Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A5 F21 I0 R2
|
316 |
65.6 |
5147759 |
97.4% |
5013917 |
60.3 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
W3110S.gb |
4,064,477 |
A→G |
22.2% |
E374E (GAA→GAG) |
gntU → |
gluconate transporter, low affinity GNT 1 system |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | W3110S.gb | 4,064,477 | 0 | A | G | 22.2%
| 68.3
/ 17.0
| 36 | E374E (GAA→GAG) | gntU | gluconate transporter, low affinity GNT 1 system |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (14/14); new base G (6/2); total (20/16) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.57e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
TGCGCATCATTCAGGGTTCTGCCACCGTAGCCTGTTTAACGGCGGTAGGACTGGTGATGCCGGTTATTGAACAACTGAACTACTCCGGTGCGCAAATGGCGGCGCTGTCGATTTGTATCGCTGGTGGTTCGATTGTTG > W3110S.gb/4064407‑4064544
|
tGCGCATCATTCAGGGTTCTGCCACCGTAGCCTGTTTAACGGCGGTAGGACTGGTGATGCCGGTTATTGaa < 1:3593207/71‑1 (MQ=255)
cgcATCATTCAGGGTTCTGCCACCGTAGCCTGTTTAACGGCGGTAGGACTGGTGATGCCGGTTATTGaaca < 1:1351616/71‑1 (MQ=255)
cgcATCATTCAGGGTTCTGCCACCGTAGCCTGTTTAACGGCGGTAGGACTGGTGATGCCGGTTATTGaaca < 1:4033049/71‑1 (MQ=255)
cgcATCATTCAGGGTTCTGCCACCGTAGCCTGTTTAACGGCGGTAGGACTGGTGATGCCGGTTATTGaaca < 1:3960401/71‑1 (MQ=255)
cgcATCATTCAGGGTTCTGCCACCGTAGCCTGTTTAACGGCGGTAGGACTGGTGATGCCGGTTATTGaac > 1:85141/1‑70 (MQ=255)
gcATCATTCAGGGTTCTGCCACCGTAGCCTGTTTAACGGCGGTAGGACTGGTGATGCCGGTTATTGaacaa < 1:1042830/71‑1 (MQ=255)
atTCAGGGTTCTGCCACCGTAGCCTGTTTAACGGCGGTAGGACTGGTGATGCCGGTTATTGAACAACTGaa > 1:1028131/1‑71 (MQ=255)
aGGGTTCTGCCACCGTAGCCTGTTTAACGGCGGTAGGACTGGTGATGCCGGTTATTGAACAACTGAactac < 1:676746/71‑1 (MQ=255)
aGGGTTCTGCCACCGTAGCCTGTTTAACGGCGGTAGGACTGGTGATGCCGGTTATTGAACAACTGAactac < 1:4144373/71‑1 (MQ=255)
tCTGCCACCGTAGCCTGTTTAACGGCGGTAGGACTGGTGATGCCGGTTATTGAGCAACTGAACTACTCCgg > 1:869949/1‑71 (MQ=255)
cTGCCACCGTAGCCTGTTTAACGGCGGTAGGACTGGTGATGCCGGTTATTGAACAACTGAacta > 1:3525898/1‑64 (MQ=255)
cACCGTAGCCTGTTTAACGGCGGTAGGACTGGTGATGCCGGTTATTGAACAACTGAACTACTCCGGTgcg > 1:2640840/1‑70 (MQ=255)
aCCGTAGCCTGTTTAACGGCGGTAGGACTGGTGATGCCGGTTATTGAACAACTGAACTACTCCGGTgcgc > 1:30871/1‑70 (MQ=255)
gTAGCCTGTTTAACGGCGGTAGGACTGGTGATGCCGGTTATTGAACAACTGaa > 1:2865963/1‑53 (MQ=255)
tGTTTAACGGCGGTAGGACTGGTGATGCCGGTTATTGagcaa > 1:1280046/1‑42 (MQ=255)
gTTTAACGGCGGTAGGACTGGTGATGCCGGTTATTGAGCAACTGAACTACTCCGGTGCGCAAATggcggc > 1:493050/1‑70 (MQ=255)
gTTTAACGGCGGTAGGACTGGTGATGCCGGTTATTGAACAACTGAACTACTCCGGTGCGCAAATGgcggcg > 1:4843421/1‑71 (MQ=255)
aaCGGCGGTAGGACTGGTGATGCCGGTTATTGAACAACTGAACTACTCCGGTGCGCAAATGGCGGCGCTGt > 1:134017/1‑71 (MQ=255)
aCGGCGGTAGGACTGGTGATGCCTGTTATTGAGCAACTGAACTACTCCGGTGCGCaaa > 1:1508032/1‑58 (MQ=255)
gcggTAGGACTGGTGATGCCGGTTATTGAACAACTGAACTACTCCGGTGCGCAAATGGCGGCGCTGTCGAt < 1:3647731/71‑1 (MQ=255)
ggTAGGACTGGTGATGCCGGTTATTGAACAACTGAACTACTCCGGTgcgc < 1:2457554/50‑1 (MQ=255)
gTAGGACTGGTGATGCCGGTTATTGAACAACTGAACTACTCCGGTGCGCAAATggcgg < 1:3520631/58‑1 (MQ=255)
tAGGACTGGTGATGCCGGTTATTGAACAACTGAACTACTCCGGTGCGCaa > 1:2727333/1‑50 (MQ=255)
tAGGACAGGTGATGCCGGTTATTGAACAACTGAACTACTCCGGTGCGCaa > 1:3946010/1‑50 (MQ=255)
aGGACTGGTGATGCCGGTTATTGAACAGCTGAACTACTCCGGTGCGCAAATGGCGGCGCTGTCGATTTGt < 1:2506478/70‑1 (MQ=255)
aGGACTGGTGATGCCGGTTATTGAACAACTGAACTACTCCGGTGCGCAAATGgcggcg > 1:1846595/1‑58 (MQ=255)
tGGTGATGCCGGTTATTGAGCAACTGAACTACTCCGGTGCGCa < 1:4599658/43‑1 (MQ=255)
gTGATGCCGGTTATTGAACAACTGAACTACTCCGGTGCGCAAATGGCGGCGCTGTCGATTTGTATCGCtgg > 1:4527433/1‑71 (MQ=255)
gTGATGCCGGTTATTGAACAACTGAACTACTCCGGTGCGCAAATGGCGGCGCTGTCGATTTGTATCGCtg > 1:360442/1‑70 (MQ=255)
gTGATGCCGGTTATTGAACAACTGAACTACTCCGGTGCGCAAATGGCGGCGCTGTCGATTTGTATCGCtg < 1:1719579/70‑1 (MQ=255)
gTGATGCCGGTTATTGAACAACTGAACTACTCCGGTGCGCAAATGGCGGCGCTGTCGATTTGTATCGCt < 1:3531470/69‑1 (MQ=255)
tGATGCCGGTTATTGAACAACTGAACTACTCCGGTgcgc < 1:1774349/39‑1 (MQ=255)
gATGCCGGTTATTGAACAACTGAACTACTCCGGTgcg < 1:1729805/37‑1 (MQ=255)
gATGCCGGTTATTGAACAACTGAACTACTCCGGTgcg < 1:64315/37‑1 (MQ=255)
gATGCCGGTTATTGAACAACTGAACTACTCCGGTgcg < 1:4476608/37‑1 (MQ=255)
aTGCCGGTTATTGAACAACTGAACTACTCCGGTGCGCaaa > 1:4966635/1‑40 (MQ=255)
ccGGTTATTGAGCAACTGAACTACTCCGGT‑CGCAAATGGCGGCGCTGTCGAttt > 1:3792961/1‑54 (MQ=38)
ccGGTTATTGAACAACTGAACTACTCCGGTGCGCAAATGGCGGCGCTGTCGATTTGTATCGCTGGTGGTTc > 1:726187/1‑71 (MQ=255)
tATTGAGCAACTGAACTACTCCGGTGCGCAAATgg > 1:2888933/1‑35 (MQ=255)
tATTGAGCAACTGAACTACTCCGGTGCGCAAATGGCGGCGCTGTCGATTTGTATCGCTGGTGGTTCGAttg > 1:4099645/1‑71 (MQ=255)
ttGAGCAACTGAACTACTCCGGTGCGCAAATGGCGGCGCTGTCGATTTGTATCGCTGGTGGTTCGAttgtt < 1:3587388/71‑1 (MQ=255)
gAACAACTGAACTACTCCGGTGCGCAAATGGCGGCGCTGTCGATTTGTATCGCTGGTGGTTCGAttgttg < 1:2298397/70‑1 (MQ=255)
gAACAACTGAACTACTCCGGTGCGCAAATGGCGGCGCTGTCGATTTGTATCGCTGGTGGTTCGAttgtt < 1:563834/69‑1 (MQ=255)
acaacTGAACTACTCCGGTGCGCAAATGGCGGCGCTGTCGATTTGt > 1:2261579/1‑46 (MQ=255)
acaacTGAACTACTCCGGTGCGCAAATGGCGGCGCTGTCGATTTGTa > 1:3876341/1‑47 (MQ=255)
acaacTGAACTACTCCGGTGCGCAAATGGCGGCGCTGTCGATTTGTa > 1:258723/1‑47 (MQ=255)
|
TGCGCATCATTCAGGGTTCTGCCACCGTAGCCTGTTTAACGGCGGTAGGACTGGTGATGCCGGTTATTGAACAACTGAACTACTCCGGTGCGCAAATGGCGGCGCTGTCGATTTGTATCGCTGGTGGTTCGATTGTTG > W3110S.gb/4064407‑4064544
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
