Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A6 F21 I0 R1
|
2169 |
63.0 |
3952800 |
76.2% |
3012033 |
62.4 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
minE |
608,160 |
T→C |
16.4% |
A698A (GCA→GCG) |
pflB ← |
pyruvate formate lyase I |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | minE | 608,160 | 0 | T | C | 16.4%
| 270.0
/ 41.7
| 116 | A698A (GCA→GCG) | pflB | pyruvate formate lyase I |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (42/55); new base C (2/17); total (44/72) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 8.54e-03 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.19e-01 |
Only 100 of 122 total aligned reads displayed.
TTCCATCGCGTCGAGCAGCATTTCACGGTTCATCACGTTAACGTTCAGGTGCTGACCACCTTCGATGGATGCTTCGTGGTGGAAGTAACCATCCATCAGACCAGCCAGGTTGGTCTTACGAACTTCGTCGTCTTTACCC > minE/608091‑608229
|
tCCATCGCGTCGAGCAGCATTTCACGGTTCATCACGTTAACGTTCAGGTGCTGACCACCTTCGATGGATGc > 1:3689004/1‑71 (MQ=255)
ccATCGCGTCGAGCAGCATTTCACGGTTCATCACGTTAACGTTGAGGTGCTGACCACCTTCGATGGATGc < 1:3419300/70‑1 (MQ=255)
cATCGCGTCGAGCAGCATTTCACGGTTCATCACGTTAACGTTCAGGTGCTGACCACCTTCGATGGATGCtt > 1:3171065/1‑71 (MQ=255)
gTCGAGCAGCATTTCACGGTTCATCACGTTAACGTTCAGGTGCTGACCACCTTCGATGGATGCTTCgtggt > 1:2158204/1‑71 (MQ=255)
gAGCAGCATTTCACGGTTCATCACGTTAACGTTCAGGTGCTGACCACCTTCGATGGATGCTTc < 1:37952/63‑1 (MQ=255)
gAGCAGCATTTCACGGTTCATCACGTTAACGTTCAGGTGCTGACCACCTTCGATGGATGCTTCGtggtgg < 1:1775066/70‑1 (MQ=255)
gAGCAGCATTTCACGGTTCATCACGTTAACGTTCAGGTGCTGACCACCTTCGATGGATGCTTCGtggtgg < 1:1361846/70‑1 (MQ=255)
cagcagcATTTCCCGATTCATTACGTTGACGTTGAGGTGTTGACCGCCTTCGACATCCGCTTCGtggtgg < 1:3562883/69‑1 (MQ=255)
cagcagcATTTCCCGATTCATTACGTTGACGTTGAGGTGTTGACCGCCTTCGACATCCGCTTCGTGGTGGa < 1:1099635/70‑1 (MQ=255)
cagcagcATTTCCCGATTCATTACGTTGACGTTGAGGTGTTGACCGCCTTCGACATCCGCTTCGTGGTGGa < 1:1307701/70‑1 (MQ=255)
agcagcATTTCCCGATTCATTACGTTGACGTTGAGGTGTTGACCGCCTTCGACATCCGCTTCGTGGTGGaa < 1:2845961/71‑1 (MQ=12)
gcagcaTTTCCCGATTCATTACGTTGACGTTGAGGTGTTGACCGCCTTCGACATCCGCTTCGTGGTGGaaa < 1:2209198/71‑2 (MQ=255)
gcaTTTCACGGTTCATCACGTTAACGTTCAGGTGCTGACCACCTTCGATGGATGCTTCGTGGTGGAAGTaa > 1:686513/1‑71 (MQ=255)
gcaTTTCACGGTTCATCACGTTAACGTTCAGGTGCTGACCACCTTCGATGGATGCTTCGTGGTGGAAGTaa > 1:690240/1‑71 (MQ=255)
aTTTCACGGTTCATCACGTTAACGTTCAGGTGCTGACCACCTTCGATGGATGCTTCGTGGTGGAAGTAAcc < 1:3187811/71‑1 (MQ=255)
tttCACGGTTCATCACGTTAACGTTCAGGTGCTGACCACCTTCGATGGATGCTTCgtggt < 1:3859320/60‑1 (MQ=255)
tttCACGGTTCATCACGTTAACGTTCAGGTGCTGACCACCTTCGATGGATGCTTCGTGGTGGAAGTAAcca > 1:653763/1‑71 (MQ=255)
tCACGGTTCATCACGTTAACGTTCAGGTGCTGACCACCTTCgatggat < 1:2052940/48‑1 (MQ=255)
cACGGTTCATCACGTTAACGTTCAGGTGCTGACCACCTTCGATGGATGCTTCgtggt > 1:923323/1‑57 (MQ=255)
aCGGTTCATCACGTTAACGTTCAGGTGCTGACCACCTTCGATGGATGCTTCGTGGTGGAAGTAAccatcc < 1:1859894/70‑1 (MQ=255)
cGGTTCATCACGTTAACGTTCAGGTGCTTACCACCTTCGATGGATGCTTCGTGGTGGAAGTAAccatccat < 1:3467065/71‑1 (MQ=255)
cGGTTCATCACGTTAACGTTCAGGTGCTGACCACCTTCGATGGATGCTTCGTGGTGGAAGTAAccatccat < 1:103763/71‑1 (MQ=255)
cGGTTCATCACGTTAACGTTCAGGTGCTGACCACCTTCGATGGATGCTTCGTGGTGGAAGTAAccatccat < 1:1082883/71‑1 (MQ=255)
gTTCATCACGTTAACGTTCAGGTTCTGACCACCTTCGATGGATGCTTCGTGGTGGAAGTAACCATCCATCa < 1:1865490/71‑1 (MQ=255)
gTTCATCACGTTAACGTTCAGGTGCTGACCACCTTCGATGGATGCTTCGTGGTGGAAGTAACCATCCATCa < 1:743175/71‑1 (MQ=255)
gTTCATCACGTTAACGTTCAGGTGCTGACCACCTTCGATGGATGCTTCGTGGTGGAAGTAACCATCCATCa < 1:3007658/71‑1 (MQ=255)
gTTCATCACGTTAACGTTCAGGTGCTGACCACCTTCGATGGATGCTTCGTGGTGGAAGTAACCATCCATCa < 1:1093349/71‑1 (MQ=255)
ttCATCACGTTAACGTTCAGGTGCTGACCACCTTCGATGGATGCTTCGTGGTGGAAGTAACCATCCATCa < 1:400357/70‑1 (MQ=255)
catcaCGTTAACGTTCAGGTGCTGACCACCTTCGATGGATGCTTCGTGGTGGAAGTAACCATCCATCAGAc > 1:2114380/1‑71 (MQ=255)
atcaCGTTAACGTTCAGGTGCTGACCACCTTCGATGGATGCTTCGTGGTGGAAGTAACCATCCATCAGAc < 1:1054824/70‑1 (MQ=255)
ttacgttgacgttgAGGTGTTGACCGCCTTCGACATCCGCTTCGTGGTGGAAATACCCATCCAGCAGGccg < 1:3135964/69‑2 (MQ=255)
tcaCGTTAACGTTCAGGTGCTGACCACCTTCGATGGATGCTTCGTGGTGGAAGTAACCATCCATCAGAcca < 1:3408674/71‑1 (MQ=255)
tacgttgacgttgAGGTGTTGACCGCCTTCGACATCCGCTTCGTGGTGGaa > 1:556602/2‑51 (MQ=255)
caCGTTAACGTTCAGGTGCTGACCACCTTCGATGGATGCTTCGTGGTGGAAg > 1:3902437/1‑52 (MQ=255)
aCGTTAACGTTCAGGTGCTGACCACCTTCGATGGATGCTTCGTGGTGGAAGTAACCATCCATCAGAccagc > 1:21870/1‑71 (MQ=255)
aCGTTAACGTTCAGGTGCTGACCACCTTCGATGGATGCTTCGTGGTGGAAGTAACCATCCATCAGAccagc > 1:2987300/1‑71 (MQ=255)
aCGTTAACGTTCAGGTGCTGACCACCTTCGATGGATGCTTCGTGGTGGAAGTAACCATCCATCAGAccagc > 1:1065758/1‑71 (MQ=255)
aCGTTAACGTTCAGGTGCTGACCACCTTCGATGGATGCTTCGTGGTGGAAGTAACCATCCATCAGAccag < 1:1483649/70‑1 (MQ=255)
aCGTTAACGTTCAGGTGCTGACCACCTTCGATGGATGCTTCGTGGTGGAAGTAACCATCCATCAGAccag > 1:462972/1‑70 (MQ=255)
cGTTAACGTTCAGGTGCTGACCACCTTCGATGGATGCTTCGTGGTGGaa > 1:2506238/1‑49 (MQ=255)
gTTGACGTTGAGGTGTTGACCGCCTTCGACATCCGCTTCGTGGTGGAAATACccatccag < 1:2263703/60‑2 (MQ=255)
gTTAACGTTCAGGTGCTGACCACCTTCGATGGATGCTTCGTGGTGGAAGTAACCATCCATCAGAccagcca < 1:10364/71‑1 (MQ=255)
gTTAACGTTCAGGTGCTGACCACCTTCGATGGATGCTTCGTGGTGGAAGTAACCATCCATCAGAccagcca < 1:1102502/71‑1 (MQ=255)
gTTAACGTTCAGGTGCTGACCACCTTCGATGGATGCTTCGTGGTGGAAGTAACCATCCATCAGAccagcca < 1:1246005/71‑1 (MQ=255)
ttAACGTTCAGGTGCTGACCACCTTCGATGGATGCTTCGTGGTGGAAGt < 1:2996603/49‑1 (MQ=255)
ttAACGTTCAGGTGCTGACCACCTTCGATGGATGCTTCGTGGTGGAAGTaa > 1:1356578/1‑51 (MQ=255)
ttAACGTTCAGGTGCTGACCACCTTCGATGGATGCTTCGTGGTGGAAGTAACCATCCATCAGAc > 1:3383687/1‑64 (MQ=255)
tAACGTTCAGGTGCTGACCACCTTCGTTGGATGCtt < 1:2838288/36‑1 (MQ=255)
tAACGTTCAGGTGCTGACCACCTTCGATGGATGCTTCGTGGTGGAAGTAAc > 1:448236/1‑51 (MQ=255)
tAACGTTCAGGTGCTGACCACCTTCGATGGATGCTTCGTGGTGGAAGTAAc > 1:3099265/1‑51 (MQ=255)
aaCGTTCAGGTGCTGACCACCTTCGATGGATGCTTCGTGGTGGAAGTAAccatcc > 1:1893065/1‑55 (MQ=255)
aaCGTTCAGGGGCTGACCACCTTCGATGGATGCTTCGTGGTGGAAGTa < 1:3781202/48‑1 (MQ=255)
aCGTTCAGGTGCTGACCACCTTCGATGGATGCTTCGTGGTGGAAGTAACCATCCATCAGACCAGCCAGGtt < 1:3703610/71‑1 (MQ=255)
cGTTGAGGTGTTGACCGCCTTCGACATCCGCTTCGTGGTGGAAATACCCATCCAGCAGGCCGACAAGGTTg < 1:2821012/71‑1 (MQ=255)
cGTTGAGGTGTTGACCGCCTTCGACATCCGCTTCGTGGTGGAAATACCCATCCAGCAGGCCGACAAGGTTg < 1:668188/71‑1 (MQ=255)
cGTTGAGGTGTTGACCGCCTTCGACATCCGCTTCGTGGTGGAAATACCCATCCAGCAGGCCGACAAGGTTg < 1:3223304/71‑1 (MQ=255)
cGTTCAGGTGCTGACCACCTTCGATGGATGCTTCGTGGTGGAAGTAACCATCCATCAGACCAGCCAGGTTg < 1:2482210/71‑1 (MQ=255)
gTTCAGGTGCTGACCACCTTCGATGGATGCTTCGTGGTGGAAGTAACCATCCATCAGACCAGCCAGGtt > 1:3239501/1‑69 (MQ=255)
ttCAGGTGCTGACCACCTTCGATGGATGCTTCgtgg < 1:2320480/36‑1 (MQ=255)
ttCAGGTGCTGACCACCTTCGATGGATGCTTCGTGGTGGAAGTAAccatccat < 1:1175710/53‑1 (MQ=255)
tCAGGTGCTGACCACCTTCGATGGATGCTTCGTGGTGGAAGTAACCATCCATCAGACCAGCCAGGTTGGTc > 1:1994647/1‑71 (MQ=255)
gaGGTGTTGACCGCCTTCGACATCCGCTTCGTGGTGGAAATACCCATCCAGCAGGCCGACAAGGTTGGttt > 1:2508660/2‑69 (MQ=255)
cAGGTGCTGACCACCTTCGATGGATGCTTCGTGGTGGAAGTAACCATCCATCAGACCAGCCAGGTTGGTc > 1:1792913/1‑70 (MQ=255)
cAGGTGCTGACCACCTTCGATGGATGCTTCGTGGTGGAAGTAACCATCCATCAGACCAGCCAGGTTGGTCt > 1:401254/1‑71 (MQ=255)
aGGTGTTGACCGCCTTCGACATCCGCTTCGTGGTGGAAATACCCATCCAGCAGGCCGACAAGGTTGGtttt < 1:942347/71‑1 (MQ=255)
aGGTGTTGACCGCCTTCGACATCCGCTTCGTGGTGGAAATACCCATCCAGCAGGCCGACAAGGTTGGtttt < 1:2231230/71‑1 (MQ=255)
aGGTGCTGACCACCTTCGATGGATGCTTCGTGGTGGAAGTaa > 1:2491314/1‑42 (MQ=255)
aGGTGCTGACCACCTTCGATGGATGCTTCGTGGTGGAAGTAACCATCCATCAGACCAGCCAGGTTGGTCt < 1:180736/70‑1 (MQ=255)
aGGTGCTGACCACCTTCGATGGATGCTTCGTGGTGGAAGTAACCATCCATCAGACCAGCCAGGTTGGTCt < 1:2343644/70‑1 (MQ=255)
aGGTGCTGACCACCTTCGATGGATGCTTCGTGGTGGAAGTAACCATCCATCAGACCAGCCAGGTTGGTCt < 1:2804426/70‑1 (MQ=255)
aGGTGCTGACCACCTTCGATGGATGCTTCGTGGTGGAAGTAACCATCCATCAGACCAGCCAGGTTGGTCt < 1:2700611/70‑1 (MQ=255)
aGGTGCTGACCACCTTCGATGGATGCTTCGTGGTGGAAGTAACCATCCATCAGACCAGCCAGGTTGGTCt < 1:2689224/70‑1 (MQ=255)
aGGTGCTGACCACCTTCGATGGATGCTTCGTGGTGGAAGTAACCATCCATCAGACCAGCCAGGTTGGTCt < 1:2362760/70‑1 (MQ=255)
aGGTGCTGACCACCTTCGATGGATGCTTCGTGGTGGAAGTAACCATCCATCAGACCAACCTGGCTGGTCt < 1:3119832/70‑1 (MQ=255)
ggTGTTGACCGCCTTCGACATCCGCTTCGTGGTGGAAATACCCATCCAGCAGGCCGACAAGGTTGGTTTTa < 1:3409193/71‑1 (MQ=255)
ggTGTTGACCGCCTTCGACATCCGCTTCGTGGTGGAAATACCCATCCAGCAGGCCGACAAGGTTGGTTTTa < 1:3824925/71‑1 (MQ=255)
ggTGCTGACCACCTTCGATGGATGCTTCGTGGTGGAAGTAACAATCCATCAGACCAGCCAGGTTGGTCTTa < 1:3880655/71‑1 (MQ=255)
gtgtTGACCGCCTTCGACATCCGCTTCGTGGTGGAAATACccatcca < 1:1868925/47‑1 (MQ=255)
gTGCTGACCACCTTCGATGGATGCTTCGTGGTGGAAGTAACCATCCATCAGACCAGCCAGGTTGGTCTTAc > 1:923689/1‑71 (MQ=255)
gTGCTGACCACCTTCGATGGATGCTTCGTGGTGGAAGTAACCATCCATCAGACCAGCCAGGTTGGTCTTAc < 1:1251432/71‑1 (MQ=255)
gTGCTGACCACCTTCGATGGATGCTTCGTGGTGGAAGTAACCATCCATCAGACCAGCCAGGTTGGTCTTAc < 1:1614315/71‑1 (MQ=255)
gTGCTGACCACCTTCGATGGATGCTTCGTGGTGGAAGTAACCATCCATCAGACCAGCCAGGTTGGTCTTAc < 1:1993034/71‑1 (MQ=255)
accaccTTCGATGGATGCTTCGTGGTGGAAGTAACCATCCATCAGACCAGCCAGGTTGGTCTTACGAAc < 1:3631156/69‑1 (MQ=255)
accaccTTCGATGGATGCTTCGTGGTGGAAGTAACCATCCATCAGACCAGCCAGGTTGGTCTTACGAACt > 1:1538295/1‑70 (MQ=255)
accaccTTCGATGGATGCTTCGTGGTGGAAGTAACCATCCATCAGACCAGCCAGGTTGGTCTTACGAACt < 1:2984463/70‑1 (MQ=255)
ccaccTTCGATGGATGCTTCGTGGTGGAAGTAACCATCCATCAGACCAGCCAGGTTGGTCTTAc > 1:2649502/1‑64 (MQ=255)
ccaccTTCGATGGATGCTTCGTGGTGGAAGTAACCATCCATCAGACCAGCCAGGTTGGTCTTAc > 1:1479166/1‑64 (MQ=255)
caccTTCGATGGATGCTTCGTGGTGGAAGTAACCATCCATCAGACCAGCCAGGTTGGTCTTACGAACTtcg > 1:2952013/1‑71 (MQ=255)
ccTTCGATGGATGCTTCGTGGTGGAAGTAACCATCCATCAGACCAGCCAGGTTGGTCTTACGAACTtcgtc < 1:924198/71‑1 (MQ=255)
cGATGGATGCTTCGTGGTGGAAGTAACCATCCATCAGACCAGCCAGGTTGGTCTTAGGAACTTcgtcgt < 1:2293151/69‑1 (MQ=255)
cGATGGATGCTTCGTGGTGGAAGTAACCATCCATCAGACCAGCCAGGTTGGTCTTACGAACTTcgtcgt < 1:474139/69‑1 (MQ=255)
cGATGGATGCTTCGTGGTGGAAGTAACCATCCATCAGACCAGCCAGGTTGGTCTTACGAACTTcgtcgt < 1:2823118/69‑1 (MQ=255)
cGATGGATGCTTCGTGGTGGAAGTAACCATCCATCAGACCAGCCAGGTTGGTCTTACGAACTTCgtcgtc < 1:1797071/70‑1 (MQ=255)
cGATGGATGCTTCGTGGTGGAAGTAACCATCCATCAGACCAGCCAGGTTGGTCTTACGAACTTCgtcgtc < 1:3724881/70‑1 (MQ=255)
cGATGGATGCTTCGTGGTGGAAGTAACCATCCATCAGACCAGCCAGGTTGGTCTTACGAACTTCGTCGTCt > 1:1495472/1‑71 (MQ=255)
cGATGGATGCTTCGTGGTGGAAGTAACCATCCATCAGACCAGCCAGGTTGGTCTTACGAACTTCGTCGTCt > 1:3120132/1‑71 (MQ=255)
gatggatgCTTCGTGGTGGAAGTAACCATCCATCAGACCAGCCAGGTTGGTCTTACGAACTTCGTCGTCtt > 1:3933899/1‑71 (MQ=255)
tggatgCTTCGTGGTGGAAGTAACCATCCATCAGACCAGCCAGGTTGGTCt < 1:2676588/51‑1 (MQ=255)
gatgCTTCGTGGTGGAAGTAACCATCCATCAGACCAGCCAGGTTGGTCTTAc > 1:2492549/1‑52 (MQ=255)
atgCTTCGTGGTGGAAGTAACCATCCATCAGACCAGCCAGGTTGGTCTTACGAACTTCGTCGTCTTTAccc < 1:1021903/71‑1 (MQ=255)
|
TTCCATCGCGTCGAGCAGCATTTCACGGTTCATCACGTTAACGTTCAGGTGCTGACCACCTTCGATGGATGCTTCGTGGTGGAAGTAACCATCCATCAGACCAGCCAGGTTGGTCTTACGAACTTCGTCGTCTTTACCC > minE/608091‑608229
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
