Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A6 F21 I0 R1
|
2169 |
63.0 |
3952800 |
76.2% |
3012033 |
62.4 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
minE |
509,855 |
G→C |
17.1% |
intergenic (+80/‑103) |
ybhI → / → ybhJ |
predicted transporter/predicted hydratase |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | minE | 509,855 | 0 | G | C | 17.1%
| 159.5
/ 23.4
| 70 | intergenic (+80/‑103) | ybhI/ybhJ | predicted transporter/predicted hydratase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (29/29); new base C (5/7); total (34/36) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.54e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
GTTGCATGTGCTGCGTCTGCGTTCGCTCACCCCAGTCACTTACTTATGTAAGCTCCTGGGGATTCACTCGCTTGTCGCCTTCCTGCAACTCGAATTATTTAGAGTATATCCATTTATTATCTTTCTGCG > minE/509796‑509924
|
gTTGCATGTGCTGCGTCTGCGTTCGCTCACCCCAGTCACTTACTTATGTAAGCTCCTGGGGATTCACTCGc < 1:2118499/71‑1 (MQ=32)
ttGCATGTGCTGCGTCTGCGTTCGCTCACCCCAGTCACTTACTTATGTAAGCTCCTGGGGATTCACTCGCt > 1:768787/1‑71 (MQ=34)
cATGTGCTGCGTCTGCGTTCGCTCACCCCAGTCACTTACTTATGTAAGCTCCTGGGGATTCACTCGCTTg < 1:1252154/70‑1 (MQ=35)
cATGTACTGCGACTGCGTTCGTTCACCCCAGTCACTTACTTATGTAAGCTCCTGGCGATTCACTCGCTTg > 1:3439886/1‑70 (MQ=11)
tgtgCTGCGTCTGCGTTCGCTCACCCCAGTCACTTACTTATGTAAGCTCCTGGGGATTCACTCGCTTGTCg > 1:3436531/1‑71 (MQ=34)
gtgCTGCGTCTGCGTTCGCTCACCCCAGTCACTTACTTATGTAAGCTCCTGGGGATTCACTCGCTTGTCGc > 1:519469/1‑71 (MQ=34)
gtgCTGCGTCTGCGTTCGCTCACCCCAGTCACTTACTTATGTAAGCTCCTGGGGATTCACTCGCTTGTCGc > 1:3407771/1‑71 (MQ=34)
tgctgcGTCTGCGTTCGCTCACCCCAGTCACTTACTTATGTAAGCTCCTGGGGATTCACTCGCTTGTCGc < 1:3340754/70‑1 (MQ=35)
cgtctgcgtTCGATCACCCCAGTCACTTACTTATGTAAGCTCCTGGGGATTCACTCGCTTGTCGCCTTCCt > 1:2750618/1‑71 (MQ=21)
cgactgcgtTCGTTCACCCCAGTCACTTACTTATGTAAGCTCCTGGCGATTCACTCGCTTGTCGCCTTcc < 1:2186773/67‑1 (MQ=11)
ctgcgtTCGCTCACCCCAGTCACTTACTTATGTAAGCTCCTGGGGATTCACTCGCTTGTCGCCTTCCt > 1:2253147/1‑68 (MQ=35)
cgtTCGCTCACCCCAGTCACTTACTTATGTAAGCTCCTGGGGATTCACTCGCTTGTCGCCTTCCTGCAAc < 1:3758284/70‑1 (MQ=35)
cgtTCGCTCACCCCAGTCACTTACTTATGTAAGCTCCTGGGGATTCACTCGCTTGTCGCCTTCCTGCAAc < 1:1689517/70‑1 (MQ=35)
cgtTCGCTCACCCCAGTCACTTACTTATGTAAGCTCCTGGGGATTCACTCGCTTGTCGCCTTCCTGCAACt > 1:2045890/1‑71 (MQ=34)
cgtTCGCTCACCCCAGTCACTTACTTATGTAAGCTCCTGGGGATTCACTCGCTTGTCGCCTTCCTGCAACt < 1:300831/71‑1 (MQ=34)
gttcgttcACCCCAGTCACTTACTTATGTAAGCTCCTGGCGATTCACTCGCTTGTCGCCTTCCt > 1:1788449/1‑64 (MQ=255)
ttCGCTCACCCCAGTCACTTACTTATGTAAGCTCCTGGGGATTCACTCGCTTGTCGCCTTCCTGCAACTCg < 1:605815/71‑1 (MQ=34)
cGCTCACCCCAGTCACTTACTTATGTAAGCTCCTGGGGATTCACTCGCTTGTCGCCTTCCTGCAACTCGaa > 1:1102913/1‑71 (MQ=34)
cGCTCACCCCAGTCACTTACTTATGTAAGCTCCTGGGGATTCACTCGCTTGTCGCCTTCCTGCAACTCGa < 1:960094/70‑1 (MQ=35)
cGCTCACCCCAGTCACTTACTTATGTAAGCTCCTAGGGATTCACTCGCTTGTTGCCTTCCTGCAACTCGaa > 1:1043023/1‑71 (MQ=255)
gCTCACCCCAGTCACTTACTTATGTAAGCTCCTGGGGATTCACTCGCTTGTCGCCTTCCTg > 1:2918170/1‑61 (MQ=35)
cTCACCCCAGTCACTTACTTATGTAAGCTCCTGGGGATTCACTCGCTTGTCGCCTTCCTGCAACTCGAat > 1:372160/1‑70 (MQ=35)
tCACCCCAGTCACTTACTTATGTAAGCTCCTGGCGATTCACTCGCTTGTCGCCt > 1:1256930/1‑54 (MQ=255)
cACCCCAGTCACTTACTTATGTAAGCTCCTGGCGATTCACTCGCTTGTCGCCTTCCTGCAACTCGAattat > 1:3248821/1‑71 (MQ=21)
cACCCCAGTCACTTACTTATGTAAGCTCCTGGCGATTCACTCGCTTGTCGCCTTCCTGCAACTCGAattat > 1:1204477/1‑71 (MQ=21)
aCCCCAGTCACTTACTTATGTAAGCTCCTGGGGATTCACTCGCTTGTCGCCTTCCTGCAACTCGAtttatt > 1:1182342/1‑71 (MQ=21)
aCCCCAGTCACTTACTTATGTAAGCTCCTGGGGATTCACTCGCTTGTCGCCTTCCTGCAACTCGAattatt > 1:3576962/1‑71 (MQ=34)
aCCCCAGTCACTTACTTATGTAAGCTCCTGGGGATTCACTCGCTTGTCGCCTTCCTGCAACTCGAattatt < 1:1659341/71‑1 (MQ=34)
aCCCCAGTCACTTACTTATGTAAGCTCCTGGGGATTCACTCGCTTGTCGCCTTCCTGCAACTCGAattatt > 1:2983430/1‑71 (MQ=34)
ccAGTCACTTACTTATGTAAGCTCCTGGGGATTCACTCGCTTGTCGCCTTCCTGc > 1:2065797/1‑55 (MQ=35)
ccAGTCACTTACTTATCTAAGCTCCTGGCGATTCACTCGCTTGTc < 1:1949040/45‑1 (MQ=11)
cAGTCACTTACTTATGTAAGCTCCTGGGGATTCACTCGCTTGTCGCCTTCCTGc < 1:3235645/54‑1 (MQ=35)
cAGTCACTTACTTATGTAAGCTCCTGGGGATTCACTCGCTTGTCGCCTTCCTGCAACTCGAATTATTTa > 1:3944447/1‑69 (MQ=35)
cAGTCACTTACTTATGTAAGCTCCTGGCGATTCACTCGCTTGTCGCCTTCCTGCAACTCTAAATAATTcga < 1:1050222/71‑1 (MQ=11)
cAGTCACTTACTTATGTAAGCTCCTGGCGATTCACTCGCTTGTCGCCTTCCTGCAACTCTAAATAATTcga < 1:1741313/71‑1 (MQ=11)
gTCACTTACTTATGTAAGCTCCTGGGGATTCACTCGCTTGTCGCCTTCCTGCAACTCGAATTATTTagag > 1:3681411/1‑70 (MQ=35)
gTCACTTACTTATGTAAGCTCCTGGGGATTCACTCGCTTGTCGCCTTCCTGCAACTCGAATTATTTAGAGt < 1:1976671/71‑1 (MQ=34)
gTCACTTACTTATGTAAGCTCCTGGGGATTCACTCGCTTGTCGCCTTCCTGCAACTCGAATTATTTAGAGt < 1:2555854/71‑1 (MQ=34)
gTCACTTACTTATGTAAGCTCCTGGGGATTCACTCGCTTGTCGCCTTCCTGCAACTCGAATTATTTAGAGt < 1:3722051/71‑1 (MQ=34)
gTCACTTACTTATGTAAGCTCCTGGGGATTCACTCGCTTGTCGCCTTCCTGCAACTCGAATTATTTAGAGt < 1:392291/71‑1 (MQ=34)
tCACTTACTTATGTAAGCTCCTGGGGATTCACTCGCTTGTCGCCTTCCTGCAACTCGAATTATTTAGAGta < 1:1577900/71‑1 (MQ=34)
tCACTTACTTATGTAAGCTCCTGGCGATTCACTCGCTTGTCGCCt < 1:2194592/45‑1 (MQ=255)
acttacttATGTAAGCTCCTGGGGATTCACTCGCTTGTCGCCTTCCTGCAACTCg > 1:2376602/1‑55 (MQ=35)
acttacttATGTAAGCTCCTGGGGATTCACTCGCTTGTCGCCTTCCTGCAACTCTAAATAATTCGAGttg < 1:2606685/70‑3 (MQ=11)
acttacttATGTAAGCTCCTGGGGATTCACTCGCTTGTCGCCTTCCTGCAACTCGAATTATTTAGAGtat < 1:2199608/70‑1 (MQ=35)
ttacttaTGTAAGCTCCTGGGGATTCACTCGCTTGTCGCCt < 1:2020651/41‑1 (MQ=38)
ttacttaTGTAAGCTCCTGGGGATTCACTCGCTTGTCGCCTTCCTGCAACTCGAATTATTTAGAGtatgac > 1:1867474/1‑68 (MQ=14)
acttaTGTAAGCTCCTGGGGATTCACTCGCTTGTCGCCTTCCTGCaa > 1:2455729/1‑47 (MQ=38)
acttaTGTAAGCTCCTGGCGATTCACTCGCTTGTCGCCTTCCTGCAACTCGAatt < 1:3500954/55‑1 (MQ=255)
acttaTGTAAGCTCCTGGCGATTCACTCGCTTGTCGCCTTCCTGCAACTCGAatt < 1:1572313/55‑1 (MQ=255)
cttaTGTAAGCTCCTGGGGATTCACTCGCTTGTCGCCTTCCTGCAACTCGAATTATTTAGAGTATATCCAt < 1:523656/71‑1 (MQ=255)
ttaTGTAAGCTCCTGGGGATTCACTCGCTTGTCGCCTTcc < 1:3739067/40‑1 (MQ=40)
ttaTGTAAGCTCCTGGGGATTCACTCGCTTGTCGCCTTCCTGCAACTCg < 1:2876334/49‑1 (MQ=38)
ttaTGTAAGCTCCTGGGGATTCACTCGCTTGTCGCCTTCCTGCAACTCg < 1:1309146/49‑1 (MQ=38)
ttaTGTAAGCTCCTGGGGATTCACTCGCTTGTCGCCTTCCTGCAACTCGAat > 1:1601487/1‑52 (MQ=35)
ttaTGTAAGCTCCTGGGGATTCACTCGCTTGTCGCCTTCCTGCAACTCGAat > 1:863171/1‑52 (MQ=35)
ttaTGTAAGCTCCTGGGGATTCACTCGCTTGTCGCCTTCCTGCAACTCGAATTATTTAGAGtatg < 1:874342/65‑2 (MQ=18)
aTGTAAGCTCCTGGGGATTCACTCGCTTGTCGCCTTCCTGCAACTCGAATTATTTa > 1:1998904/1‑56 (MQ=35)
aTGTAAGCTCCTGGGGATTCACTCGCTTGTCGCCTTCCTGCAACTCGAATTATTTAGAGTATATCCAtt < 1:3002991/69‑1 (MQ=255)
tGTAAGCTCCTGGGGATTCCCTCGCTTGTCGCCTTCCTGCAACTCGAATTATTTAGAGTATATCCATttat > 1:2937211/1‑71 (MQ=255)
tGTAAGCTCCTGGGGATTCACTCGCTTGTCGCCTTCCTGCAACTCGAATTATTTAGAGTATATCCATtta < 1:3422216/70‑1 (MQ=255)
gTAAGCTCCTGGGGATTCACTCGCTTGTCGCCTTCCTGCAACTCGa > 1:2750880/1‑46 (MQ=38)
gTAAGCTCCTGGGGATTCACTCGCTTGTCGCCTTCCTGCAACTCGAatt < 1:3473125/49‑1 (MQ=38)
aaGCTCCTGGGGATTCACTCGCTTGTCGCCTTCCTGCAACTCGAattat > 1:1353254/1‑49 (MQ=38)
aGCTCCTGGGGATTCACTCGCTTGTCGCCTTCCTGCAACTCGAATTATTTAGAGTATATCCATTTATTATc > 1:235114/1‑71 (MQ=255)
aGCTCCTGGGGATTCACTCGCTTGTCGCCTTCCTGCAACTCGAATTATTTAGAGTATATCCATTTATTATc > 1:2556497/1‑71 (MQ=255)
gCTCCTGGGGATTCACTCGCTTGTCGCCTTCCTGCAACTc < 1:685103/40‑1 (MQ=40)
tCCTGGGGATTCACTCGCTTGTCGCCTTCCTGCAACTCGAATTATTTa < 1:2135328/48‑1 (MQ=38)
cTGGGGATTCACTCGCTTGTCGCCTTCCTGCAACTCGAATTATTTAGAGTATATCCATTTATTATCttt < 1:2486503/69‑1 (MQ=255)
cTGGGGATTCACTCGCTTGTCGCCTTCCTGCAACTCGAATTATTTAGAGTATATCCATTTATTATCTTTCt > 1:1632051/1‑71 (MQ=255)
ggggATTCACTCGCTTGTCGCCTTCCTGCAACTCGAATTATTTAGAGTATATCCATTTATTATCTTTCTgc > 1:3340598/1‑71 (MQ=255)
gggATTCACTCGCTTGTCGCCTTCCTGCAACTCGAATTAttt > 1:3160481/1‑42 (MQ=38)
gggATTCACTCGCTTGTCGCCTTCCTGCAACTCGAATTATTTAGAGTATATCCATTTATTATCTTTCTgcg > 1:3105917/1‑71 (MQ=255)
gggATTCACTCGCTTGTCGCCTTCCTGCAACTCGAATTATTTAGAGTATATCCATTTATTATCTTTCTgcg < 1:2664343/71‑1 (MQ=255)
|
GTTGCATGTGCTGCGTCTGCGTTCGCTCACCCCAGTCACTTACTTATGTAAGCTCCTGGGGATTCACTCGCTTGTCGCCTTCCTGCAACTCGAATTATTTAGAGTATATCCATTTATTATCTTTCTGCG > minE/509796‑509924
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
