Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A6 F1 I0 R1
|
2892 |
75.3 |
5698161 |
66.1% |
3766484 |
59.5 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
minE |
509,855 |
G→C |
29.6% |
intergenic (+80/‑103) |
ybhI → / → ybhJ |
predicted transporter/predicted hydratase |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | minE | 509,855 | 0 | G | C | 29.6%
| 181.3
/ 90.1
| 124 | intergenic (+80/‑103) | ybhI/ybhJ | predicted transporter/predicted hydratase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (41/46); new base C (19/17); total (61/63) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.92e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.64e-01 |
Only 100 of 130 total aligned reads displayed.
GTTGCATGTGCTGCGTCTGCGTTCGCTCACCCCAGTCACTTACTTATGTAAGCTCCTGGGGATTCACTCGCTTGTCGCCTTCCTGCAACTCGAATTATTTAGAGTATATCCATTTATTATCTTTCTG > minE/509796‑509922
|
gTTGCATGTGCTGCGTCTGCGTTCGCTCACCCCAGTCACTTACTTATGTAAGCTCCTGGGGATTCACTCGc < 1:3917907/71‑1 (MQ=32)
tGCATGTACTGCGACTGCGTTCGTTCACCCCAGTCACTTACTTATGTAAGCTCCTGGCGATTCACTCGCtt > 1:2246424/1‑71 (MQ=11)
gCATGTGCTGCGTCTGCGTTCGCTCACCCCAGTCACTTACTTATGTAAGCTCCTGGGGATTCACTCGCtt < 1:4398392/70‑1 (MQ=35)
cATGTACTGCGACTGCGTTCGTTCACCCCAGTCACTTACTTATGTAAGCTCCTGGCGATTCACTCGCTTg < 1:4247990/70‑1 (MQ=11)
aTGTGCTGCGTCTGCGTTCGCTCACCCCAGTCACTTACTTATGTAAGCTCCTGGGGATTCACTCGCTTGTc > 1:299285/1‑71 (MQ=34)
tgtaCTGCGACTGCGTTCGTTCACCCCAGTCACTTACTTATGTAAGCTCCTGGCGATTCACTCGCTTGTc > 1:4104332/1‑70 (MQ=11)
tgtaCTGCGACTGCGTTCGTTCACCCCAGTCACTTACTTATGTAAGCTCCTGGCGATTCACTCGCTTGTCg > 1:2072234/1‑71 (MQ=11)
tgctgcGTCTGCGTTCGCTCACCCCAGTCACTTACTTATGTAAGCTCCTGGGGATTCACTCGCTTGTCg > 1:1710652/1‑69 (MQ=35)
ctgcgtctgcgtTCGCTCACCCCAGTCACTTACTTATGTAAGCTCCTGGGGATTCACTCGCTTGTCGCCt < 1:5105963/70‑1 (MQ=35)
ctgcgtctgcgtTCGCTCACCCCAGTCACTTACTTATGTAAGCTCCTGGGGATTCACTCGCTTGTCGCCt < 1:2113211/70‑1 (MQ=35)
tgcgtctgcgtTCGCTCACCCCAGTCACTTACTTATGTAAGCTCCTGGGGATTCACTCGc > 1:2382228/1‑60 (MQ=33)
cgtctgcgtTCGCTCACCCCAGTCACTTACTTATGTAAGCTCCTGGGGATTCACTCGCTTGTCGCCTTCCt > 1:3089674/1‑71 (MQ=34)
cgtctgcgtTCGCTCACCCCAGTCACTTACTTATGTAAGCTCCTGGGGATTCACTCGCTTGTCGCCTTCCt > 1:4230004/1‑71 (MQ=34)
tgcgtTCGCTCACCCCAGTCACTTACTTATGTAAGCTCCTGGGGATTCACTCGCTTGTCGCCTTCCTGCaa > 1:1712573/1‑71 (MQ=34)
tgcgtTCGCTCACCCCAGTCACTTACTTATGTAAGCTCCTGGGGATTCACTCGCTTGTCGCCTTCCTGCaa > 1:1269331/1‑71 (MQ=34)
gcgtTCGCTCACCCCAGTCACTTACTTATGTAAGCTCCTGGGGATTCACTCGCTTGTCGCCTTCCt > 1:2532864/1‑66 (MQ=35)
gcgtTCGCTCACCCCAGTCACTTACTTATGTAAGCTCCTGGGGATTCACTCGCTTGTCGCCTTCCTGCa > 1:3134181/1‑69 (MQ=35)
cgttcgttCACCCCAGTCACTTACTTATGTAAGCTCCTGGCGATTCACTCGCTTGTCGCCTTCCTGCAACt > 1:2207467/1‑71 (MQ=255)
gtTCGCTCACCCCAGTCACTTACTTATGTAAGCTCCTGGGGATTCACTCGCTTGTCGCCTTCCTGCAACt > 1:1125081/1‑70 (MQ=35)
gtTCGCTCACCCCAGTCACTTACTTATGTAAGCTCCTGGGGATTCACTCGCTTGTCGCCTTCCTGCAACTc < 1:986044/71‑1 (MQ=34)
ttCGTTCACCCCAGTCACTTACTTATGTAAGCTCCTGGCGATTCACTCGCTTGTCGCCTTCCTGCAACTCg < 1:4017750/71‑1 (MQ=255)
ttCGCTCACCCCAGTCACTTACTTATGTAAGCTCCTGGGGATTCACTCGCTTGTCGCCTTCCTGCAACTCg < 1:5316206/71‑1 (MQ=34)
cgttCACCCCAGTCACTTACTTATGTAAGCTCCTGGCGATTCACTCGCTTGTCGCCTTCCTGCAACTCGaa > 1:354176/4‑71 (MQ=255)
cGCTCACCCCAGTCACTTACTTATGTAAGCTCCTGGGGATTCACTCGCTTGTCGCCTTCCTGCAACTCGa < 1:1349882/70‑1 (MQ=35)
cTCACCCCAGTCACTTACTTATGTAAGCTCCTGGGGATTCACTCGCTTGTCGCCTTCCTGCAACTCGAatt < 1:3511862/71‑1 (MQ=34)
cACCCCAGTCACTTACTTATGTAAGCTCCTGGCGATTCACTCg > 1:4693114/1‑43 (MQ=12)
cACCCCAGTCACTTACTTATGTAAGCTCCTGGCGATTCACTCGCTTGTCGCCTTCCTGCAACTCGAatta < 1:1246488/70‑1 (MQ=25)
cACCCCAGTCACTTACTTATGTAAGCTCCTGGCGATTCACTCGCTTGTCGCCTTCCTGCAACTCGAatta < 1:1828544/70‑1 (MQ=25)
cACCCCAGTCACTTACTTATGTAAGCTCCTGGCGATTCACTCGCTTGTCGCCTTCCTGCAACTCGAatta < 1:2914416/70‑1 (MQ=25)
aCCCCAGTCACTTACTTATGTAAGCTCCTGGGGATTCACTCGCTTGTCGCCTTCCTGCAACTCGAattatt > 1:436627/1‑71 (MQ=34)
aCCCCAGTCACTTACTTATGTAAGCTCCTGGGGATTCACTCGCTTGTCGCCTTCCTGCAACTCGAattatt > 1:1640462/1‑71 (MQ=34)
aCCCCAGTCACTTACTTATGTAAGCTCCTGGGGATTCACTCGCTTGTCGCCTTCCTGCAACTCGAattatt < 1:1210634/71‑1 (MQ=34)
aCCCCAGTCACTTACTTATGTAAGCTCCTGGGGATTCACTCGCTTGTCGCCTTCCTGCAACTCGAattat < 1:4421238/70‑1 (MQ=35)
aCCCCAGTCACTTACTTATGTAAGCTCCTGGCGATTCACTCGCTTGTCGCCTTCCTGCAACTCGAattatt < 1:5577780/71‑1 (MQ=21)
aCCCCAGTCACTTACTTATGTAAGCTCCTGGCGATTCACTCGCTTGTCGCCTTCCTGCAACTCGAattatt < 1:4779509/71‑1 (MQ=21)
aCCCCAGTAACTTACTTATGTAAGCTCCTGGGGATTCACTCGCTTGTCGCCTTCCTGCAACTCGAattatt < 1:2074592/71‑1 (MQ=21)
cccAGTCACTTACTTATGTAAGCTCCTGGGGATTCACTCGCTTGTCGCCTTCCTGCAACTCGAATTATTTa < 1:4451343/71‑1 (MQ=34)
cAGTCACTTACTTATGTAAGCTCCTGGGGATTCACTCGCTTGTCGCCt < 1:1298574/48‑1 (MQ=38)
cAGTCACTTACTTATGTAAGCTCCTGGGGATTCACTCGCTTGTCGCCTTCCTGCAACTCGAATTATTTa > 1:2183000/1‑69 (MQ=35)
aGTCACTTACTTATGTAAGCTCCTGGGGATTCACTCGCTTGTCGCCTTCCTGCAACTCGAat > 1:4479666/1‑62 (MQ=35)
gTCACTTACTTATGTAAGCTCCTGGGGATTCACTCGCTTGTCGCCTTCCTGCAACTCGAATTATTTAGAGt < 1:638039/71‑1 (MQ=34)
gTCACTTACTTATGTAAGCTCCTGGGGATTCACTCGCTTGTCGCCTTCCTGCAACTCGAATTATTTAGAGt < 1:5032965/71‑1 (MQ=34)
ttacttacttATGTAAGCTCCTGGGGATTCACTCGCTTGTCGCCTTCCTGCAACTCg < 1:1422843/55‑1 (MQ=25)
tCACTTACTTATGTAAGCTCCTGGGGATTCACTCGCTTGTCGCCTTCCTGCAACTCg < 1:161930/57‑1 (MQ=35)
cACTTACTTATGTAAGCTCCTGGGGATTCACTCGCtt > 1:2002846/1‑37 (MQ=40)
cACTTACTTATGTAAGCTCCTGGGGATTCACTCGCTTGTCGCCTTCCTGCAACTCGAATTATTTa > 1:2058878/1‑65 (MQ=35)
cACTTACTTATGTAAGCTCCTGGGGATTCACTCGCTTGTCGCCTTCCTGCAACTCGAATTATTTAGAGtat > 1:870343/1‑71 (MQ=34)
cACTTACTTATGTAAGCTCCTGGCGATTCACTCGCTTGTCg > 1:4597285/1‑41 (MQ=255)
acttacttATGTAAGCTCCTGGGGATTCACTCGCTTGTCGCCTTCCTGCAACTCGAATTAttt < 1:2585870/63‑1 (MQ=35)
acttacttATGTAAGCTCCTGGGGATTCACTCGCTTGTCGCCTTCCTGCAACTCGAATTATTTAGAGtata > 1:416697/1‑71 (MQ=35)
acttacttATGTAAGCTCCTGGGGATTCACTCGCTTGTCGCCTTCCTGCAACTCGAATTATTTAGAGtata > 1:5515768/1‑71 (MQ=35)
acttacttATGTAAGCTCCTGGGGATTCACTCGCTTGTCGCCTTCCTGCAACTCGAATTATTTAGAGtat < 1:5058157/70‑1 (MQ=35)
acttacttATGTAAGCTCCTGGCGATTCACTCGCTTGTCGCCTTc > 1:2311532/1‑45 (MQ=255)
acttacttATGTAAGCTCCTGGCGATTCACTCGCTTGTCGCCTTCCTGCAAc > 1:1850745/1‑52 (MQ=255)
acgtacttcTGTACGCTCCCGGGGATTCACTCACTTGCCGCCTTGATGCAACCTGAATGATTTTGTGtata > 1:3672658/4‑71 (MQ=2)
cgtacttcTGTACGCTCCCGGGGATTCACTCACTTGCCGCCTTGATGCAACCTGAATGATTTTGTGTatat > 1:5650521/3‑71 (MQ=2)
gtacttcTGTACGCTCCAGGGGATTCACTCACTTGCCGCCTTGATGCAACCTGAATGATTTTGTGTatat > 1:3334416/2‑70 (MQ=2)
tacttaTGTAAGCTCCTGGGGATTCACTCGCTTGTCGCCTTc > 1:82524/1‑42 (MQ=38)
tacttaTGTAAGCTCCTGGCGATTCACTCGCTTGTCGCCTTCCTGCAACTCGAattatt < 1:3396562/59‑1 (MQ=255)
acttcTGTACGCTCCCGGGGATTCACTCACTTGCCGCCTTGATGCAACCTGAATGATTTTGTGTatattac > 1:128915/1‑68 (MQ=2)
acttaTGTAAGCTCCTGGGGATTCACTCGCTTGTCGCCTTc > 1:4853886/1‑41 (MQ=38)
acttaTGTAAGCTCCTGGGGATTCACTCGCTTGTCGCCTTCCTGCAACTCGAattat > 1:4677619/1‑57 (MQ=35)
cttaTGTAAGCTCCTGGGGATTCACTCGCTTGTCGc < 1:3119611/36‑1 (MQ=40)
cttaTGTAAGCTCCTGGGGATTCACTCGCTTGTCGc < 1:1399226/36‑1 (MQ=40)
aTGTAAGCTCCTGGGGATTCACTCGCTTGTCGCCTTCCTGCAACTCGAattatt < 1:358457/54‑1 (MQ=35)
aTGTAAGCTCCTGGGGATTCACTCGCTTGTCGCCTTCCTGCAACTCGAattatt < 1:2641988/54‑1 (MQ=35)
tGTAAGCTCCTGGGGATTCACTCGCTTGTCGCCTTCCTGCAACTCg < 1:3287929/46‑1 (MQ=38)
tGTAAGCTCCTGGGGATTCACTCGCTTGTCGCCTTCCTGCAACTCGAATTATTTAGAGtatga < 1:2033647/63‑3 (MQ=14)
gTAAGCTCCTGGGGATTCACTCGCTTGTCGCCTTCCTGCAACTCGa < 1:2312650/46‑1 (MQ=38)
gTAAGCTCCTGGGGATTCACTCGCTTGTCGCCTTCCTGCAACTCGa < 1:2878486/46‑1 (MQ=38)
gTAAGCTCCTGGGGATTCACTCGCTTGTCGCCTTCCTGCAACTCGa < 1:1611926/46‑1 (MQ=38)
gTAAGCTCCTGGGGATTCACTCGCTTGTCGCCTTCCTGCAACTCGa < 1:1582643/46‑1 (MQ=38)
tAAGCTCCTGGGGATTCACTCGCTTGTCGCCTTCCTGCaa > 1:4795826/1‑40 (MQ=40)
tAAGCTCCTGGGGATTCACTCGCTTGTCGCCTTCCTGCAACTCGAATTATTTAGAGTATATCCATttatt < 1:981129/70‑1 (MQ=255)
tAAGCTCCTGGCGATTCACTCGCTTGTCGCCTTCCTGCa < 1:3768352/39‑1 (MQ=255)
tAAGCTCCTGGCGATTCACTCGCTTGTCGCCTTCCTGCa < 1:2480809/39‑1 (MQ=255)
tAAGCTCCTGGCGATTCACTCGCTTGTCGCCTTCCTGCAACt > 1:5490590/1‑42 (MQ=255)
tAAGCTCCTGGCGATTCACTCGCTTGTCGCCTTCCTGCAACTCg < 1:353728/44‑1 (MQ=255)
tAAGCTCCTGGCGATTCACTCGCTTGTCGCCTTCCTGCAACTCGAATTATTTa > 1:2407092/1‑53 (MQ=255)
tAAGCTCCTGGCGATTCACTCGCTTGTCGCCTTCCTGCAACTCGAATTATTTa > 1:2430178/1‑53 (MQ=255)
tAAGCGCCTGGCGATTCACTCGCTTGTCGCCTTCCTGCa < 1:2120812/39‑1 (MQ=14)
aGCTCCTGGCGATTCACTCGCTTGTCGCCTTCCTGCAACTCGaa > 1:2670201/1‑44 (MQ=255)
aGCTCCAGGCGATTCACTCGCTTGTCGCCTTCCTGCAAc > 1:1778269/1‑39 (MQ=14)
gCTCCTGGGGATTCACTCGCTTGTCGCCTTCCTGCAACTCg < 1:3209447/41‑1 (MQ=38)
gCTCCTGGGGATTCACTCGCTTGTCGCCTTCCTGCAACTCg < 1:3396318/41‑1 (MQ=38)
gCTCCTGGGGATTCACTCGCTTGTCGCCTTCCTGCAACTCg < 1:3969627/41‑1 (MQ=38)
gCTCCTGGGGATTCACTCGCTTGTCGCCTTCCTGCAACTCGAATTATTTAGAGTATATCCATTTATTATCt < 1:2140181/71‑1 (MQ=255)
gCTCCTGGCGATTCACTCGCTTGTCGCCTTCCTGCAACTCGAattatt < 1:2852966/48‑1 (MQ=255)
ccTGGGGATTCACTCGCTTGTCGCCTTCCTGCAACTCGAATTATTTa > 1:5409363/1‑47 (MQ=38)
cTGGGGATTCACTCGCTTGTCGCCTTCCTGCAACTCGAatta < 1:5241402/42‑1 (MQ=38)
cTGGGGATTCACTCGCTTGTCGCCTTCCTGCAACTCGAATTATTTagag < 1:5452214/49‑1 (MQ=38)
cTGGGGATTCACTCGCTTGTCGCCTTCCTGCAACTCGAATTATTTag < 1:3288349/47‑1 (MQ=38)
cTGGGGATTCACTCGCTTGTCGCCTTCCTGCAACTCGAATTATTTAGAGTATATCCAttt < 1:3773579/60‑1 (MQ=255)
tGGGGATTCACTCGCTTGTCGCCTTCCTGCAACTCGAATTAttt < 1:110257/44‑1 (MQ=38)
ggggATTCACTCGCTTGTCGCCTTCCTGCAACTCGAATTATTTAGAGTATATCCATTTATTATCTTTCTg > 1:3696160/1‑70 (MQ=255)
gggATTCACTCGCTTGTCGCCTTCCTGCAACTCGAattatt < 1:5470878/41‑1 (MQ=38)
ggATTCACTCGCTTGTCGCCTTCCTGCAACTCGAattatt < 1:5017113/40‑1 (MQ=40)
ggATTCACTCGCTTGTCGCCTTCCTGCAACTCGAATTATTTa < 1:5200021/42‑1 (MQ=38)
ggATTCACTCGCTTGTCGCCTTCCTGCAACTCGAATTATTTa < 1:796653/42‑1 (MQ=38)
ggATTCACTCGCTTGTCGCCTTCCTGCAACTCGAATTATTTAGAGTATATCCATttat > 1:3390539/1‑58 (MQ=255)
|
GTTGCATGTGCTGCGTCTGCGTTCGCTCACCCCAGTCACTTACTTATGTAAGCTCCTGGGGATTCACTCGCTTGTCGCCTTCCTGCAACTCGAATTATTTAGAGTATATCCATTTATTATCTTTCTG > minE/509796‑509922
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
