Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A5 F21 I0 R2
|
316 |
65.6 |
5147759 |
97.4% |
5013917 |
60.3 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
W3110S.gb |
1,420,362 |
C→T |
28.6% |
intergenic (‑419/‑23) |
kil ← / → sieB |
inhibitor of ftsZ, killing protein/phage superinfection exclusion protein |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | W3110S.gb | 1,420,362 | 0 | C | T | 28.6%
| 109.4
/ 52.4
| 70 | intergenic (‑419/‑23) | kil/sieB | inhibitor of ftsZ, killing protein/phage superinfection exclusion protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (24/25); new base T (7/13); total (32/38) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.24e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.99e-01 |
TCACCACCTCCGGGCTTCGGTGGTCTCGGCTATACCCCTACAGCGAGAGCTTGTGTTAACATTTCAATACCCTTACAGTTGAGAGTTATTGATATGTTGGATGTATTTACTCCATTGTTGAAACTTTTTGCTAACG > W3110S.gb/1420292‑1420427
|
tCACCACCTCCGGGCTTCGGTGGTCTCGGCTATACCCCTACAGCGAGAGCTTGTGTTAACATTTCAATAcc > 1:2271456/1‑71 (MQ=255)
ccGGGCTTCGGTGGTCTCGGCTATACCCCTACAGCGAGAGCTTGTGTTAACATTTCAATACCCTTACAGtt > 1:4669599/1‑71 (MQ=255)
cGGGCTTCGGTGGTCTCGGCTATACCCCTACAGCGAGAGCTTGTGTTAACATTTCAATACCCTTACAGtt < 1:2849481/70‑1 (MQ=255)
cTTCGGTGGTCTCGGCTATACCCCTACAGCGAGAGCTTGTGTTAACATTTCAATACCCTTACAGTTGagag < 1:116569/71‑1 (MQ=255)
cGGTTGTCTCGGCTATACCCCTACAGCGAGAGCTTGTGTTAACATTTCAATACTCTTACAGTTGAGAGt < 1:3690754/69‑1 (MQ=255)
gtggtCTCGGCTATACCCCTACAGCGAGAGCTTGTGTTAACATTTCAATACTCTTACAGTTGAGAGTTAtt < 1:3608790/71‑1 (MQ=255)
gtggtCTCGGCTATACCCCTACAGCGAGAGCTTGTGTTAACATTTCAATACCCTTACAGTTGAGAGTTAtt < 1:3059939/71‑1 (MQ=255)
ggtCTCGGCTATACCCCTACAGCGAGAGCTTGTGTTAACATTTCAATACCCTTACAGTTGAGAGTTATTGa > 1:4709903/1‑71 (MQ=255)
ggtCTCGGCTATACCCCTACAGCGAGAGCTTGTGTTAACATTTCAATACCCTTACAGTTGAGAGTTATTGa > 1:1319021/1‑71 (MQ=255)
gtCTCGTCTATACCCCTACAGCGAGAGCTTGTGTTAACATTTCAATACCCTTACAGTTGAGAGTTATTg < 1:1623379/69‑1 (MQ=255)
gtCTCGGCTATACCCCTACAGCGAGAGCTTGTGTTAACATTTCAATACCCTTACAGTTGAGAGTTATTg < 1:1060985/69‑1 (MQ=255)
gtCTCGGCTATACCCCTACAGCGAGAGCTTGTGTTAACATTTCAATACCCTTACAGTTGAGAGTTATTg < 1:3299891/69‑1 (MQ=255)
tcGGCTATACCCCTACAGCGAGAGCTTGTGTTAACATTTCAATACTCTTACAGTTGAGAGTTATTGATATg > 1:3375640/1‑71 (MQ=255)
tcGGCTATACCCCTACAGCGAGAGCTTGTGTTAACATTTCAATACTCTTACAGTTGAGAGTTATTGATATg > 1:4735522/1‑71 (MQ=255)
tcGGCTATACCACTACAGCGAGAGCTTGTGTTAACATTTCAATACTCTTACAGTTGAGAGTTATTGATATg > 1:4141414/1‑71 (MQ=255)
gtcTATACCCCTACAGCGATAGCTTGTGTTAACATTTCAATACCCTTACAGTTGAGAGta > 1:3256074/3‑59 (MQ=255)
ggCTATACCCCTACAGCGAGAGCTTGTGTTAACATTTCAATACTCTTACAGTTGAGAGTTATTGATATGtt > 1:3528879/1‑71 (MQ=255)
ggCTATACCCCTACAGCGAGAGCTTGTGTTAACATTTCAATACCCTTACAGTTGAGAGTTATTGATATGtt > 1:3169665/1‑71 (MQ=255)
ggCTATACCCCTACAGCGAGAGCTTGTGTTAACATTTCAATACCCTTACAGTTGAGAGTTATAGATATGtt > 1:3053394/1‑71 (MQ=255)
cTATACCCCTACAGCGATAGCTTGTGTTAACATTTCAATACCCTTACAGTTGAGAGt < 1:2852/57‑1 (MQ=255)
tataCCCCTACAGCGAGAGCTTGTGTTAACATTTCAATACCCTTACAGtt > 1:2421123/1‑50 (MQ=255)
taCCCCTACAGCGAGAGCTTGTGTTAACATTTCAATACCCTTACAGtt < 1:5102813/48‑1 (MQ=255)
taCCCCTACAGCGAGAGCTTGTGTTAACATTTCAATACCCTTACAGtt < 1:3105140/48‑1 (MQ=255)
taCCCCTACAGCGAGAGCTTGTGTTAACATTTCAATACACTTACAGTTGAGAGTTATTGATATGTTGGATg > 1:3698216/1‑71 (MQ=255)
ccccTACAGCGAGAGCTTGTGTTAACATTTCAATACTCTTACAGTTGAGAGTTATTGATATGTTGGATGTa > 1:3042658/1‑71 (MQ=255)
ccTACAGCGAGAGCTTGTGTTAACATTTCAATACCCTTACAGTTGAGAGTTATTGATATGTTGGATGTAtt < 1:1510236/71‑1 (MQ=255)
cTACAGCGAGAGCTTGTGTTAACATTTCAATACTCTTACAGtt < 1:3149618/43‑1 (MQ=255)
cTACAGCGAGAGCTTGTGTTAACATTTCAATACCCTTACAGTTgaga > 1:4509121/1‑47 (MQ=255)
cTACAGCGAGAGCTTGTGTTAACATTTCAATACCCTTACAGTTGAGAGt < 1:1746463/49‑1 (MQ=255)
cTACAGCGAGAGCTTGTGTTAACATTTCAATACCCTTACAGTTGAGAGt < 1:4374528/49‑1 (MQ=255)
cTACAGCGAGAGCTTGTGTTAACATTTCAATACCCTTACAGTTGAGAGTTATTGATATGTTGGATGTAtt > 1:2172868/1‑70 (MQ=255)
aCAGCGAGAGCTTGTGTTAACATTTCAATACCCTTACAGTTGAGAGTTATTGa < 1:3335507/53‑1 (MQ=255)
cAGCGAGAGCTTGTGTTAACATTTCAATACTCTTACAGTTGAGAGTTATTGATATGTTGGATGTATTTACt > 1:2874590/1‑71 (MQ=255)
cAGCGAGAGCTTGTGTTAACATTTCAATACCCTTACAGTTGAGAGTTATTGatat > 1:2997444/1‑55 (MQ=255)
cAGCGAGAGCTTGTGTTAACATTTCAATACCCTTACAGTTGAGAGTTATTGATATGTTGGATGTATTTACt > 1:3478193/1‑71 (MQ=255)
aGCGAGAGCTTGTGTTAACATTTCAATACCCTTAc > 1:3217065/1‑35 (MQ=255)
aGCGAGAGCTTGTGTTAACATTTCAATACCCTTAc > 1:3236353/1‑35 (MQ=255)
gagaGCTTGTGTTAACATTTCAATACCCTTACAGTTGAGAGTTATTGATATGTTGGATGTATTTACTCCAt > 1:3058544/1‑71 (MQ=255)
gagaGCTTGTGTTAACATTTCAATACCCTTACAGTTGAGAGTTATTGATATGTTGGATGTATTTACTCCAt > 1:2096098/1‑71 (MQ=255)
agCTTGTGTTAACATTTCAATACCCTTACAGTTGAGAGTTATTGATATGTTGGATGTATTTACTc < 1:3543141/65‑1 (MQ=255)
cTTGTGTTAACATTTCAATACCCTTACAGTTGAGAGTTATTGATATGTTGGATGTATTTACTCCAttgttg < 1:4956962/71‑1 (MQ=255)
tgtgTTAACATTTCAATACCCTTACAGTTGAGAGTTATTGata > 1:4624333/1‑43 (MQ=255)
tgtTAACATTTCAATACTCTTACAGTTGAGAGTTATTGATATGTTGGATGTAtt < 1:1013476/54‑1 (MQ=255)
tgtTAACATTTCAATACTCTTACAGTTGAGAGTTATTGATATGTTGGATGTAtt < 1:563713/54‑1 (MQ=255)
ttAACATTTCAATACTCTTACAGTTGAGAGTTATTGATATGTTGGATGTATTTACTCCATTGTTGAAACtt < 1:1740758/71‑1 (MQ=255)
ttAACATTTCAATACTCTTACAGTTGAGAGTTATTGATATGTTGGATGTATTTACTCCATTGTTGAAACt < 1:4525105/70‑1 (MQ=255)
ttAACATTTCAATACCCTTACAGTTGAGAGTTATTGATATGTTGGATGTATTTACTCCATTGTTGAAACtt > 1:4757418/1‑71 (MQ=255)
ttAACATTTCAATACCCTTACAGTTGAGAGTTATTGATATGTTGGATGTATTTACTCCATTGTTGAAACtt < 1:1707695/71‑1 (MQ=255)
ttAACATTTCAATACCCTTACAGTTGAGAGTTATTGATATCTTGGATGTATTTACTCCATTGTTGAAACtt < 1:4185402/71‑1 (MQ=255)
aaCATTTCAATACCCTTACAGTTGAGAGTTATTGATATGTTGGATGTATTTACTc > 1:1329248/1‑55 (MQ=255)
aaCATTTCAATACCCTTACAGTTGAGAGTTATTGATATGTTGGATGTATTTACTCCATTGTTGAAACtttt > 1:1509603/1‑71 (MQ=255)
aCATTTCAATACTCTTACAGTTGAGAGTTATTGATATGTTGGATGTAt < 1:1192638/48‑1 (MQ=255)
aCATTTCAATACTCTTACAGTTGAGAGTTATTGATATGTTGGATGTAt < 1:4711002/48‑1 (MQ=255)
aCATTTCAATACTCTTACAGTTGAGAGTTATTGATATGTTGGATGTATTTACTCCATTGTTGAAACttttt < 1:3569458/71‑1 (MQ=255)
aCATTTCAATACCCTTACAGTTGAGAGTTATTGATATGTTGGATGTATTTACTCCATTGTTGAAACttttt < 1:3297556/71‑1 (MQ=255)
tttCAATACCCTTACAGTTGAGAGTTATTGATATGTTGGATGt < 1:5010208/43‑1 (MQ=255)
tttCAATACCCTTACAGTTGAGAGTTATTGATATGTTGGATGt < 1:5014507/43‑1 (MQ=255)
tttCAATACCCTTACAGTTGAGAGTTATTGATATGTTGGATGt < 1:5016202/43‑1 (MQ=255)
tttCAATACCCTTACAGTTGAGAGTTATTGATATGTTGGATGTATTTACTc < 1:4688556/51‑1 (MQ=255)
ttCAATACCCTTACAGTTGAGAGTTATTGATATGTTGGATGTATTTACTCCATTGTTGAAACTTTTTGCt > 1:886315/1‑70 (MQ=255)
ttCAATACCCTTACAGTTGAGAGTTATTGATATGTTGGATGTATTTACTCCATTGTTGAAACTTTTTGCt > 1:3559452/1‑70 (MQ=255)
ttCAATACCCTTACAGTTGAGAGTTATTGATATGTTGGATGTATTTACTCCATTGTTGAAACTTTTTGCt > 1:3162625/1‑70 (MQ=255)
ttCAATACCCTTACAGTTGAGAGTTATTGATATGTTGGATGTATTTACTCCATTGTTGAAACTTTTTGCt > 1:2278082/1‑70 (MQ=255)
tCAATACTCTTACAGTTGAGAGTTATTGATATGTTGGATGTATTTAc > 1:4819226/1‑47 (MQ=255)
cAATACCCTTACAGTTGAGAGTTATTGATATGTTGGATGTATTTACTCCATTGTTGAAACTTTTTGCTAAc > 1:1887326/1‑71 (MQ=255)
aaTACCCTTACAGTTGAGAGTTATTGATATGTTGGATGTATTTACTCCATTGTTGAAACTTTTTGCTAAc < 1:2605548/70‑1 (MQ=255)
aaTACCCTTACAGTTGAGAGTTATTGATATGTTGGATGTATTTACTCCATTGTTGAAACTTTTTGCTAAc < 1:258750/70‑1 (MQ=255)
aaTACCCTTACAGTTGAGAGTTATTGATATGTTGGATGTATTTACTCCATTGTTGAAACTTTTTGCTAACg < 1:1904727/71‑1 (MQ=255)
tACTCTTACAGTTGAGAGTTATTGATATGTTGGATGTATTTACTCCATTGTTGAAACTTTTTGCt < 1:4677708/65‑1 (MQ=255)
tACTCTTACAGTTGAGAGTTATTGATATGTTGGATGTATTTACTCCATTGTTGAAACTTTTTGCt < 1:3223813/65‑1 (MQ=255)
tACTCTTACAGTTGAGAGTTATTGATATGTTGGATGTATTTACTCCATTGTTGAAACTTTTTGCt < 1:1178179/65‑1 (MQ=255)
|
TCACCACCTCCGGGCTTCGGTGGTCTCGGCTATACCCCTACAGCGAGAGCTTGTGTTAACATTTCAATACCCTTACAGTTGAGAGTTATTGATATGTTGGATGTATTTACTCCATTGTTGAAACTTTTTGCTAACG > W3110S.gb/1420292‑1420427
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
