Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A6 F21 I0 R1
|
2169 |
63.0 |
3952800 |
76.2% |
3012033 |
62.4 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
minE |
350,336 |
C→T |
56.6% |
intergenic (+63/‑37) |
hyi → / → glxR |
hydroxypyruvate isomerase/tartronate semialdehyde reductase, NADH‑dependent |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | minE | 350,336 | 0 | C | T | 56.6%
| 18.5
/ 62.1
| 53 | intergenic (+63/‑37) | hyi/glxR | hydroxypyruvate isomerase/tartronate semialdehyde reductase, NADH‑dependent |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (13/10); new base T (10/20); total (23/30) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.04e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
CCGTTAAAACGTGACGCTATTCAGACAATGCTTTTTTAGGCCGCTAAGTTGGCAGGGGATCGTGTTGTCCGAATTCAGGAAAAGCGAAATTTAAAAGAGGTTAATTATGAAACTGGGATTTATTGGCTTAGGCAT > minE/350267‑350401
|
ccGTTAAAACGTGACGCTATTCAGACAATGCTTTTTTAGGCCGCTAAGTTGGCAGGGGATCGTGTTGTCCg < 1:2988425/71‑1 (MQ=255)
cGTTAAAACGTGACGCTATTCAGACAATGCTTTTTTAGGCCGCTAAGTTGGCAGGGGATCGTGTTGTCCGa < 1:2277899/71‑1 (MQ=255)
ttAAAACGTGACGCTATTCAGACAATGCTTTTTTAGGCCGCTAAGTTGGCAGGGGATCGTGTTGTCCGAAt > 1:3778981/1‑71 (MQ=255)
aaaaCGTGACGCTATTCAGACAATGCTTTTTTAGGCCGCTAAGTTGGCAGGGGATCGTGTTGTCCGAAtt < 1:3445929/70‑1 (MQ=255)
aaaaCGTAACGCTATTCAGACAATGCTTTTTTAGGCCGCTAAGTTGGCAGGGGATCGTGTTGTCTGAAtt > 1:2561935/1‑70 (MQ=255)
aaaaCGTAACGCTATTCAGACAATGCTTTTTTAGGCCGCTAAGTTGGCAGGGGATCGTGTTGTCTGAAtt < 1:1509446/70‑1 (MQ=255)
aaaaCGTAACGCTATTCAGACAATGCTTTTTTAGGCCGCTAAGTTGGCAGGGGATCGTGTTGTCTGAAtt < 1:650757/70‑1 (MQ=255)
aaaCTTAACGCTATTCAGACAATGCTTTATTAGGCCGCTAAGTTGGCAGGGGATCGTGTTGTCTGAAtt < 1:1939964/69‑1 (MQ=255)
aaaCGTGACGCTATTCAGACAATGCTTTTTTAGGCCGCTAAGTTGGCAGGGGATCGTGTTGTCCGAATTc < 1:3424141/70‑1 (MQ=255)
cGTAACGCTATTCAGACAATGCTTTTTTAGGCCGCTAAGTTGGCAGGGGATCGTGTTGTCTGAATTCAGGa < 1:3807339/71‑1 (MQ=255)
gtaaCGCTATTCAGACAATGCTTTTTTAGGCCGCTAAGTTGGCAGGGGATCGTGTTGTCTGAATTCAGGaa < 1:305656/68‑1 (MQ=255)
gtaaCGCTATTCAGACAATGCTTTTTTAGGCCGCTAAGTTGGCAGGGGATCGTGTTGTCTGAATTCAGGaa < 1:3619856/68‑1 (MQ=255)
gtaaCGCTATTCAGACAATGCTTTTTTAGGCCGCTAAGTTGGCAGGGGATCGTGTTGTCTGAATTCAGGaa < 1:2016486/68‑1 (MQ=255)
gTGACGCTATTCAGACAATGCTTTTTTAGGCCGCTAAGTTGGCAGGGGATCGTGTTGTCCGAATTCAGGa > 1:495067/1‑70 (MQ=255)
taaCGCTATTCAGACAATGCTTTTTTAGGCCGCTAAGTTGGCAGGGGATCGTGTTGTCTGAATTCAGGaaa < 1:328776/69‑1 (MQ=255)
gCTATTCAGACAATGCTTTTTTAGGCCGCTAAGTTGGCAGGGGATCGTGTTGTCCGAAt < 1:1167423/59‑1 (MQ=255)
gCTAATCAGACAATGCTTTTTTAGGCCGCTAAGTTGGCAGGGGAACGTGTTGTCCGAATTCa > 1:631054/1‑62 (MQ=255)
tATTCAGACAATGCTTTTTTAGGCCGCTAAGTTGGCAGGGGATCGTGTTGTCCGAATTCAGGaaa > 1:3710169/1‑65 (MQ=255)
tATTCAGACAATGCTTTTTTAGGCCGCTAAGTTGGCAGGGGATCGTGTTGTCCGAATTCAGGAAAAGCGa > 1:2074626/1‑70 (MQ=255)
tATTCAGACAATGCTTTTTTAGGCCGCTAAGTTGGCAGGGGATCGTGTTGTCCGAATTCAGGAAAAGCGa > 1:698959/1‑70 (MQ=255)
tCAGACAATGCTTTTTTAGGCCGCTAAGTTGGCAGGGGATCGTGTTGTCCGAATTCAGGAAAAGCGAAAt < 1:635032/70‑1 (MQ=255)
aGACAATGCTTTTTTAGGCCGCTAAGTTGGCAGGGGATCGTGTTGTCTGAATTCAGGAAAAGCGAAAttt > 1:3142392/1‑70 (MQ=255)
gACAATGCTTTTTTAGGCCGCTAAGTTGGCAGGGGATCGTGTTGTCTGAATTCAGGAAAAGCGaa < 1:2653885/65‑1 (MQ=255)
gCTTTTTTAGGCCGCTAAGTTGGCAGGGGATCGTGTTGTCTGAATTCAGGaa < 1:3429189/52‑1 (MQ=255)
ttttttAGGCCGCTAAGTTGGCAGGGGATCGTGTTGTCTGAATTCAGGAAAAGCg < 1:3579914/55‑1 (MQ=255)
ttttttAGGCCGCTAAGTTGGCAGGGGATCGTGTTGTCTGAATTCACGAAAAGCGAAATTTAAAAGAGGt > 1:3246260/1‑70 (MQ=255)
ttttAGGGCGCTAAGTTGGCAGGGGATCGTGTTGTCTGAATTCAGGAAAAg > 1:616534/1‑51 (MQ=255)
ttttAGGCCGCTAAGTTGGCAGGGGATCGTGTTGTCTGAAtt > 1:1987454/1‑42 (MQ=255)
tttAGGCCGCTAAGTTGGCAGGGGATCGTGTTGTCTGAATTCAGGAAAAGCGAAATTTa < 1:2998672/59‑1 (MQ=255)
tttAGGCCGCTAAGTTGGCAGGGGATCGTGTTGTCCGAATTCAGGAAAAGCGAAATTTAAAAGAGGTTaa < 1:3913269/70‑1 (MQ=255)
tAGGCCGCTAAGTTGGCAGGGGATCGTGTTGTCTGAATTCAGGAAAAGCGAAATTTAAAAGAGGTTAAtt < 1:2741989/70‑1 (MQ=255)
tAGGCCGCTAAGTTGGCAGGGGATCGTGTTGTCCGAATTCAGGAAAAGCGAAATTTAAAAGAGGTTAATTa > 1:2338811/1‑71 (MQ=255)
aGGCCGCTAAGTTGGCAGGGGATCGTGTTGTCTGAATTc > 1:1724961/1‑39 (MQ=255)
cGCTAAGTTGGCAGGGGATCGTGTTGTCCGAATTCAGGAAAAGCGAAATTTaa < 1:2511940/53‑1 (MQ=255)
aaGTTGGCAGGGGATCGTGTTGTCCGAATTCAGGAAAAGCGAAATTTAAAAGAGGTTAATTATGAAACTgg > 1:2756457/1‑71 (MQ=255)
aGTTGGCAGGGGATCGTGTTGTCTGAATTCAGGAAAAGCGAAATTTAAAAGAGGTTAATTATGAAACTgg < 1:1372101/70‑1 (MQ=255)
ggCAGGGGATCGTGTTGTCTGAATTCAGGAAAAGCGAAATTTAAAAGAGGTTAATTATGAAACTGGGAtt < 1:3418335/70‑1 (MQ=255)
ggCAGGGGATCGTGTTGTCTGAATTCAGGAAAAGCGAAATTTAAAAGAGGTTAATTATGAAACTGGGAtt < 1:2410346/70‑1 (MQ=255)
ggCAGGGGATCGTGTTGTCTGAATTCAGGAAAAGCGAAATTTAAAAGAGGTTAATTATGAAACTGGGAtt < 1:164968/70‑1 (MQ=255)
ggCAGGGGATCGTGTTGTCTGAATTCAGGAAAAGCGAAATTTAAAAGAGGTTAATTATGAAACTGGGAtt > 1:1027097/1‑70 (MQ=255)
gCAGGGGATCGTGTTGTCTGAATTCAGGAAAAGCGAAATTTAAAAGAGGTTAATTATGAAACTGGGATTTa < 1:659287/71‑1 (MQ=255)
cAGGGGATCGTGTTGTCCGAATTCAGGAAAAGCGAAATTTAAAAGAGGTTAATTATGAAACTGGGATTTAt > 1:2452509/1‑71 (MQ=255)
aGGGGATCGTGTTGTCTGAATTCAGGAAAAGCGAAATTTAAAAGAGGTTAATTATGAAACTGGGATTTAtt > 1:1429728/1‑71 (MQ=255)
aGGGGATCGTGTTGTCTGAATTCAGGAAAAGCGAAATTTAAAAGAGGTTAATTATGAAACTGGGATTTAtt < 1:3230661/71‑1 (MQ=255)
ggggATCGTGTTGTCTGAATTCAGGAAAAGCGAAATTTAAAAGAGGTTAATTATGAAACTGGGATTTATTg > 1:1341620/1‑71 (MQ=255)
gggATCGTGTTGTCCGAATTGAGGAAAAGCGAAATTTAAAAGAGGTTAATTATGAAACTGGGATTTATTgg > 1:944811/1‑71 (MQ=255)
gggATCGTGTTGTCCGAATTCAGGAAAAGCGAAATTTAAAAGAGGTTAATTATGAAACTGGGATTTATTgg < 1:3124263/71‑1 (MQ=255)
ggATCGTGTTGTCCGAATTCAGGAAAAGCGAAATTTaaa < 1:1099558/39‑1 (MQ=255)
cGTGTTGTCTGAATTCAGGAAAAGCGAAATTTaaaa < 1:690157/36‑1 (MQ=255)
cGTGTTGTCCGAATTCAGGAAAAGCGAAATTTAAAAGAGGTTAATTATGAAACTGGGATTTATTGGCTTAg > 1:252803/1‑71 (MQ=255)
gtgtTGTCCGAATTCAGGAAAAGCGAAATTTAAAAGAGGTTAATTATGAAACTGGGATTTATTGGCTTAgg > 1:1462639/1‑71 (MQ=255)
ttgtCTGAATTCAGGAAAAGCGAAATTTAAAAGAGGTTAATTATGAAACTGGGAttt > 1:1804021/1‑57 (MQ=255)
ttgtCCGAATTCAGGAAAAGCGAAATTTAAAAGAGGTTAATTATGAAACTGGGATTTATTGGCTTAGGCAt > 1:1342100/1‑71 (MQ=255)
|
CCGTTAAAACGTGACGCTATTCAGACAATGCTTTTTTAGGCCGCTAAGTTGGCAGGGGATCGTGTTGTCCGAATTCAGGAAAAGCGAAATTTAAAAGAGGTTAATTATGAAACTGGGATTTATTGGCTTAGGCAT > minE/350267‑350401
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
