Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A6 F21 I0 R1
|
2169 |
63.0 |
3952800 |
76.2% |
3012033 |
62.4 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
minE |
385,108 |
A→T |
29.1% |
V106V (GTA→GTT) |
cstA → |
carbon starvation protein |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | minE | 385,108 | 0 | A | T | 29.1%
| 73.5
/ 34.6
| 48 | V106V (GTA→GTT) | cstA | carbon starvation protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (11/23); new base T (6/8); total (17/31) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.22e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
GGACAAGAAAGTGCTGTTCGGTCACCATTTTGCGGCCATTGCCGGAGCAGGTCCGCTGGTGGGGCCGGTACTGGCGGCGCAAATGGGCTACCTGCCGGGGATGATCTGGCTGCTCGCTGGGGTGGTTCTCGCCGGTGCGG > minE/385039‑385178
|
ggACAAGAAAGTGCTGTTCGGTCACCATTTTGCGGCCATTGCCGGAGCAGGTCCGCTGGTGGGGCCGGTAc > 1:1463868/1‑71 (MQ=255)
cAAGAAAGTGCTGTTCGGTCACCATTTTGCGGCCATTGCCGGAGCAGGTCCGCTGGTGGGGCCGGTACTgg < 1:29184/71‑1 (MQ=255)
aaGAAAGTGCTGTTCGGTCACCATTTTGCGGCCATTGCCGGAGCAGGTCCGCTGGTGGGGCCGGTACTggc > 1:1271111/1‑71 (MQ=255)
aaGAAAGTGCTGTTCGGTCACCATTTTGCGGCCATTGCCGGAGCAGGTCCGCTGGTGGGGCCGGTACTgg > 1:3370545/1‑70 (MQ=255)
acgtgtTGTTTGGTCACCACTTCGCCGCTATCGCCGGTGCTGGTCCGCTGGTGGGTCCGGTTCTCgccgcg > 1:2778902/3‑71 (MQ=255)
aaGTGCTGTTCGGTCACCATTTTGCGGCCATTGCCGGAGCAGGTCCGCTGGTGGGGCCGGTACTggcggc < 1:952885/70‑1 (MQ=255)
aGTGCTGTTCGGTCACCATTTTGCGGCCATTGCCGGAGCAGGTCCGCTGGTGGGGCCGGTAc < 1:1889097/62‑1 (MQ=255)
ttGTTTGGTCACCACTTCGCCGCTATCGCCGGTGCTGGTCCGCTGGTGGGTCCGGTTCTCGCCGCGCAGAt < 1:2429710/70‑1 (MQ=255)
cTGTTCGGTCACCATTTTGCGGCCATTGCCGGAGCAGGTCCGCTGGTGGGGCCGGTACTGGCGGCGCaaa > 1:1152441/1‑70 (MQ=255)
ttCGGTCACCATTTTGCGGCCATTGCCGGAGCAGGTCCGCTGGTGGGGCCGGTACTGGCGGCGCAAATggg > 1:491594/1‑71 (MQ=255)
ttCGGTCACCATTTTGCGGCCATTGCCGGAGCAGGTCCGCTGGTGGGGCCGGTACTGGCGGCGCAAATg < 1:2390870/69‑1 (MQ=255)
gTCACCATTTTGCGGCCATTGCCGGAGCAGGTCCGCTGGTGGGGCCGGTACTGGCGGCGCAAATGGGCTAc < 1:788121/71‑1 (MQ=255)
caccacTTCGCCGCTATCGCCGGTGCTGGTCCGCTGGTGGGTCCGGTTCtcg > 1:553342/1‑50 (MQ=255)
aCCATTTTGCGGCCATTGCCGGAGCAGGTCCGCTGGTGGGGCCGGTACTGGCGGCGCAAATGGGCTACCTg > 1:633270/1‑71 (MQ=255)
aCCACTTCGCCGCTATCGCCGGTGCTGGTCCGCTGGTGGGTCCGGTTCTCGCCGCGCAGATGGGCTACCTg < 1:3351358/71‑1 (MQ=255)
ccACTTCGCCGCTATCGCCGGTGCTGGTTCGCTGGTGGGTCCGGTTCTCGCCGCGCAGATGGGCTACCTGc < 1:3578533/71‑1 (MQ=255)
ccACTTCGCCGCTATCGCCGGTGCTGGTCCGCTGGTGGGTCCGGTTCTCGCCGCGCAGATGGGCTACCTGc < 1:2743310/71‑1 (MQ=255)
ccACTTCGCCGCTATCGCCGGTGCTGGTCCGCTGGTGGGTCCGGTTCTCGCCGCGCAGATAGGCTACCTGc < 1:1676088/71‑1 (MQ=255)
tttGCGGCCATTGCCGGAGCAGGTCCGCTGGTGGGGCCGGTACTGGCGGCGCAAATGGGCTACCTGCCggg > 1:2037630/1‑71 (MQ=255)
ttGCGGCCATTGCCGGAGCAGGTCCGCTGGTGGGGCCGGTACTGGCGGCGCAAATGGGCTACCTGCCgg < 1:2008806/69‑1 (MQ=255)
ttGCGGCCATTGCCGGAGCAGGTCCGCTGGTGGGGCCGGTACTGGAGGCGCAAATGGGCTACCTGCCggg < 1:938978/70‑1 (MQ=255)
cGGCCATTGCCGGAGCAGGTCCGCTGGTGGGGCCGGTACTGGCGGCGCAAATGGGCTACCTGCCGGGgatg < 1:3329337/71‑1 (MQ=255)
gCCATTGCCGGAGCAGGTCCGCTGGTGGGGCCGGTACTGGCGGCGCAAATGGGCTACCTGCCGGGgatgat < 1:2355728/71‑1 (MQ=255)
ccATTGCCGGAGCAGGTCCGCTGGTGGGGCCGGTACTGGCGGCGCAAATGGGCTACCTGcc < 1:1011411/61‑1 (MQ=255)
cATTGCCGGAGCAGGTCCGCTGGTGGGGCCGGTACTGGCGGCGCAAATTGGCTACCTGCCGGGGATGATCt < 1:3008884/71‑1 (MQ=255)
cATTGCCGGAGCAGGTCCGCTGGTGGGGCCGGTACTGGCGGCGCAAATGGGCTACCTGCCGGGGATGATCt < 1:3106573/71‑1 (MQ=255)
cATTGCCGGAGCAGGTCCGCTGGTGGGGCCGGTACTGGCGGCGCAAATGGGCTACCTGCCGGGGATGATCt < 1:2075286/71‑1 (MQ=255)
cATTGCCGGAGCAGGTCCGCTGGTGGGGCCGGTACTGGCGGCGCAAATGGGCTACCTGCCGGGGATGATCt > 1:1832261/1‑71 (MQ=255)
ccGGAGCAGGTCCGCTGGTGGGGCCGGTACTGGCGGCGCAAATGGGCTAc > 1:3760422/1‑50 (MQ=255)
cGGTGCTGGTCCGCTGGTGGGTCCGGTTCTCGCCGCGCag < 1:1982117/40‑2 (MQ=12)
gAGCAGGTCCGCTGGTGGGGCCGGTACTGGCGGCGCAAATGGGCTACCTGcc < 1:961999/52‑1 (MQ=255)
gAGCAGGTCCGCTGGTGGGGCCGGTACTGGCGGCGCAAATGGGCTACCTGCCGGGGATGATCTGgctgct < 1:3736903/70‑1 (MQ=255)
ggTCCGCTGGTGGGGCCGGTACTGGCGGCGCAAATGGGCTACCTGCCGGGGATGATCTGGCTGCTCGCTgg < 1:2535290/71‑1 (MQ=255)
gTCCGCTGGTGGGTCCGGTTCTCGCCGCGCAGATGGGCTACCTGCCTGGCACGCTGTGGCTGCTGGcgg < 1:2764584/69‑3 (MQ=255)
gTCCGCTGGTGGGTCCGGTTCTCGCCGCGCAGATGGGCTACCTGCCTGGCACGCTGTGGCTGCTGGCgggg > 1:696918/1‑71 (MQ=255)
gTCCGCTGGTGGGTCCGGTTCTCGCCGCGCAGATGGGCTACCTGCCTGGCACGCTGTGGCTGCTGGCgggg > 1:3133188/1‑71 (MQ=255)
gTCCGCTGGTGGGGCCGGTACTGGCGGCGCAAATGGGCTACCTGCCGGGGATGATCTGGCTGCTCGc < 1:450810/67‑1 (MQ=255)
gCTGGTGGGGCCGGTACTGGCGGCGCAAATGGGCTACCTGCCGGGGATGATCTGGCTGCTCGCTGGggtgg > 1:2151925/1‑71 (MQ=255)
cTGGTGGGGCCGGTACTGGCGGCGCAAATGGGCTACCTGCCGGGGATGATCTGGCTGCTCGCTg < 1:2541821/64‑1 (MQ=255)
tggtggGGCCGGTACTGGCGGCGCAAATGGGCTACCTGCCGGGGATGATCTGGCTGCTCGCTGGGGTGGtt > 1:1105524/1‑71 (MQ=255)
gggCCGGTACTGGCGGCGCAAATGGGCTACCTGCCGGGGATGATCTGgctgc < 1:532101/52‑1 (MQ=255)
gggCCGGTACTGGCGGCGCAAATGGGCTACCTGCCGGGGATGATCTGGCTGCTCGCTGGGGTGGTTCTCGc < 1:3899209/71‑1 (MQ=255)
ccGGTTCTCGCCGCGCAGATGGGCTACCTGCCTGGCACGCTGTGGCTGCTGGCGGGGGTCGTGCTGGCcgg > 1:1007658/1‑71 (MQ=255)
ccGGTTCTCGCCGCGCAGATGGGCTACCTGCCTGGCACGCTGTGGCTGCTGGCGGGGGTCGTGCTGGCcgg > 1:642165/1‑71 (MQ=255)
ccGGTACTGGCGGCGCAAATGGGCTACCTGCCGGGGATGATCTGGCTGCTCGCTGGGGTGGTTCTCGCcgg < 1:1456049/71‑1 (MQ=255)
ccGGTACTGGCGGCGCAAATGGGCTACCTGCCGGGGATGATCTGGCTGCTCGCTGGGGTGGTTCTCGCcgg < 1:887719/71‑1 (MQ=255)
cGGTTCTCGCCGCGCAGATGGGCTACCTGCCTGGCACGCTGTGGCTGCTGGCGGGGGTCGTGCTGGCcgg < 1:1106663/70‑1 (MQ=255)
gTACTGGCGGCGCAAATGGGCTACCTGCCGGGGATGATCTGgct < 1:3381243/44‑1 (MQ=255)
aCTGGCGGCGCAAATGGGCTACCTGCCGGGGATGATCTGGCTGCTCGCTggg < 1:3414683/52‑1 (MQ=255)
aCTGGCGGCGCAAATGGGCTACCTGCCGGGGATGATCTGGCTGCTCGCTggg < 1:3049909/52‑1 (MQ=255)
aCTGGCGGCGCAAATGGGCTACCTGCCGGGGATGATCTGGCTGCTCGCTGGGGTGGTTCTCGCcggtgcgg > 1:3593323/1‑71 (MQ=255)
|
GGACAAGAAAGTGCTGTTCGGTCACCATTTTGCGGCCATTGCCGGAGCAGGTCCGCTGGTGGGGCCGGTACTGGCGGCGCAAATGGGCTACCTGCCGGGGATGATCTGGCTGCTCGCTGGGGTGGTTCTCGCCGGTGCGG > minE/385039‑385178
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
