Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A5 F21 I0 R2
|
316 |
65.6 |
5147759 |
97.4% |
5013917 |
60.3 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
W3110S.gb |
3,741,050 |
G→A |
44.2% |
G326D (GGC→GAC) |
yieG → |
predicted inner membrane protein |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | W3110S.gb | 3,741,050 | 0 | G | A | 44.2%
| 41.9
/ 110.0
| 86 | G326D (GGC→GAC) | yieG | predicted inner membrane protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (21/27); new base A (19/19); total (40/46) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.64e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
GTTCGTTTATCGGTACTTCTTCCGTTACGGCTTATATTGAGTCCTCTTCCGGCGTATCGGTTGGCGGTCGTACCGGTCTGACGGCAGTGGTTGTTGGTCTGCTGTTCCTGCTGGTTATCTTTCTGTCGCCG > W3110S.gb/3740987‑3741117
|
gTTCGTTTATCGGTACTTCTTCCGTTACGGCTTATATTGAGTCCTCTTCCGGCGTATCGGTTGGCGGTCg < 1:3344558/70‑1 (MQ=255)
gTTTATCGGTACTTCTTCCGTTACGGCTTATATTGAGTCCTCTTCCGGCGTATCGGTTGGCGGTCGTACCg < 1:1103704/71‑1 (MQ=255)
gTTTATCGGTACTTCTTCCGTTACGGCTTATATTGAGTCCTCTTCCGGCGTATCGGTTGGCGGTCGTACCg < 1:2687306/71‑1 (MQ=255)
tttATCGGTACTTCTTCCGTTACGGCTTATATTGAGTCCTCTTCCGGCGTATCGGTTGGCGGTCGTATCgg < 1:1251002/71‑1 (MQ=255)
tATCGGTACTTCTTCCGTTACGGCTTATATTGAGTCCTCTTCCGGCGTATCGGTTGACGGTCGTACCGGTc > 1:1251147/1‑71 (MQ=255)
tCGGTACTTCTTCCGTTACGGCTTATATTGAGTCCTCTTCCGGCGTATCGGTTGGCGGTCGTACCGGTCt < 1:4535319/70‑1 (MQ=255)
tCGGTACTTCTTCCGTTACGGCTTATATTGAGTCCTCTTCCGGCGTATCGGTTGGCGGTCGTACCGGTCTg < 1:1132520/71‑1 (MQ=255)
tCGGTACTTCTTCCGTTACGGCTTATATTGAGTCCTCTTCCGGCGTATCGGTTGGCGGTCGTACCGGTCTg < 1:637315/71‑1 (MQ=255)
ggTACTTCTTCCGTTACGGCTTATATTGAGTCCTCTTCCGGCGTATCGGTTGACGGTCGTACCGGTCTGa > 1:4380032/1‑70 (MQ=255)
cttcttCCGTTACGGCTTATATTGAGTCCTCTTCCGGCGTATCGGTTGGCGGTCGTACCGGTCTGACGGc < 1:2380595/70‑1 (MQ=255)
cttcttCCGTTACGGCTTATATTGAGTCCTCTTCCGGCGTATCGGTTGGCGGTCGTACCGGTCTGACGGc < 1:3992619/70‑1 (MQ=255)
cttcttCCGTTACGGCTTATATTGAGTCCTCTTCCGGCGTATCGGTTGGCGGTCGTACCGGTCTGACGGc < 1:1583592/70‑1 (MQ=255)
cttcttCCGTTACGGCTTATATTGAGTCCTCTTCCGGCGTATCGGTTGGCGGTCGTACCGGTCTGACGGc < 1:2535286/70‑1 (MQ=255)
tcttcCGTTACGGCTTATATTGAGTCCTCTTCCGGCGTATCGGTTGGCGGTCGTACCGGTCt > 1:1939470/1‑62 (MQ=255)
tcttcCGTTACGGCTTATATTGAGTCCTCTTCCGGCGTATCGGTTGGCGGTCGTACCGGTCt > 1:3870932/1‑62 (MQ=255)
tcttcCGTTACGGCTTATATTGAGTCCTCTTCCGGCGTATCGGTTGGCGGTCGTACCGGTCTGACGGCAGt > 1:3033049/1‑71 (MQ=255)
cttcCGTTACGGCTTATATTGAGTCCTCTTCCGGCGTATCGGTTGGCGGTCGTACCGGTCTGACGGCAg > 1:4291198/1‑69 (MQ=255)
ttcCGTTACGGCTTATATTGAGTCCTCTTCCGGCGTATCGGTTGACg < 1:4833499/47‑1 (MQ=255)
ccGTTACGGCTTATATTGAGTCCTCTTCCGGCGTATCGGTTGGCGGTCGTACCGGTCTGACGGCAGTGgt < 1:4238494/70‑1 (MQ=255)
ccGTTACGGCTTATATTGAGTCCTCTTCCGGCGTATCGGTTGGCGGTCGTACCGGTCTGACGGCAGTGgt < 1:4242583/70‑1 (MQ=255)
ccGTTACGGCTTATATTGAGTCCTCTTCCGGCGTATCGGTTGGCGGTCGTACCGGTCTGACGGCAGTGgt < 1:5096275/70‑1 (MQ=255)
ccGTTACGGCTTATATTGAGTCCTCTTCCGGCGTATCGGTTGGCGGTCGTACCGGTCTGACGGCAGTGgt < 1:529296/70‑1 (MQ=255)
gTTACGGCTTATATTGAGTCCTCTTCCGGCGTATCGGTTGGCGGTCGTACCGGTCTGACGGCAGTGgttgt > 1:937429/1‑71 (MQ=255)
gTTACGGCTTATATTGAGTCCTCTTCCGGCGTATCGGTTGGCGGTCGTACCGGTCTGACGGCAGTGgttgt < 1:2350140/71‑1 (MQ=255)
ttACGGCTTATATTGAGTCCTCTTCCGGCGTATCGGTTGGCGGTCGTACCGGTCTGACGGCAGTGgttgtt > 1:914061/1‑71 (MQ=255)
ttACGGCTTATATTGAGTCCTCTTCCGGCGTATCGGTTGACGGTCGTACCGGTCTGACGGCAGTGgttgtt < 1:5074803/71‑1 (MQ=255)
aCGGCTTATATTGAGTCCTCTTCCGGCGTATCGGTTGGCGGTCGTACCGGTCTGACGGCAGTGGTTGTTgg > 1:1515696/1‑71 (MQ=255)
aCGGCTTATATTGAGTCCTCTTCCGGCGTATCGGTTGACGGTCGTACCGGTCTGACGGCAGTGGttgttg > 1:3918012/1‑70 (MQ=255)
atatTGAGTCCTCTTCCGGCGTATCGGTTGGCGGTCGTACCGGTCTGACGGCAGTGGTTGTTGGTctgctg > 1:3766165/1‑71 (MQ=255)
atatTGAGTCCTCTTCCGGCGTATCGGTTGGCGGTCGTACCGGTCTGACGGCAGTGGTTGTTGGTctgctg > 1:2656437/1‑71 (MQ=255)
atatTGAGTCCTCTTCCGGCGTATCGGTTGGCGGTCGTACCGGTCTGACGGCAGTGGTTGTTGGTctgct > 1:2856443/1‑70 (MQ=255)
atatTGAGTCCTCTTCCGGCGTATCGGTTGACGGTCGTACCGGTCTGACGGCAGTGgttg > 1:1197081/1‑60 (MQ=255)
ttGAGTCCTCTTCCGGCGTATCGGTTGGCGGTCGTACCGGTCTGACGGCAGTGGTTGTTGGTCTGCTGtt < 1:1374305/70‑1 (MQ=255)
ttGAGTCCTCTTCCGGCGTATCGGTTGACGGTCGTACCGGTCTGACGGCAGTGgtt < 1:2123422/56‑1 (MQ=255)
ttGAGTCCTCTTCCGGCGTATCGGTTGACGGTCGTACCGGTCTGACGGCAGTGGTTGTTGGTCTGCTGTTc < 1:1186911/71‑1 (MQ=255)
ttGAGTCCTCTTCCGGCCTATCGGTTGGCGGTCGTACCGGTCTGACGGCAGTGGTTGTTGGTCTGCTGtt > 1:2132748/1‑70 (MQ=255)
tGAGTCCTCTTCCGGCGTATCGGTTGGCGGTCGTACCGGTCTGACGGCAGTGGttgttg > 1:4790553/1‑59 (MQ=255)
tGAGTCCTCTTCCGGCGTATCGGTTGACGGTCGTACCGGt > 1:152010/1‑40 (MQ=255)
gAGTCCTCTTCCGGCGTATCGGTTGACGGTCGTACCGGTCTGACGGCAGTGGTTGTTGGTCTGCTGTTCct > 1:1433877/1‑71 (MQ=255)
tCCTCTTCCGGCGTATCGGTTGGCGGTCGTACCGGTCt < 1:1443844/38‑1 (MQ=255)
tCCTCTTCCGGCGTATCGGTTGGCGGTCGTACCGGTCTGACGGCAGTGgttgtt < 1:2944342/54‑1 (MQ=255)
ctctTCCGGCGTATCGGTTGGCGGTCGTACCGGTCTGACGGCAGTGGTTGTTGGTCTGCTGTTCCTGCTgg > 1:3557477/1‑71 (MQ=255)
ctctTCCGGCGTATCGGTTGACGGTCGTACCGGTCTGACGGCAGTGgt > 1:797164/1‑48 (MQ=255)
ccGGCGTATCGGTTGACGGTCGTACCGGTCTGACGGCAGTGGTTGTTGGt > 1:3044129/1‑50 (MQ=255)
ccGGCGTATCGGTTGACGGTCGTACCGGTCTGACGGCAGTGGTTGTTGGt > 1:133624/1‑50 (MQ=255)
ccGGCGTATCGGTTGACGGTCGTACCGGTCTGACGGCAGTGGTTGTTGGt > 1:3891874/1‑50 (MQ=255)
ccGGCGTATCGGTTGACGGTCGTACCGGTCTGACGGCAGTGGTTGTTGGt > 1:3990309/1‑50 (MQ=255)
ccGGCGTATCGGTTGACGGTCGTACCGGTCTGACGGCAGTGGTTGTTGGTCTGCTGTTCCTGCTGGTTAt < 1:439843/70‑1 (MQ=255)
ccGGCGTATCGGTTGACGGTCGTACCGGTCTGACGGCAGTGGTTGTTGGTCTGCTGTTCCTGCTGGTTATc > 1:704517/1‑71 (MQ=255)
ccGGCGTATCGGTTGACGGTCGTACCGGTCTGACGGCAGTGGTTGTTGGTCTGCTGTTCCTGCTGGTTATc > 1:4966428/1‑71 (MQ=255)
ccGGCGTATCGGTTGACGGTCGTACCGGTCTGACGGCAGTGGTTGTTGGTCTGCTGTTCCTGCTGGTTATc > 1:1864124/1‑71 (MQ=255)
ccGGCGTATCGGTTGACGGTCGTACCGGTCTGACGGCAGTGGTTGTTGGTCTGCTGTTCCTGCTGGTTATc > 1:4754129/1‑71 (MQ=255)
ccGGCGTATCGGTTGACGGTCGTACCGGTCTGACGGCAGTGGTTGTTGGTCTGCTGTTCCTGCTGGTTATc > 1:2477008/1‑71 (MQ=255)
cGGCGTATCGGTTGGCGGTCGTACCGGTCTGACGGCAGTGGTTGTTGGTCTGCTGTTCCTGCTGGTTATCt < 1:1029046/71‑1 (MQ=255)
cGGCGTATCGGTTGGCGGTCGTACCGGTCTGACGGCAGTGGTTGTTGGTCTGCTGTTCCTGCTGGTTATCt < 1:4406530/71‑1 (MQ=255)
cGGCGTATCGGTTGGCGGTCGTACCGGTCTGACGGCAGTGGTTGTTGGTCTGCTGTTCCTGCTGGTTATCt < 1:4213160/71‑1 (MQ=255)
ggCGTATCGGTTGGCGGTCGTACCGGTCTGACGGCAGTGGTTGTTGGTCTGCTGTTCCTGCTGGTTATCt < 1:214647/70‑1 (MQ=255)
ggCGTATCGGTTGACGGTCGTACCGGTCTGACGGCAGTGGTTGTTGGTCTGCTGTTCCTGCTGGTTATCtt < 1:4564875/71‑1 (MQ=255)
gCGTATCGGTTGGCGGTCGTACCGGTCTGACGGCAGTGGTTGTTGGTCTGCTGTTCCTGCTGGTTa > 1:4350066/1‑66 (MQ=255)
gCGTATCGGTTGACGGTCGTACCGGTCTGACGGCAGTGGTTGTTGGTCTGCTGTTCCTGCTGGTTATCttt < 1:1733548/71‑1 (MQ=255)
cGTATCGGTTGACGGTCGTACCGGTCTGACGGCAGTGgttttt < 1:4993373/43‑1 (MQ=38)
gTATCGGTTGGCGGTCGTACCGGTCTGACGGCAGTGGTTGTTGGTCTGCTGTTCCTGCTGGTTATCTTTc > 1:3220135/1‑70 (MQ=255)
gTATCGGTTGACGGTCGTACCGGTCTGACGGCAGTGGTTGTTGGTCTGCTGTTCCTGCTGGTTATCTTTCt < 1:2849626/71‑1 (MQ=255)
tATCGGTTGGCGGTCGTACCGGTCTGACGGCAGTGGTTGTTGGTCTGCTGt < 1:4675884/51‑1 (MQ=255)
tATCGGTTGGCGGTCGTACCGGTCTGACGGCAGTGGTTGTTGGTCTGCTGTTCCTGCTGGTTATCTTTCTg < 1:2250852/71‑1 (MQ=255)
tATCGGTTGACGGTCGTACCGGTCTGACGGCAGTGgttg < 1:1641502/39‑1 (MQ=255)
tATCGGTTGACGGTCGTACCGGTCTGACGGCAGTGgttg < 1:1875964/39‑1 (MQ=255)
tATCGGTTGACGGTCGTACCGGTCTGACGGCAGTGgttg < 1:1251752/39‑1 (MQ=255)
tATCGGTTGACGGTCGTACCGGTCTGACGGCAGTGgt < 1:269267/37‑1 (MQ=255)
tATCGGTTGACGGTCGTACCGGTCTGACGGCAGTGgt < 1:483449/37‑1 (MQ=255)
tATCGGTTGACGGGCGTACCGGTCTGACGGCAGTGgt < 1:5082131/37‑1 (MQ=38)
aTCGGTTGGCGGTCGTACCGGTCTGACGGCAGTGGTTGTTGGTCTGCTGTTCCTGCTGGTTATCTTTCt > 1:5118207/1‑69 (MQ=255)
aTCGGTTGGCGGTCGTACCGGTCTGACGGCAGTGGTTGTTGGTCTGCTGTTCCTGCTGGTTATCTTTCt > 1:4937728/1‑69 (MQ=255)
tCGGTTGGCGGTCGTACCGGTCTGACGGCAGTGGTTGTTGGTCTGCTGTTCCTGCTGGt > 1:4646615/1‑59 (MQ=255)
tCGGTTGGCGGTCGTACCGGTCTGACGGCAGTGGTTGTTGGTCTGCTGTTCCTGCTGGt > 1:1552157/1‑59 (MQ=255)
tCGGTTGGCGGTCGTACCGGTCTGACGGCAGTGGTTGTTGGTCTGCTGTTCCTGCTGGt > 1:3687743/1‑59 (MQ=255)
tCGGTTGGCGGTCGTACCGGTCTGACGGCAGTGGTTGTTGGTCTGCTGTTCCTGCTGGt > 1:3574286/1‑59 (MQ=255)
ggTTGACGGTCGTACCGGTCTGACGGCAGTGGTTGTTGGTCTGCTGTTCCTGCTGGTTATCTTTCTGTcgc > 1:4895212/1‑71 (MQ=255)
ggTTGACGGTCGTACCGGTCTGACGGCAGTGGTTGTTGGTCTGCTGTTCCTGCTGGTTATCTTTCTGTcgc > 1:2430902/1‑71 (MQ=255)
gTTGGCGGTCGTACCGGTCTGACGGCAGTGGTTGTTGGTCTGCTGTTCCTGCTGGTTATCTTTCTGTcgcc < 1:5030453/71‑1 (MQ=255)
gTTGGCGGTCGTACCGGTCTGACGGCAGTGGTTGTTGGTCTGCTGTTCCTGCTGGTTATCTTTCTGTcgcc < 1:2271735/71‑1 (MQ=255)
ttGACGGTCGTACCGGTCTGACGGCAGTGGTTGTTGGTctg < 1:3898662/41‑1 (MQ=255)
ttGACGGTCGTACCGGTCTGACGGCAGTGGTTGTTGGTctg < 1:4749427/41‑1 (MQ=255)
ttGACGGTCGTACCGGTCTGACGGCAGTGGTTGTTGGTctg < 1:1426944/41‑1 (MQ=255)
ttGACGGTCGTACCGGTCTGACGGCAGTGGTTGTTGGTctg < 1:1015733/41‑1 (MQ=255)
ttGACGGTCGTACCGGTCTGACGGCAGTGGTTGTTGGTCTGCTGTTCCTGCTGGTTATCTTTCTGTcgccg > 1:3963667/1‑71 (MQ=255)
gCGGTCGTACCGGTCTGACGGCAGTGGTTGTTGGTCTGCTGtt < 1:376679/43‑1 (MQ=255)
|
GTTCGTTTATCGGTACTTCTTCCGTTACGGCTTATATTGAGTCCTCTTCCGGCGTATCGGTTGGCGGTCGTACCGGTCTGACGGCAGTGGTTGTTGGTCTGCTGTTCCTGCTGGTTATCTTTCTGTCGCCG > W3110S.gb/3740987‑3741117
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
