Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A5 F21 I0 R2
|
316 |
65.6 |
5147759 |
97.4% |
5013917 |
60.3 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
W3110S.gb |
4,094,617 |
G→A |
48.2% |
L60L (CTG→TTG) |
gntY ← |
predicted gluconate transport associated protein |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | W3110S.gb | 4,094,617 | 0 | G | A | 48.2%
| 3.8
/ 80.8
| 56 | L60L (CTG→TTG) | gntY | predicted gluconate transport associated protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (14/15); new base A (12/15); total (26/30) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.95e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.75e-01 |
GGTAACAAAATCGATCTCTGCATCTTCCAGGTATGGTGCGCTTAACTCATCAACATACGCGGTCAGCAGGTCAAATTTCAGGGCTGTGTCGGTGGCTTCCACAGCGTCCGGCGGACAATAAGAAACGCCACATT > W3110S.gb/4094549‑4094682
|
ggTAACAAAATCGATCTCTGCATCTTCCAGGTATGGTGCGCTTAACTCATCAACATACGCGGTCAGCAAGt > 1:3449525/1‑71 (MQ=255)
tAACAAAATCGATCTCTGCATCTTCCAGGTATGGTGCGCTTAACTCATCAACATACGCGGTCAGCAAGTCa < 1:3210486/71‑1 (MQ=255)
tAACAAAATCGATCTCTGCATCTTCCAGGTATGGTGCGCTTAACTCATCAACATACGCGGTCAGCAAGTCa < 1:1739388/71‑1 (MQ=255)
aCAAAATCGATCTCTGCATCTTCCAGGTATGGTGCGCTTAACTCATCAACATACGCGGTCAGCAGGTCaaa > 1:1655454/1‑71 (MQ=255)
aaaaTCGATCTCTGCATCTTCCAGGTATGGTGCGCTTAACTCATCAACATACGCGGTCAGCAGGTCAAAtt > 1:3003925/1‑71 (MQ=255)
aaTCGATCTCTGCATCTTCCAGGTATGGTGCGCTTAACTCATCAACATACGCGGTCAGCAGGTCAAAtt > 1:738592/1‑69 (MQ=255)
gATCTCTGCATCTTCCAGGTATGGTGCGCTTAACTCATCAACATACGCGGTCAGCAAGTCAAATTTCAg > 1:4502027/1‑69 (MQ=255)
gATCTCTGCATCTTCCAGGTATGGTGCGCTTAACTCATCAACATACGCGGTCAGCAAGTCAAATTTCAg > 1:5058856/1‑69 (MQ=255)
aTCTCTGCATCTTCCAGGTATGGTGCGCTTAACTCATCAACATACGCGGTCAGCAAGTCAAAttt < 1:4350283/65‑1 (MQ=255)
tGCATCTTCCAGGTATGGTGCGCTTAACTCATCAACATACGCGGTcagcag < 1:1379274/51‑1 (MQ=255)
tGCATCTTCCAGGTATGGTGCGCTTAACTCATCAACATACGCGGTcagcag < 1:652005/51‑1 (MQ=255)
tGCATCTTCCAGGTATGGTGCGCTTAACTCATCAACATACGCGGTCAGCAGGTCa < 1:4694137/55‑1 (MQ=255)
tGCATCTTCCAGGTATGGTGCGCTTAACTCATCAACATACGCGGTCAGCAAGTCAAAttt > 1:5009095/1‑60 (MQ=255)
tGCATCTTCCAGGTATGGTGCGCTTAACTCATCAACATACGCGGTCAGCAAGTCAAATTTCAGGGCTgtgt > 1:1531528/1‑71 (MQ=255)
tGCATCTTCCAGGTATGGTGCGCTTAACTCATCAACATACGCGGTCAGCAAGTCAAATTTCAGGGCTgtgt > 1:5071097/1‑71 (MQ=255)
gCATCTTCCAGGTATGGTGCGCTTAACTCATCAACATACGCGGTcagcag > 1:814081/1‑50 (MQ=255)
cATCTTCCAGGTATGGTGCGCTTAACTCATCAACATACGCGGTCAGCAGGTCAAATTTCAGGGCTGTGTc < 1:2294369/70‑1 (MQ=255)
ttCCAGGTATGGTGCGCTTAACTCATCAACATACGCGGTCAGCAGGTCAAATTTCAg > 1:1476442/1‑57 (MQ=255)
ttCCAGGTATGGTGCGCTTAACTCATCAACATACGCGGTCAGCAGGTCAAATTTCAGGGCTGTGTCGGTgg > 1:2005707/1‑71 (MQ=255)
ttCCAGGTATGGTGCGCTTAACTCATCAACATACGCGGTCAGCAAGTCAAATTTCAGGGCTGTGTCgg > 1:4978836/1‑68 (MQ=255)
ccAGGTATGGTGCGCTTAACTCATCAACATACGCGGTCAGCAAGTCAAATTTCAGGGCTGTGTCGGTGGc < 1:1351661/70‑1 (MQ=255)
aGGTATGGTGCGCTTAACTCATCAACATACGCGGTCAGCAGGTCAAATTTCAGGGCTGTGTCGGTGGCTTc < 1:4469136/71‑1 (MQ=255)
gTATGGTGCGCTTAACTCATCAACATACGCGGTCAGCAGGTCAAATTTCAGGGCTTTGTc < 1:1606467/60‑1 (MQ=255)
gTATGGTGCGCTTAACTCATCAACATACGCGGTCAGCAGGTCAAATTTCAGGGCTGTGTc < 1:355743/60‑1 (MQ=255)
gTATGGTGCGCTTAACTCATCAACATACGCGGTCAGCAGGTCAAATTTCAGGGCTGTGTc < 1:349748/60‑1 (MQ=255)
tGGTGCGCTTAACTCATCAACATACGCGGTCAGCAGGTCAAATTTCAgg > 1:443795/1‑49 (MQ=255)
tGGTGCGCTTAACTCATCAACATACGCGGTCAGCAGGTCAAATTTCAGGGCTGTGTc < 1:496989/57‑1 (MQ=255)
tGGTGCGCTTAACTCATCAACATACGCGGTCAGCAGGTCAAATTTCAGGGCTGTGTc < 1:4137143/57‑1 (MQ=255)
tGGTGCGCTTAACTCATCAACATACGCGGTCAGCAAGTCAAATTTCa < 1:1312542/47‑1 (MQ=255)
tGGTGCGCTTAACTCATCAACATACGCGGTCAGCAAGTCAAATTTCa < 1:3285846/47‑1 (MQ=255)
ggTGCTCTTAACTCATCAACATACGCGGTCAGCAAGTCAAATTTc < 1:2397497/45‑1 (MQ=38)
ggTGCGCTTAACTCATCAACATACGCGGTCAGCAAGTCAAATTTc < 1:5145719/45‑1 (MQ=255)
ggTGCGCTTAACTCATCAACATACGCGGTCAGCAAGTCAAATTTc < 1:3032669/45‑1 (MQ=255)
ggTGCGCTTAACTCATCAACATACGCGGTCAGCAAGTCAAATTTc < 1:1997428/45‑1 (MQ=255)
ggTGCGCTTAACTCATCAACATACGCGGTCAGCAAGTCAAATTTc < 1:2039440/45‑1 (MQ=255)
gTGCGCTTAACTCATCAACATACGCGGTCAGCAGGTCAAATTTCAGGGCTGTGTCGGTGGCTTCCACAGCg > 1:185365/1‑71 (MQ=255)
gTGCGCTTAACTCATCAACATACGCGGTCAGCAAGTCAAATTTCAGGGCTGTGTc < 1:2945553/55‑1 (MQ=255)
tGCGCTTAACTCATCAACATACGCGGTCAGCAAGTCAAAttt < 1:2148811/42‑1 (MQ=255)
tGCGCTTAACTCATCAACATACGCGGTCAGCAAGTCAAATTTCAGGGCTGTGTc < 1:588660/54‑1 (MQ=255)
gcgcTTAACTCATCAACATACGCGGTCAGCAAGTCAAATTTCAGGGCTGTGTCgg > 1:1829083/1‑55 (MQ=255)
gcgcTTAACTCATCAACATACGCGGTCAGCAAGTCAAATTTCAGGGCTGTGTCgg > 1:2179430/1‑55 (MQ=255)
gcgcTTAACTCATAAACATACGCGGTCAGCAAGTCAAATTTCAGGGCTGTGTCgg > 1:1706755/1‑55 (MQ=255)
ttAACTCATCAACATACGCGGTCAGCAGGTCAAATTTCAGGGCTGTGTCg < 1:4118216/50‑1 (MQ=255)
ttAACTCATCAACATACGCGGTCAGCAGGTCAAATTTCAGGGCTGTGTCg < 1:1871875/50‑1 (MQ=255)
tAACTCATCAACATACGCGGTCAGCAAGTCAAATTTCAGGGCTGTGTCGGTGGCTTCCACAGCGTCcggcg > 1:343912/1‑71 (MQ=255)
aaCTCATCAACATACGCGGTCAGCAGGTCAAATTTCAGGGCTGTGTCGGt > 1:3709263/1‑50 (MQ=255)
aaCTCATCAACATACGCGGTCAGCAGGTCAAATTTCAGGGCTGTGTCGGt > 1:3727578/1‑50 (MQ=255)
aaCTCATCAACATACGCGGTCAGCAGGTCAAATTTCAGGGCTGTGTCGGTGGCTTCCACAGCGTCcggcg < 1:1334007/70‑1 (MQ=255)
aCTCATCAACATACGCGGTCAGCAAGTCAAATTTCAGGGCTGTGTCGGTGGc > 1:3218474/1‑52 (MQ=255)
tcatcaACATACGCGGTCAGCAGGTCAAATTTCAGGGCTGTGTCgg > 1:234497/1‑46 (MQ=255)
atcaACATACGCGGTCAGCAGGTCAAATTTCAGGGCTGTGTCGGTGGCTTCca > 1:4276630/1‑53 (MQ=255)
atcaACATACGCGGTCAGCAGGTCAAATTTCAGGGCTGTGTCGGTGGCTTCca > 1:260837/1‑53 (MQ=255)
tcaACATACGCGGTCAGCAGGTCAAATTTCAGGGCTGTGTCGGt < 1:2330765/44‑1 (MQ=255)
caACATACGCGGTCAGCAGGTCAAATTTCAGGGCTGTGTCGGTGGCTTCca > 1:4957851/1‑51 (MQ=255)
caACATACGCGGTCAGCAGGTCAAATTTCAGGGCTGTGTCGGTGGCTTCca > 1:1087692/1‑51 (MQ=255)
aCATACGCGGTCAGCAGGTCAAATTTCAGGGCTGTGTCGGTGGCTTCCACAGCGTCCGGCGGACAATAAGa < 1:2068210/71‑1 (MQ=255)
aCATACGCGGTCAGCAGGTCAAATTTCAGGGCTGTGTCGGTGGCTTCCACAGCGTCCGGCGGACAATAAGa < 1:2836990/71‑1 (MQ=255)
aCATACGCGGTCAGCAAGTCAAATTTCAGGGCTGTGTCGGTGGCTTCca < 1:3251039/49‑1 (MQ=255)
aTACGCGGTCAGCAGGTCAAATTTCAGGGCTGTGTCGGTGGCTTCCACAGCGTCCGGCGGACAATAAGaaa < 1:728380/71‑1 (MQ=255)
cagcaaGTCAAATTTCAGGGCTGTGTCGGTGGCTTCCACAGCGTCCGGCGGACAATAAGAAACGCCACAtt > 1:2349116/1‑71 (MQ=255)
cagcaaGTCAAATTTCAGGGCTGTGTCGGTGGCTTCCACAGCGTCCGGCGGACAATAAGAAACGCCACAtt > 1:1240537/1‑71 (MQ=255)
agcagGTCAAATTTCAGGGCTGTGTCGGTGGCTTCCACAGCGTCCGGCGGACAATAAGAAACGCCACAtt > 1:167991/1‑70 (MQ=255)
|
GGTAACAAAATCGATCTCTGCATCTTCCAGGTATGGTGCGCTTAACTCATCAACATACGCGGTCAGCAGGTCAAATTTCAGGGCTGTGTCGGTGGCTTCCACAGCGTCCGGCGGACAATAAGAAACGCCACATT > W3110S.gb/4094549‑4094682
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
