Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A6 F21 I0 R2
|
370 |
72.1 |
3738297 |
91.5% |
3420541 |
62.3 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
minE |
350,336 |
C→T |
11.4% |
intergenic (+63/‑37) |
hyi → / → glxR |
hydroxypyruvate isomerase/tartronate semialdehyde reductase, NADH‑dependent |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | minE | 350,336 | 0 | C | T | 11.4%
| 223.7
/ 16.6
| 79 | intergenic (+63/‑37) | hyi/glxR | hydroxypyruvate isomerase/tartronate semialdehyde reductase, NADH‑dependent |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (36/34); new base T (3/6); total (39/40) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.81e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.82e-01 |
ACCGTTAAAACGTGACGCTATTCAGACAATGCTTTTTTAGGCCGCTAAGTTGGCAGGGGATCGTGTTGTCCGAATTCAGGAAAAGCGAAATTTAAAAGAGGTTAATTATGAAACTGGGATTTATTGGCTTAGGCATTAG > minE/350266‑350404
|
aCCGTTAAAACGTGACGCTATTCAGACAATGCTTTTTTAGGCCGCTAAGTTGGCAGGGGATCGTGTTGTcc > 1:3691457/1‑71 (MQ=255)
ccGTTAAAACGTGACGCTATTCAGACAATGCTTTTTTAGGCCGCTAAGTTGGCAGGGGATCGTGTTGTCCg < 1:2422834/71‑1 (MQ=255)
ccGTTAAAACGTGACGCTATTCAGACAATGCTTTTTTAGGCCGCTAAGTTGGCAGGGGATCGTGTTGTCCg < 1:1341943/71‑1 (MQ=255)
cGTTAAAACGTGACGCTATTCAGACAATGCTTTTTTAGGCCGCTAAGTTGGCAGGGGATCGTGTTGTCCg > 1:2228305/1‑70 (MQ=255)
cGTTAAAACGTGACGCTATTCAGACAATGCTTTTTTAGGCCGCTAAGTTGGCAGGGGATCGTGTTGTCCg > 1:850329/1‑70 (MQ=255)
cGTTAAAACGTGACGCTATTCAGACAATGCTTTTTTAGGCCGCTAAGTTGGCAGGGGATCGTGTTGTCCg > 1:3489341/1‑70 (MQ=255)
gtaaaaaCGTGACGCTATTCAGACAATGCTTTTTTAGGCCGCTAAGTTGGCAGGGGATCGTGTTGTCCGaa > 1:1074704/4‑71 (MQ=255)
ttAAAACGTAACGCTATTCAGACAATGCTTTTTTAGGCCGCTAAGTTGGCAGGGGATCGTGTTGTCTGAAt < 1:3376049/71‑1 (MQ=255)
ttAAAACGTAACGCTATTCAGACAATGCTTTTTTAGGCCGCTAAGTTGGCAGGGGATCGTGTTGTCTGAAt < 1:505636/71‑1 (MQ=255)
aaaaCGTGACGCTATTCAGACAATGCTTTTTTAGGCCGCTAAGTTGGCAGGGGATCGTGTTGTCCGAAtt > 1:3445746/1‑70 (MQ=255)
aaCGTGACGCTATTCAGACAATGCTTTTTTAGGCCGCTAAGTTGGCAGGGGATCGTGTTGTCCGAATTCAg > 1:2743603/1‑71 (MQ=255)
aaCGTGACGCTATTCAGACAATGCTTTTTTAGGCCGCTAAGTTGGCAGGGGATCGTGTTGTCCGAATTCAg > 1:284764/1‑71 (MQ=255)
aCGTGACGCTATTCAGACAATGCTTTTTTAGGCCGCTAAGTTGGCAGGGGATCGTGTTGTCCGAATTCAg > 1:3548925/1‑70 (MQ=255)
cGTGACGCTATTCAGACAATGCTTTTTTAGGCCGCTAAGTTGGCAGGGGATCGTGTTGTCCGAATTCAgg > 1:1480461/1‑70 (MQ=255)
cGTGACGCTATTCAGACAATGCTTTTTTAGGCCGCTAAGTTGGCAGGGGATCGTGTTGTCCAAATTCAgg > 1:1311952/1‑70 (MQ=255)
gTGACGCTATTCAGACAATGCTTTTTTAGGCCGCTAAGTTGGCAGGGGATCGTGTTGTCCGAATTCAGGaa < 1:312977/71‑1 (MQ=255)
tGACGCTATTCAGACAATGCTTTTTTAGGCCGCTAAGTTGGCAGGGGATCGTGTTGTCCGAATTCAGGaa < 1:282861/70‑1 (MQ=255)
gCTATTCAGACAATGCTTTTTTAGGCCGCTAAGTTGGCAGGGGATCGTGTTGTCCGAAtt < 1:3634461/60‑1 (MQ=255)
gCTATTCAGACAATGCTTTTTTAGGCCGCTAAGTTGGCAGGGGATCGTGTTGTCCGAAtt < 1:468975/60‑1 (MQ=255)
gCTATTCAGACAATGCTTTTTTAGGCCGCTAAGTTGGCAGGGGATCGTGTTGTCCGAAtt < 1:2211185/60‑1 (MQ=255)
ttCAGACAATGCTTTTTTAGGCCGCTAAGTTGGCAGGGGATCGTGTTGTCCGAATTCAGGAAAAGCGaaa < 1:3468477/70‑1 (MQ=255)
ttCAGACAATGCTTTTTTAGGCCGCTAAGTTGGCAGGGGATCGTGTTGTCCGAATTCAGGAAAAGCGa > 1:401156/1‑68 (MQ=255)
ttCAGACAATGCTTTTTTAGGCCGCTAAGTTGGCAGGGGATCGTGTTGTCCGAATTCAGGAAAAGCGa > 1:321773/1‑68 (MQ=255)
ttCAGACAATGCTTTTTTAGGCCGCTAAGTTGGCAGGGGATCGTGTTGTCCGAATTCAGGAAAAGCGa > 1:637174/1‑68 (MQ=255)
aGACAATGCTTTTTTAGGCCGCTAAGTTGGCAGGGGATCGTGTTGTCCGAATTCAGGaa < 1:1243890/59‑1 (MQ=255)
aGACAATGCTTTTTTAGGCCGCTAAGTTGGCAGGGGATCGTGTTGTCCGAATTCAGGAAAAGCGAAAtt > 1:99675/1‑69 (MQ=255)
aGACAATGCTTTTTTAGGCCGCTAAGTTGGCAGGGGATCGTGTTGTCCGAATTCAGGAAAAGCGAAATTTa < 1:2337081/71‑1 (MQ=255)
cAATGCTTTTTTAGGCCGCTAAGTTGGCAGGGGATCGTGTTGTCCGAATTCAGGAAAAGCGAAATTTaaa < 1:2307650/70‑1 (MQ=255)
aaTGCTTTTTTAGGCCGCTAAGTTGGCAGGGGATCGTGTTGTCCGAATTCAGGAAAAGCGAAATTTaa > 1:1409121/1‑68 (MQ=255)
aaTGCTTTTTTAGGCCGCTAAGTTGGCAGGGGATCGTGTTGTCCGAATTCAGGAAAAGCGAAATTTaa > 1:1404529/1‑68 (MQ=255)
aaTGCTTTTTTAGGCCGCTAAGTTGGCAGGGGATCGTGTTGTCCGAATTCAGGAAAAGCGAAATTTAAAag < 1:484929/71‑1 (MQ=255)
aaTGCTTTTTTAGGCCGCTAAGTTGGCAGGGGATCGTGTTGTCCGAATTCAGGAAAAGCGAAATTTAAAag < 1:2752450/71‑1 (MQ=255)
aaTGCTTTTTTAGGCCGCTAAGTTGGCAGGGGATCGTGTTGTCCGAATTCAGGAAAAGCGAAATTTAAAag < 1:2003507/71‑1 (MQ=255)
gCTTTTTTAGGCCGCTAAGTTGGCAGGGGATCGTGTTGTCCg < 1:489611/42‑1 (MQ=255)
cTTTTTTAGGCCGCTAAGTTGGCAGGGGATCGTGTTGTCCGAATTCAGGAAAAGCGAAATTTAAAAGAGGt > 1:1776713/1‑71 (MQ=255)
cTTTTTTAGGCCGCTAAGTTGGCAGGGGATCGTGTTGTCCGAATTCAGGAAAAGCGAAATTTAAAAGAGGt > 1:1958570/1‑71 (MQ=255)
ttttttAGGCCGCTAAGTTGGCAGGGGATCGTGTTGTCTGAATTCAGGAAAAGCGAAATTTAAAAGAGGt > 1:1875512/1‑70 (MQ=255)
ttttAGGCCGCTAAGTTGGCAGGGGATCGTGTTGTCCGAATTCATGAAAAGCGAAATTTAAAAGAGGtt < 1:47769/69‑1 (MQ=255)
ttttAGGCCGCTAAGTTGGCAGGGGATCGTGTTGTCCGAATTCAGGAAAAGCGAAATTTAAAAGAGGtt < 1:1364078/69‑1 (MQ=255)
tttAGGCCGCTAAGTTGGCAGGGGATCGTGTTGTCCGAATTCAGGAAAAGCGAAATTTAAAAGAgg > 1:1162481/1‑66 (MQ=255)
tttAGGCCGCTAAGTTGGCAGGGGATCGTGTTGTCCGAATTCAGGAAAAGCGAAATTTAAAAGAGGTTaa < 1:3677413/70‑1 (MQ=255)
ttAGGCCGCTAAGTTGGCAGGGGATCGTGTTGTCCGAATTCAGGAAAAGCGAAATTTAAAAGAGGTTAAt < 1:103291/70‑1 (MQ=255)
ttAGGCCGCTAAGTTGGCAGGGGATCGTGTTGTCCGAATTCAGGAAAAGCGAAATTTAAAAGAGGTTAAt < 1:1623744/70‑1 (MQ=255)
ggCCGCTAAGTTGGCAGGGGATCGTGTTGTCTGAATTCAGGAAAAGCGAAATTTAAAAGAGGTTAATTAt > 1:1614815/1‑70 (MQ=255)
ggCCGCTAAGTTGGCAGGGGATCGTGTTGTCCGAATTCAGGAAAATCGAAATTTAAAAGAGGTTAATTATg < 1:2083109/71‑1 (MQ=255)
ggCCGCTAAGTTGGCAGGGGATCGTGTTGTCCGAATTCAGGAAAAGCGAAATTTAAAAGAGGTTAATTAt < 1:3175778/70‑1 (MQ=255)
gCCGCTAAGTTGGCAGGGGATCGTGTTGTCCGAATTCAGGAAAAGCGAAATTTAAAAGAGGTTAATTATg > 1:2042185/1‑70 (MQ=255)
cacTAAGTTGGCAGGGGATCGTGTTGTCTGAATTCAGGAAAAGCGaa < 1:1567962/45‑1 (MQ=255)
cGCTAAGTTGGCAGGGGATCGTGTTGTCTGAATTCAGGAAAAGCGaa < 1:2373138/47‑1 (MQ=255)
cGCTAAGTTGGCAGGGGATCGTGTTGTCTGAATTCAGGAAAAGCGaa < 1:1487074/47‑1 (MQ=255)
cGCTAAGTTGGCAGGGGATCGTGTTGTCCGAATTCAGGAAAAGCGAAATTTAAAAGAGGTTAATTATGaaa < 1:743149/71‑1 (MQ=255)
gCTAAGTTGGCAGGGGATCGTGTTGTCTGAATTCAGGAAAAGCGAAATTTAAAAGAGGTTAATTATGaaa > 1:1670435/1‑70 (MQ=255)
gCTAAGTTGGCAGGGGATCGTGTTGTCCGAATTCAGGAAAAGCGAAATTTaaaa > 1:1199319/1‑54 (MQ=255)
cTAAGTTGGCAGGGGATCGTGTTGTCCGAATTCAGGAAAAGCGAAATTTAAAAGAGGTTAATTATGAAACt > 1:3117015/1‑71 (MQ=255)
aaGTTGGCAGGGGATCGTGTTGTCCGAATTCAGGAAAAGCGATATTTAAAAGAGGTTAATTATGAAACt < 1:2374829/69‑1 (MQ=255)
gTTGGCAGGGGATCGTGTTGTCTGAATTCAGGAAAAGCGAAATTTAAAAGAGGTTAATTATGAAACTGGGa < 1:3540133/71‑1 (MQ=255)
gTTGGCAGGGGATCGTGTTGTCCGAATTCAGGAAAAGCGAAATTTaaaa > 1:2977681/1‑49 (MQ=255)
gTTGGCAGGGGATCGTGTTGTCCGAATTCAGGAAAAGCGAAATTTaaaa > 1:3208235/1‑49 (MQ=255)
gTTGGCAGGGGATCGTGTTGTCCGAATTCAGGAAAAGCGAAATTTaaaa > 1:638190/1‑49 (MQ=255)
ggCAGGGGATCGTGTTGTCCGAATTCAGGAAAAGCGAAATTTAAAAGATGTTAATTATGAAACTGGGAtt > 1:2662493/1‑70 (MQ=255)
gCAGGGGATCGTGTTGTCCGAATTCAGGAAAAGCGAAATTTAAAAGAGGTTAATTATGAAACTGGGAttt < 1:2399907/70‑1 (MQ=255)
gCAGGGGATCGTGTTGTCCGAATTCAGGAAAAGCGAAATTTAAAAGAGGTTAATTATGAAACTGGGATTTa < 1:2700833/71‑1 (MQ=255)
aGGGGATCGTGTTGTCCGAATTCAGGAAAAGCGAAATTTAAAAGAGGTTAATTATGAAACTGGGATTTAtt < 1:1527561/71‑1 (MQ=255)
ggggATCGTGTTGTCCGAATTCAGGAAAAGCGAAATTTaaaa > 1:3585453/1‑42 (MQ=255)
ggATCGTGTTGTCCGAATTCAGGAAAAGCGAAATTTAAAAGAGGTTAATTATGAAACTGGGATTTATTGGc < 1:1427357/71‑1 (MQ=255)
aTCGTGTTGTCCGAATTCAGGAAAAGCGAAATTTAAAAGAGGTTAATTATGAAACTGGGATTTATTGGCtt < 1:36538/71‑1 (MQ=255)
tCGTGTTGTCCGAATTCAGGAAAAGCGAAATTTAAAAGAGGTTAATTATGAAAc > 1:3059656/1‑54 (MQ=255)
tCGTGTTGTCCGAATTCAGGAAAAGCGAAATTTAAAAGAGGTTAATTATGAAAc > 1:2163865/1‑54 (MQ=255)
tCGTGTTGTCCGAATTCAGGAAAAGCGAAATTTAAAAGAGGTTAATTATGAAAc > 1:1340310/1‑54 (MQ=255)
tCGTGTTGTCCGAATTCAGGAAAAGCGAAATTTAAAAGAGGTTAATTATGAAACTGGGATTTATTGGCt > 1:1154447/1‑69 (MQ=255)
tCGTGTTGTCCGAATTCAGGAAAAGCGAAATTTAAAAGAGGTTAATTATGAAACTGGGATTTATTGGCTTa < 1:316162/71‑1 (MQ=255)
tgttgtCCGAATTCAGGAAAAGCGAAATTTAAAAGAGGTTAATTATGAAACTGGGATTTATTGGCTTAGGc < 1:1005197/71‑1 (MQ=255)
gttgtCCGAATTCAGGAAAAGCGAAATTTAAAAGAGGTTaa > 1:3358343/1‑41 (MQ=255)
gttgtCCGAATTCAGGAAAAGCGAAATTTAAAAGAGGTTaa > 1:3686155/1‑41 (MQ=255)
gttgtCCGAATTCAGGAAAAGCGAAATTTAAAAGAGGTTaa > 1:3627613/1‑41 (MQ=255)
gttgtCCGAATTCAGGAAAAGCGAAATTTAAAAGAGGTTAATTATGAAACTGGGATTTATTGGCTTAgg < 1:754754/69‑1 (MQ=255)
ttgtCCGAATTCAGGAAAAGCGAAATTTAAAAGAGGTTAATTATGAAACTGGGAtt < 1:1613292/56‑1 (MQ=255)
ttgtCCGAATTCAGGAAAAGCGAAATTTAAAAGAGGTTAATTATGAAACTGGGATTTATTGGCTTAGGCAt > 1:3319840/1‑71 (MQ=255)
ttgtCCGAATTCAGGAAAAGCGAAATTTAAAAGAGGTTAATTATGAAACTGGGATTTATTGGCTTAGGCAt > 1:2969665/1‑71 (MQ=255)
tCCGAATTCAGGAAAAGCGAAATTTAAAAGAGGTTAATTATGAAACTGGGATTTATTGGCTTAGGCATtag < 1:709982/71‑1 (MQ=255)
|
ACCGTTAAAACGTGACGCTATTCAGACAATGCTTTTTTAGGCCGCTAAGTTGGCAGGGGATCGTGTTGTCCGAATTCAGGAAAAGCGAAATTTAAAAGAGGTTAATTATGAAACTGGGATTTATTGGCTTAGGCATTAG > minE/350266‑350404
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
