Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A5 F21 I0 R2
|
316 |
65.6 |
5147759 |
97.4% |
5013917 |
60.3 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
W3110S.gb |
2,076,552 |
A→G |
32.1% |
V959V (GTA→GTG) |
flu → |
antigen 43 (Ag43) phase‑variable biofilm formation autotransporter |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | W3110S.gb | 2,076,552 | 0 | A | G | 32.1%
| 61.6
/ 47.1
| 53 | V959V (GTA→GTG) | flu | antigen 43 (Ag43) phase‑variable biofilm formation autotransporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (13/23); new base G (11/6); total (24/29) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.66e-02 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.52e-01 |
ATCCCGTGCCCCCCTGCGTGACAGTGCAAAACACAGTGTGAGTGAATTACCGGTGAACTGGTGGGTACAGCCTTCTGTTATCCGCACCTTCAGCTCCCGGGGAGATATGCGTGTGGGGACTTCCACTGCAGGCAG > W3110S.gb/2076486‑2076620
|
aTCCCGTGCCCCCCTGCGTGACAGTGCAAAACACAGTGTGAGTGAATTACCGGTGAACTGGTGGGTGCAGc > 1:2710697/1‑71 (MQ=255)
aTCCCGTGCCCCCCTGCGTGACAGTGCAAAACACAGTGTGAGTGAATTACCGGTGAACTGGTGGGTGCAGc > 1:4046958/1‑71 (MQ=255)
aTCCCGTGCCCCCCTGCGTGACAGTGCAAAACACAGTGTGAGTGAATTACCGGTGAACTGGTGGGTACa < 1:2254015/69‑1 (MQ=255)
tCCCGTGCCCCCCTGCGTGACAGTGCAAAACACAGTGTGAGTGAATTACCGGTGAACTGGTGGGTACAGcc < 1:4521257/71‑1 (MQ=255)
tCCCGTGCCCCCCTGCGTGACAGTGCAAAACACAGTGTGAGTGAATTACCGGTGAACTGGTGGGTACAGcc < 1:2208782/71‑1 (MQ=255)
ccGTGCCCCCCTGCGTGACAGTGCAAAACACAGTGTGAGTGAATTACCGGTGAACTGGTGGGTACAGCCtt > 1:2708592/1‑71 (MQ=255)
ccGTGCCCCCCTGCGTGACAGTGCAAAACACAGTGTGAGTGAATTACCGGTGAACTGGTGGGTACAGCCtt < 1:3768821/71‑1 (MQ=255)
ccGTGCCCCCCTGCGTGACAGTGCAAAACACAGTGTGAGTGAATTACCGGTGAACTGGTGGGTACAGCCtt > 1:156828/1‑71 (MQ=255)
ccGTGCCCCCCTGCGTGACAGTGCAAAACACAGTGTGAGTGAATTACCGGTGAACTGGTGGGTACAGCCtt < 1:4679363/71‑1 (MQ=255)
ccGTGCCCCCCTGCGTGACAGTGCAAAACACAGTGTGAGTGAATTACCGGTGAACTGGTGGGTACAGCCtt > 1:4457704/1‑71 (MQ=255)
cGTGCCCCCCTGCGTGACAGTGCAAAACACAGTGTGAGTGAATTACCGGTGAACTGGTGGGTGCAGCCTTc > 1:339010/1‑71 (MQ=255)
tGCCCCCCTGCGTGACAGTGCAAAACACAGTGTGAGTGAATTACCGGTGAACTGGTGGGTACAGCCTTCTg < 1:2963902/71‑1 (MQ=255)
ccccccTGCGTGACAGTGCAAAACACAGTGTGAGTGAATTACCGGTGAACTGGTGGGTACAGCCTTCTGt < 1:1660495/70‑1 (MQ=255)
cccTGCGTGACAGTGCAAAACACAGTGTGAGTGAATTACCGGTGAACTGGTGGGTGCAGCCTTCTGTTATc > 1:641799/1‑71 (MQ=255)
tGCGTGACAGTGCAAAACACAGTGTGAGTGAATTACCGGTGAACTGGTGGGTACAGCCTTCTGt < 1:3726339/64‑1 (MQ=255)
tGCGTGACAGTGCAAAACACAGTGTGAGTGAATTACCGGTGAACTGGTGGGTACAGCCTTCTGt < 1:4971423/64‑1 (MQ=255)
gCGTGACAGTGCAAAACACAGTGTGAGTGAATTACCGGTGAACTGGTGGGTGCAGCCTTCTGTTATCCgga > 1:3307811/1‑69 (MQ=255)
cGTGACAGTGCAAAACACAGTGTGAGTGAATTACCGGTGAACTGGTGGGTACAGCCTTCTGTTATCCGc < 1:2621391/69‑1 (MQ=255)
cGTGACAGTGCAAAACACAGTGTGAGTGAATTACCGGTGAACTGGTGGGTACAGCCTTCTGTTATCCGCAc > 1:4519994/1‑71 (MQ=255)
aCAGTGCAAAACACAGTGTGAGTGAATTACCGGTGAACTGGTGGGTGCAGCCTTCTGTTATCCTCACCtt < 1:663581/70‑1 (MQ=255)
aCAGTGCAAAACACAGTGTGAGTGAATTACCGGTGAACTGGTGGGTGCAGCCTTCTGTTATCCGCACCtt > 1:3965211/1‑70 (MQ=255)
aCAGTGCAAAACACAGTGTGAGTGAATTACCGGTGAACTGGTGGGTACAGCCTTCTGTTATCCGCACCTTc < 1:1387898/71‑1 (MQ=255)
gTGCAAAACACAGTGTGAGTGAATTACCGGTGAACTGGTGGGTGCAGCCTTCTGTTATCCGCACCTTCAg > 1:3806600/1‑70 (MQ=255)
gTGCAAAACACAGTGTGAGTGAATTACCGGTGAACTGGTGGGTGCAGCCTTCTGTTATCCGCACCTTCAGc > 1:221512/1‑71 (MQ=255)
tGCAAAACACAGTGTGAGTGAATTACCGGTGAACTGGTGGGTACAGCCTTCTg < 1:909600/53‑1 (MQ=255)
gCAAAACACAGTGTGAGTGAATTACCGGTGAACTGGTGGGTACAGc > 1:314843/1‑46 (MQ=255)
gCAAAACACAGTGTGAGTGAATTACCGGTGAACTGGTGGGTACAGCCTTCTGTTATCCGCACCTTCAGCTc > 1:4114280/1‑71 (MQ=255)
cAAAACACAGTGTGAGTGAATTACCGGTGAACTGGTGGGTGCAGCCTTCTGTTATCCGCACCTTCAGCTcc > 1:2221844/1‑71 (MQ=255)
aaaaCACAGTGTGAGTGAATTACCGGTGAACTGGTGGGTACAGCCTTCTGTTATCCGCAc > 1:2972020/1‑60 (MQ=255)
aaaaCACAGTGTGAGTGAATTACCGGTGAACTGGTGGGTACAGCCTTCTGTTATCCGCACCTTCAGCTccc < 1:4450688/71‑1 (MQ=255)
aaaCACAGTGTGAGTGAATTACCGGTGAACTGGTGGGTACAGc > 1:1855102/1‑43 (MQ=255)
caGTGTGAGTGAATTACCGGTGAACTGGTGGGTGCAGCCTTCTGTTATCCGCACCTTCAGCTCCCGGGgag < 1:3846685/71‑1 (MQ=255)
aGTGTGAGTGAATTACCGGTGAACTGGTGGGTGCAGCCTTCTGTTATCCGCACCTTCAGCTCCCGGGgaga < 1:4693820/71‑1 (MQ=255)
aGTGTGAGTGAATTACCGGTGAACTGGTGGGTGCAGCCTTCTGTTATACGCACCTTCAGCTCCCGGGgaga < 1:1798801/71‑1 (MQ=255)
aGTGTGAGTGAATTACCGGTGAACTGGTGGGTACAGCCTTCTGTTATCCGCACCTTCAGCTCCCggg > 1:579631/1‑67 (MQ=255)
aGTGTGAGTGAATTACCGGTGAACTGGTGGGTACAGCCTTCTGTTATCCGCACCTTCAGCTCCCGGGgaga < 1:632788/71‑1 (MQ=255)
gtgtGAGTGAATTACCGGTGAACTGGTGGGTACAGCCTTCTGTTATCCGCACCTTCAGCTCCCGGGGAGat < 1:105111/71‑1 (MQ=255)
gtgagtgaATTACCGGTGAACTGGTGGGTACAGCCTTCTGTTATCCGCACCTTCAGCTCCCGGGGAGatat > 1:4451672/1‑71 (MQ=255)
agtgaATTACCGGTGAACTGGTGGGTACAGCCTTCTGTTATCCGCACCTTCAGCTCCCGGGGAGATATGCg < 1:1050770/71‑1 (MQ=255)
gaATTACCGGTGAACTGGTGGGTGCAGCCTTCTGTTATCCg < 1:4297866/41‑1 (MQ=255)
aaTTACCGGTGAACTGGTGGGTACAGCCTTCTGTTATCCGCACCTTCAGCTCCCGGGGAGATATGCGtgtg < 1:3471857/71‑1 (MQ=255)
aaTTACCGGTGAACTGGTGGGTACAGCCTTCTGTTATCCGCACCTTCAGCTCCCGGGGAGATATGCGtgtg < 1:502985/71‑1 (MQ=255)
aCCGGTGAACTGGTGGGTGCAGCCTTCTGTTATCCGCACCTTCAGCTCCCGGGGAGata > 1:3787553/1‑59 (MQ=255)
aCCGGTGAACTGGTGGGTACAGCCTTCTGTTATCCGCACCTTCAGCTCCCGGGGAGATATGCGTGTgggg > 1:4723355/1‑70 (MQ=255)
gAACTGGTGGGTACAGCCTTCTGTTATCCGCACCTTCAGCTCCCGGGGAGATATGCGTGTGGGGACTTCCa > 1:1953288/1‑71 (MQ=255)
aaCTGGTGGGTACAGCCTTCTGTTATCCGCACCTTCAGCTCCCGGGGAGATATGCGTGTGGGGACTTc < 1:4312811/68‑1 (MQ=255)
aaCTGGTGGGTACAGCCTTCTGTTATCCGCACCTTCAGCTCCCGGGGAGATATGCGTGTGGGGACTTCCAc > 1:2579282/1‑71 (MQ=255)
aCTGGTGGGTACAGCCTTCTGTTATCCGCACCTTCAGCTCCCGGGGAGATATGCGTGTggg < 1:1060511/61‑1 (MQ=255)
cTGGTGGGTGCAGCCTTCTGTTATCCGCACCTTCAGCTCCCGGGGAGATATGCGTGTGGGGACTTCCACTg < 1:444481/71‑1 (MQ=255)
ggtgggtgCAGCCTTCTGTTATCCGCACCTTCAGCTCCCGGGGAGATATGc > 1:3825219/1‑51 (MQ=255)
ggtgggtgCAGCCTTCTGTTATCCGCACCTTCAGCTCCCGGGGAGATATGc > 1:2952354/1‑51 (MQ=255)
ggtgggtgCAGCCTTCTGTTATCCGCACCTTCAGCTCCCGGGGAGATATGc > 1:731218/1‑51 (MQ=255)
gtggGTACAGCCTTCTGTTATCCGCACCTTCAGCTCCCGGGGAGATATGCGGGTGGGGACTTCCACTgc < 1:1321150/69‑1 (MQ=255)
gggTGCAGCCTTCTGTTATCCGCACCTTCAGCTCCCGGGGAGATATGc > 1:3552095/1‑48 (MQ=255)
ggTACAGCCTTCTGTTATCCGCACCTTCAGCTCCCGGGGAGATATGCGTGTGGGGACTTCCACTgcaggc < 1:1993804/70‑1 (MQ=255)
gTACAGCCTTCTGTTATCCGCACCTTCAGCTCCCGGGGAGATATGCGTGTGGGGACTTCCACTgcaggcag < 1:4990022/71‑1 (MQ=255)
|
ATCCCGTGCCCCCCTGCGTGACAGTGCAAAACACAGTGTGAGTGAATTACCGGTGAACTGGTGGGTACAGCCTTCTGTTATCCGCACCTTCAGCTCCCGGGGAGATATGCGTGTGGGGACTTCCACTGCAGGCAG > W3110S.gb/2076486‑2076620
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
