Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A6 F21 I0 R1
|
2169 |
63.0 |
3952800 |
76.2% |
3012033 |
62.4 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
minE |
385,120 |
A→G |
26.4% |
Q110Q (CAA→CAG) |
cstA → |
carbon starvation protein |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | minE | 385,120 | 0 | A | G | 26.4%
| 81.8
/ 32.8
| 53 | Q110Q (CAA→CAG) | cstA | carbon starvation protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (13/26); new base G (4/10); total (17/36) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.80e-01 |
CTGTTCGGTCACCATTTTGCGGCCATTGCCGGAGCAGGTCCGCTGGTGGGGCCGGTACTGGCGGCGCAAATGGGCTACCTGCCGGGGATGATCTGGCTGCTCGCTGGGGTGGTTCTCGCCGGTGCGGTGCAGGATTT > minE/385052‑385188
|
ttGTTTGGTCACCACTTCGCCGCTATCGCCGGTGCTGGTCCGCTGGTGGGTCCGGTTCTCGCCGCGCAGAt < 1:2429710/70‑1 (MQ=255)
cTGTTCGGTCACCATTTTGCGGCCATTGCCGGAGCAGGTCCGCTGGTGGGGCCGGTACTGGCGGCGCaaa > 1:1152441/1‑70 (MQ=255)
ttCGGTCACCATTTTGCGGCCATTGCCGGAGCAGGTCCGCTGGTGGGGCCGGTACTGGCGGCGCAAATggg > 1:491594/1‑71 (MQ=255)
ttCGGTCACCATTTTGCGGCCATTGCCGGAGCAGGTCCGCTGGTGGGGCCGGTACTGGCGGCGCAAATg < 1:2390870/69‑1 (MQ=255)
gTCACCATTTTGCGGCCATTGCCGGAGCAGGTCCGCTGGTGGGGCCGGTACTGGCGGCGCAAATGGGCTAc < 1:788121/71‑1 (MQ=255)
aCCATTTTGCGGCCATTGCCGGAGCAGGTCCGCTGGTGGGGCCGGTACTGGCGGCGCAAATGGGCTACCTg > 1:633270/1‑71 (MQ=255)
aCCACTTCGCCGCTATCGCCGGTGCTGGTCCGCTGGTGGGTCCGGTTCTCGCCGCGCAGATGGGCTACCTg < 1:3351358/71‑1 (MQ=255)
ccACTTCGCCGCTATCGCCGGTGCTGGTTCGCTGGTGGGTCCGGTTCTCGCCGCGCAGATGGGCTACCTGc < 1:3578533/71‑1 (MQ=255)
ccACTTCGCCGCTATCGCCGGTGCTGGTCCGCTGGTGGGTCCGGTTCTCGCCGCGCAGATGGGCTACCTGc < 1:2743310/71‑1 (MQ=255)
ccACTTCGCCGCTATCGCCGGTGCTGGTCCGCTGGTGGGTCCGGTTCTCGCCGCGCAGATAGGCTACCTGc < 1:1676088/71‑1 (MQ=255)
tttGCGGCCATTGCCGGAGCAGGTCCGCTGGTGGGGCCGGTACTGGCGGCGCAAATGGGCTACCTGCCggg > 1:2037630/1‑71 (MQ=255)
ttGCGGCCATTGCCGGAGCAGGTCCGCTGGTGGGGCCGGTACTGGCGGCGCAAATGGGCTACCTGCCgg < 1:2008806/69‑1 (MQ=255)
ttGCGGCCATTGCCGGAGCAGGTCCGCTGGTGGGGCCGGTACTGGAGGCGCAAATGGGCTACCTGCCggg < 1:938978/70‑1 (MQ=255)
cGGCCATTGCCGGAGCAGGTCCGCTGGTGGGGCCGGTACTGGCGGCGCAAATGGGCTACCTGCCGGGgatg < 1:3329337/71‑1 (MQ=255)
gCCATTGCCGGAGCAGGTCCGCTGGTGGGGCCGGTACTGGCGGCGCAAATGGGCTACCTGCCGGGgatgat < 1:2355728/71‑1 (MQ=255)
ccATTGCCGGAGCAGGTCCGCTGGTGGGGCCGGTACTGGCGGCGCAAATGGGCTACCTGcc < 1:1011411/61‑1 (MQ=255)
cATTGCCGGAGCAGGTCCGCTGGTGGGGCCGGTACTGGCGGCGCAAATTGGCTACCTGCCGGGGATGATCt < 1:3008884/71‑1 (MQ=255)
cATTGCCGGAGCAGGTCCGCTGGTGGGGCCGGTACTGGCGGCGCAAATGGGCTACCTGCCGGGGATGATCt < 1:2075286/71‑1 (MQ=255)
cATTGCCGGAGCAGGTCCGCTGGTGGGGCCGGTACTGGCGGCGCAAATGGGCTACCTGCCGGGGATGATCt < 1:3106573/71‑1 (MQ=255)
cATTGCCGGAGCAGGTCCGCTGGTGGGGCCGGTACTGGCGGCGCAAATGGGCTACCTGCCGGGGATGATCt > 1:1832261/1‑71 (MQ=255)
ccGGAGCAGGTCCGCTGGTGGGGCCGGTACTGGCGGCGCAAATGGGCTAc > 1:3760422/1‑50 (MQ=255)
gAGCAGGTCCGCTGGTGGGGCCGGTACTGGCGGCGCAAATGGGCTACCTGcc < 1:961999/52‑1 (MQ=255)
gAGCAGGTCCGCTGGTGGGGCCGGTACTGGCGGCGCAAATGGGCTACCTGCCGGGGATGATCTGgctgct < 1:3736903/70‑1 (MQ=255)
ggTCCGCTGGTGGGGCCGGTACTGGCGGCGCAAATGGGCTACCTGCCGGGGATGATCTGGCTGCTCGCTgg < 1:2535290/71‑1 (MQ=255)
gTCCGCTGGTGGGTCCGGTTCTCGCCGCGCAGATGGGCTACCTGCCTGGCACGCTGTGGCTGCTGGcgg < 1:2764584/69‑3 (MQ=255)
gTCCGCTGGTGGGTCCGGTTCTCGCCGCGCAGATGGGCTACCTGCCTGGCACGCTGTGGCTGCTGGCgggg > 1:696918/1‑71 (MQ=255)
gTCCGCTGGTGGGTCCGGTTCTCGCCGCGCAGATGGGCTACCTGCCTGGCACGCTGTGGCTGCTGGCgggg > 1:3133188/1‑71 (MQ=255)
gTCCGCTGGTGGGGCCGGTACTGGCGGCGCAAATGGGCTACCTGCCGGGGATGATCTGGCTGCTCGc < 1:450810/67‑1 (MQ=255)
gCTGGTGGGGCCGGTACTGGCGGCGCAAATGGGCTACCTGCCGGGGATGATCTGGCTGCTCGCTGGggtgg > 1:2151925/1‑71 (MQ=255)
cTGGTGGGGCCGGTACTGGCGGCGCAAATGGGCTACCTGCCGGGGATGATCTGGCTGCTCGCTg < 1:2541821/64‑1 (MQ=255)
tggtggGGCCGGTACTGGCGGCGCAAATGGGCTACCTGCCGGGGATGATCTGGCTGCTCGCTGGGGTGGtt > 1:1105524/1‑71 (MQ=255)
gggCCGGTACTGGCGGCGCAAATGGGCTACCTGCCGGGGATGATCTGgctgc < 1:532101/52‑1 (MQ=255)
gggCCGGTACTGGCGGCGCAAATGGGCTACCTGCCGGGGATGATCTGGCTGCTCGCTGGGGTGGTTCTCGc < 1:3899209/71‑1 (MQ=255)
ccGGTTCTCGCCGCGCAGATGGGCTACCTGCCTGGCACGCTGTGGCTGCTGGCGGGGGTCGTGCTGGCcgg > 1:1007658/1‑71 (MQ=255)
ccGGTTCTCGCCGCGCAGATGGGCTACCTGCCTGGCACGCTGTGGCTGCTGGCGGGGGTCGTGCTGGCcgg > 1:642165/1‑71 (MQ=255)
ccGGTACTGGCGGCGCAAATGGGCTACCTGCCGGGGATGATCTGGCTGCTCGCTGGGGTGGTTCTCGCcgg < 1:1456049/71‑1 (MQ=255)
ccGGTACTGGCGGCGCAAATGGGCTACCTGCCGGGGATGATCTGGCTGCTCGCTGGGGTGGTTCTCGCcgg < 1:887719/71‑1 (MQ=255)
cGGTTCTCGCCGCGCAGATGGGCTACCTGCCTGGCACGCTGTGGCTGCTGGCGGGGGTCGTGCTGGCcgg < 1:1106663/70‑1 (MQ=255)
gTACTGGCGGCGCAAATGGGCTACCTGCCGGGGATGATCTGgct < 1:3381243/44‑1 (MQ=255)
aCTGGCGGCGCAAATGGGCTACCTGCCGGGGATGATCTGGCTGCTCGCTggg < 1:3414683/52‑1 (MQ=255)
aCTGGCGGCGCAAATGGGCTACCTGCCGGGGATGATCTGGCTGCTCGCTggg < 1:3049909/52‑1 (MQ=255)
aCTGGCGGCGCAAATGGGCTACCTGCCGGGGATGATCTGGCTGCTCGCTGGGGTGGTTCTCGCcggtgcgg > 1:3593323/1‑71 (MQ=255)
cTGGCGGCGCAAATGGGCTACCTGCCGGGGATGATCTGgct > 1:2079447/1‑41 (MQ=255)
cTGGCGGCGCAAATGGGCTACCTGCCGGGGATGATCTGGCTGCTCGCTGGGGTGGTTCTCGCcggtgcggt < 1:2969541/71‑1 (MQ=255)
cTGGCGGCGCAAATGGGCTACCTGCCGGGGATGATCTGGCTGCTCGCTGGGGTGGTTCTCGCcggtgcggt > 1:51912/1‑71 (MQ=255)
ggcggcGCAAATGGGCTACCTGCCGGGGATGATCTGGCTGCTCGCTGGGGTGGTTCTCGCcggtgcggtg > 1:2952552/1‑70 (MQ=255)
gcggcgCAAATGGGCTACCTGCCGGGGATGATCTGGCTGCTCGCTGGGGTGGTTCTCGCcggtgcggtg < 1:920041/69‑1 (MQ=255)
gcggcgCAAATGGGCTACCTGCCGGGGATGATCTGGCTGCTCGCTGGGGTGGTTCTCGCcggtgcggtg > 1:3180320/1‑69 (MQ=255)
ccgcgcAGATGGGCTACCTGCCTGGCACGCTGTGGCTGCTGGCGGGGGTCGTGCTGGCCGGTGCGGTTCAg < 1:2199469/69‑1 (MQ=255)
ccgcgcAGATGGGCTACCTGCCTGGCACGCTGTGGCTGCTGGCGGGGGTCGTGCTGGCCGGTGCGGTTCAg < 1:1723176/69‑1 (MQ=255)
gcgcAGATGGGCTACCTGCCTGGCACGCTGTGGCTGCTGGCGGGGGTCGTGCTGGCCGGTGCGGTTCAGGa < 1:31942/71‑1 (MQ=255)
cgcAAATGGGCTACCTGCCGGGGATGATCTGGCTGCTCGCTGGGGTGGTTCTCGCCGGTGCGGTGCAGGa < 1:353451/70‑1 (MQ=255)
gcAAATGGGCTACCTGCCGGGGATGATCTGGCTGCTCGCTGGGGTCGTTCTCGCCGGTGCGGTGCAg < 1:2034086/67‑1 (MQ=255)
cAAATGGGCTACCTGCCGGGGATGATCTGGCTGCTCGCTGGGGTGGTTCTCGCCGGTGCGGTGCAGGAttt > 1:3917260/1‑71 (MQ=255)
aaaTGGGCTACCTGCCGGGGATGATCTGGGTGCTCGCTGGGGTGGTTCTCGCCGGTGCGGTGCAGGAttt > 1:1502356/1‑70 (MQ=255)
aaaTGGGCTACCTGCCGGGGATGATCTGGCTGCTCGCTGGGGTGGTTCTCGCCggtgcggtgc < 1:1083019/63‑1 (MQ=255)
aaaTGGGCTACCTGCCGGGGATGATCTGGCTGCTCGCTGGGGTGGTTCTCGCCGGTGCGGTGCAg < 1:1766098/65‑1 (MQ=255)
aaaTGGGCTACCTGCCGGGGATGATCTGGCTGCTCGCTGGGGTGGTTCTCGCCGGTGCGGTGCAGGAttt > 1:2676202/1‑70 (MQ=255)
aaTGGGCTACCTGCCGGGGATGATCTGGCTGCTCGCTGGGGTGGTtctc > 1:3525463/1‑49 (MQ=255)
|
CTGTTCGGTCACCATTTTGCGGCCATTGCCGGAGCAGGTCCGCTGGTGGGGCCGGTACTGGCGGCGCAAATGGGCTACCTGCCGGGGATGATCTGGCTGCTCGCTGGGGTGGTTCTCGCCGGTGCGGTGCAGGATTT > minE/385052‑385188
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
