Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A6 F28 I2 R2
|
64 |
60.0 |
3197630 |
92.7% |
2964203 |
60.9 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
minE |
1,427,154 |
C→T |
R220H (CGC→CAC) |
napG ← |
ferredoxin‑type protein essential for electron transfer from ubiquinol to periplasmic nitrate reductase (NapAB) |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | minE | 1,427,154 | 0 | C | T | 100.0%
| 347.1
/ NA
| 103 | R220H (CGC→CAC) | napG | ferredoxin‑type protein essential for electron transfer from ubiquinol to periplasmic nitrate reductase (NapAB) |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); new base T (55/48); total (55/48) |
Only 100 of 103 total aligned reads displayed.
TTTCTCCAGCGCCTCGCGCCCGGCGTCACGTTTACGATTTGCCATTGTTCCCCTCCAGCCAGCCGAAGCGGTAATGGTGACCTAACTCCCCTTTCGCCAGTGACAGCGGTAACACCTTGATTGCCGGTTGTTCCAG > minE/1427086‑1427221
|
tttCTCCAGCGCCTCGCGCCCGGCGTCACGTTTACGATTTGCCATTGTTCCCCTCCAGCCAGCCGAAGTgg > 1:2022523/1‑71 (MQ=255)
tctcCAGCGCCTCGCGCCCGGCGTCACGTTTACGATTTGCCATTGTTCCCCTCCAGCCAGCCGAAGTGGt < 1:745963/70‑1 (MQ=255)
tctcCAGCGCCTCGCGCCCGGCGTCACGTTTACGATTTGCCATTGTTCCCCTCCAGCCAGCCGAAGTGGt < 1:1895582/70‑1 (MQ=255)
cgcCTCGCGCCCGGCGTCACGTTTACGATTTGCCATTGTTCCCCTCCAGCCAGCCGAAGTGGTAATGGTg < 1:1104416/70‑1 (MQ=255)
cgcCCGGCGTCACGTTTACGATTTGCCATTGTTCCCCTCCAGCCAGCCGAAGTGGTAATGGTGAc > 1:910982/1‑65 (MQ=255)
cgcCCGGCGTCACGTTTACGATTTGCCATTGTTCCCCTCCAGCCAGCCGAAGTGGTAATGGTGAc > 1:663271/1‑65 (MQ=255)
cccGGCGTCACGTTTACGATTTGCCATTGTTCCCCTCCAGCCAGCCGAAGTGGTa < 1:839707/55‑1 (MQ=255)
ccGGCGTCACGTTTACGATTTGCCATTGTTCCCCTCCAGCCAGCCGAAGTGGTAATGGTGACCTAACTccc > 1:514357/1‑71 (MQ=255)
ggCGTCACGTTTACGATTTGCCATTGTTCCCCTCCAGCCAGCCGAAGTGGTAATGGTGACCTAACTc > 1:1776543/1‑67 (MQ=255)
ggCGTCACGTTTACGATTTGCCATTGTTCCCCTCCAGCCAGCCGAAGTGGTAATGGTGACCTAACTCCCCt > 1:1041404/1‑71 (MQ=255)
ggCGTCACGTTTACGATTTGCCATTGTTCCCCTCCAGCCAGCCGAAGTGGTAATGGTGACCTAACTCCCCt < 1:3129309/71‑1 (MQ=255)
ggCGTCACGTTTACGATTTGCCATTGTTACCCTCCAGCCAGCCGAAGTGGTAATgg > 1:1358519/1‑56 (MQ=255)
gCGTCACGTTTACGATTTGCCATTGTTCCCCTCCAGCCAGCCGAAGTGGTAATGGTGACCTAACTCCCCtt < 1:1641007/71‑1 (MQ=255)
cGTCACGTTTACGATTTGCCATTGTTCCCCTCCAGCCAGCCGAAGTGGTAATGGTGACCTAACTCCCCttt > 1:1873190/1‑71 (MQ=255)
gTCACGTTTACGATTTGCCATTGTTCCCCTCCAGCCAGCCGAAGTGGTAATGGTGACCTAACTCCCCTTTc < 1:1341091/71‑1 (MQ=255)
tCACGTTTACGATTTGCCATTGTTCCCCTCCAGCCAGCCGAAGTGGTAATGGTGACCTAACTCCCCtt < 1:1255353/68‑1 (MQ=255)
tCACGTTTACGATTTGCCATTGTTCCCCTCCAGCCAGCCGAAGTGGTAATGGTGACCTAACTCCCCtt < 1:1557891/68‑1 (MQ=255)
aCGTTTACGATTTGCCATTGTTCCCCTCCAGCCAGCCGAAGTGGTaa > 1:855305/1‑47 (MQ=255)
aCGTTTACGATTTGCCATTGTTCCCCTCCAGCCAGCCGAAGTGGTaa > 1:1053458/1‑47 (MQ=255)
aCGTTTACGATTTGCCATTGTTCCCCTCCAGCCAGCCGAAGTGGTaa > 1:2626038/1‑47 (MQ=255)
aCGTTTACGATTTGCCATTGTTCCCCTCCAGCCAGCCGAAGTGGTaa > 1:724216/1‑47 (MQ=255)
aCGTTTACGATTTGCCATTGTTCCCCTCCAGCCAGCCGAAGTGGTAATGGTg > 1:780210/1‑52 (MQ=255)
aCGTTTACGATTTGCCATTGTTCCCCTCCAGCCAGCCGAAGTGGTAATGGTGACCTAACTCCCCTTTCGcc < 1:1991744/71‑1 (MQ=255)
aCGTTTACGATTTGCCATTGTTCCCCTCCAGCCAGCCGAAGTGGTAATGGTGACCTAACTCCCCTTTCGcc < 1:1672079/71‑1 (MQ=255)
tttACGATTTGCCATTGTTCCCCTCCAGCCAGCCGAAGTGGTAATGGTGACCTAACTCCCCTTTCGCCAGt > 1:1482834/1‑71 (MQ=255)
tttACGATTTGCCATTGTTCCCCTCCAGCCAGCCGAAGTGGTAATGGTGACCTAACTCCCCTTTCGCCAGt > 1:422108/1‑71 (MQ=255)
ttACGATTTGCCATTGTTCCCCTCCAGCCAGCCGAAGTGGTAATGGTGACCTAACTCCCCtt < 1:1783346/62‑1 (MQ=255)
ttACGATTTGCCATTGTTCCCCTCCAGCCAGCCGAAGTGGTAATGGTGACCTAACTCCCCTTTCGCCAGt > 1:39861/1‑70 (MQ=255)
ttACGATTTGCCATTGTTCCCCTCCAGCCAGCCGAAGTGGTAATGGTGACCTAACTCCCCTTTCGCCAGt > 1:3060704/1‑70 (MQ=255)
ttACGATTTGCCATTGTTCCCCTCCAGCCAGCCGAAGTGGTAATGGTGACCTAACTCCCCTTTCGCCAGt > 1:1197406/1‑70 (MQ=255)
ttACGATTTGCCATTGTTCCCCTCCAGCCAGCCGAAGTGGTAATGGTGACCTAACTCCCCTTTCGCCAGt > 1:228566/1‑70 (MQ=255)
ttACGATTTGCCATTGTTCCCCTCCAGCCAGCCGAAGTGGTAATGGTGACCTAACTCCCCTTTCGCCAGt > 1:1649685/1‑70 (MQ=255)
tACGATTTGCCATTGTTCCCCTCCAGCCAGCCGAAGTGGTAATGGTGACCTAACTCCCCTTTCGCCAGTg < 1:16002/70‑1 (MQ=255)
tACGATTTGCCATTGTTCCCCTCCAGCCAGCCGAAGTGGTAATGGTGACCTAACTCCCCTTTCGCCAGTGa > 1:2332533/1‑71 (MQ=255)
tACGATTTGCCATTGTTCCCCTCCAGCCAGCAGAAGTGGTAATGGTGACCTAACTCCCCTTTCGCCAGTg < 1:1522108/70‑1 (MQ=255)
aCGATTTGCCATTGTTCCCCTCCAGCCAGCCGAAGTGTTAATGGTGACCTAACTCCCCTTTCGCCa < 1:2309723/66‑1 (MQ=255)
aCGATTTGCCATTGTTCCCCTCCAGCCAGCCGAAGTGGTAATGGTGACCTAACTCCCCTTTCGCCa < 1:2017149/66‑1 (MQ=255)
aCGATTTGCCATTGTTCCCCTCCAGCCAGCCGAAGTGGTAATGGTGACCTAACTCCCCTTTCGCCAGTGa > 1:240633/1‑70 (MQ=255)
aCGATTTGCCATTGTTCCCCTCCAGCCAGCCGAAGTGGTAATGGTGACCTAACTCCCCTTTCGCCAGTGa > 1:1808557/1‑70 (MQ=255)
cGATTTGCCATTGTTCCCCTCCAGCCAGCCGAAGTGGTAATGGTGACCTAACTCCCCTTTCGCCAGTGAc < 1:2196851/70‑1 (MQ=255)
tttGCCATTGTTCCCCTCCAGCCAGCCGAAGTGGTAATGGTGACCTAACTCCCCTTTCGcc < 1:2280104/61‑1 (MQ=255)
tttGCCATTGTTCCCCTCCAGCCAGCCGAAGTGGTAATGGTGACCTAACTCCCCTTTCGcc < 1:2770280/61‑1 (MQ=255)
tttGCCATTGTTCCCCTCCAGCCAGCCGAAGTGGTAATGGTGACCTAACTCCCCTTTCGcc < 1:2371289/61‑1 (MQ=255)
tttGCCATTGTTCCCCTCCAGCCAGCCGAAGTGGTAATGGTGACCTAACTCCCCTTTCGCCAGTGACAGCg > 1:1125398/1‑71 (MQ=255)
tttGCCATTGTTCCCCTCCAGCCAGCCGAAGTGGTAATGGTGACCTAACTCCCCTTTCGCCAGTGACAGCg < 1:2237979/71‑1 (MQ=255)
tttGCCATTGTTCCCCTCCAGCCAGCCGAAGTGGTAATGGTGACCTAACTCCCCTTTCGCCAGTGACAGCg < 1:703332/71‑1 (MQ=255)
tttGCCATTGTTCCCCTCCAGCCAGCCGAAGTGGTAATGGTGACCTAACTCCCCTTTCGCCAGTGACAGCg < 1:1072325/71‑1 (MQ=255)
ttGCCATTGTTCCCCTCCAGCCAGCCGAAGTGGTAATGGTGACCTAACTCCCCTTTCGCCAGTGACAGCgg > 1:621183/1‑71 (MQ=255)
ttGCCATTGTTCCCCTCCAGCCAGCCGAAGTGGTAATGGTGACCTAACTCCCCTTTCGCCAGTGACAGCgg > 1:2210674/1‑71 (MQ=255)
ttGCCATTGTTCCCCTCCAGCCAGCCGAAGTGGTAATGGTGACCTAACTCCCCTTTCGCCAGTGACAGCg < 1:1828852/70‑1 (MQ=255)
tGCCATTGTTCCCCTCCAGCCAGCCGAAGTGGTAATGGTGACCTAACTCCCCTTTCGCCAg > 1:1201808/1‑61 (MQ=255)
tGCCATTGTTCCCCTCCAGCCAGCCGAAGTGGTAATGGTGACCTAACTCCCCTTTCGCCAg > 1:209382/1‑61 (MQ=255)
tGCCATTGTTCCCCTCCAGCCAGCCGAAGTGGTAATGGTGACCTAACTCCCCTTTCGCCAg > 1:141830/1‑61 (MQ=255)
tGCCATTGTTCCCCTCCAGCCAGCCGAAGTGGTAATGGTGACCTAACTCCCCTTTCGCCAGTGACAGCg < 1:909085/69‑1 (MQ=255)
tGCCATTGTTCCCCTCCAGCCAGCCGAAGTGGTAATGGTGACCTAACTCCCCTTTCGCCAGTGACAGCg < 1:1010426/69‑1 (MQ=255)
ccATTGTTCCCCTCCAGCCAGCCGAAGTGGTAATGGTGACCTAACTCCCCTTTCGCCAGTGACAGCGGTaa > 1:3154849/1‑71 (MQ=255)
aTTGTTCCCCTCCAGCCAGCCGAAGTGGTAATGGTGACCTAACTcc < 1:1234612/46‑1 (MQ=255)
ttGTTCCCCTCCAGCCAGCCGAAGTGGTAATGGTGACCTAACTCCCCTTTCGCCAg < 1:2508799/56‑1 (MQ=255)
ttGTTCCCCTCCAGCCAGCCGAAGTGGTAATGGTGACCTAACTCCCCTTTCGCCAg < 1:517298/56‑1 (MQ=255)
ttGTTCCCCTCCAGCCAGCCGAAGTGGTAATGGTGACCTAACTCCCCTTTCGCCAGTGACAGCGGTAacac > 1:493657/1‑71 (MQ=255)
ttGTTCCCCTCCAGCCAGCCGAAGTGGTAATGGTGACCTAACTCCCCTTTCGCCAGTGACAGCGGTAacac > 1:1584235/1‑71 (MQ=255)
atGTTCCCCTCCAGCCAGCCGAAGTGGTAATGGTGACCTAACTCCCCTTTCGCCAGTGACAGCGGTAacac > 1:2778510/2‑71 (MQ=255)
tGTTCCCCTCCAGCCAGCCGAAGTGGTAATGGTGACCTAACTCCCCTTTCGCCAGTGACAGCGGTAACAcc > 1:894573/1‑71 (MQ=255)
tGTTCCCCTCCAGCCAGCCGAAGTGGTAATGGTGACCTAACTCCCCTTTCGCCAGTGACAGCGGTAACAcc > 1:8905/1‑71 (MQ=255)
tGTTCCCCTCCAGCCAGCCGAAGTGGTAATGGTGACCTAACTCCCCTTTCGCCAGTGACAGCGGTAACAcc > 1:72237/1‑71 (MQ=255)
ttCCCCTCCAGCCAGCCGAAGTGGTAATGGTGACCTAACTCCCCTTTCGCCAGTGACAGCGGTAACACCtt < 1:1343196/71‑1 (MQ=255)
ccccTCCAGCCAGCCGAAGTGGTAATGGTGACCTAACTCCCCTTTCGCCAGTGACAGCGGTAACACCTTGa > 1:487622/1‑71 (MQ=255)
cccTCCAGCCAGCCGAAGTGGTAATGGTGACCTAACTCCCCttt < 1:205020/44‑1 (MQ=255)
cccTCCAGCCAGCCGAAGTGGTAATGGTGACCTAACTCCCCttt < 1:2674443/44‑1 (MQ=255)
cccTCCAGCCAGCCGAAGTGGTAATGGTGACCTAACTCCCCttt < 1:1966696/44‑1 (MQ=255)
cccTCCAGCCAGCCGAAGTGGTAATGGTGACCTAACTCCCCTTTCGCCAGTGACAGCGGTAACACCTTGAt > 1:198603/1‑71 (MQ=255)
ccTCCAGCCAGCCGAAGTGGTAATGGTGACCTAACTCCCCTTTCGCCAGTGACAGCGGTAACACCTTGAtt > 1:2661419/1‑71 (MQ=255)
tCCAGCCAGCCGAAGTGGTAATGGTGACCTAACTCCCCTTTCGCCAGTGAc < 1:1262507/51‑1 (MQ=255)
tCCAGCCAGCCGAAGTGGTAATGGTGACCTAACTCCCCTTTCGCCAGTGACAg > 1:3018815/1‑53 (MQ=255)
tCCAGCCAGCCGAAGTGGTAATGGTGACCTAACTCCCCTTTCGCCAGTGACAg > 1:649647/1‑53 (MQ=255)
tCCAGCCAGCCGAAGTGGTAATGGTGACCTAACTCCCCTTTCGCCAGTGACAg > 1:2341246/1‑53 (MQ=255)
ccagccagCCGAAGTGGTAATGGTGACCTAACTCCCCTTTCGCCAGTGACAGCGGTAACACCTTGATTGcc > 1:1706565/1‑71 (MQ=255)
ccagccagCCGAAGTGGTAATGGTGACCTAACTCCCCTTTCGCCAGTGACAGCGGTAACACCTTGATTGcc > 1:1131208/1‑71 (MQ=255)
cagccagcCGAAGTGGTAATGGTGACCTAACTCCCCTTTCGCCAGTGACAGCGGTAACACCTTGATTGcc < 1:443920/70‑1 (MQ=255)
cagccagcCGAAGTGGTAATGGTGACCTAACTCCCCTTTCGCCAGTGACAGCGGTAACACCTTGATTGcc < 1:2814939/70‑1 (MQ=255)
cagccagcCGAAGTGGTAATGGTGACCTAACTCCCCTTTCGCCAGTGACAGCGGTAACACCTTGATTGcc < 1:320554/70‑1 (MQ=255)
cagccagcCGAAGTGGTAATGGTGACCTAACTCCCCTTTCGCCAGTGACAGCGGTAACACCTTGATTGcc < 1:2999747/70‑1 (MQ=255)
cagccagcCGAAGTGGTAATGGTGACCTAACTCCCCTTTCGCCAGTGACAGCGGTAACACCTTGATTGc < 1:676046/69‑1 (MQ=255)
cagccagcCGAAGTGGTAATGGTGACCTAACTCCCCTTTCGCCAGTGACAGCGGTAACACCTTGATTGCCg > 1:1878469/1‑71 (MQ=255)
cagccagcCGAAGTGGTAATGGTGACCTAACTCCCCTTTCGCCAGTGACAGCGGTAACACATTGATTGCCg > 1:2391837/1‑71 (MQ=255)
aagccagccGAAGTGGTAATGGTGACCTAACTCCCCTTTCGCCAGTGACAGCGGTAACACCTTGATTGCCg > 1:749452/2‑71 (MQ=255)
cagccGAAGTGGTAATGGTGACCTAACTCCCCTTTCGCCAGTGACAGCGGTAACAcc < 1:2214906/57‑1 (MQ=255)
cagccGAAGTGGTAATGGTGACCTAACTCCCCTTTCGCCAGTGACAGCGGTAACACCTTGATTGCCGgttg < 1:1176890/71‑1 (MQ=255)
agccGAAGTGGTAATGGTGACCTAACTCCCCTTTCGCCAGTGACAGCGGTAACACCTTGATTGCCGgttgt < 1:2470424/71‑1 (MQ=255)
gccGAAGTGGTAATGGTGACCTAACTCCCCTTTCGCCAGTGACAGCGGTAACACCTTGATTGCCGgttgtt < 1:793856/71‑1 (MQ=255)
cGAAGTGGTAATGGTGACCTAACTCCCCTTTCGCCAGTGACAGCGGTAACACCTTGATTGCCGGTTGTTcc < 1:569716/71‑1 (MQ=255)
gAAGTGGTAATGGTGACCTAACTCCCCTTTCGCCAGTGACAGCGGTAACACCTTGATTGCCGGTTGTTc > 1:1715284/1‑69 (MQ=255)
gAAGTGGTAATGGTGACCTAACTCCCCTTTCGCCAGTGACAGCGGTAACACCTTGATTGCCGGTTGTTc > 1:1612046/1‑69 (MQ=255)
gAAGTGGTAATGGTGACCTAACTCCCCTTTCGCCAGTGACAGCGGTAACACCTTGATTGCCGGTTGTTc > 1:1474898/1‑69 (MQ=255)
gAAGTGGTAATGGTGACCTAACTCCCCTTTCGCCAGTGACAGCGGTAACACCTTGATTGCCGGTTGTTc > 1:2208232/1‑69 (MQ=255)
gAAGTGGTAATGGTGACCTAACTCCCCTTTCGCCAGTGACAGCGGTAACACCTTGATTGCCGGTTGTTc > 1:1985149/1‑69 (MQ=255)
gAAGTGGTAATGGTGACCTAACTCCCCTTTCGCCAGTGACAGCGGTAACACCTTGATTGCCGGTTGTTCCa < 1:37762/71‑1 (MQ=255)
aaGTGGTAATGGTGACCTAACTCCCCTTTCGCCAGTGACAGCGGTAACACCTTGATTGCCGGTTGTTCCAg > 1:3182411/1‑71 (MQ=255)
aaGTGGTAATGGTGACCTAACTCCCCTTTCGCCAGTGACAGCGGTAACACCTTGATTGCCGGTTGTTCCAg < 1:1672401/71‑1 (MQ=255)
aaGTGGTAATGGTGACCTAACTCCCCTTTCGCCAGTGACAGCGGTAACACCTTGATTGCCGGTTGTTCCAg > 1:2737123/1‑71 (MQ=255)
|
TTTCTCCAGCGCCTCGCGCCCGGCGTCACGTTTACGATTTGCCATTGTTCCCCTCCAGCCAGCCGAAGCGGTAATGGTGACCTAACTCCCCTTTCGCCAGTGACAGCGGTAACACCTTGATTGCCGGTTGTTCCAG > minE/1427086‑1427221
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
