Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A6 F21 I0 R1
|
2169 |
63.0 |
3952800 |
76.2% |
3012033 |
62.4 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
minE |
834,854 |
C→A |
7.3% |
D1104E (GAC→GAA) |
narG → |
nitrate reductase 1, alpha subunit |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | minE | 834,854 | 0 | C | A | 7.3%
| 269.0
/ 3.6
| 81 | D1104E (GAC→GAA) | narG | nitrate reductase 1, alpha subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (45/30); new base A (3/3); total (48/33) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.83e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
CCAGGAAAAAGCGCTCAACTTCCTGACGCCGCACCAGAAGTGGGGTATCCACTCCACCTACAGCGACAACCTGCTGATGCTGACTTTAGGTCGCGGTGGTCCGGTGGTCTGGTTGAGTGAAGCCGATGCCAAAGAT > minE/834788‑834923
|
cccggAAAAAGCACTTAACTTCCTGACGCCGCACCAGAAATGGGGCATTCACTCAACCTACAGTGaaaa < 1:502034/66‑1 (MQ=255)
ccAGGAAAAAGCGCTCAACTTCCTGACGCCGCACCAGAAGTGGGGTATCCACTCCACCTACAGCGACAAcc > 1:2987851/1‑71 (MQ=255)
aGGAAAAAGCGCTCAACTTCCTGACGCCGCACCAGAAGTGGGGTATCCACTCCACCTACAGCGACAACctg < 1:1647254/71‑1 (MQ=255)
ggAAAAAGCGCTCAACTTCCTGACGCCGCACCAGAAGTGGGGTATCCACTCCACCTACAGCGACAACctgc > 1:3222517/1‑71 (MQ=255)
ggAAAAAGCGCTCAACTTCCTGACGCCGCACCAGAAGTGGGGTATCCACTCCACCTACAGCGACAACctg > 1:1773966/1‑70 (MQ=255)
gAAAAAGCGCTCAACTTCCTGACGCCGCACCAGAAGTGGGGTATCCACTCCACCTACAGCGACAACctgct < 1:3359566/71‑1 (MQ=255)
aaaaaGCGCTCAACTTCCTGACGCCGCACCAGAAGTGGGGTATCCACTCCACCTACAGCGACAACctgct > 1:1239461/1‑70 (MQ=255)
aaaaGCGCTCAACTTCCTGACGCCGCACCAGAAGTGGGGTATCCACTCCACCTACAGCGACAACCtgctga > 1:3368332/1‑71 (MQ=255)
aGCGCTCAACTTCCTGACGCCGCACCAGAAGTGGGGTATCCACTCCACCTACAGCGACAACCtgctgatgc > 1:471461/1‑71 (MQ=255)
cttaaCTTCCTGACGCCGCACCAGAAATGGGGCATTCACTCAACCTACAGTGAAAACCTGCTAATGCTGAc > 1:92381/4‑71 (MQ=255)
cTCAACTTCCTGACGCCGCACCAGAAGTGGGGTATCCACTCCACCTACAGCGACAACct > 1:2632749/1‑59 (MQ=255)
ttaaCTTCCTGACGCCGCACCAGAAATGGGGCATTCACTCAACCTACAGTGAAAACCtgctaatgctga < 1:3420312/67‑1 (MQ=255)
tCAACTTCCTGACGCCGCACCAGAAGTGGGGTATCCACTCCACCTACAGCGAc > 1:3593428/1‑53 (MQ=255)
tCAACTTCCTGACGCCGCACCAGAAGTGGGGTATCCACTCCACCTACAGCGAc > 1:1547893/1‑53 (MQ=255)
tCAACTTCCTGACGCCGCACCAGAAGTGGGGTATCCACTCCACCTACAGCGAc > 1:3270975/1‑53 (MQ=255)
accTTCCTGACGCCGCACCAGAAGTGGGGTATCCACTCCACCTACAGCGACAACCTGCTGATGCTGACtt < 1:1784542/68‑1 (MQ=255)
aaCTTCCTGACGCCGCACCAGAAGTGGGGTATCCACTCCACCTACAGCGACAACCttctgatgct > 1:1950809/1‑65 (MQ=255)
aaCTTCCTGACGCCGCACCAGAAGTGGGGTATCCACTCCACCTACAGCGACAACCtgctgatgct < 1:3065896/65‑1 (MQ=255)
aaCTTCCTGACGCCGCACCAGAAGTGGGGTATCCACTCCACCTACAGCGACAACCtgctgatgct > 1:1164855/1‑65 (MQ=255)
aaCTTCCTGACGCCGCACCAGAAGTGGGGTATCCACTCCACCTACAGCGACAACCtgctga < 1:3809407/61‑1 (MQ=255)
aaCTTCCTGACGCCGCACCAGAAGTGGGGTATCCACTCCACCTACAGCGACAACCtgctga < 1:3378406/61‑1 (MQ=255)
aaCTTCCTGACGCCGCACCAGAAGTGGGGTATCCACTCCACCTACAGCGACAACCtgctga < 1:3414901/61‑1 (MQ=255)
aaCTTCCTGACGCCGCACCAGAAGTGGGGTATCCACTCCACCTACAGCGACAACCTGCTGATGCTGACttt < 1:2880739/71‑1 (MQ=255)
aaCTTCCTGACGCCGCACCAGAAGTGGGGTATCCACTCCACCTACAGCGACAACCTGCTGATGCTGACttt < 1:1815356/71‑1 (MQ=255)
aaCTTCCTGACGCCGCACCAGAAGTGGGGTATCCACTCCACCTACAGCGACAACCTGCTGATGCTGACtt < 1:2077079/70‑1 (MQ=255)
aaCTTCCTGACGCCGCACCAGAAGTGGGGTATCCACTCCACCTACAGCGACAACCTGCTGATGCTGACtt > 1:2004276/1‑70 (MQ=255)
aaCTTCCTGACGCCGCACCAGAAATGGGGCATTCACTCAACCTACAGTGAAAACCTGCTAATGCTGAcgct > 1:3011110/1‑68 (MQ=255)
aaCTTCCTGACGCCGCACCAGAAATGGGGCATTCACTCAACCTACAGTGAAAACCTGCTAATGCTGAcgct > 1:1137890/1‑68 (MQ=255)
aaCTTCCTGACGCCGCACCAGAAATGGGGCATTCACTCAACCTACAGTGAAAACCTGCTAATGCTGAcg < 1:3897939/69‑2 (MQ=255)
aCTTCCTGACGCCGCACCAGAAGTGGGGTATCCACTCCACCTACAGCGACAACCTGCTGATGCTGACttt < 1:3239949/70‑1 (MQ=255)
ttCCTGACGCCGCACCAGAAGTGGGGTATCCACTCCACCTACAGCGACAACCTGCTGATGCTGACTTTAgg > 1:523305/1‑71 (MQ=255)
tCCTGACGCCGCACCAGAAGTGGGGTATCCACTCCACCTACAGCGACAACCtgctgatg > 1:3638768/1‑59 (MQ=255)
tCCTGACGCCGCACCAGAAGTGGGGTATCCACTCCACCTACAGCGACAACCTGCTGATGCTGAc > 1:2403516/1‑64 (MQ=255)
ccTGACGCCGCACCAGAAGTGGGGTATCCACTCCACCTACAGCGACAACCTGCTGATGCTGACTTTAGGt < 1:2850014/70‑1 (MQ=255)
cTGACGCCGCACCAGAAGTGGGGTATCCACTCCACCTACAGCGACAACCTGCTGATGCTGACTTTAGGTcg < 1:910813/71‑1 (MQ=255)
aCGCCGCACCAGAAGTGGGGTATCCACTCCACCTACAGCGACAACCTGCTGATGCTGACTTTAGGgcgctg < 1:440874/71‑3 (MQ=255)
aCGCCGCACCAGAAGTGGGGTATCCACTCCACCTACAGCGACAACCTGCTGATGCTGACTTTAGGTCGcgg < 1:3023732/71‑1 (MQ=255)
aCGCCGCACCAGAAGTGGGGTATCCACTCCACCTACAGCGACAACCTGCTGATGCTGACTTTAGGTCGcgg < 1:2389547/71‑1 (MQ=255)
aCGCCGCACCAGAAGTGGGGTATCCACTCCACCTACAGCGACAACCTGCTGATGCTGACTTTAGGTCGcgg < 1:404062/71‑1 (MQ=255)
ccgcACCAGAAATGGGGCATTCACTCAACCTACAGTGAAAACCTGCTAATGCTGACGCTCTCTCGcggtgg < 1:1357948/71‑1 (MQ=255)
gcACCAGAAGTGGGGTATCCACTCCACCTACAGCGACAACCTGCTGATGCTGACTTTa > 1:3388997/1‑58 (MQ=255)
gcACCAGAAGTGGGGTATCCACTCCACCTACAGCGACAACCTGCTGATGCTGACTTTa > 1:3895735/1‑58 (MQ=255)
gcACCAGAAGTGGGGTATCCACTCCACCTACAGCGACAACCTGCTGATGCTGACTTTAGGTCGcggtggt > 1:1028919/1‑70 (MQ=255)
aCCAGAAGTGGGGTATCCACTCCACCTACAGCGACAACCTGCTGATGCTGACTTTAgg > 1:3205978/1‑58 (MQ=255)
aCCAGAAGTGGGGTATCCACTCCACCTACAGCGACAACCTGCTGATGCTGACTTTAgg > 1:3117071/1‑58 (MQ=255)
ccAGAAGTGGGGTATCCACTCCACCTACAGCGACAACCTGCTGATGCTGACTTTAGGTCGcggtggtccgg < 1:1066846/71‑1 (MQ=255)
aGAAGTGGGGTATCCACTCCACCTACAGCGACAACCTGCTGATGCTGACTTTAGGTCGcggtggtccggtg > 1:1695133/1‑71 (MQ=255)
gAAGTGGGGTATCCACTCCACCTACAGCGACAACCTGCTGATGCTGACTTTAGGTcgcg > 1:1823140/1‑59 (MQ=255)
gAAGTGGGGTATCCACTCCACCTACAGCGACAACCTGCTGATGCTGACTTTAGGTCGcggtggtccggtgg > 1:256754/1‑71 (MQ=255)
gAAGTGGGGTATCCACTCCACCTACAGCGACAACCTGCTGATGCTGACTTTAGGTCGcggtggtccggtgg > 1:850214/1‑71 (MQ=255)
gTGGGGTATCCACTCCACCTACAGCGACAACCTGCTGATGCTGACTTTAGGTCGCGGTGGTCCGGTGGTCt > 1:1006801/1‑71 (MQ=255)
ggggTATCCACTCCACCTACAGCGACAACCTGCTTATGCTGACTTTAGGTCGcggt < 1:2391963/56‑1 (MQ=255)
gggTATCCACTCCACCTACAGCGACAACCTGCTGATGCTGACTTTAGGTCGCGGTGGTCCGGTGGTCTGGt > 1:290169/1‑71 (MQ=255)
ggTATCCACTCCACCTACAGCGACAACCTGCTGATGCTGACTTTAGGTCGCGGTGGTCCGGTGGTCTGGtt < 1:374674/71‑1 (MQ=255)
ggTATCCACTCCACCTACAGCGACAACCTGCTGATGCTGACTTTAGGGCGCGGTGGTCCGGTGGTCTGGtt < 1:2154210/71‑1 (MQ=255)
aTCCACTCCACCTACAGCGACAACCTGCTGATGCTGACTTTAGGTCGCGGTGGTCCGGTGGTCTGGTTGAg > 1:1400834/1‑71 (MQ=255)
aTCCACTCCACCTACAGCGACAACCTGCTGATGCTGACTTTAGGTCGCGGTGGTCCGGTGGTCTGGTTGAg > 1:1911405/1‑71 (MQ=255)
tccactccacCTACAGCGACAACCTGCTGATGCTGACTTTAGGTCGCGGTGGTCCGGTGGTCTGGTTGAg > 1:3227962/1‑70 (MQ=255)
tccactccacCTACAGCGACAACCTGCTGATGCTGACTTTAGGTCGCGGTGGTCCGGTGGTCTGGTTGAGt > 1:815610/1‑71 (MQ=255)
cactccacCTACAGCGACAACCTGCTGATGCTGACtt < 1:2898683/37‑1 (MQ=255)
cactccacCTACAGCGACAACCTGCTGATGCTGACTTTAGGTCGCGGTGGTCCGGTGGTCTGGTTGAGTg > 1:1199259/1‑70 (MQ=255)
cactccacCTACAGCGACAACCTGCTGATGCTGACTTTAGGTCGCGGTGGTCCGGTGGTCTGGTTGAGTGa < 1:134539/71‑1 (MQ=255)
cactccacCTACAGCGACAACCTGCTGATGATGACTTTAGGTCGCGGTGGTCCGGTGGTCTGGTTGAGTg < 1:2986588/70‑1 (MQ=255)
actccacCTACAGCGACAACCTGCTGATGCTGACTTTAGGTCGCGGTGGTCCGGTGGTCTGGTTGAGTg > 1:1251685/1‑69 (MQ=255)
actacacCTACAGCGACAACCTGCTGATGCTGACTTTAGGTCGCGGTGGTCCGGTGGTCTGGTTGa > 1:3088452/1‑66 (MQ=255)
ctccacCTACAGCGACAACCTGCTGATGCTGACTTTAGGTCGCGGTGGTCCGGTGGTCTGGTTGAGTGAAg > 1:389281/1‑71 (MQ=255)
ccacCTACAGCGACAACCTGCTGATGCTGACTTTAGGTCGCGGTGGTCCGGTGGTCTGGTTGAGTGAAGcc > 1:2838486/1‑71 (MQ=255)
cacCTACAGCGACAACCTGCTGATGCTGACTTTAGGTCGCGGTGGTCCGGTGGTCTGGTTGAGTGAAGcc > 1:2405061/1‑70 (MQ=255)
cacCTACAGCGACAACCTGCTGATGCTGACTTTAGGTCGCGGTGGTCCGGTGGTCTGGTTGAGTGAAGcc > 1:2409675/1‑70 (MQ=255)
cacCTACAGCGACAACCTGCTGATGCTGACTTTAGGTCGCGGTGGTCCGGTGGTCTGGTTGAGTGAAGcc < 1:1595924/70‑1 (MQ=255)
cacCTACAGCGACAACCTGCTGATGCTGACTTTAGGTCGCGGTGGTCCGGTGGTCTGGTTGAGTGAAGc > 1:822365/1‑69 (MQ=255)
ccTACAGCGACAACCTGCTGATGCTGACTTTAGGTCGCGGTGGTCAGGTGGTCTGGTTGAGTGAAGCCGAt > 1:1985097/1‑71 (MQ=255)
cTACAGCGACAACCTGCTGATGCTGACTTTAGGTCGCGGTGGTCCGGTGGTCTGGTTGAGTGAAGCCGATg > 1:3515933/1‑71 (MQ=255)
tACAGCGACAACCTGCTGATGCTGACTTTAGGTCGCGGTGGTCCGGTGGTCTGGTTGAGTGAAGCCGATg > 1:1537513/1‑70 (MQ=255)
tACAGCGACAACCTGCTGATGCTGACTTTAGGTCGCGGTGGTCCGGTGGTCTGGTTGAGTGAAGCCGATGc > 1:1452382/1‑71 (MQ=255)
aCAGCGACAACCTGCTGATGCTGACTTTAGGTCGCGGTGGTCCGGTGGTCTGGTTGAg > 1:1689172/1‑58 (MQ=255)
aCAGCGACAACCTGCTGATGCTGACTTTAGGTCGCGGTGGTCCGGTGGTCTGGTTGAGTGAAGc > 1:1028700/1‑64 (MQ=255)
cAGCGACAACCTGCTGATGCTGACTTTAGGTCGCGGTGGTCCGGTGGTCTGGTTGAGTGAAGCCGATGcc > 1:3432029/1‑70 (MQ=255)
cAGCGACAACCTGCTGATGCTGACTTTAGGTCGCGGTGGTCCGGTGGTCTGGTTGAGTGAAGCCGATGCCa < 1:47024/71‑1 (MQ=255)
cGACAACCTGCTGATGCTGACTTTAGGTCGCGGTGGTCCGGTGGTCTGGTTGAGTGAAGc > 1:938608/1‑60 (MQ=255)
cGACAACCTGCTGATGCTGACTTTAGGTCGCGGTGGTCCGGTGGTCTGGTTGAGTGAAGCCGATGCCa > 1:3762694/1‑68 (MQ=255)
cGACAACCTGCTGATGCTGACTTTAGGTCGCGGTGGTCCGGTGGTCTGGTTGAGTGAAGCCGATGCCAAAg < 1:1243612/71‑1 (MQ=255)
gACAACCTGCTGATGCTGACTTTAGGTCGCGGTGGTCCGGTGGTCTGGTTGAGTGAAGc < 1:1215518/59‑1 (MQ=255)
gACAACCTGCTGATGCTGACTTTAGGGCGCGGTGGGCCGGTGGTCTGGTTGAGTGAAGCCGATGCCAAAg < 1:1056918/70‑1 (MQ=255)
aCAACCTGCTGATGCTGACTTTAGGTCGCGGTGGTCCGGTGGTCTGGTTGAGTGAAGCCGATGCCAAAGAt < 1:1797957/71‑1 (MQ=255)
|
CCAGGAAAAAGCGCTCAACTTCCTGACGCCGCACCAGAAGTGGGGTATCCACTCCACCTACAGCGACAACCTGCTGATGCTGACTTTAGGTCGCGGTGGTCCGGTGGTCTGGTTGAGTGAAGCCGATGCCAAAGAT > minE/834788‑834923
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
