Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A6 F21 I0 R1
|
2169 |
63.0 |
3952800 |
76.2% |
3012033 |
62.4 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
minE |
574,465 |
G→A |
36.3% |
E432K (GAA→AAA) |
ybjD → |
conserved hypothetical protein with nucleoside triphosphate hydrolase domain |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | minE | 574,465 | 0 | G | A | 36.3%
| 51.1
/ 48.8
| 55 | E432K (GAA→AAA) | ybjD | conserved hypothetical protein with nucleoside triphosphate hydrolase domain |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (15/20); new base A (8/12); total (23/32) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
GATCAAGGTCATTGAGTTTGCCCAGTCCGGGCTAAAGCCACTGGTTAAATTTGCCCGCCGAATGGGGATTGAATGGCATGTACTGGTCGATGGCGATGAAGCAGGGAAGAAATATGCCGCTACGGTACGCAGCCTG > minE/574395‑574530
|
gATCAAGGTCATTGAGTTTGCCCAGTCCGGGCTAAAGCCAATGGTTAAATTTGCCCGCCGAATGGGGATTg < 1:1515108/71‑1 (MQ=255)
aGGTCATTGAGTTTGCCCAGTCCGGGCTAAAGCCACTGGTTAAATTTGCCCGCCGAATGGGGATTGAATgg < 1:3523731/71‑1 (MQ=255)
ggTCATTGAGTTTGCCCAGTCCGGGCTAAAGCCACTGGTTAAATTTGCCCGCCGAATGGGGATTGAATgg > 1:698863/1‑70 (MQ=255)
ttGAGTTTGCCCAGTCCGGGCTAAAGCCACTGGTTAAATTTGCCCGCCGAATGGGGATTAAATGGCATGTa < 1:124129/71‑1 (MQ=255)
tGAGTTTGCCCAGTCCGGGCTAAAGCCACTGGTTAAATTTGCCCGCCGAATGGGGATTAAATGGCATGTAc > 1:2141388/1‑71 (MQ=255)
gAGTTTGCCCAGTCCGGGCTAAAGCCACTGGTTAAATTTGCCCGCCGAATGGGGATTGAATGGCATGTACt > 1:2258446/1‑71 (MQ=255)
gAGTTTGCCCAGTCCGGGCTAAAGCCACTGGTTAAATTTGCCCGCCGAATGGGGATTAAATGGCATGTAc < 1:656382/70‑1 (MQ=255)
gAGTTTGCCCAGTCCGGGCTAAAGCCACTGGTTAAATTTGCCCGCCGAATGGGGATTAAATGGCATGTAc < 1:651824/70‑1 (MQ=255)
cccAGTCCGGGCTAAAGCCACTGGTTAAATTTGCCCGCCGAATGGGGATTGAATGGCATGTACTGGTCGa < 1:38580/70‑1 (MQ=255)
aGTCCGGGCTAAAGCCACTGGTTAAATTTGCCCGCCGAATGGGGATTGAATGGCATGTACTGGTCGATGGc > 1:1139701/1‑71 (MQ=255)
cGGGCTAAAGCCACTGGTTAAATTTGCCCGCCGAATGGGGATTGAATGGCATGTACTGGTCGATGGCGATg < 1:3531743/71‑1 (MQ=255)
cGGGCTAAAGCCACTGGTTAAATTTGCCCGCCGAATGGGGATTAAATGGCATGTACTGGTCGATGGCGAt < 1:1544900/70‑1 (MQ=255)
gggCTAAAGCCACTGGTTAAATTTGCCCGCCGAATGGGGATTGAATGGCATGTACTGGTc < 1:3080637/60‑1 (MQ=255)
gggCTAAAGCCACTGGTTAAATTTGCCCGCCGAATGGGGATTGAATGGCATGTACTGGTCGATGGCGATGa < 1:2123847/71‑1 (MQ=255)
cTAAATCCACTGGTTAAATTTGACAGCCGAATGGGGATTGAATGGCATGTACTGGTc < 1:808063/57‑1 (MQ=255)
cTAAAGCCACTGGTTAAATTTGCCCGCCGAATGGGGATTGAATGGCATGTACTGGTCGATGGCGATGAAg > 1:519506/1‑70 (MQ=255)
aaGCCACTGGTTAAATTTGCCCGCCGAATGGGGATTg < 1:1331067/37‑1 (MQ=255)
aaGCCACTGGTTAAATTTGCCCGCCGAATGGGGATTAAATGGCATGTAc > 1:2925829/1‑49 (MQ=255)
aaGCCACTGGTTAAATTTGCCCGCCGAATGGGGATTAAATGGCATGTACTGGTCGATGGCGATGAAGCAgg > 1:2662247/1‑71 (MQ=255)
aaGCCACTGGTTAAATTTGCCCGCCGAATGGGGATTAAATGGCATGTACTGGTCGATGGCGATGAAGCAgg < 1:2365277/71‑1 (MQ=255)
aaGCCACTGGTTAAATTTGCCCGCCGAATGGGGATTAAATGGCATGTACTGGTCGATGGCGATGAAGCAgg < 1:2770487/71‑1 (MQ=255)
aGCCACTGGTTAAATTTGCCCGCCGAATGGGGATTGAATGGCATGTACTGGTCGATGGCGATGAAGCAgg > 1:969877/1‑70 (MQ=255)
gCCACTGGTTAAATTTGCCCGCCGAATGGGGATTGAATGGCATGTACTGGTCGATGGCGATGAAGCAgg < 1:3573114/69‑1 (MQ=255)
aCTGGTTAAATTTGCCCGCCGAATGGGGATTGAATGGCATGTACTGGTCGATGGCGATGAAGCAGGgaaga < 1:2375141/71‑1 (MQ=255)
aCTGGTTAAATTTGCCCGCCGAATGGGGATTGAATGGCATGTACTGGTCGATGGCGATGAAGCAGGgaaga < 1:516182/71‑1 (MQ=255)
aCTGGTTAAATTTGCCCGCCGAATGGGGATTGAATGGCATGTACTGGTCGATGGCGATGAAGCAGGgaaga < 1:735430/71‑1 (MQ=255)
aCTGGTTAAATTTGCCCGCCGAATGGGGATTGAATGGCATGTACTGGTCGATGGCGATGAAGCAGGgaaga < 1:75837/71‑1 (MQ=255)
tGGTTAAATTTGCCCGCCGAATGGGGATTGAATGGCATGTACTGGTCGATGGCGATg < 1:1135438/57‑1 (MQ=255)
ggTTAAATTTGCCCGCCGAATGGGGATTGAATGGCATGTACTGGTCGATGGCGATGAAGCAGGGAAGaaa > 1:754621/1‑70 (MQ=255)
gTTAAATTTGCCCGCCGAATGGGGATTGAATGGCATGTACTGGTCGATGGCGATGAAGCAGGGAAGAAata < 1:3827394/71‑1 (MQ=255)
gTTAAATTTGCCCGCCGAATGGGGATTGAATGGCATGTACTGGTCGATGGCGATGAAGCAGGGAAGAAata < 1:1732701/71‑1 (MQ=255)
ttAAATTTGCCCGCCGAATGGGGATTGAATGGCATGTACTGGTCGATg < 1:825506/48‑1 (MQ=255)
ttAAATTTGCCCGCCGAATGGGGATTGAATGGCATGTACTGGTCGATg < 1:543811/48‑1 (MQ=255)
tAAATTTGCCCGCCGAATGGGTATTGAATGGCATGTACTGGTCGATGGCGATGAAGCAGGGAAGAAATATg > 1:674153/1‑71 (MQ=255)
tAAATTTGCCCGCCGAATGGGGATTGAATGGCATGTACTGGTAGATg < 1:2284198/47‑1 (MQ=255)
tAAATTTGCCCGCCGAATGGGGATTAAATGGCATGTACTGGTCGATGGCGATGAAGCAGGGAAGAAATATg > 1:2257903/1‑71 (MQ=255)
aaTTTGCCCGCCGAATGGGGATTGAATGGCATGTACTGGTCGATGGCGATGAAg > 1:2867640/1‑54 (MQ=255)
aTTTGCCCGCCGAATGGGGATTAAATGGCATGTACTGGTCGATGGCGATGAAGCAGGGAAGAAATATGCCg > 1:102586/1‑71 (MQ=255)
ttGCCCGCCGAATGGGGATTGAATGGCATGTACTgg > 1:3184353/1‑36 (MQ=255)
tGCCCGCCGAATGGGGATTGAATGGCATGTACTGGTCGATGGCGATGAAGCAGGGAAGAAATATGCCGCTa > 1:3020665/1‑71 (MQ=255)
gCCCGCCGAATGGGGATTGAATGGCATGTACTGGTCGATGGCGATGAAGCAGGGAAGAAATATGCCGCTa < 1:3589013/70‑1 (MQ=255)
cgccgAATGGGGATTAAATGGCATGTACTGGTCGATGGCGATGAAGCAGGGAAGAAATATGCCGCTACgg > 1:1924007/1‑70 (MQ=255)
gccgAATGGGGATTGAATGGCATGTACTGGTCGATGGCGATGAAGCAGGGAAGAAATATGCCGCTACGGTa > 1:292430/1‑71 (MQ=255)
gccgAATGGGGATTGAATGGCATGTACTGGTCGATGGCGATGAAGCAGGGAAGAAATATGCCGCTACGGTa > 1:1267155/1‑71 (MQ=255)
gccgAATGGGGATTGAATGGCATGTACTGGTCGATGGCGATGAAGCAGGGAAGAAATATGCCGCTACGGTa > 1:2767917/1‑71 (MQ=255)
gccgAATGGGGATTAAATGGCATGTACTGGTCGATGGCGATGAAGCAGGGAAGAAATATGCCGCTACGGTa < 1:1850868/71‑1 (MQ=255)
gccgAATGGGGATTAAATGGCATGTACTGGTCGATGGCGATGAAGCAGGGAAGAAATATGCCGCTACGGTa < 1:1855320/71‑1 (MQ=255)
aTGGGGATTGAATGGCATGTACTGGTCGATGGCGATGAAGCAGGGAAGAAATATGCCGCTACGGTACGCa > 1:737072/1‑70 (MQ=255)
aTGGGGATTGAATGGCATGTACTGGTCGATGGCGATGAAGCAGGGAAGAAATATGCCGCTACGGTACGCAg > 1:1185672/1‑71 (MQ=255)
ggggATTGAATGGCATGTACTGGTCGATGGCGATGAAGCAg < 1:257246/41‑1 (MQ=255)
gggATTAAATGGCATGTACTGGTCGATGGCGATGAAGCAGGgaa > 1:1761425/1‑44 (MQ=255)
gggATTAAATGGCATGTACTGGTCGATGGCGATGAAGCAGGgaa > 1:332432/1‑44 (MQ=255)
gggATTAAATGGCATGTACTGGTCGATGGCGATGAAGCAGGGAAGAAATATGCCGCTACGGTACGCAGCCt < 1:3627860/71‑1 (MQ=255)
gggATTAAATGGCATGTACTGGTCGATGGCGATGAAGCAGGGAAGAAATATGCCGCTACGGTACGCAGCCt < 1:22718/71‑1 (MQ=255)
gggATTAAATGGCATGTACTGGTCGATGGCGATGAAGCAGGGAAGAAATATGCCGCTACGGTACGCAGCCt < 1:1146562/71‑1 (MQ=255)
gggATTAAATGGCATGTACTGGTCGATGGCGATGAAGCAGGGAAGAAATATGCCGCTACGGTACGCAGCCt < 1:1141905/71‑1 (MQ=255)
ggATTGAATGGCATGTACTGGTCGATGGCGATGAAGCAGGGAAGAAATATGCCGCTACGGTACGCAGCCTg < 1:537818/71‑1 (MQ=255)
|
GATCAAGGTCATTGAGTTTGCCCAGTCCGGGCTAAAGCCACTGGTTAAATTTGCCCGCCGAATGGGGATTGAATGGCATGTACTGGTCGATGGCGATGAAGCAGGGAAGAAATATGCCGCTACGGTACGCAGCCTG > minE/574395‑574530
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
