCACAGCATATGGTTGGTAATGTTGTCGCCGCTGCCCTCTTTGTTGAGATACATCgg     >  1:845953/1‑58 (MQ=255)
tCCACAGCATATGGTTGGTAATGTTGTCGCCGCTGCCCTCTTTGTTGAGATACATCgg     >  1:838448/1‑58 (MQ=255)
tCCACAGCATATGGTTGGTAATGTTGTCGCCGCTGCCCTCTTTGTTGAGATACATCgg     >  1:817817/1‑58 (MQ=255)
tCCACAGCATATGGTTGGTAATGTTGTCGCCGCTGCCCTCTTTGTTGAGATACATCgg     >  1:803193/1‑58 (MQ=255)
tCCACAGCATATGGTTGGTAATGTTGTCGCCGCTGCCCTCTTTGTTGAGATACATCgg     >  1:786945/1‑58 (MQ=255)
tCCACAGCATATGGTTGGTAATGTTGTCGCCGCTGCCCTCTTTGTTGAGATACATCgg     >  1:224822/1‑58 (MQ=255)
tCCACAGCATATGGTTGGTAATGTTGTCGCCGCTGCCCTCTTTGTTGAGATACATCgg     >  1:781351/1‑58 (MQ=255)
tCCACAGCATATGGTTGGTAATGTTGTCGCCGCTGCCCTCTTTGTTGAGATACATCgg     >  1:781200/1‑58 (MQ=255)
tCCACAGCATATGGTTGGTAATGTTGTCGCCGCTGCCCTCTTTGTTGAGATACATCgg     >  1:72674/1‑58 (MQ=255)
tCCACAGCATATGGTTGGTAATGTTGTCGCCGCTGCCCTCTTTGTTGAGATACATCgg     >  1:72226/1‑58 (MQ=255)
tCCACAGCATATGGTTGGTAATGTTGTCGCCGCTGCCCTCTTTGTTGAGATACATCgg     >  1:719615/1‑58 (MQ=255)
tCCACAGCATATGGTTGGTAATGTTGTCGCCGCTGCCCTCTTTGTTGAGATACATCgg     >  1:698180/1‑58 (MQ=255)
tCCACAGCATATGGTTGGTAATGTTGTCGCCGCTGCCCTCTTTGTTGAGATACATCgg     >  1:682276/1‑58 (MQ=255)
tCCACAGCATATGGTTGGTAATGTTGTCGCCGCTGCCCTCTTTGTTGAGATACATCgg     >  1:664324/1‑58 (MQ=255)
tCCACAGCATATGGTTGGTAATGTTGTCGCCGCTGCCCTCTTTGTTGAGATACATCgg     >  1:1201961/1‑58 (MQ=255)
tCCACAGCATATGGTTGGTAATGTTGTCGCCGCTGCCCTCTTTGTTGAGATACATCgg     >  1:1262905/1‑58 (MQ=255)
tCCACAGCATATGGTTGGTAATGTTGTCGCCGCTGCCCTCTTTGTTGAGATACATCgg     >  1:1253067/1‑58 (MQ=255)
tCCACAGCATATGGTTGGTAATGTTGTCGCCGCTGCCCTCTTTGTTGAGATACATCgg     >  1:1239309/1‑58 (MQ=255)
tCCACAGCATATGGTTGGTAATGTTGTCGCCGCTGCCCTCTTTGTTGAGATACATCgg     >  1:12362/1‑58 (MQ=255)
tCCACAGCATATGGTTGGTAATGTTGTCGCCGCTGCCCTCTTTGTTGAGATACATCgg     >  1:1234063/1‑58 (MQ=255)
tCCACAGCATATGGTTGGTAATGTTGTCGCCGCTGCCCTCTTTGTTGAGATACATCgg     >  1:122113/1‑58 (MQ=255)
tCCACAGCATATGGTTGGTAATGTTGTCGCCGCTGCCCTCTTTGTTGAGATACATCgg     >  1:1216239/1‑58 (MQ=255)
tCCACAGCATATGGTTGGTAATGTTGTCGCCGCTGCCCTCTTTGTTGAGATACATCgg     >  1:1212141/1‑58 (MQ=255)
tCCACAGCATATGGTTGGTAATGTTGTCGCCGCTGCCCTCTTTGTTGAGATACATCgg     >  1:1207712/1‑58 (MQ=255)
tCCACAGCATATGGTTGGTAATGTTGTCGCCGCTGCCCTCTTTGTTGAGATACATCgg     >  1:1298373/1‑58 (MQ=255)
tCCACAGCATATGGTTGGTAATGTTGTCGCCGCTGCCCTCTTTGTTGAGATACATCgg     >  1:1198847/1‑58 (MQ=255)
tCCACAGCATATGGTTGGTAATGTTGTCGCCGCTGCCCTCTTTGTTGAGATACATCgg     >  1:1190928/1‑58 (MQ=255)
tCCACAGCATATGGTTGGTAATGTTGTCGCCGCTGCCCTCTTTGTTGAGATACATCgg     >  1:1181706/1‑58 (MQ=255)
tCCACAGCATATGGTTGGTAATGTTGTCGCCGCTGCCCTCTTTGTTGAGATACATCgg     >  1:1156396/1‑58 (MQ=255)
tCCACAGCATATGGTTGGTAATGTTGTCGCCGCTGCCCTCTTTGTTGAGATACATCgg     >  1:1139491/1‑58 (MQ=255)
tCCACAGCATATGGTTGGTAATGTTGTCGCCGCTGCCCTCTTTGTTGAGATACATCgg     >  1:1110266/1‑58 (MQ=255)
tCCACAGCATATGGTTGGTAATGTTGTCGCCGCTGCCCTCTTTGTTGAGATACATCgg     >  1:1074816/1‑58 (MQ=255)
tCCACAGCATATGGTTGGTAATGTTGTCGCCGCTGCCCTCTTTGTTGAGATACATCgg     >  1:106352/1‑58 (MQ=255)
tCCACAGCATATGGTTGGTAATGTTGTCGCCGCTGCCCTCTTTGTTGAGATACATCgg     >  1:1438869/1‑58 (MQ=255)
tCCACAGCATATGGTTGGTAATGTTGTCGCCGCTGCCCTCTTTGTTGAGATACATCgg     >  1:1598946/1‑58 (MQ=255)
tCCACAGCATATGGTTGGTAATGTTGTCGCCGCTGCCCTCTTTGTTGAGATACATCgg     >  1:1545705/1‑58 (MQ=255)
tCCACAGCATATGGTTGGTAATGTTGTCGCCGCTGCCCTCTTTGTTGAGATACATCgg     >  1:1479891/1‑58 (MQ=255)
tCCACAGCATATGGTTGGTAATGTTGTCGCCGCTGCCCTCTTTGTTGAGATACATCgg     >  1:1468461/1‑58 (MQ=255)
tCCACAGCATATGGTTGGTAATGTTGTCGCCGCTGCCCTCTTTGTTGAGATACATCgg     >  1:1464713/1‑58 (MQ=255)
tCCACAGCATATGGTTGGTAATGTTGTCGCCGCTGCCCTCTTTGTTGAGATACATCgg     >  1:1452500/1‑58 (MQ=255)
tCCACAGCATATGGTTGGTAATGTTGTCGCCGCTGCCCTCTTTGTTGAGATACATCgg     >  1:1621031/1‑58 (MQ=255)
tCCACAGCATATGGTTGGTAATGTTGTCGCCGCTGCCCTCTTTGTTGAGATACATCgg     >  1:1437024/1‑58 (MQ=255)
tCCACAGCATATGGTTGGTAATGTTGTCGCCGCTGCCCTCTTTGTTGAGATACATCgg     >  1:1436248/1‑58 (MQ=255)
tCCACAGCATATGGTTGGTAATGTTGTCGCCGCTGCCCTCTTTGTTGAGATACATCgg     >  1:1419619/1‑58 (MQ=255)
tCCACAGCATATGGTTGGTAATGTTGTCGCCGCTGCCCTCTTTGTTGAGATACATCgg     >  1:1405112/1‑58 (MQ=255)
tCCACAGCATATGGTTGGTAATGTTGTCGCCGCTGCCCTCTTTGTTGAGATACATCgg     >  1:136011/1‑58 (MQ=255)
tCCACAGCATATGGTTGGTAATGTTGTCGCCGCTGCCCTCTTTGTTGAGATACATCgg     >  1:1356481/1‑58 (MQ=255)
tCCACAGCATATGGTTGGTAATGTTGTCGCCGCTGCCCTCTTTGTTGAGATACATCgg     >  1:1350337/1‑58 (MQ=255)
tCCACAGCATATGGTTGGTAATGTTGTCGCCGCTGCCCTCTTTGTTGAGATACATCgg     >  1:132650/1‑58 (MQ=255)
tCCACAGCATATGGTTGGTAATGTTGTCGCCGCTGCCCTCTTTGTTGAGATACATCga     >  1:303632/1‑57 (MQ=255)
tCCACAGCATATGGTTGGTAATGTTGTCGCCGCTGCCCTCTTTGTTGAGATACATCg      >  1:1491512/1‑57 (MQ=255)
tCCACAGCATATGGTTGGTAATGTTGTCGCCGCTGCCCTCTATGTTGAGATACATCGGAAt  >  1:508097/1‑61 (MQ=255)
tCCACAGCATATGGTTGGTAATGTTGTCGCCGCAGCCCTCTTTGTTGAGATACATCgg     >  1:802563/1‑58 (MQ=255)
                                                      |      
TCCACAGCATATGGTTGGTAATGTTGTCGCCGCTGCCCTCTTTGTTGAGATACAGCGGAAT  >  W3110S.gb/4392036‑4392096

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑

GATK/CNVnator alignment

N/A