Sample Resequencing Stats

Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
ALE, Flask, Isolate Predicted Mutations Mean Coverage Total Reads Percent Mapped Mapped Reads Average Read Length
A6 F28 I1 R1 58 121.6 3649812 78.1% 2850503 56.9

Breseq alignment

BRESEQ :: Evidence
Predicted mutation
evidence seq id position mutation annotation gene description
RA minE 1,946,171 C→A P713P (CCG→CCT)  gcvP ← glycine decarboxylase, PLP‑dependent, subunit (protein P) of glycine cleavage complex

Read alignment evidence...
  seq id position ref new freq score (cons/poly) reads annotation genes product
*minE1,946,1710CA87.1% 235.8 / 36.4 93P713P (CCG→CCT) gcvPglycine decarboxylase, PLP‑dependent, subunit (protein P) of glycine cleavage complex
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base C (11/1);  new base A (0/81);  total (11/82)
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.97e-13
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00

GTGCCAAATGCGCTTTCACGCCGATCGGTCCCATACCCGGACCACCACCGCCGTGCGGAATGC  >  minE/1946116‑1946178
                                                       |       
gTGCCAAATGCGCTTTCACGCCGATCGGTCCCATACCCGGACCACCACCGCCGTGCGGaa     >  1:3424103/1‑60 (MQ=255)
gTGCCAAATGCGCTTTCACGCCGATCGGTCCCATACCCGGACCACCACCGCCGTGCGGaa     >  1:3491329/1‑60 (MQ=255)
gTGCCAAATGCGCTTTCACGCCGATCGGTCCCATACCCGGACCACCACCGCCGTGCGGaa     >  1:3419826/1‑60 (MQ=255)
gTGCCAAATGCGCTTTCACGCCGATCGGTCCCATACCCGGACCACCACCGCCGTGCGGaa     >  1:2548930/1‑60 (MQ=255)
gTGCCAAATGCGCTTTCACGCCGATCGGTCCCATACCCGGACCACCACCGCCGTGCGGaa     >  1:3591716/1‑60 (MQ=255)
gTGCCAAATGCGCTTTCACGCCGATCGGTCCCATACCCGGACCACCACCGCCGTGCGGaa     >  1:3642408/1‑60 (MQ=255)
gTGCCAAATGCGCTTTCACGCCGATCGGTCCCATACCCGGACCACCACCGCCGTGCGGaa     >  1:376040/1‑60 (MQ=255)
gTGCCAAATGCGCTTTCACGCCGATCGGTCCCATACCCGGACCACCACCGCCGTGCGGaa     >  1:426608/1‑60 (MQ=255)
gTGCCAAATGCGCTTTCACGCCGATCGGTCCCATACCCGGACCACCACCGCCGTGCGGaa     >  1:676827/1‑60 (MQ=255)
gTGCCAAATGCGCTTTCACGCCGATCGGTCCCATACCCGGACCACCACCGCCGTGCGGaa     >  1:2906808/1‑60 (MQ=255)
gTGCCAAATGCGCTTTCACGCCGATCGGTCCCATACCCGGACCACCACCGCCGTGCGGaa     >  1:1322795/1‑60 (MQ=255)
 tGCCAAATGCGCTTTCACGCCGTTCGGTCCCATACCCGGACCACCACCGCCGTGAGGAATGc  <  1:2915356/62‑1 (MQ=255)
 tGCCAAATGCGCTTTCACGCCGATCGGTCCCATACCCGGACCACCACCGCCGTGAGGAATGc  <  1:279370/62‑1 (MQ=255)
 tGCCAAATGCGCTTTCACGCCGATCGGTCCCATACCCGGACCACCACCGCCGTGAGGAATGc  <  1:3002152/62‑1 (MQ=255)
 tGCCAAATGCGCTTTCACGCCGATCGGTCCCATACCCGGACCACCACCGCCGTGAGGAATGc  <  1:3045432/62‑1 (MQ=255)
 tGCCAAATGCGCTTTCACGCCGATCGGTCCCATACCCGGACCACCACCGCCGTGAGGAATGc  <  1:3071155/62‑1 (MQ=255)
 tGCCAAATGCGCTTTCACGCCGATCGGTCCCATACCCGGACCACCACCGCCGTGAGGAATGc  <  1:3144540/62‑1 (MQ=255)
 tGCCAAATGCGCTTTCACGCCGATCGGTCCCATACCCGGACCACCACCGCCGTGAGGAATGc  <  1:2890438/62‑1 (MQ=255)
 tGCCAAATGCGCTTTCACGCCGATCGGTCCCATACCCGGACCACCACCGCCGTGAGGAATGc  <  1:2889377/62‑1 (MQ=255)
 tGCCAAATGCGCTTTCACGCCGATCGGTCCCATACCCGGACCACCACCGCCGTGAGGAATGc  <  1:2871189/62‑1 (MQ=255)
 tGCCAAATGCGCTTTCACGCCGATCGGTCCCATACCCGGACCACCACCGCCGTGAGGAATGc  <  1:3386794/62‑1 (MQ=255)
 tGCCAAATGCGCTTTCACGCCGATCGGTCCCATACCCGGACCACCACCGCCGTGAGGAATGc  <  1:2860510/62‑1 (MQ=255)
 tGCCAAATGCGCTTTCACGCCGATCGGTCCCATACCCGGACCACCACCGCCGTGAGGAATGc  <  1:2839101/62‑1 (MQ=255)
 tGCCAAATGCGCTTTCACGCCGATCGGTCCCATACCCGGACCACCACCGCCGTGAGGAATGc  <  1:282802/62‑1 (MQ=255)
 tGCCAAATGCGCTTTCACGCCGATCGGTCCCATACCCGGACCACCACCGCCGTGAGGAATGc  <  1:1018244/62‑1 (MQ=255)
 tGCCAAATGCGCTTTCACGCCGATCGGTCCCATACCCGGACCACCACCGCCGTGAGGAATGc  <  1:632413/62‑1 (MQ=255)
 tGCCAAATGCGCTTTCACGCCGATCGGTCCCATACCCGGACCACCACCGCCGTGAGGAATGc  <  1:958146/62‑1 (MQ=255)
 tGCCAAATGCGCTTTCACGCCGATCGGTCCCATACCCGGACCACCACCGCCGTGAGGAATGc  <  1:945432/62‑1 (MQ=255)
 tGCCAAATGCGCTTTCACGCCGATCGGTCCCATACCCGGACCACCACCGCCGTGAGGAATGc  <  1:936625/62‑1 (MQ=255)
 tGCCAAATGCGCTTTCACGCCGATCGGTCCCATACCCGGACCACCACCGCCGTGAGGAATGc  <  1:905888/62‑1 (MQ=255)
 tGCCAAATGCGCTTTCACGCCGATCGGTCCCATACCCGGACCACCACCGCCGTGAGGAATGc  <  1:86030/62‑1 (MQ=255)
 tGCCAAATGCGCTTTCACGCCGATCGGTCCCATACCCGGACCACCACCGCCGTGAGGAATGc  <  1:828597/62‑1 (MQ=255)
 tGCCAAATGCGCTTTCACGCCGATCGGTCCCATACCCGGACCACCACCGCCGTGAGGAATGc  <  1:799798/62‑1 (MQ=255)
 tGCCAAATGCGCTTTCACGCCGATCGGTCCCATACCCGGACCACCACCGCCGTGAGGAATGc  <  1:738076/62‑1 (MQ=255)
 tGCCAAATGCGCTTTCACGCCGATCGGTCCCATACCCGGACCACCACCGCCGTGAGGAATGc  <  1:3452577/62‑1 (MQ=255)
 tGCCAAATGCGCTTTCACGCCGATCGGTCCCATACCCGGACCACCACCGCCGTGAGGAATGc  <  1:605969/62‑1 (MQ=255)
 tGCCAAATGCGCTTTCACGCCGATCGGTCCCATACCCGGACCACCACCGCCGTGAGGAATGc  <  1:588011/62‑1 (MQ=255)
 tGCCAAATGCGCTTTCACGCCGATCGGTCCCATACCCGGACCACCACCGCCGTGAGGAATGc  <  1:526590/62‑1 (MQ=255)
 tGCCAAATGCGCTTTCACGCCGATCGGTCCCATACCCGGACCACCACCGCCGTGAGGAATGc  <  1:455481/62‑1 (MQ=255)
 tGCCAAATGCGCTTTCACGCCGATCGGTCCCATACCCGGACCACCACCGCCGTGAGGAATGc  <  1:42820/62‑1 (MQ=255)
 tGCCAAATGCGCTTTCACGCCGATCGGTCCCATACCCGGACCACCACCGCCGTGAGGAATGc  <  1:3640226/62‑1 (MQ=255)
 tGCCAAATGCGCTTTCACGCCGATCGGTCCCATACCCGGACCACCACCGCCGTGAGGAATGc  <  1:3526081/62‑1 (MQ=255)
 tGCCAAATGCGCTTTCACGCCGATCGGTCCCATACCCGGACCACCACCGCCGTGAGGAATGc  <  1:3477083/62‑1 (MQ=255)
 tGCCAAATGCGCTTTCACGCCGATCGGTCCCATACCCGGACCACCACCGCCGTGAGGAATGc  <  1:1418112/62‑1 (MQ=255)
 tGCCAAATGCGCTTTCACGCCGATCGGTCCCATACCCGGACCACCACCGCCGTGAGGAATGc  <  1:1684691/62‑1 (MQ=255)
 tGCCAAATGCGCTTTCACGCCGATCGGTCCCATACCCGGACCACCACCGCCGTGAGGAATGc  <  1:1645213/62‑1 (MQ=255)
 tGCCAAATGCGCTTTCACGCCGATCGGTCCCATACCCGGACCACCACCGCCGTGAGGAATGc  <  1:1545500/62‑1 (MQ=255)
 tGCCAAATGCGCTTTCACGCCGATCGGTCCCATACCCGGACCACCACCGCCGTGAGGAATGc  <  1:1090140/62‑1 (MQ=255)
 tGCCAAATGCGCTTTCACGCCGATCGGTCCCATACCCGGACCACCACCGCCGTGAGGAATGc  <  1:1122816/62‑1 (MQ=255)
 tGCCAAATGCGCTTTCACGCCGATCGGTCCCATACCCGGACCACCACCGCCGTGAGGAATGc  <  1:1525241/62‑1 (MQ=255)
 tGCCAAATGCGCTTTCACGCCGATCGGTCCCATACCCGGACCACCACCGCCGTGAGGAATGc  <  1:1464692/62‑1 (MQ=255)
 tGCCAAATGCGCTTTCACGCCGATCGGTCCCATACCCGGACCACCACCGCCGTGAGGAATGc  <  1:1454826/62‑1 (MQ=255)
 tGCCAAATGCGCTTTCACGCCGATCGGTCCCATACCCGGACCACCACCGCCGTGAGGAATGc  <  1:1450636/62‑1 (MQ=255)
 tGCCAAATGCGCTTTCACGCCGATCGGTCCCATACCCGGACCACCACCGCCGTGAGGAATGc  <  1:1765267/62‑1 (MQ=255)
 tGCCAAATGCGCTTTCACGCCGATCGGTCCCATACCCGGACCACCACCGCCGTGAGGAATGc  <  1:1137787/62‑1 (MQ=255)
 tGCCAAATGCGCTTTCACGCCGATCGGTCCCATACCCGGACCACCACCGCCGTGAGGAATGc  <  1:1373566/62‑1 (MQ=255)
 tGCCAAATGCGCTTTCACGCCGATCGGTCCCATACCCGGACCACCACCGCCGTGAGGAATGc  <  1:1371148/62‑1 (MQ=255)
 tGCCAAATGCGCTTTCACGCCGATCGGTCCCATACCCGGACCACCACCGCCGTGAGGAATGc  <  1:1149263/62‑1 (MQ=255)
 tGCCAAATGCGCTTTCACGCCGATCGGTCCCATACCCGGACCACCACCGCCGTGAGGAATGc  <  1:1350400/62‑1 (MQ=255)
 tGCCAAATGCGCTTTCACGCCGATCGGTCCCATACCCGGACCACCACCGCCGTGAGGAATGc  <  1:1311997/62‑1 (MQ=255)
 tGCCAAATGCGCTTTCACGCCGATCGGTCCCATACCCGGACCACCACCGCCGTGAGGAATGc  <  1:1170634/62‑1 (MQ=255)
 tGCCAAATGCGCTTTCACGCCGATCGGTCCCATACCCGGACCACCACCGCCGTGAGGAATGc  <  1:1261021/62‑1 (MQ=255)
 tGCCAAATGCGCTTTCACGCCGATCGGTCCCATACCCGGACCACCACCGCCGTGAGGAATGc  <  1:1179988/62‑1 (MQ=255)
 tGCCAAATGCGCTTTCACGCCGATCGGTCCCATACCCGGACCACCACCGCCGTGAGGAATGc  <  1:2749003/62‑1 (MQ=255)
 tGCCAAATGCGCTTTCACGCCGATCGGTCCCATACCCGGACCACCACCGCCGTGAGGAATGc  <  1:2686955/62‑1 (MQ=255)
 tGCCAAATGCGCTTTCACGCCGATCGGTCCCATACCCGGACCACCACCGCCGTGAGGAATGc  <  1:2676499/62‑1 (MQ=255)
 tGCCAAATGCGCTTTCACGCCGATCGGTCCCATACCCGGACCACCACCGCCGTGAGGAATGc  <  1:2583273/62‑1 (MQ=255)
 tGCCAAATGCGCTTTCACGCCGATCGGTCCCATACCCGGACCACCACCGCCGTGAGGAATGc  <  1:2532884/62‑1 (MQ=255)
 tGCCAAATGCGCTTTCACGCCGATCGGTCCCATACCCGGACCACCACCGCCGTGAGGAATGc  <  1:2477093/62‑1 (MQ=255)
 tGCCAAATGCGCTTTCACGCCGATCGGTCCCATACCCGGACCACCACCGCCGTGAGGAATGc  <  1:2445929/62‑1 (MQ=255)
 tGCCAAATGCGCTTTCACGCCGATCGGTCCCATACCCGGACCACCACCGCCGTGAGGAATGc  <  1:2432911/62‑1 (MQ=255)
 tGCCAAATGCGCTTTCACGCCGATCGGTCCCATACCCGGACCACCACCGCCGTGAGGAATGc  <  1:2154423/62‑1 (MQ=255)
 tGCCAAATGCGCTTTCACGCCGATCGGTCCCATACCCGGACCACCACCGCCGTGAGGAATGc  <  1:2058223/62‑1 (MQ=255)
 tGCCAAATGCGCTTTCACGCCGATCGGTCCCATACCCGGACCACCACCGCCGTGAGGAATGc  <  1:1955163/62‑1 (MQ=255)
 tGCCAAATGCGCTTTCACGCCGATCGGTCCCATACCCGGACCACCACCGCCGTGAGGAATGc  <  1:1804147/62‑1 (MQ=255)
 tGCCAAATGCGCTTTCACGCCGATCGGTCCCATACCCGGACCACCACCGCCGTGAGGAATGc  <  1:1795378/62‑1 (MQ=255)
 tGCCAAATGCGCTTTCACGCCGATCGGTCCCATACCCGGACCACCACCGCCGTGAGGAATGc  <  1:1011285/62‑1 (MQ=255)
 tGCCAAATGCGCTTTCACGCCGATCGGTCCCATACCCGGACCACCACCGCCGTGAGGAATGc  <  1:1047033/62‑1 (MQ=255)
 tGCCAAATGCGCTTTCACGCCGATCGGTCCCATACCCGGACCACCACCGCCGTGAGGAATGc  <  1:1776622/62‑1 (MQ=255)
  tccAAATGCGCTTTCACGCCGATCGGTCCCATACCCGGACCACCACCGCCGTGAGGAATGc  <  1:3030814/60‑1 (MQ=255)
  gCCAAATTCGCTTTCACGCCGATCGGTCCCATACCCGGACCACCACCGCCGTGAGGAATGc  <  1:3414656/61‑1 (MQ=255)
  gCCAAATGCGCTTTCACGCCGATCGGTCCCATACCCGGACCACCACCGCCGTGCGGAATGc  <  1:2990464/61‑1 (MQ=255)
  gCCAAATGCGCTTTCACGCCGATCGGTCCCATACCCGGACCACCACCGCCGTGAGGAATGc  <  1:982170/61‑1 (MQ=255)
  gCCAAATGCGCTTTCACGCCGATCGGTCCCATACCCGGACCACCACCGCCGTGAGGAATGc  <  1:884429/61‑1 (MQ=255)
  gCCAAATGCGCTTTCACGCCGATCGGTCCCATACCCGGACCACCACCGCCGTGAGGAATGc  <  1:604848/61‑1 (MQ=255)
  gCCAAATGCGCTTTCACGCCGATCGGTCCCATACCCGGACCACCACCGCCGTGAGGAATGc  <  1:3539569/61‑1 (MQ=255)
  gCCAAATGCGCTTTCACGCCGATCGGTCCCATACCCGGACCACCACCGCCGTGAGGAATGc  <  1:3301224/61‑1 (MQ=255)
  gCCAAATGCGCTTTCACGCCGATCGGTCCCATACCCGGACCACCACCGCCGTGAGGAATGc  <  1:2022089/61‑1 (MQ=255)
   ccAAATGCGCTTTCACGCCGATCGGTCCCATACCCGGACCACCACCGCCGTGAGGAATGc  <  1:1528185/60‑1 (MQ=255)
        tGCGCTTTCACGCCGATCGGTCCCATACCCGGACCACCACCGCCGTGAGGAATGc  <  1:1409963/55‑1 (MQ=255)
           gcTTTCACGCCGATCGGTCCCATACCCGGACCACCACCGCCGTGAGGAATGc  <  1:1794514/52‑1 (MQ=255)
                  cGCCGATCGGTCCCATACCCGGACCACCACCGCCGTGAGGAATGc  <  1:66319/45‑1 (MQ=255)
                          ggTCCCATACCCGGACCACCACCGCCGTGAGGAATGc  <  1:1537813/37‑1 (MQ=255)
                                                       |       
GTGCCAAATGCGCTTTCACGCCGATCGGTCCCATACCCGGACCACCACCGCCGTGCGGAATGC  >  minE/1946116‑1946178

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑

GATK/CNVnator alignment

N/A