Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A6 F21 I0 R2
|
370 |
72.1 |
3738297 |
91.5% |
3420541 |
62.3 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
minE |
1,427,154 |
C→T |
66.3% |
R220H (CGC→CAC) |
napG ← |
ferredoxin‑type protein essential for electron transfer from ubiquinol to periplasmic nitrate reductase (NapAB) |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | minE | 1,427,154 | 0 | C | T | 66.3%
| 95.0
/ 79.8
| 86 | R220H (CGC→CAC) | napG | ferredoxin‑type protein essential for electron transfer from ubiquinol to periplasmic nitrate reductase (NapAB) |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (15/14); new base T (26/31); total (41/45) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.52e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.87e-01 |
TCTCCAGCGCCTCGCGCCCGGCGTCACGTTTACGATTTGCCATTGTTCCCCTCCAGCCAGCCGAAGCGGTAATGGTGACCTAACTCCCCTTTCGCCAGTGACAGCGGTAACACCTTGATTGCCGGTTGTTCCAGCAC > minE/1427088‑1427224
|
tctcCAGCGCCTCGCGCCCGGCGTCACGTTTACGATTTGCCATTGTTCCCCTCCAGCCAGCCGAAGTGGt > 1:2462286/1‑70 (MQ=255)
ctcCAGCGCCTCGCGCCCGGCGTCACGTTTACGATTTGCCATTGTTCCCCTCCAGCCAGCCGAAGTGGTa < 1:2048650/70‑1 (MQ=255)
ctcCAGCGCCTCGCGCCCGGCGTCACGTTTACGATTTGCCATTGTTCCCCTCCAGCCAGCCGAAGTGGTa < 1:141978/70‑1 (MQ=255)
aGCGCCTCGCGCCCGGCGTCACGTTTACGATTTGCCATTGTTCCCCTCCAGCCAGCCGAAGTGGt > 1:2512233/1‑65 (MQ=255)
aGCGCCTCGCGCCCGGCGTCACGTTTACGATTTGCCATTGTTCCCCTCCAGCCAGCCGAAGCGGTAATGGt < 1:228623/71‑1 (MQ=255)
cgcCTCGCGCCCTGCGTCACGTTTACGATTTGCCATTGTTCCCCTCCAGCCAGCCGAAGTGGTAATGGTg < 1:1935618/70‑1 (MQ=255)
cTCGCGCCCGGCGTCACGTTTACGATTTGCCATTGTTCCCCTCCAGCCAGCCGAAGTGGTAATGGTGACCt < 1:1303035/71‑1 (MQ=255)
cgcgCCCGGCGTCACGTTTACGATTTGCCATTGTTCCCCTCCAGCCAGCCGAAGTGGTAATGGt > 1:975479/1‑64 (MQ=255)
gcgcCCGGCGTCACGTTTACGATTTGCCATTGTTCCCCTCCAGCCAGCCGAAGTGGTAATGGTGACCTa < 1:1898235/69‑1 (MQ=255)
gcgcCCGGCGTCACGTTTACGATTTGCCATTGTTCCCCTCCAGCCAGCCGAAGCGGTAATGGTGACCTAAc > 1:463820/1‑71 (MQ=255)
cccGGCGTCACGTTTACGATTTGCCATTGTTCCCCTCCAGCCAGCCGAAGCGGTAATGGTGa < 1:1334681/62‑1 (MQ=255)
ccGGCGTCACGTTTACGATTTGCCATTGTTCCCCTCCAGCCAGCCGAAGCGGTAAt > 1:108319/1‑56 (MQ=255)
ggCGTCACGTTTACGATTTGCCATTGTTCCCCTCCAGCCAGCCGAAGCGGTAATGGTGACCTAACTCCCCt < 1:2542184/71‑1 (MQ=255)
gCGTCACGTTTACGATTTGCCATTGTTCCCCTCCAGCCAGCCGAAGTGGTAATGGTGACCTAACTCCGCtt < 1:2563714/71‑1 (MQ=255)
gCGTCACGTTTACGATTTGCCATTGTTCCCCTCCAGCCAGCCGAAGTGGTAATGGTGACCTAACTCCCCtt < 1:3269038/71‑1 (MQ=255)
gCGTCACGTTTACGATTTGCCATTGTTCCCCTCCAGCCAGCCGAAGCGGTAATGGTGACCTAACTCCCCtt < 1:229294/71‑1 (MQ=255)
gTCACGTTTACGATTTGCCATTGTTCCCCTCCAGCCAGCCGAAGTGGTAATGGTGACCTAACTCCCCTTTc < 1:2195253/71‑1 (MQ=255)
tCACGTTTACGATTTGCCATTGTTCCCCTCCAGCCAGCCGAAGCGGTa > 1:598516/1‑48 (MQ=255)
aCGTTTACGATTTGCCATTGTTCCCCTCCAGCCAGCCGAAGTGGTaa > 1:3049632/1‑47 (MQ=255)
aCGTTTACGATTTGCCATTGTTCCCCTCCAGCCAGCCGAAGTGGTAATGGTGACCTAACTCCCCTTTCGc > 1:3287666/1‑70 (MQ=255)
aCGTTTACGATTTGCCATTGTTCCCCTCCAGCCAGCCGAAGTGGTAATGGTGACCTAACTCCCCTTTCGc > 1:3335753/1‑70 (MQ=255)
gTTTACTATTTGCCATTGTTCCCCTCCAGCCAGCCGAAGTGGTAATGGTg < 1:268250/50‑1 (MQ=255)
gTTTACGATTTGCCATTGTTCCCCTCCAGCCAGCCGAAGCGGTAATGGTGACCt < 1:1712239/54‑1 (MQ=255)
tttACGATTTGCCATTGTTCCCCTCCAGCCAGCCGAAGCGGTAATGGTGACCTAACTCCCCTTTCGCCAGt < 1:2313739/71‑1 (MQ=255)
ttACGATTTGCCATTGTTCCCCTCCAGCCAGCCGAAGTGGTAATGGTGAcc > 1:3036450/1‑51 (MQ=255)
ttACGATTTGCCATTGTTCCCCTCCAGCCAGCCGAAGTGGTAATGGTGAcc > 1:2374854/1‑51 (MQ=255)
ttACGATTTGCCATTGTTCCCCTCCAGCCAGCCGAAGTGGTAATGGTGAcc > 1:3047767/1‑51 (MQ=255)
ttACGATTTGCCATTGTTCCCCTCCAGCCAGCCGAAGTGGTAATGGTGAc > 1:2505773/1‑50 (MQ=255)
tACGATTTGCCATTGTTCCCCTCCAGCCAGCCGAAGTGGTAATGGTGACCTAACTCCCCTTTCGCCAGTGa > 1:316525/1‑71 (MQ=255)
aCGATTTGCCATTGTTCCCCTCCAGCCAGCCGAAGTGGTAATGGTGACCTAACTCCCCtt < 1:1747080/60‑1 (MQ=255)
gATTTGCCATTGTTCCCCTCCAGCCAGCCGAAGCGGTAATgg > 1:717566/1‑42 (MQ=255)
aTTTGCCATTGTTCCCCTCCAGCCAGCCGAAGCGGTAATGGTGa < 1:1945990/44‑1 (MQ=255)
aTTTGCCATTGTTCCCCTCCAGCCAGCCGAAGCGGTAATGGTGa < 1:721096/44‑1 (MQ=255)
aTTTGCCATTGTTCCCCTCCAGCCAGCCGAAGCGGTAATGGTGa < 1:64131/44‑1 (MQ=255)
tGCCATTGTTCCCCTCCAGCCAGCCGAAGTGGTAATGGTGACCTAACTCCCCTTTCGCCAGTGACAGCgg > 1:648472/1‑70 (MQ=255)
gCCATTGTTCCCCTCCAGCCAGCCGAAGTGGTAATGGTGACCTAACTCCCCTTTCGCCAGTGACAGCGGt < 1:3657404/70‑1 (MQ=255)
gCCATTGTTCCCCTCCAGCCAGCCGAAGTGGTAATGGTGACCTAACTCCCCTTTCGCCAGTGACAGCGGt > 1:2275702/1‑70 (MQ=255)
cATTGTTCCCCTCCAGCCAGCCGAAGTGGTAATGGTGACCTAACTCCCCTTTCGCCAGTGACAGCGGTAac < 1:1317211/71‑1 (MQ=255)
cATTGTTCCCCTCCAGCCAGCCGAAGCGGTAATGGTGACCTAACTCCCCTTTCGCCAGTGACAGCGGTAac < 1:2637659/71‑1 (MQ=255)
aTTGTTCCCCTCCAGCCAGCCGAAGCGGTAATGGt > 1:382533/1‑35 (MQ=255)
ttGTTCCCCTCCAGCCAGCCGAAGTGGTAATGGTGACCTAACTCCCCTTTCGCCAGTGACAGCGGTAacac > 1:3243355/1‑71 (MQ=255)
gTTCCCCTCCAGCCAGCCGAAGTGGTAATGGTGACCTAACTcc < 1:1583332/43‑1 (MQ=255)
gTTCCCCTCCAGCCAGCCGAAGTGGTAATGGTGACCTAACTcc < 1:765641/43‑1 (MQ=255)
gTTCCCCTCCAGCCAGCCGAAGTGGTAATGGTGACCTAACTcc < 1:3165120/43‑1 (MQ=255)
ttCCCCTCCAGCCAGCCGAAGTGGTAATGGTGACCTAACTCCCCTTTCGCCAGTGACAGCGGTAACACCtt < 1:3374344/71‑1 (MQ=255)
ttCCCCTCCAGCCAGCCGAAGTGGTAATGGTGACCTAACTCCCCTTTCGCCAGTGACAGCGGTAACACCtt < 1:583519/71‑1 (MQ=255)
ttCCCCTCCAGCCAGCCGAAGTGGTAATGGTGACCTAACTCCCCTTTCGCCAGTGACAGCGGTAACACCtt < 1:2326705/71‑1 (MQ=255)
cccTCCAGCCAGCCGAAGTGGTAATGGTGACCTAACTCCCCTTTCGCCAGTGACAGCGGTAACACCTTGa < 1:1882192/70‑1 (MQ=255)
ccTCCAGCCAGCCGAAGTGGTAATGGTGACCTAACTCCCCTTTCGCCAGTGACAGCGGTAACACCTTGAtt > 1:1750864/1‑71 (MQ=255)
ccTCCAGCCAGCCGAAGCGGTAATGGTGACCTAACTCCCCTTTCGCCAGTGACAGCGGTAACACCTTg > 1:2583059/1‑68 (MQ=255)
ccTCCAGCCAGCCGAAGCGGTAATGGTGACCTAACTCCCCTTTCGCCAGTGACAGCGGTAACACCTTGAtt < 1:2220501/71‑1 (MQ=255)
ccTCCAGCCAGCCGAAGCGGTAATGGTGACCTAACTCCCCTTTCGCCAGTGACAGCGGTAACACCTTGAtt > 1:265501/1‑71 (MQ=255)
cTCCAGCCAGCCGAAGCGGTAATGGTGACCTAACTCCCCTTTCGCCAGTGACAGCGGTAACACCTTGAtt < 1:3466984/70‑1 (MQ=255)
tCCAGCCAGCCGAAGTGGTAATGGTGACCTAACTCCCCTTTCGCCa > 1:2338517/1‑46 (MQ=255)
tCCAGCCAGCCGAAGTGGTAATGGTGACCTAACTCCCCTTTCGCCAg > 1:1791453/1‑47 (MQ=255)
tCCAGCCAGCCGAAGTGGTAATGGTGACCTAACTCCCCTTTCGCCAGTGACAGCGGTAACACCTTGATTGc > 1:2289446/1‑71 (MQ=255)
tCCAGCCAGCCGAAGCGGTAATGGTGACCTAACTCCCCTTTCGCCAGTGACAGCGGTAACACCTTGATTGc > 1:922096/1‑71 (MQ=255)
tCCAGCCAGCCGAAGCGGTAATGGTGACCTAACTCCCCTTTCGCCAGTGACAGCGGTAACACCTTGATTGc > 1:681288/1‑71 (MQ=255)
ccagccagCCGAAGTGGTAATGGTGACCTAACTCCCCTTTCGCCAGTGACAGCGGTAACAcc < 1:901437/62‑1 (MQ=255)
ccagccagCCGAAGCGGTAATGGTGACCTAACTCCCCTTTCGCCAGTGACAGCGGTAACACCTTGATTGcc > 1:1187535/1‑71 (MQ=255)
cagccagcCGAAGCGGTAATGGTGACCTAACTCCCCTTTCGCCAGTGACAGCGGTaa > 1:648283/1‑57 (MQ=255)
cagccagcCGAAGCGGTAATGGTGACCTAACTCCCCTTTCGCCAGTGACAGCGGTAACACCtt > 1:2574387/1‑63 (MQ=255)
cagccagcCGAAGCGGTAATGGTGACCTAACTCCCCTTTCGCCAGTGACAGCGGTAACACCTTGATTGCCg > 1:3286689/1‑71 (MQ=255)
cagccagcCGAAGCGGTAATGGTGACCTAACTCCCCTTTCGCCAGTGACAGCGGTAACACCTTGATTGCCg > 1:1704860/1‑71 (MQ=255)
cagccagcCGAAGCGGTAAAGGTGACCTAACTCCCCTTTCGCCAGTGACAg > 1:2684320/1‑51 (MQ=255)
agccagccGAAGTGGTAATGGTGACCTAACTCCCCTTTCGCCAGTGACAGCGGTAACACCTTGATTGCCgg < 1:544247/71‑1 (MQ=255)
agccagccGAAGTGGTAATGGTGACCTAACTCCCCTTTCGCCAGTGACAGAGGTAACACCTTGATTGCCgg < 1:3042714/71‑1 (MQ=255)
gccagccGAAGTGGTAATGGTGACCTAACTCCCCTTTCGCCAGTGACAg > 1:3250360/1‑49 (MQ=255)
gccagccGAAGTGGTAATGGTGACCTAACTCCCCTTTCGCCAGTGACAg > 1:595687/1‑49 (MQ=255)
gccagccGAAGTGGTAATGGTGACCTAACTCCCCTTTCGCCAGTGACAGCGGTAACACCTTGATTGCCgg < 1:3606601/70‑1 (MQ=255)
ccagccGAAGTGGTAATGGTGACCTAACTCCCCTTTCGCCAGTGACAGCGGTAACACCTTGATTGCCGgtt < 1:2783414/71‑1 (MQ=255)
ccagccGAAGTGGTAATGGTGACCTAACTCCCCTTTCGCCAGTGACAGCGGTAACACCTTGATTGCCGgtt < 1:2053069/71‑1 (MQ=255)
ccagccGAAGCGGTAATGGTGACCTAACTCCCCTTTCGCCAGTGACAGCGGTAACACCTTGATTGCCGgtt < 1:2061538/71‑1 (MQ=255)
cagccGAAGTGGTAATGGTGACCTAACTCCCCTTTCGCCAGTGACAGCGGTAACACCTTGATTGCCGgtt > 1:373332/1‑70 (MQ=255)
cagccGAAGTGGTAATGGTGACCTAACTCCCCTTTCGCCAGTGACAGCGGTAACACCTTGATTGCCGgtt > 1:1775638/1‑70 (MQ=255)
cagccGAAGTGGTAATGGTGACCTAACTCCCCTTTCGCCAGTGACAGCGGTAACACCTTGATTGCCGgtt > 1:2393419/1‑70 (MQ=255)
cagccGAAGTGGTAATGGTGACCTAACTCCCCTTTCGCCAGTGACAGCGGTAACACCTTGATTGCCGgtt > 1:1539507/1‑70 (MQ=255)
agccGAAGTGGTAATGGTGACCTAACTCCCCTTTCGCCAGTGACAGCGGTAACACCTTGATTGCCGgttgt > 1:227790/1‑71 (MQ=255)
agccGAAGTGGTAATGGTGACCTAACTCCCCTTTCGCCAGTGACAGCGGTAACACCTTGATTGCCGgttgt > 1:2919440/1‑71 (MQ=255)
cGAAGTGGTAATGGTGACCTAACTCCCCTTTCGCCAGTGACAGCGGTAACACCTTGATTGCCGGTTGTTcc < 1:255507/71‑1 (MQ=255)
cGAAGTGGTAATGGTGACCTAACTCCCCTTTCGCCAGTGACAGCGGTAACACCTTGATTGCCGGTTGTTcc < 1:1200366/71‑1 (MQ=255)
cGAAGTGGTAATGGTGACCTAACTCCCCTTTCGCCAGTGACAGCGGTAACACCTTGATTGCCGGTTGTTcc < 1:946876/71‑1 (MQ=255)
cGAAGCGGTAATGGTGACCTAACTCCCCTTTCGCCAGTGACAGCGGTAACACCTTGATTGCCGGTTGTTcc < 1:2731286/71‑1 (MQ=255)
gAAGTGGTAATGGTGACCTAACTCCCCTTTCGCCAGTGACAGCGGTAACACCTTGATTGCCGgtt < 1:2611522/65‑1 (MQ=255)
gAAGTGGTAATGGTGACCTAACTCCCCTTTCGCCAGTGACAGCGGTAACACCTTGATTGCCGgtt < 1:1520312/65‑1 (MQ=255)
gAAGTGGTAATGGTGACCTAACTCCCCTTTCGCCAGTGACAGCGGTAACACCTTGATTGCCGgtt < 1:2783276/65‑1 (MQ=255)
cGGTAATGGTGACCTAACTCCCCTTTCGCCAGTGACAGCGGTAACACCTTGATTGCCGGTTGTTCCAGCAc < 1:2371386/71‑1 (MQ=255)
|
TCTCCAGCGCCTCGCGCCCGGCGTCACGTTTACGATTTGCCATTGTTCCCCTCCAGCCAGCCGAAGCGGTAATGGTGACCTAACTCCCCTTTCGCCAGTGACAGCGGTAACACCTTGATTGCCGGTTGTTCCAGCAC > minE/1427088‑1427224
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
