Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A6 F1 I0 R1
|
2892 |
75.3 |
5698161 |
66.1% |
3766484 |
59.5 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
minE |
350,336 |
C→T |
82.0% |
intergenic (+63/‑37) |
hyi → / → glxR |
hydroxypyruvate isomerase/tartronate semialdehyde reductase, NADH‑dependent |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | minE | 350,336 | 0 | C | T | 82.0%
| 187.3
/ 33.1
| 89 | intergenic (+63/‑37) | hyi/glxR | hydroxypyruvate isomerase/tartronate semialdehyde reductase, NADH‑dependent |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (4/12); new base T (36/37); total (40/49) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 9.89e-02 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.80e-01 |
AAAACGTGACGCTATTCAGACAATGCTTTTTTAGGCCGCTAAGTTGGCAGGGGATCGTGTTGTCCGAATTCAGGAAAAGCGAAATTTAAAAGAGGTTAATTATGAAACTGGGATTTATTGGCTTAGGCAT > minE/350272‑350401
|
aaaaCGTAACGCTATTCAGACAATGCTTTTTTAGGCCGCTAAGTTGGCAGGGGATCGTGTTGTCTGAAtt < 1:836184/70‑1 (MQ=255)
aaaaCGTAACGCTATTCAGACAATGCTTTTTTAGGCCGCTAAGTTGGCAGGGGATCGTGTTGTCTGAAtt < 1:4766474/70‑1 (MQ=255)
aaaaCGTAACGCTATTCAGACAATGCTTTTTTAGGCCGCTAAGTTGGCAGGGGATCGTGTGGTCTGAAtt < 1:203076/70‑1 (MQ=255)
aaaCGTAACGCTATTCAGACAATGCTTTTTTAGGCCGCTAAGTTGGCAGGGGATCGTGTTGTCTGAATTc < 1:3374393/70‑1 (MQ=255)
aaaCGTAACGCTATTCAGACAATGCTTTTTTAGGCCGCTAAGTTGGCAGGGGATCGTGTTGTCTGAATTc < 1:1698269/70‑1 (MQ=255)
aCGTAACGCTATTCAGACAATGCTTTTTTAGGCCGCTAAGTTGGCAGGGGATCGTGTTGTCTGAATTCAgg < 1:4984621/71‑1 (MQ=255)
gtaaCGCTATTCAGACAATGCTTTTTTAGGCCGCTAAGTTGGCAGGGGATCGTGTTGTCTGAATTCAGGaa < 1:5449255/68‑1 (MQ=255)
taaCGCTATTCAGACAATGCTTTTTTAGGCCGCTAAGTTGGCAGGGGATCGTGTTGTCTGAATTCAGGaaa < 1:1384578/69‑1 (MQ=255)
aCGCTATTCAGACAATGCTTTTTTAGGCCGCTAAGTTGGCAGGGGATCGTGTTGTCCGAATTCAGGAAAAg > 1:1537512/1‑71 (MQ=255)
cGCTATTCAGACAATGCTTTTTTAGGCCGCTAAGTTGTCAGGGGATCGTGTTGTCTGAATTCAGGAAAAGc < 1:4412633/71‑1 (MQ=255)
cGCTATTCAGACAATGCTTTTTTAGGCCGCTAAGTTGGCAGGGGATCGTGTTGTCTGAATTCAGGAAAAGc < 1:2113050/71‑1 (MQ=255)
atgcAGACAATGCTTTTTTAGGCCGCTAAGTTGGCAGGGGATCGTGTTGTCTGAATTCAGGAAAAGCGaaa > 1:5485145/4‑71 (MQ=255)
cAGACAATGCTTTTTTAGGCCGCTAAGTTGGCAGGGGATCGTGTTGTCTGAATTCAGGAAAAGCGaa > 1:1836500/1‑67 (MQ=255)
cAGACAATGCTTTTTTAGGCCGCTAAGTTGGCAGGGGATCGTGTTGTCTGAATTCAGGAAAAGCGAAAtt > 1:1179934/1‑70 (MQ=255)
cAGACAATGCTTTTTTAGGCCGCTAAGTTGGCAGGGGATCGTGTTGTCCGAATTCAGGAAAAGCGAAAtt < 1:3033689/70‑1 (MQ=255)
cAGACAATGCTTTTTTAGGCCGCTAAGTTGGCAGGGGATCGTGTTGTCCGAATTCAGGAAAAGCGAAAtt < 1:5666235/70‑1 (MQ=255)
cAGACAATGCTTTTTTAGGCCGCTAAGTTGGCAGGGGATCGTGTTGTCCGAATTCAGGAAAAGCGAAAtt < 1:1979365/70‑1 (MQ=255)
aGACAATGCTTTTTTAGGCCGCTAAGTTGGCAGGGGATCGTGTTGTCTGAATTCAGGa > 1:2251991/1‑58 (MQ=255)
aGACAATGCTTTTTTAGGCCGCTAAGTTGGCAGGGGATCGTGTTGTCTGAATTCAGGa > 1:997576/1‑58 (MQ=255)
gACAATGCTTTTTTAGGCCGCTAAGTTGGCAGGGGATCGTGTTGTCTGAAtt < 1:578743/52‑1 (MQ=255)
cAATGCTTTTTTAGGCCGCTAAGTTGGCAGGGGATCGTGTTGTCTGAATTCAGGAAAAGCGAAATTTaaaa < 1:4435713/71‑1 (MQ=255)
cAATGCTTTTTTAGGCCGCTAAGTTGGCAGGGGATCGTGTTGTCTGAATTCAGGAAAAGCGAAATTTaaaa < 1:3588155/71‑1 (MQ=255)
cAATGCTTTTTTAGGCCGCTAAGTTGGCAGGGGATCGTGTTGTCTGAATTCAGGAAAAGCGAAATTTaa > 1:1458258/1‑69 (MQ=255)
gCTTTTTTAGGCCGCTAATTTGGCAGGGGATCGTGTTGTCCGAATTCAGGAAAAGAGAAAtt < 1:5060700/62‑1 (MQ=255)
gCTTTTTTAGGCCGCTAAGTTGGCAGGGGATCGTGTTGTCTGAATTCAGGAAAAGCGAAATTTAAAAGAgg > 1:586317/1‑71 (MQ=255)
cTTTTTTAGGCCGCTAAGTTGGCAGGGGATCGTGTTGTCTGAATTCAGGAAAAGCGAAATTTAAAAGAGGt > 1:494738/1‑71 (MQ=255)
ttttAGGCCGCTAAGTTGGCAGGGGATCGTGTTGTCTGAATTCAGGAAAAGCGAAATTTaa < 1:4281530/61‑1 (MQ=255)
ttttAGGCCGCTAAGTTGGCAGGGGATCGTGTTGTCTGAATTCAGGAAAAGCGAAATTTAAAAGAGGTTaa > 1:5201405/1‑71 (MQ=255)
ttttAGGCCGCTAAGTTGGCAGGGGATCGTGTTGTCTGAATTCAGGAAAAGCGAAATTTAAAAGAGGTTaa > 1:1504549/1‑71 (MQ=255)
tttAGGCCGCTAAGTTGGCAGGGGATCGTGTTGTCTGAATTCAGGAAAAGCGAAATTTAAAAGAGGTTAAt > 1:1599094/1‑71 (MQ=255)
ttAGGCCGCTAAGTTGGCAGGGGATCGTGTTGTCTGAATTCAGGAAAAGCGAAATTTAAAAGAGGTTAAt < 1:5470391/70‑1 (MQ=255)
ttAGGCCGCTAAGTTGGCAGGGGATCGTGTTGTCTGAATTCAGGAAAAGCGAAATTTAAAAGAGGTTAAt < 1:1725873/70‑1 (MQ=255)
ttAGGCCGCTAAGTTGGCAGGGGATCGTGTTGTCCGAATTCAGGAAAAGCGAAATTTAAAAGAGGTTAAt < 1:2654927/70‑1 (MQ=255)
tAGGCCGCTAAGTTGGCAGGGGATCGTGTTGTCTGAATTCAGGAAAAg > 1:2439958/1‑48 (MQ=255)
tAGGCCGCTAAGTTGGCAGGGGATCGTGTTGTCTGAATTCAGGAAAAGCGaaa > 1:1627020/1‑53 (MQ=255)
tAGGCCGCTAAGTTGGCAGGGGATCGTGTTGTCTGAATTCAGGAAAAGCGAAATTTaaaa > 1:1312023/1‑60 (MQ=255)
ggCCGCTAAGTTGGCAGGGGATCGTGTTGTCTGAATTCAGGAAAAGCGAAATTTAAAAGAGGTTAATTAt < 1:4121948/70‑1 (MQ=255)
ggCCGCTAAGTTGGCAGGGGATCGTGTTGTCTGAATTCAGGAAAAGCGAAATTTAAAAGAGGTTAATTAt < 1:5060370/70‑1 (MQ=255)
ggCCGCTAAGTTGGCAGGGGATCGTGTTGTCTGAATTCAGGAAAAGCGAAATTTAAAAGAGGTTAATTAt < 1:4939888/70‑1 (MQ=255)
gCCGCTAAGTTGGCAGGGGATCGTGTTGTCTGAATTCAGGAAAAGCGAAATTTAAAAGAGGTTAATTATGa < 1:1530233/71‑1 (MQ=255)
gCCGCTAAGTTGGCAGGGGATCGTGTTGTCTGAATTCAGGAAAAGCGAAATTTAAAAGAGGTTAATTATGa < 1:2362100/71‑1 (MQ=255)
ccGCTAAGTTGGCAGGGGATCGTGTTGTCTGAATTCAGGAAAAGCGAAATTTAAAAGAGGTTAATTATGa < 1:572120/70‑1 (MQ=255)
gCTAAGTTGGCAGGGGATCGTGTTGTCTGAATTCAGGAAAAGCGAAATTTAAAAGAGGTTAATTATGAAAc > 1:4676179/1‑71 (MQ=255)
gCTAAGTTGGCAGGGGATCGTGTTGTCTGAATTCAGGAAAAGCGAAATTTAAAAGAGGTTAATTATGAAAc > 1:1696198/1‑71 (MQ=255)
gCTAAGTTGGCAGGGGATCGTGTTGTCTGAATTCAGGAAAAGCGAAATTTAAAAGAGGTTAATTATGAAAc > 1:2031426/1‑71 (MQ=255)
cTAAGTTGGCAGGGGATCGTGTTGTCTGAATTCAGGAAAAGCGaaa > 1:4109424/1‑46 (MQ=255)
cTAAGTTGGCAGGGGATCGTGTTGTCTGAATTCAGGAAAAGCGAAATTTAAAAGAGGTTAATTATGAAACt < 1:3850259/71‑1 (MQ=255)
cTAAGTTGGCAGGGGATCGTGTTGTCCGAATTCAGGAAAAGCGAAAttt < 1:1015267/49‑1 (MQ=255)
aaGTTGGCAGGGGATCGTGTTGTCTGAATTCAGGaa > 1:121097/1‑36 (MQ=255)
aaGTTGGCAGGGGATCGTGTTGTCTGAATTCAGGaa > 1:5433709/1‑36 (MQ=255)
aaGTTGGCAGGGGATCGTGTTGTCTGAATTCAGGaa > 1:4858105/1‑36 (MQ=255)
aaGTTGGCAGGGGATCGTGTTGTCTGAATTCAGGAAAAGCGAAATTTAAAAGAGGTTAATTATGAAACTgg > 1:1233759/1‑71 (MQ=255)
aaGTTGGCAGGGGATCGTGTTGTCCGAATTCAGGAAAAGCGAAATTTaa > 1:3352318/1‑49 (MQ=255)
aGTTGGCAGGGGATCGTGTTGTCTGAATTCAGGAAAAGCGAAAttt < 1:4300554/46‑1 (MQ=255)
aGTTGGCAGGGGATCGTGTTGTCTGAATTCAGGAAAAGCGAAAt > 1:5580446/1‑44 (MQ=255)
aGTTGGCAGGGGATCGTGTTGTCTGAATTCAGGAAAAGCGAAAt > 1:287474/1‑44 (MQ=255)
ggCAGGGGATCGTGTTGTCTGAATTCAGGAAAAGCGAAATTTAAAAGAGGTTAATTa > 1:3350192/1‑57 (MQ=255)
ggCAGGGGATCGTGTTGTCTGAATTCAGGAAAAGCGAAATTTAAAAGAGGTTAATTATGAAACTGGGAtt > 1:3152742/1‑70 (MQ=255)
cAGGGGATCGTGTTGTCTGAATTCAGGAAAAGCGAAATTTAAAAGAGGTTAATTATGa < 1:3883749/58‑1 (MQ=255)
cAGGGGATCGTGTTGTCTGAATTCAGGAAAAGCGAAATTTAAAAGAGGTTAATTATGa < 1:5017027/58‑1 (MQ=255)
cAGGGGATCGTGTTGTCTGAATTCAGGAAAAGCGAAATTTAAAAGAGGTTAATTATGa < 1:4345841/58‑1 (MQ=255)
gggATCGTGTTGTCTGAATTCAGGAAAAGCGAAATTTAAAAGAGGTTAATTATGaaa < 1:4779857/57‑1 (MQ=255)
gATCGTGTTGTCTGAATTCAGGAAAAGCGAAATTTAAAAGAGGTTAATTATGaaa > 1:779845/1‑55 (MQ=255)
gATCGTGTTGTCTGAATTCAGGAAAAGCGAAATTTAAAAGAGGTTAATTATGAAACTGGGATTTATTGGCt > 1:1766408/1‑71 (MQ=255)
gATCGTGTTGTCTGAATTCAGGAAAAGCGAAATTTAAAAGAGGTTAATTATGAAACTGGGATTTATTGGCt < 1:2226096/71‑1 (MQ=255)
gATCGTGTTGTCTGAATTCAGGAAAAGCGAAATTTAAAAGAGGTTAATTATGAAACTGGGATTTATTGGCt < 1:5590971/71‑1 (MQ=255)
aTCGTGTTGTCTGAATTCAGGAAAAGCGAAATTTAAAAGAGGTTAATTATGAAACTGGGATTTATTGGCtt < 1:4337529/71‑1 (MQ=255)
aTCGTGTTGTCCGAATTCAGGAAAAGCGAAATTTaa < 1:3838835/36‑1 (MQ=255)
aTCGTGTTGTCCGAATTCAGGAAAAGCGAAATTTaa < 1:2377054/36‑1 (MQ=255)
aTCGTGTTGTCCGAATTCAGGAAAAGCGAAATTTa < 1:712845/35‑1 (MQ=255)
aTCGTGTTGTCCGAATTCAGGAAAAGCGAAATTTa < 1:5258271/35‑1 (MQ=255)
tCGTGTTGTCTGAATTCAGGAAAAGCGAAATTTAAAag > 1:4701078/1‑38 (MQ=255)
cGTGTTGTCTGAATTCAGGAAAAGCGAAATTTaaaa > 1:4538313/1‑36 (MQ=255)
cGTGTTGTCTGAATTCAGGAAAAGCGAAATTTaaaa > 1:3982332/1‑36 (MQ=255)
cGTGTTGTCTGAATTCAGGAAAAGCGAAATTTAAAAGAGGTTAATTATGaaa > 1:1869455/1‑52 (MQ=255)
cGTGTTGTCTGAATTCAGGAAAAGCGAAATTTAAAAGAGGTTAATTATGAAACTGGGATTTATTGGCTTAg > 1:621101/1‑71 (MQ=255)
cGTGTTGTCCGAATTCAGGAAAAGCGAAATTTaaa > 1:316046/1‑35 (MQ=255)
cGTGTTGTCCGAATTCAGGAAAAGCGAAATTTAAAAGAGGTTAATTATGAAACTGGGATTTAt > 1:1989575/1‑63 (MQ=255)
tgttgtCTGAATTCAGGAAAAGCGAAATTTAAAAGAGGTTAATTATGAAACTGGGATTTATTGGCTTAgg > 1:4465958/1‑70 (MQ=255)
tgttgtCCGAATTCAGGAAAAGCGAAATTTAAAAGAGGTTAATTATGAAACTGGGATTTATTGGCTTAGGc < 1:2754776/71‑1 (MQ=255)
ttgtCTGAATTCAGGAAAAGCGAAATTTAAAAGAGGTTAATTATGAAACTGGGAtt < 1:2365917/56‑1 (MQ=255)
ttgtCTGAATTCAGGAAAAGCGAAATTTAAAAGAGGTTAATTATGAAACTGGGATTTAta > 1:4778108/1‑59 (MQ=255)
ttgtCTGAATTCAGGAAAAGCGAAATTTAAAAGAGGTTAATTATGAAACTGGGATTTATTg < 1:2541805/61‑1 (MQ=255)
ttgtCTGAATTCAGGAAAAGCGAAATTTAAAAGAGGTTAATTATGAAACTGGGATTTATTg < 1:4507117/61‑1 (MQ=255)
ttgtCTGAATTCAGGAAAAGCGAAATTTAAAAGAGGTTAATTATGAAACTGGGATTTATTGGCTTAGGCa < 1:982641/70‑1 (MQ=255)
ttgtCTGAATTCAGGAAAAGCGAAATTTAAAAGAGGTTAATTATGAAACTGGGATTTATTGGCTTAGGCAt < 1:1704961/71‑1 (MQ=255)
ttgtCTGAATTCAGGAAAAGCGAAATTTAAAAGAGGTTAATTATGAAACTGGGATTTATCGGCTTAGGCAt > 1:4625641/1‑71 (MQ=255)
ttgtCCGAATTCAGGAAAAGCGAAATTTAAAAGAGGTTAATTATGAAACTGGGATTTATTGGCTTAGGCAt < 1:3663048/71‑1 (MQ=255)
gtCTGAATTCAGGAAAAGCGAAATTTAAAAGAGGTTAATTATGAAACTGGGATTTATTGGCTTAGGc < 1:736895/67‑1 (MQ=255)
ccGAATTCAGGAAAAGCGAAATTTAAAAGAGGTTAATTATGAAAc > 1:348698/1‑45 (MQ=255)
cGAATTCAGGAAAAGCGAAATTTAAAAGAGGTTAATTATGAAACTGGGATTTa > 1:2338662/1‑53 (MQ=255)
|
AAAACGTGACGCTATTCAGACAATGCTTTTTTAGGCCGCTAAGTTGGCAGGGGATCGTGTTGTCCGAATTCAGGAAAAGCGAAATTTAAAAGAGGTTAATTATGAAACTGGGATTTATTGGCTTAGGCAT > minE/350272‑350401
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
