Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A6 F21 I0 R1
|
2169 |
63.0 |
3952800 |
76.2% |
3012033 |
62.4 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
minE |
385,168 |
C→G |
14.6% |
L126L (CTC→CTG) |
cstA → |
carbon starvation protein |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | minE | 385,168 | 0 | C | G | 14.6%
| 165.7
/ 16.8
| 68 | L126L (CTC→CTG) | cstA | carbon starvation protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (21/37); new base G (3/7); total (24/44) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
GGGCCGGTACTGGCGGCGCAAATGGGCTACCTGCCGGGGATGATCTGGCTGCTCGCTGGGGTGGTTCTCGCCGGTGCGGTGCAGGATTTCATGGTGCTGTTTGTTTCTACGCGCCGTGACGGTCGCTCGCTGGGTG > minE/385100‑385235
|
gggCCGGTACTGGCGGCGCAAATGGGCTACCTGCCGGGGATGATCTGGCTGCTCGCTGGGGTGGTTCTCGc < 1:3899209/71‑1 (MQ=255)
ccGGTTCTCGCCGCGCAGATGGGCTACCTGCCTGGCACGCTGTGGCTGCTGGCGGGGGTCGTGCTGGCcgg > 1:1007658/1‑71 (MQ=255)
ccGGTTCTCGCCGCGCAGATGGGCTACCTGCCTGGCACGCTGTGGCTGCTGGCGGGGGTCGTGCTGGCcgg > 1:642165/1‑71 (MQ=255)
ccGGTACTGGCGGCGCAAATGGGCTACCTGCCGGGGATGATCTGGCTGCTCGCTGGGGTGGTTCTCGCcgg < 1:1456049/71‑1 (MQ=255)
ccGGTACTGGCGGCGCAAATGGGCTACCTGCCGGGGATGATCTGGCTGCTCGCTGGGGTGGTTCTCGCcgg < 1:887719/71‑1 (MQ=255)
cGGTTCTCGCCGCGCAGATGGGCTACCTGCCTGGCACGCTGTGGCTGCTGGCGGGGGTCGTGCTGGCcgg < 1:1106663/70‑1 (MQ=255)
aCTGGCGGCGCAAATGGGCTACCTGCCGGGGATGATCTGGCTGCTCGCTGGGGTGGTTCTCGCcggtgcgg > 1:3593323/1‑71 (MQ=255)
cTGGCGGCGCAAATGGGCTACCTGCCGGGGATGATCTGGCTGCTCGCTGGGGTGGTTCTCGCcggtgcggt > 1:51912/1‑71 (MQ=255)
cTGGCGGCGCAAATGGGCTACCTGCCGGGGATGATCTGGCTGCTCGCTGGGGTGGTTCTCGCcggtgcggt < 1:2969541/71‑1 (MQ=255)
ggcggcGCAAATGGGCTACCTGCCGGGGATGATCTGGCTGCTCGCTGGGGTGGTTCTCGCcggtgcggtg > 1:2952552/1‑70 (MQ=255)
gcggcgCAAATGGGCTACCTGCCGGGGATGATCTGGCTGCTCGCTGGGGTGGTTCTCGCcggtgcggtg > 1:3180320/1‑69 (MQ=255)
gcggcgCAAATGGGCTACCTGCCGGGGATGATCTGGCTGCTCGCTGGGGTGGTTCTCGCcggtgcggtg < 1:920041/69‑1 (MQ=255)
ccgcgcAGATGGGCTACCTGCCTGGCACGCTGTGGCTGCTGGCGGGGGTCGTGCTGGCCGGTGCGGTTCAg < 1:2199469/69‑1 (MQ=255)
ccgcgcAGATGGGCTACCTGCCTGGCACGCTGTGGCTGCTGGCGGGGGTCGTGCTGGCCGGTGCGGTTCAg < 1:1723176/69‑1 (MQ=255)
gcgcAGATGGGCTACCTGCCTGGCACGCTGTGGCTGCTGGCGGGGGTCGTGCTGGCCGGTGCGGTTCAGGa < 1:31942/71‑1 (MQ=255)
cgcAAATGGGCTACCTGCCGGGGATGATCTGGCTGCTCGCTGGGGTGGTTCTCGCCGGTGCGGTGCAGGa < 1:353451/70‑1 (MQ=255)
gcAAATGGGCTACCTGCCGGGGATGATCTGGCTGCTCGCTGGGGTCGTTCTCGCCGGTGCGGTGCAg < 1:2034086/67‑1 (MQ=255)
cAAATGGGCTACCTGCCGGGGATGATCTGGCTGCTCGCTGGGGTGGTTCTCGCCGGTGCGGTGCAGGAttt > 1:3917260/1‑71 (MQ=255)
aaaTGGGCTACCTGCCGGGGATGATCTGGGTGCTCGCTGGGGTGGTTCTCGCCGGTGCGGTGCAGGAttt > 1:1502356/1‑70 (MQ=255)
aaaTGGGCTACCTGCCGGGGATGATCTGGCTGCTCGCTGGGGTGGTTCTCGCCggtgcggtgc < 1:1083019/63‑1 (MQ=255)
aaaTGGGCTACCTGCCGGGGATGATCTGGCTGCTCGCTGGGGTGGTTCTCGCCGGTGCGGTGCAg < 1:1766098/65‑1 (MQ=255)
aaaTGGGCTACCTGCCGGGGATGATCTGGCTGCTCGCTGGGGTGGTTCTCGCCGGTGCGGTGCAGGAttt > 1:2676202/1‑70 (MQ=255)
gaTGGGCTACCTGCCTGGCACGCTGTGGCTGCTGGCGGGGGTCGTGCTGGCCGGTGCGGTTCAGGActtta < 1:5334/70‑3 (MQ=255)
aaTGGGCTACCTGCCGGGGATGATCTGGCTGCTCGCTGGGGTGGTtctc > 1:3525463/1‑49 (MQ=255)
aTGGGCTACCTGCCTGGCACGCTGTGGCTGCTGGCGGGGGTCGTGCTGGCcggtgcggtt < 1:3770706/60‑2 (MQ=255)
aTGGGCTACCTGCCGGGGATGATCTGGCTGCTCGCTGGGGTGGTTCTCGCCGGTGCGGTGCAGGATTTCAt > 1:2791340/1‑71 (MQ=255)
aTGGGCTACCTGCCGGGGATGATCTGGCTGCTCGCTGGGGTGGTTCTCGCCGGTGCGGTGCAGGATTTCAt > 1:221712/1‑71 (MQ=255)
tGGGCTACCTGCCGGGGATGATCTGGCTGCTCGCTGGGGTGGTTCTCGCCGGTGCGGTGCAGGATTTCATg > 1:2352343/1‑71 (MQ=255)
gCTACCTGCCGGGGATGATCTGGCTGCTCGCTGGGGTGGTTCTCGCCGGTGCGGTGCAGGATTTCATGGTg > 1:21204/1‑71 (MQ=255)
cTACCTGCCGGGGATGATCTGGCTGCTCGCTGGGGTGGTTCTCGCCGGTGCGGTGCAGGAtt > 1:1403815/1‑62 (MQ=255)
tACCTGCCTGGCACGCTGTGGCTGCTGGCGGGGGTCGTGCTGGCCGGTGCGGTTCAGGACTTTATGGTga > 1:1253979/1‑69 (MQ=255)
ccTGCCGGGGATGATCTGGCTGCTCGCTGGGGTGGTTCTCGCCGGTGCGGTGCAGGATTTc < 1:2928980/61‑1 (MQ=255)
ccTGCCGGGGATGATCTGGCTGCTCGCTGGGGTGGTTCTCGCCGGTGCGGTGCAGGATTTCATGGTGCtgt > 1:1932713/1‑71 (MQ=255)
ccTGCCGGGGATGATCTGGCTGCTCGCTGGGGTGGTTCTCGCCGGTGCGGTGCAGGATTTCATGGTGCt < 1:2920578/69‑1 (MQ=255)
ccTGCCGGGGATGATATGGCTGCTCGCTGGGGTGGTTCTCGCCGGTGCGGTGCAGGATTTCATGGTGCtgt > 1:5547/1‑71 (MQ=255)
ccTGCAGGGGATGATCTGGCTGCTCGCTGGGGTGGTTCTCGCCGGTGCGGTGCAGGAt > 1:1525154/1‑58 (MQ=255)
gCCGGGGATGATCTGGCTGCTCGCTGGGGTGGTTCTCGCCGGTGCGGTGCAGGATTTCATGGTGCtgttt < 1:1753348/70‑1 (MQ=255)
gCCGGGGATGATCTGGCTGCTCGCTGGGGTGGTTCTCGCCGGTGCGGTGCAGGATTTCATGGTGCtgttt < 1:3784738/70‑1 (MQ=255)
gcGGGGATGATGTGGCTGCTCGCTGGGGTGGTTCTCGCCGGTGCGGTGCAGGAttt < 1:1342292/55‑1 (MQ=255)
ccGGGGATGATCTGGCTGCTCGCTGGGGTGGTTCTCGCCGGTGCGGTGCAGGATTTCATGGTGCtgtttgt < 1:2643513/71‑1 (MQ=255)
ccGGGGATGATCTGGCTGCTCGCTGGGGTGGTTCTCGCCGGTGCGGTGCAGGATTTCATGGTGCtgtttgt > 1:2787022/1‑71 (MQ=255)
ccGGGGATGATCTGGCTGCTCGCTGGGGTGGTTCTCGCCGGTGCGGTGCAGGATTTCATGGTGCtgttt < 1:2164562/69‑1 (MQ=255)
ggggATGATCTGGCTGCTCGCTGGGGTGGTTCTCGCcggtgcggtg < 1:3786238/46‑1 (MQ=255)
ggggATGATCTGGCTGCTCGCTGGGGTGGTTCTCGCCGGTGCGGTGCAGGATTTCATGGTGCTgtttgttt < 1:3854765/71‑1 (MQ=255)
gggATGATCTGGCTGCTCGCTGGGGTGGTTCTCGCCGGTGCGGTGCAGGATTTCATGGTGCTgtttgttt < 1:3092309/70‑1 (MQ=255)
ggATGATCTGGCTGCTCGCTGGGGTGGTTCTCGCcggtgc < 1:2088594/40‑1 (MQ=255)
ggATGATCTGGCTGCTCGCTGGGGTGGTTCTCGCcggtgc < 1:1541613/40‑1 (MQ=255)
atgatCTGGCTGCTCGCTGGGGTGGTTCTCGCCGGTGCGGTGCAGGATTTCATGGTGCTGTTTGTTTCTAc < 1:61701/71‑1 (MQ=255)
gatCTGGCTGCTCGCTGGGGTGGTTCTCGCCGGTGCGGTGCAGGATTTCATGGTGCtgtttgt < 1:3757285/63‑1 (MQ=255)
cTGGCTGCTCGCTGGGGTGGTTCTCGCCGGTGCGGTGCAGGATTTCATGGTGCTGTTTGTTTCTACGCGcc > 1:1292221/1‑71 (MQ=255)
gctgctCGCTGGGGGGGTTCTCGCCGGTGCGGTGCAGGATTTCATGGTGCTGTTTGTTTCTACGCGCCGTg < 1:1496482/71‑1 (MQ=255)
ctgctgGCGGGGGTCGTGCTGGCCGGTGCGGTTCAGGACTTTATGGTGCTGTTTATCTCCTCTCGCCGtaa < 1:1499100/71‑3 (MQ=255)
ctgctCGCTGGGGTGGTTCTCGCCGGGGCGGTGCAGGATTTCATGGTGCTGTTTGTTTCTACGCGCCGTGa < 1:541963/71‑1 (MQ=255)
gctCGCTGGGGTGGTTCTCGCCGGTGCGGTGCAGGAt < 1:3669093/37‑1 (MQ=255)
gctCGCTGGGGTGGTTCTCGCCGGTGCGGTGCAGGATTTCa < 1:3721454/41‑1 (MQ=255)
gctCGCTGGGGTGGTTCTCGCCGGTGCGGTGCAGGATTTCa < 1:1910038/41‑1 (MQ=255)
ctCGCTGGGGTGGTTCTCGCCTGTGCGGTGCAGGATTTCATGGTGCTGTTTGTTTCTAc < 1:3927998/59‑1 (MQ=255)
tCGCTGGGGTGGTTCTCGCCGGTGCGGTGCAGGATTTCATg > 1:1995825/1‑41 (MQ=255)
tCGCTGGGGTGGTTCTCGCCGGTGCGGTGCAGGATTTCATg > 1:3812814/1‑41 (MQ=255)
tCGCTGGGGTGGTTCTCGCCGGTGCGGTGCAGGATTTCATGGTGCtgtttgt > 1:1666203/1‑52 (MQ=255)
gCTGGGGTGGTTCTCGCCGGTGCGGTGCAGGATTTCATGGTGCTGTTTGTTTCTACGCGCCGTGACGGtc < 1:1018140/70‑1 (MQ=255)
gCTGGGGTGGTTCTCGCCGGTGCGGTGCAGGATTTCATGGTGCTGTTTGTTTCTACGCGCCGTGACGGtc > 1:1387997/1‑70 (MQ=255)
gggTGGTTCTCGCCGGTGCGGTGCAGGATTTCATGGTGCtgt < 1:568432/42‑1 (MQ=255)
gggTGGTTCTCGCCGGTGCGGTGCAGGATTTCATGGTGCTGTTTGTTTCTACGCGCCGTGACGGtcgctc < 1:3735801/70‑1 (MQ=255)
gtggtTCTCGCCGGTGCGGTGCAGGATTTCATGGTGCTGTTTGTTTCTACGCGCCGTGACGGTcgctcgct < 1:2587752/71‑1 (MQ=255)
gtTCTCGCCGGTGCGGTGCAGGATTTCATGGTGCtgtttg < 1:3948365/40‑1 (MQ=255)
ttCTCGCCGGTGCGGTGCAGGATTTCATGGTGCTGTTTGTTTCTACGCGCCGTGACGGt < 1:1524803/59‑1 (MQ=255)
ttCTCGCCGGTGCGGTGCAGGATTTCATGGTGCTGTTTGTTTCTACGCGCCGTGACGGTCGCTCGCTg < 1:2357919/68‑1 (MQ=255)
ttCTCGCCGGTGCGGTGCAGGATTTCATGGTGCTGTTTGTTTCTACGCGCCGTGACGGTCGCTCGCTGGGt < 1:1984576/71‑1 (MQ=255)
ctcGCCGGTGCGGTGCAGGATTTCATGGTGCtgtttg > 1:2178103/1‑37 (MQ=255)
ctcGCCGGTGCGGTGCAGGATTTCATGGTGCTGTTTGTTTCTACGCGCCGTGACGGTCGCTCGCTggg > 1:223380/1‑68 (MQ=255)
ctcGCCGGTGCGGTGCAGGATTTCATGGTGCTGTTTGTTTCTACGCGCCGTGACGGTCGCTCGCTGGGt > 1:2163028/1‑69 (MQ=255)
ctcGCCGGTGCGGTGCAGGATTTCATGGTGCTGTTTGTTTCTACGCGCCGTGACGGTCGCTCGCTGGGt > 1:1782952/1‑69 (MQ=255)
ctcGCCGGTGCGGTGCAGGATTTCATGGTGCTGTTTGTTTCTACGCGCCGTGACGGTCGCTCGCTGGGt > 1:1024244/1‑69 (MQ=255)
ctcGCCGGTGCGGTGCAGGATTTCATGGTGCTGTTTGTTTCTACGCGCCGTGACGGTCGCTCGCTGGGTg < 1:1044657/70‑1 (MQ=255)
|
GGGCCGGTACTGGCGGCGCAAATGGGCTACCTGCCGGGGATGATCTGGCTGCTCGCTGGGGTGGTTCTCGCCGGTGCGGTGCAGGATTTCATGGTGCTGTTTGTTTCTACGCGCCGTGACGGTCGCTCGCTGGGTG > minE/385100‑385235
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
