Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A6 F21 I0 R1
|
2169 |
63.0 |
3952800 |
76.2% |
3012033 |
62.4 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
minE |
350,279 |
G→A |
38.9% |
intergenic (+6/‑94) |
hyi → / → glxR |
hydroxypyruvate isomerase/tartronate semialdehyde reductase, NADH‑dependent |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | minE | 350,279 | 0 | G | A | 38.9%
| 54.9
/ 72.9
| 72 | intergenic (+6/‑94) | hyi/glxR | hydroxypyruvate isomerase/tartronate semialdehyde reductase, NADH‑dependent |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (15/29); new base A (15/13); total (30/42) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.42e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.65e-01 |
GTGAATATAAACCCCAAACCACCACGGAAGCCGGTTTACGCTGGATGGATCCGTACCGTTAAAACGTGACGCTATTCAGACAATGCTTTTTTAGGCCGCTAAGTTGGCAGGGGATCGTGTTGTCCGAATTCAGGA > minE/350212‑350346
|
gtgAATATAAACCCCAAACCACCACGGAAGCCGGTTTACGCTGGATGGATCCGTACCGTTAAAACGTGa < 1:215902/69‑1 (MQ=255)
gtgAATATAAACCCCAAACCACCACGGAAGCCGGTTTACGCTGGATGGATCCGTACCGTTAAAACGTGa < 1:692271/69‑1 (MQ=255)
aaTATAAACCCCAAACCACCACGGAAGCCGGTTTACGCTGGATGGATCCGTACCGTTAAAACGTGa < 1:1076892/66‑1 (MQ=255)
aaTATAAACCCCAAACCACCACGGAAGCCGGTTTACGCTGGATGGATCCGTACCGTTAAAACGTGACGCTa > 1:2153443/1‑71 (MQ=255)
tataAACCCCAAACCACCACGGAAGCCGGTTTACGCTGGATGGATCCGTACCGTTAAAACGTAACGCTAtt > 1:3029324/1‑71 (MQ=255)
taAACCCCAAACCACCACGGAAGCCGGTTTACGCTGGATGGATCCGTACCGTTAAAACGTAACGCTAtt > 1:3553564/1‑69 (MQ=255)
taAACCCCAAACCACCACGGAAGCCGGTTTACGCTGGATGGATCCGTACCGTTAAAACGTAACGCTATTCa < 1:1865703/71‑1 (MQ=255)
accAAACCACCACGGAAGCCGGTTTACGCTGGATGGATCCGTACCGTTAAAACGTGACGCTATTCAGAc < 1:2512668/68‑1 (MQ=255)
cAAACCACCACGGAAGCCGGTTTACGCTGGATGGATCCGTACCGTTAAAACGTAACGCAATTCAGACAAt > 1:1763797/1‑70 (MQ=255)
aaaCCACCACGGAAGCCGGTTTACGCTGGATGGATCCGTACCGTTAAAACGTGACGCTa > 1:1533989/1‑59 (MQ=255)
aaaCCACCACGGAAGCCGGTTTACGCTGGATGGATCCGTACCGTTAAAACGTGACGCTATTCAGACAATGc < 1:464901/71‑1 (MQ=255)
aaCCACCACGGAAGCCGGTTTACGCTGGATGGATCCGTACCGTTAAAACGTAACGCTATTCAGACaa > 1:1351743/1‑67 (MQ=255)
aaCCACCACGGAAGCCGGTTTACGCTGGATGGATCCGTACCGTTAAAACGTAACGCTATTCAGACAAt > 1:841564/1‑68 (MQ=255)
accacGGAAGCCGGTTTACGCTGGATGGATCCGTACCGTTAAAACGTGACGCTATTCAGACAATGCttttt < 1:100533/71‑1 (MQ=255)
accacGGAAGCCGGTTTACGCTGGATGGATCCGTACCGTTAAAACGTGACGCTATTCAGACAATGCttttt < 1:1171173/71‑1 (MQ=255)
accacGGAAGCCGGTTTACGCTGGATGGATCCGTACCGTTAAAACGTAACGCTATTCAGACAATGCttttt < 1:195565/71‑1 (MQ=255)
ccacGGAAGCCGGTTTACGCTGGATGGATCCGTACCGTTAAAACGTGACGCTATTCAGACAATGCttttt > 1:3206873/1‑70 (MQ=255)
ccacGGAAGCCGGTTTACGCTGGATGGATCCGTACCGTTAAAACGTAACGCTATTCAGACAATGCttttt > 1:3716228/1‑70 (MQ=255)
ccacGGAAGCCGGTTTACGCTGGATGGATCCGTACCGTTAAAACGTAACGCTATTCAGACAATGCttttt > 1:2960525/1‑70 (MQ=255)
cacGGAAGCCGGTTTACGCTGGATGGATCCGTACCGTTAAAACGTGACGCTATTCAGACAATGCttttt > 1:3370005/1‑69 (MQ=255)
cacGGAAGCCGGTTTACGCTGGATGGATCCGTACCGTTAAAACGTGACGCTATTCAGACAATGCttttt > 1:2540819/1‑69 (MQ=255)
cacGGAAGCCGGTTTACGCTGGATGGATCCGTACCGTTAAAACGTGACGCTATTCAGACAATGCttttt > 1:3556348/1‑69 (MQ=255)
cGGAAGCCGGTTTACGCTGGATGGATCCGTACCGTTAAAACGTGACGCTATTCa < 1:507294/54‑1 (MQ=255)
cGGAAGCCGGTTTACGCTGGATGGATCCGTACCGTTAAAACGTGACGCTATTCa < 1:1343840/54‑1 (MQ=255)
cGGAAGCCGGTTTACGCTGGATGGATCCGTACCGTTAAAACGTGACGCTATTCAGACAATGCTTTTTTAgg > 1:2709633/1‑71 (MQ=255)
cGGAAGCCGGTTTACGCTGGATGGATCCGTACCGTTAAAACGTAACGCTATTCAGACAATGCTTTTTTAgg < 1:3340526/71‑1 (MQ=255)
aGCCGGTTTACGCTGGATGGATCCGTACCGTTAAAACGTGACGCTATTCAGACAATGCttttt < 1:3325681/63‑1 (MQ=255)
aGCCGGTTTACGCTGGATGGATCCGTACCGTTAAAACGTGACGCTATTCAGACAATGCttttt < 1:1956861/63‑1 (MQ=255)
ccGGTTTACGCTGGATGGATCCGTACCGTTAAAACGTGACGCTATTCAGACAATGCTTTTTTAGGCCGCTa < 1:3656387/71‑1 (MQ=255)
ggTTTACGCTGGATGGATCCGTACCGTTAAAACGTGACGCTATTCAGACAATGCTTTTTTAGGCCGCTAAg < 1:1412183/71‑1 (MQ=255)
gTTTACGCTGGATGGATCCGTACCGTTAAAACGTGACGCTATTCAGACAATGCtttttt < 1:1162320/59‑1 (MQ=255)
gTTTACGCTGGATGGATCCGTACCGTTAAAACGTGACGCTATTCAGACAATGCTTTTTTAGGCCGCTAAg < 1:1135199/70‑1 (MQ=255)
tttACGCTGGATGGATCCGTACCGTTAAAACGTAACGCTATTCAGACAATGCTTTTTTAGGCCGCTAAGtt < 1:1637196/71‑1 (MQ=255)
ttACGCTGGATGGATCCGTACCGTTAAAACGTAACGCTATTCAGACAATGCTTTTTTAgg > 1:688928/1‑60 (MQ=255)
aCGCTGGATGGATCCGTACCGTTAAAACGTGACGCTATTCAGACaa > 1:3312384/1‑46 (MQ=255)
aCGCTGGATGGATCCGTACCGTTAAAACGTGACGCTATTCAGACAATGCTTTTTTAGGCCGCTAAg < 1:425471/66‑1 (MQ=255)
aCGCTGGATGGATCCGTACCGTTAAAACGTGACGCTATTCAGACAATGCTTTTTTAGGCCGCTAAg < 1:3191567/66‑1 (MQ=255)
aCGCTGGATGGATCCGTACCGTTAAAACGTGACGCTATTCAGACAATGCTTTTTTAGGCCGCTAAGTTgg < 1:1913688/70‑1 (MQ=255)
cGCTGGATGGATCCGTACCGTTAAAACGTGACGCTATTCAGACAATGCTTTTTTAGGCCGCTAAGTTGGCa < 1:252697/71‑1 (MQ=255)
cGCTGGATGGATCCGTACCGTTAAAACGTAACGCTATTCAGACAATGCTTTTTTAGGCCGCTAAGTTGGc < 1:189839/70‑1 (MQ=255)
cGCCGGATGGATCCGTACCGTTAAAACGTGACGCTATTCAGACAATGCTTTTTTAGGCCGCTAAGTTGGCa < 1:1363682/71‑1 (MQ=255)
gCTGGATGGATCCGTACCGTTAAAACGTGACGCTATTCAGACAATGCTTTTTTAGGCCGCTAAGTTg < 1:3500345/67‑1 (MQ=255)
gCTGGATGGATCCGTACCGTTAAAACGTGACGCTATTCAGACAATGCTTTTTTAGGCCGCTAAGTTGGCAg > 1:2327582/1‑71 (MQ=255)
cTGGATGGATCCGTACCGTTAAAACGTGACGCTATTCAGACAATg > 1:2322900/1‑45 (MQ=255)
gatggatCCGTACCGTTAAAACGTGACGCTATTCAGACAATGCTCTTTTAGGCCGCTAAGTTGGCAGGGGa < 1:2181448/71‑1 (MQ=255)
gatggatCCGTACCGTTAAAACGTAACGCTATTCAGACAATGCTTTTTTAGGCCGCTAAGTTGGCAGGGGa > 1:352055/1‑71 (MQ=255)
atggatCCGTACCGTTAAAACGTGACGCTATTCAGACAATGCTTTTTTAGGCCGCTAAGTTGGCAGGGGAt > 1:200757/1‑71 (MQ=255)
atggatCCGTACCGTTAAAACGTAACGCTATTCAGACAATGCttttt < 1:2830304/47‑1 (MQ=255)
gatCCGTACCGTTAAAACGTGACGCTATTCAGACAATGCTTTTTTAGGCCGCTAAGTTGGCAGGGGATCgt < 1:3555941/71‑1 (MQ=255)
gatCCGTACCGTTAAAACGTGACGCTATTCAGACAATGCTTTTTTAGGCCGCTAAGTTGGCAGGGGATCgt < 1:3268348/71‑1 (MQ=255)
atCCGTACCGTTAAAACGTAACGCTATTCAGACAATGCTTTTTTAGGCCGCTAAGTTGGCAGGGGATCgtg < 1:1199026/71‑1 (MQ=255)
atCCGTACCGTTAAAACGTAACGCTATTCAGACAATGCTTTTTTAGGCCGCTAAGTTGGCAGGGGATCg > 1:1786577/1‑69 (MQ=255)
tCCGTACCGTTAAAACGTGACGCTATTCAGACAATGCTTTTTTAGGCCGCt < 1:2046840/51‑1 (MQ=255)
ccGTACCGTTAAAACGTGACGCTATTCAGACAATGCTTTTTTAGGCCGCTAAGTTGGCAGGGGATCGtgtt > 1:400841/1‑71 (MQ=255)
acGTACCGTTAAAACGTAACGCTATTCAGACAATGCTTTTTTAGGCCGCTAAGTTGGCAGGGGATCGtgtt > 1:1035637/2‑71 (MQ=255)
tACCGTTAAAACGTGACGCTATTCAGACAATGCTTTTTTAGGCCGCTaa > 1:1121713/1‑49 (MQ=255)
tACCGTTAAAACGTAACGCTATTCAGACAATGCTTTTTTAGGCCGCTAAGTTGGCAgggg < 1:322948/60‑1 (MQ=255)
ccGTTAAAACGTGACGCTATTCAGACAATGCTTTTTTAGGCCGCTAAGTTGGCAGGGGATCGTGTTGTCCg < 1:2988425/71‑1 (MQ=255)
ccGTTAAAACGTAACGCTATTCAGACAATGCTTTTTTAGGCCGCTAAGTTGGc > 1:1929409/1‑53 (MQ=255)
ccGTTAAAACGTAACGCTATTCAGACAATGCTTTTTTAGGCCGCTAAGTTGGCAGGGGAt > 1:1935911/1‑60 (MQ=255)
ccGTTAAAACGTAACGCTATTCAGACAATGCTTTTTTAGGCCGCTAAGTTGGCAGGGGATCGTGTTGTctg < 1:2603870/71‑3 (MQ=255)
cGTTAAAACGTGACGCTATTCAGACAATGCTTTTTTAGGCCGCTAAGTTGGCAGGGGATCGTGTTGTCCGa < 1:2277899/71‑1 (MQ=255)
ttAAAACGTGACGCTATTCAGACAATGCTTTTTTAGGCCGCTAAGTTGGCAGGGGATCGTGTTGTCCGAAt > 1:3778981/1‑71 (MQ=255)
aaaaCGTGACGCTATTCAGACAATGCTTTTTTAGGCCGCTAAGTTGGCAGGGGATCGTGTTGTCCGAAtt < 1:3445929/70‑1 (MQ=255)
aaaaCGTAACGCTATTCAGACAATGCTTTTTTAGGCCGCTAAGTTGGCAGGGGATCGTGTTGTCTGAAtt > 1:2561935/1‑70 (MQ=255)
aaaaCGTAACGCTATTCAGACAATGCTTTTTTAGGCCGCTAAGTTGGCAGGGGATCGTGTTGTCTGAAtt < 1:1509446/70‑1 (MQ=255)
aaaaCGTAACGCTATTCAGACAATGCTTTTTTAGGCCGCTAAGTTGGCAGGGGATCGTGTTGTCTGAAtt < 1:650757/70‑1 (MQ=255)
aaaCTTAACGCTATTCAGACAATGCTTTATTAGGCCGCTAAGTTGGCAGGGGATCGTGTTGTCTGAAtt < 1:1939964/69‑1 (MQ=255)
aaaCGTGACGCTATTCAGACAATGCTTTTTTAGGCCGCTAAGTTGGCAGGGGATCGTGTTGTCCGAATTc < 1:3424141/70‑1 (MQ=255)
cGTAACGCTATTCAGACAATGCTTTTTTAGGCGGCTAAGTTGGCAggg > 1:2597525/1‑48 (MQ=38)
cGTAACGCTATTCAGACAATGCTTTTTTAGGCCGCTAAGTTGGCAGGGGATCGTGTTGTCTGAATTCAGGa < 1:3807339/71‑1 (MQ=255)
gTGACGCTATTCAGACAATGCTTTTTTAGGCCGCTAAGTTGGCAGGGGATCGTGTTGTCCGAATTCAGGa > 1:495067/1‑70 (MQ=255)
gACGCTATTCAGACAATGCTTTTTTAGGCCGCTAAGTTgg > 1:39536/1‑40 (MQ=255)
|
GTGAATATAAACCCCAAACCACCACGGAAGCCGGTTTACGCTGGATGGATCCGTACCGTTAAAACGTGACGCTATTCAGACAATGCTTTTTTAGGCCGCTAAGTTGGCAGGGGATCGTGTTGTCCGAATTCAGGA > minE/350212‑350346
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
