Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A6 F1 I0 R1
|
2892 |
75.3 |
5698161 |
66.1% |
3766484 |
59.5 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
minE |
350,279 |
G→A |
83.6% |
intergenic (+6/‑94) |
hyi → / → glxR |
hydroxypyruvate isomerase/tartronate semialdehyde reductase, NADH‑dependent |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | minE | 350,279 | 0 | G | A | 83.6%
| 278.5
/ 42.3
| 125 | intergenic (+6/‑94) | hyi/glxR | hydroxypyruvate isomerase/tartronate semialdehyde reductase, NADH‑dependent |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (10/10); new base A (52/52); total (62/63) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.88e-01 |
Only 100 of 125 total aligned reads displayed.
TGAATATAAACCCCAAACCACCACGGAAGCCGGTTTACGCTGGATGGATCCGTACCGTTAAAACGTGACGCTATTCAGACAATGCTTTTTTAGGCCGCTAAGTTGGCAGGGGATCGTGTTGTCCGAATTCAGG > minE/350213‑350345
|
tgAATATAAACCCCAAACCACCACGGAAGCCGGTTTACGCTGGATGGATCCGTACCGTTAAAACGTGACGc < 1:222503/71‑1 (MQ=255)
gAATATAAACCCCAAACCACCACGGAAGCCGGTTTACGCTGGATGGATCCGTACCGTTAAAACGTAACGc > 1:2932934/1‑70 (MQ=255)
aaTATAAACCCCAAACCACCACGGAAGCCGGTTTACGCTGGATGGATCCGTACCGTTAAAACGTAACGCTa > 1:1021213/1‑71 (MQ=255)
ataAACCCCAAACCACCACGGAAGCCGGTTTACGCTGGATGGATCCGTACCGTTAAAACGTAACGCTAtt > 1:148295/1‑70 (MQ=255)
taAACCCCAAACCACCACGGAAGCCGGTTTACGCTGGATGGATCCGTACCGTTAAAACGTAACGCTAtt > 1:5636126/1‑69 (MQ=255)
aaaCCCAAAACCACCACGGAAGCCGGTTTACGCTGGATGGATCCGTACCGTTAAAACGTGACGCTAtt > 1:732850/1‑68 (MQ=255)
aaCCCCAAACCACCACGGAAGCCGGTTTACGCTGGATGGATCCGTACCGTTAAAACGTGACGCTATTCAGa > 1:4241792/1‑71 (MQ=255)
aaCCCCAAACCACCACGGAAGCCGGTTTACGCTGGATGGATCCGTACCGTTAAAACGTAACGCTATTCAGa > 1:5657794/1‑71 (MQ=255)
aCCCCAAACCACCACGGAAGCCGGTTTACGCTGGATGGATCCGTACCGTTAAAACGTTACGCTATTCAGAc < 1:4594689/71‑1 (MQ=255)
ccccAAACCACCACGGAAGCCGGTTTACGCTGGATGGATCCGTACCGTTAAAACGTGACGCTATTCAGACa < 1:3527498/71‑1 (MQ=255)
ccccAAACCACCACGGAAGCCGGTTTACGCTGGATGGATCCGTACCGTTAAAACGTAACGCTATTCAGACa < 1:3400706/71‑1 (MQ=255)
ccAAACCACCACGGAAGCCGGTTTACGCTGGATGGATCCGTACCGTTAAAACGTAACGCTATTCAGACaa > 1:2313480/1‑70 (MQ=255)
cAAACCACCACGGAAGCCGGTTTACGCTGGATGGATCCGTACCGTTAAAACGTAACGCTATTCAGACAAt > 1:1303270/1‑70 (MQ=255)
cAAACCACCACGGAAGCCGGTTTACGCTGGATGGATCCGTACCGTTAAAACGTAACGCTATTCAGACAATg > 1:474191/1‑71 (MQ=255)
aaCCACCACGGAAGCCGGTTTACGCTGGATGGATCCGTACCGTTAAAACGTGACGCTa > 1:244979/1‑58 (MQ=255)
aaCCACCACGGAAGCCGGTTTACGCTGGATGGATCCGTACCGTTAAAACGTAACGCTATTCAGACAATGCt > 1:4965565/1‑71 (MQ=255)
caccacGGAAGCCGGTTTACGCTGGATGGATCCGTACCGTTAAAACGTAACGCTATTCa < 1:4864479/59‑1 (MQ=255)
caccacGGAAGCCGGTTTACGCTGGATGGATCCGTACCGTTAAAACGTAACGCTATTCAGACAATGCt < 1:79172/68‑1 (MQ=255)
accacGGAAGCCGGTTTACGCTGGATGGATCCGTACCGTTAAAACGTAACGCTATTCAGACAATGCttttt < 1:4614840/71‑1 (MQ=255)
accacGGAAGCCGGTTTACGCTGGATGGATCCGTACCGTTAAAACGTAACGCTATTCAGACAATGCttttt < 1:2424523/71‑1 (MQ=255)
ccacGGAAGCCGGTTTACGCTGGATGGATCCGTACCGTTAAAACGTGACGCTATTCAGACAATGCtttttt < 1:2903689/71‑1 (MQ=255)
ccacGGAAGCCGGTTTACGCTGGATGGATCCGTACCGTTAAAACGTGACGCTATTCAGACAATGCtttttt < 1:2688537/71‑1 (MQ=255)
cGGAAGCCGGTTTACGCTGGATGGATCCGTACCGTTAAAACGTGACGCTATTCAGa > 1:5622027/1‑56 (MQ=255)
cGGAAGCCGGTTTACGCTGGATGGATCCGTACCGTTAAAACGTAACGCTATTCa < 1:2287086/54‑1 (MQ=255)
cGGAAGCCGGTTTACGCTGGATGGATCCGTACCGTTAAAACGTAACGCTATTCAGACAATGCTTTTTTAgg > 1:1696793/1‑71 (MQ=255)
ggAAGCCGGTTTACGCTGGATGGATCCGTACCGTTAAAACGTGACGCTATTCAGACAATGCTTTTTTAGGc > 1:4223800/1‑71 (MQ=255)
ggAAGCCGGTTTACGCTGGATGGATCCGTACCGTTAAAACGTAACGCTATTCAGACAATGCTTTTTTAGGc > 1:81729/1‑71 (MQ=255)
gAAGCCGGTTTACGCTGGATGGATCCGTACCGTTAAAACGTAACGCTATTCAGACAATGCtt < 1:5559273/62‑1 (MQ=255)
gAAGCCGGTTTACGCTGGATGGATCCGTACCGTTAAAACGTAACGCTATTCAGACAATGCtt < 1:1521831/62‑1 (MQ=255)
ccGGTTTACGCTGGATGGATCCGTACCGTTAAAACGTAACGCTATTCAGACAATGCTTTTTTAGGCCGCTa < 1:2658436/71‑1 (MQ=255)
ccGGTTTACGCTGGATGGATCCGTACCGTTAAAACGTAACGCTATTCAGACAATGCTTTTTTAGGCCGCTa < 1:3797746/71‑1 (MQ=255)
cGGTTTACGCTGGATGGATCCGTACCGTTAAAACGTGACGc < 1:1452702/41‑1 (MQ=255)
cGGTTTACGCTGGATGGATCCGTACCGTTAAAACGTAACGCTATTCAGACAATGCTTTTTTAGGCCGCt > 1:5372808/1‑69 (MQ=255)
ggTTTACGCTGGATGGATCCGTACCGTTAAAACGTAACGCTATTCAGAc > 1:4446370/1‑49 (MQ=255)
ggTTTACGCTGGATGGATCCGTACCGTTAAAACGTAACGCTATTCAGAc > 1:964267/1‑49 (MQ=255)
gTTTACGCTGGATGGATCCGTACCGTTAAAACGTAACGCTATTCa < 1:2974858/45‑1 (MQ=255)
gTTTACGCTGGATGGATCCGTACCGTTAAAACGTAACGCTATTCa < 1:2662271/45‑1 (MQ=255)
gTTTACGCTGGATGGATCCGTACCGTTAAAACGTAACGCTATTCAGACAATGCtttttt < 1:160314/59‑1 (MQ=255)
tttACGCTGGATGGATCCGTACCGTTAAAACGTAACGCTATTCAGACAATGCTTTTTTAGGCCGCTAAGtt < 1:2561832/71‑1 (MQ=255)
tttACGCTGGATGGATCCGTACCGTTAAAACGTAACGCTATTCAGACAATGCTTTTTTAGGCCGCTAAGtt < 1:3414388/71‑1 (MQ=255)
tttACGCTGGATGGATCCGTACCGTTAAAACGTAACGCTATTCAGACAATGCTTTTTTAGGCCGCTAAGtt < 1:3103225/71‑1 (MQ=255)
ttACGCTGGATGGATCCGTACCGTTAAAACGTAACGCTATTCa > 1:131208/1‑43 (MQ=255)
ttACGCTGGATGGATCCGTACCGTTAAAACGTAACGCTATTCa > 1:2091495/1‑43 (MQ=255)
ttACGCTGGATGGATCCGTACCGTTAAAACGTAACGCTATTCAGa > 1:1896762/1‑45 (MQ=255)
ttACGCTGGATGGATCCGTACCGTTAAAACGTAACGCTATTCAGACa > 1:3141246/1‑47 (MQ=255)
ttACGCTGGATGGATCCGTACCGTTAAAACGTAACGCTATTCAGACa > 1:4666215/1‑47 (MQ=255)
ttACGCTGGATGGATCCGTACCGTTAAAACGTAACGCTATTCAGACa > 1:760801/1‑47 (MQ=255)
ttACGCTGGATGGATCCGTACCGTTAAAACGTAACGCTATTCAGACa > 1:2294631/1‑47 (MQ=255)
ttACGCTGGATGGATCCGTACCGTTAAAACGTAACGCTATTCAGACa > 1:1682328/1‑47 (MQ=255)
ttACGCTGGATGGATCCGTACCGTTAAAACGTAACGCTATTCAGACAATGCTTTTTTAGGCCGCTAAGTTg > 1:2800449/1‑71 (MQ=255)
ttACGCTGGATGGATCCGTACCGTTAAAACGTAACGCTATTCAGACAATCCTTTTTTAGGCCGCTAAGTTg > 1:3553093/1‑71 (MQ=255)
ttACGCTGGATGGATACGTACCGTTAAAACGTAACGCTATTCAGACa > 1:3138997/1‑47 (MQ=39)
tACGCTGGATGGATCCGTACCGTTAAAACGTAACGCTATTCAGa > 1:5352137/1‑44 (MQ=255)
tACGCTGGATGGATCCGTACCGTTAAAACGTAACGCTATTCAGa > 1:2731904/1‑44 (MQ=255)
aCGCTGGATGGATCCGTACCGTTAAAACGTAACGCTATTCAGACAATGCTTTTTTAGGCCGCTAAGTTgg < 1:2447406/70‑1 (MQ=255)
cGCTGGATGGATCCGTACCGTTAAAACGTAACGCTATTCAGAc < 1:3100704/43‑1 (MQ=255)
gCTGGATGGATCCGTACCGTTAAAACGTGACGCTATTCAGACAATGCTTTTTTAGGCCGCTa < 1:3217577/62‑1 (MQ=255)
cTGGATGGATCCGTACCGTTAAAACGTAACGCTATTCAg < 1:4121492/39‑1 (MQ=255)
cTGGATGGATCCGTACCGTTAAAACGTAACGCTATTCAg < 1:3232915/39‑1 (MQ=255)
gatggatCCGTACCGTTAAAACGTAACGCTATTCAGACAATGCTTTTTTAGGCCGCTAAGTTGGCAGGGGa < 1:4430726/71‑1 (MQ=255)
gatCCGTACCGTTAAAACGTAACGCTATTCAGACAATGCTTTTTTAGGCCGCTAAGTTGGCAGGGGATCgt < 1:2747207/71‑1 (MQ=255)
gatCCGTACCGTTAAAACGTAACGCTATTCAGACAATGCTTTTTTAGGCCGCTAAGTTGGCAGGGGATCg < 1:3474109/70‑1 (MQ=255)
atCCGTACCGTTAAAACGTAACGCTATTCAGACAATGCTTTTTTAGGCCGCTAAGTTGGCAGGGGATCgtg < 1:1289590/71‑1 (MQ=255)
tCCGTACCGTTAAAACGTGACGCTATTCAGACAATGCTTTTTTa > 1:4332485/1‑44 (MQ=255)
ccGTACCGTTAAAACGTAACGCTATTCAGACAATGCtttt > 1:5696066/1‑40 (MQ=255)
ccGTACCGTTAAAACGTAACGCTATTCAGACAATGCtttt > 1:4665349/1‑40 (MQ=255)
cGTACCGTTAAAACGTAACGCTATTCAGACAATGCTTTTTTAGGCCGCTAAGTTGGCAGGGGATCGtgttg < 1:4927201/71‑1 (MQ=255)
gTACCGTTAAAACGTGACGCTATTCAGACAATGCTTTTTTAGGCCGCTAAGTTGGCAGGGGATCGtgttgt < 1:2682590/71‑1 (MQ=255)
gTACCGTTAAAACGTAACGCTATTCAGACAATGCTTTTTTAGGCCGCTAAGTTGGCAGGGGATCGtgttgt < 1:2847505/71‑1 (MQ=255)
tACCGTTAAAACGTAACGCTATTCAGACAATGCttttt < 1:2976520/38‑1 (MQ=255)
tACCGTTAAAACGTAACGCTATTCAGACAATGCtttt < 1:897885/37‑1 (MQ=255)
tACCGTTAAAACGTAACGCTATTCAGACAATGCtttt < 1:4742044/37‑1 (MQ=255)
tACCGTTAAAACGTAACGCTATTCAGACAATGCtttt < 1:4111787/37‑1 (MQ=255)
tACCGTTAAAACGTAACGCTATTCAGACAATGCTTTTTTAGGCCGCTAAg < 1:2479699/50‑1 (MQ=255)
tACCGTTAAAACGTAACGCTATTCAGACAATGCTTTTTTAGGCCGCTAAg < 1:4227375/50‑1 (MQ=255)
tACCGTTAAAACGTAACGCTATTCAGACAATGCTTTTTTAGGCCGCTAAg < 1:5587455/50‑1 (MQ=255)
tACCGTTAAAACGTAACGCTATTCAGACAATGCTTTTTTAGGCCGCTAAGTTGGCAGGGGATCgtg < 1:150902/66‑1 (MQ=255)
tACCGTTAAAACGTAACGCTATTCAGACAATGCTTTTTTAGGCCGCTAAGTTGGCAGGGGATCgtg < 1:4995163/66‑1 (MQ=255)
tACCGTTAAAACGTAACGCTATTCAGACAATGCTTTTTTAGGCCGCTAAGTTGGCAGGGGATCGTGTTGTc > 1:366452/1‑71 (MQ=255)
aCCGTTAAAACGTAACGCTATTCAGACAATGCTTTTTTAGGCCGCTAAGTTGGc < 1:3520237/54‑1 (MQ=255)
ccGTTAAAACGTGACGCTATTCAGACAATGCTTTTTTa > 1:4500253/1‑38 (MQ=255)
ccGTTAAAACGTGACGCTATTCAGACAATGCTTTTTTAGGCCGCTAAGTTGGCAGGGGATCGTGTTGTc > 1:4137401/1‑69 (MQ=255)
ccGTTAAAACGTAACGCTATTCAGACAATGCTTTTTTa > 1:3783847/1‑38 (MQ=255)
ccGTTAAAACGTAACGCTATTCAGACAATGCTTTTTTAGGCCGCTAAGtt > 1:3584124/1‑50 (MQ=255)
ccGTTAAAACGTAACGCTATTCAGACAATGCTTTTTTAGGCCGCTAAGTTGGCAGGGGATCGTGTTGTct > 1:4147784/1‑69 (MQ=255)
ccGTTAAAACGTAACGCTATTCAGACAATGCTTTTTTAGGCCGCTAAGTTGGCAGGGGATCGTGTTGTct > 1:1864508/1‑69 (MQ=255)
cGTTAAAACGTAACGCTATTCAGACAATGCTTTTTTAGGCCGCTAAGTTGGCAGGGGATc > 1:3509604/1‑60 (MQ=255)
ttAAAACGTGACGCTATTCAGACAATGCTTTTTTAGGCCGCTAAGTTGGCAGGGGATCGtgtt < 1:3890649/63‑1 (MQ=255)
aaaaCGTAACGCTATTCAGACAATGCTTTTTTAGGCCGCTAAGt > 1:3924026/1‑44 (MQ=255)
aaaaCGTAACGCTATTCAGACAATGCTTTTTTAGGCCGCTAAGt > 1:962988/1‑44 (MQ=255)
aaaaCGTAACGCTATTCAGACAATGCTTTTTTAGGCCGCTAAGTTGGCAGGGGATCgt > 1:4485097/1‑58 (MQ=255)
aaaaCGTAACGCTATTCAGACAATGCTTTTTTAGGCCGCTAAGTTGGCAGGGGATCGTGTTGTCTGAAtt < 1:4766474/70‑1 (MQ=255)
aaaaCGTAACGCTATTCAGACAATGCTTTTTTAGGCCGCTAAGTTGGCAGGGGATCGTGTTGTCTGAAtt < 1:836184/70‑1 (MQ=255)
aaaaCGTAACGCTATTCAGACAATGCTTTTTTAGGCCGCTAAGTTGGCAGGGGATCGTGTGGTCTGAAtt < 1:203076/70‑1 (MQ=255)
aaaCGTAACGCTATTCAGACAATGCTTTTTTAGGCCGCTAAGt > 1:2544663/1‑43 (MQ=255)
aaaCGTAACGCTATTCAGACAATGCTTTTTTAGGCCGCTAAGt > 1:3965737/1‑43 (MQ=255)
aaaCGTAACGCTATTCAGACAATGCTTTTTTAGGCCGCTAAGTTGGCAGGGGATCGTGTTGTCTGAATTc < 1:1698269/70‑1 (MQ=255)
aaaCGTAACGCTATTCAGACAATGCTTTTTTAGGCCGCTAAGTTGGCAGGGGATCGTGTTGTCTGAATTc < 1:3374393/70‑1 (MQ=255)
aaaCGTAACGCTATTCAGACAATGCTTTTTTAGGACGCTAAGt > 1:3893397/1‑43 (MQ=38)
aCGTAACGCTATTCAGACAATGCTTTTTTAGGCCGCTAAGTTGGCAGGGGATCGTGTTGTCTGAATTCAgg < 1:4984621/71‑1 (MQ=255)
|
TGAATATAAACCCCAAACCACCACGGAAGCCGGTTTACGCTGGATGGATCCGTACCGTTAAAACGTGACGCTATTCAGACAATGCTTTTTTAGGCCGCTAAGTTGGCAGGGGATCGTGTTGTCCGAATTCAGG > minE/350213‑350345
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
