Sample Resequencing Stats

Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
ALE, Flask, Isolate Predicted Mutations Mean Coverage Total Reads Percent Mapped Mapped Reads Average Read Length
A5 F28 I2 R1 721 0.0 1472758 54.8% 807071 56.1

Breseq alignment

BRESEQ :: Evidence
Predicted mutation
evidence seq id position mutation annotation gene description
RA W3110S.gb 895,685 C→G R91R (CGC→CGG)  potG → putrescine transporter subunit

Read alignment evidence...
  seq id position ref new freq score (cons/poly) reads annotation genes product
*W3110S.gb895,6850CG99.1% 330.1 / ‑3.6 116coding (273/1134 nt)potGputrescine transporter subunit
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base C (0/0);  major base G (115/0);  minor base . (1/0);  total (116/0)
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.95e-01

Only 100 of 116 total aligned reads displayed.

GCGTCGATTTGTCACAGGTTCCGCCTTACCTGCGCCCCATCAATATGATGTTTCAGTCTTACG  >  W3110S.gb/895651‑895713
                                  |                            
gCGTCGATTTGTCACAGTTGCCGCCTTACCCGCGGCCCATCAATATGATGTTTCAGTCTTAc   >  1:1072351/1‑62 (MQ=255)
gCGTCGATTTGTCACAGGTGCCGCCTTACCTGCGGCCCATCAat                     >  1:396698/1‑44 (MQ=38)
gCGTCGATTTGTCACAGGTGCCGCCTTACCTGCGGCCCATCAATatg                  >  1:386819/1‑47 (MQ=39)
gCGTCGATTTGTCACAGGTGCCGCCTTACCTGCGGCCCATCAATATGATGTTTCAGTCt      >  1:864706/1‑59 (MQ=255)
gCGTCGATTTGTCACAGGTGCCGCCTTACCTGCGGCCCATCAATATGATGTTTCAGTCTTa    >  1:1356469/1‑61 (MQ=255)
gCGTCGATTTGTCACAGGTGCCGCCTTACCTGCGGCCCATCAATATGATGTTTCAGTCTTa    >  1:683725/1‑61 (MQ=255)
gCGTCGATTTGTCACAGGTGCCGCCTTACCTGCGGCCCATCAATATGATGTTTCAGTCTTa    >  1:621806/1‑61 (MQ=255)
gCGTCGATTTGTCACAGGTGCCGCCTTACCTGCGGCCCATCAATATGATGTTTCAGTCTTa    >  1:1365049/1‑61 (MQ=255)
gCGTCGATTTGTCACAGGTGCCGCCTTACCTGCGGCCCATCAATATGATGTTTCAGTCTTa    >  1:1333580/1‑61 (MQ=255)
gCGTCGATTTGTCACAGGTGCCGCCTTACCTGCGGCCCATCAATATGATGTTTCAGTCTTa    >  1:1001862/1‑61 (MQ=255)
gCGTCGATTTGTCACAGGTGCCGCCTTACCTGCGGCCCATCAATATGATGTTTCAGTCTTAc   >  1:620149/1‑62 (MQ=255)
gCGTCGATTTGTCACAGGTGCCGCCTTACCTGCGGCCCATCAATATGATGTTTCAGTCTTAc   >  1:61237/1‑62 (MQ=255)
gCGTCGATTTGTCACAGGTGCCGCCTTACCTGCGGCCCATCAATATGATGTTTCAGTCTTAc   >  1:486253/1‑62 (MQ=255)
gCGTCGATTTGTCACAGGTGCCGCCTTACCTGCGGCCCATCAATATGATGTTTCAGTCTTAc   >  1:600868/1‑62 (MQ=255)
gCGTCGATTTGTCACAGGTGCCGCCTTACCTGCGGCCCATCAATATGATGTTTCAGTCTTAc   >  1:599841/1‑62 (MQ=255)
gCGTCGATTTGTCACAGGTGCCGCCTTACCTGCGGCCCATCAATATGATGTTTCAGTCTTAc   >  1:538269/1‑62 (MQ=255)
gCGTCGATTTGTCACAGGTGCCGCCTTACCTGCGGCCCATCAATATGATGTTTCAGTCTTAc   >  1:517306/1‑62 (MQ=255)
gCGTCGATTTGTCACAGGTGCCGCCTTACCTGCGGCCCATCAATATGATGTTTCAGTCTTAc   >  1:494197/1‑62 (MQ=255)
gCGTCGATTTGTCACAGGTGCCGCCTTACCTGCGGCCCATCAATATGATGTTTCAGTCTTAc   >  1:493727/1‑62 (MQ=255)
gCGTCGATTTGTCACAGGTGCCGCCTTACCTGCGGCCCATCAATATGATGTTTCAGTCTTAc   >  1:490805/1‑62 (MQ=255)
gCGTCGATTTGTCACAGGTGCCGCCTTACCTGCGGCCCATCAATATGATGTTTCAGTCTTAc   >  1:62901/1‑62 (MQ=255)
gCGTCGATTTGTCACAGGTGCCGCCTTACCTGCGGCCCATCAATATGATGTTTCAGTCTTAc   >  1:463412/1‑62 (MQ=255)
gCGTCGATTTGTCACAGGTGCCGCCTTACCTGCGGCCCATCAATATGATGTTTCAGTCTTAc   >  1:447800/1‑62 (MQ=255)
gCGTCGATTTGTCACAGGTGCCGCCTTACCTGCGGCCCATCAATATGATGTTTCAGTCTTAc   >  1:423938/1‑62 (MQ=255)
gCGTCGATTTGTCACAGGTGCCGCCTTACCTGCGGCCCATCAATATGATGTTTCAGTCTTAc   >  1:402862/1‑62 (MQ=255)
gCGTCGATTTGTCACAGGTGCCGCCTTACCTGCGGCCCATCAATATGATGTTTCAGTCTTAc   >  1:396179/1‑62 (MQ=255)
gCGTCGATTTGTCACAGGTGCCGCCTTACCTGCGGCCCATCAATATGATGTTTCAGTCTTAc   >  1:386868/1‑62 (MQ=255)
gCGTCGATTTGTCACAGGTGCCGCCTTACCTGCGGCCCATCAATATGATGTTTCAGTCTTAc   >  1:385839/1‑62 (MQ=255)
gCGTCGATTTGTCACAGGTGCCGCCTTACCTGCGGCCCATCAATATGATGTTTCAGTCTTAc   >  1:377473/1‑62 (MQ=255)
gCGTCGATTTGTCACAGGTGCCGCCTTACCTGCGGCCCATCAATATGATGTTTCAGTCTTAc   >  1:764605/1‑62 (MQ=255)
gCGTCGATTTGTCACAGGTGCCGCCTTACCTGCGGCCCATCAATATGATGTTTCAGTCTTAc   >  1:969010/1‑62 (MQ=255)
gCGTCGATTTGTCACAGGTGCCGCCTTACCTGCGGCCCATCAATATGATGTTTCAGTCTTAc   >  1:950199/1‑62 (MQ=255)
gCGTCGATTTGTCACAGGTGCCGCCTTACCTGCGGCCCATCAATATGATGTTTCAGTCTTAc   >  1:941734/1‑62 (MQ=255)
gCGTCGATTTGTCACAGGTGCCGCCTTACCTGCGGCCCATCAATATGATGTTTCAGTCTTAc   >  1:925239/1‑62 (MQ=255)
gCGTCGATTTGTCACAGGTGCCGCCTTACCTGCGGCCCATCAATATGATGTTTCAGTCTTAc   >  1:914928/1‑62 (MQ=255)
gCGTCGATTTGTCACAGGTGCCGCCTTACCTGCGGCCCATCAATATGATGTTTCAGTCTTAc   >  1:900153/1‑62 (MQ=255)
gCGTCGATTTGTCACAGGTGCCGCCTTACCTGCGGCCCATCAATATGATGTTTCAGTCTTAc   >  1:865273/1‑62 (MQ=255)
gCGTCGATTTGTCACAGGTGCCGCCTTACCTGCGGCCCATCAATATGATGTTTCAGTCTTAc   >  1:836831/1‑62 (MQ=255)
gCGTCGATTTGTCACAGGTGCCGCCTTACCTGCGGCCCATCAATATGATGTTTCAGTCTTAc   >  1:828837/1‑62 (MQ=255)
gCGTCGATTTGTCACAGGTGCCGCCTTACCTGCGGCCCATCAATATGATGTTTCAGTCTTAc   >  1:808529/1‑62 (MQ=255)
gCGTCGATTTGTCACAGGTGCCGCCTTACCTGCGGCCCATCAATATGATGTTTCAGTCTTAc   >  1:793995/1‑62 (MQ=255)
gCGTCGATTTGTCACAGGTGCCGCCTTACCTGCGGCCCATCAATATGATGTTTCAGTCTTAc   >  1:323977/1‑62 (MQ=255)
gCGTCGATTTGTCACAGGTGCCGCCTTACCTGCGGCCCATCAATATGATGTTTCAGTCTTAc   >  1:75922/1‑62 (MQ=255)
gCGTCGATTTGTCACAGGTGCCGCCTTACCTGCGGCCCATCAATATGATGTTTCAGTCTTAc   >  1:75532/1‑62 (MQ=255)
gCGTCGATTTGTCACAGGTGCCGCCTTACCTGCGGCCCATCAATATGATGTTTCAGTCTTAc   >  1:749277/1‑62 (MQ=255)
gCGTCGATTTGTCACAGGTGCCGCCTTACCTGCGGCCCATCAATATGATGTTTCAGTCTTAc   >  1:735689/1‑62 (MQ=255)
gCGTCGATTTGTCACAGGTGCCGCCTTACCTGCGGCCCATCAATATGATGTTTCAGTCTTAc   >  1:731823/1‑62 (MQ=255)
gCGTCGATTTGTCACAGGTGCCGCCTTACCTGCGGCCCATCAATATGATGTTTCAGTCTTAc   >  1:710991/1‑62 (MQ=255)
gCGTCGATTTGTCACAGGTGCCGCCTTACCTGCGGCCCATCAATATGATGTTTCAGTCTTAc   >  1:689601/1‑62 (MQ=255)
gCGTCGATTTGTCACAGGTGCCGCCTTACCTGCGGCCCATCAATATGATGTTTCAGTCTTAc   >  1:681145/1‑62 (MQ=255)
gCGTCGATTTGTCACAGGTGCCGCCTTACCTGCGGCCCATCAATATGATGTTTCAGTCTTAc   >  1:672411/1‑62 (MQ=255)
gCGTCGATTTGTCACAGGTGCCGCCTTACCTGCGGCCCATCAATATGATGTTTCAGTCTTAc   >  1:671967/1‑62 (MQ=255)
gCGTCGATTTGTCACAGGTGCCGCCTTACCTGCGGCCCATCAATATGATGTTTCAGTCTTAc   >  1:1143961/1‑62 (MQ=255)
gCGTCGATTTGTCACAGGTGCCGCCTTACCTGCGGCCCATCAATATGATGTTTCAGTCTTAc   >  1:1285336/1‑62 (MQ=255)
gCGTCGATTTGTCACAGGTGCCGCCTTACCTGCGGCCCATCAATATGATGTTTCAGTCTTAc   >  1:1284686/1‑62 (MQ=255)
gCGTCGATTTGTCACAGGTGCCGCCTTACCTGCGGCCCATCAATATGATGTTTCAGTCTTAc   >  1:127318/1‑62 (MQ=255)
gCGTCGATTTGTCACAGGTGCCGCCTTACCTGCGGCCCATCAATATGATGTTTCAGTCTTAc   >  1:1264274/1‑62 (MQ=255)
gCGTCGATTTGTCACAGGTGCCGCCTTACCTGCGGCCCATCAATATGATGTTTCAGTCTTAc   >  1:1262269/1‑62 (MQ=255)
gCGTCGATTTGTCACAGGTGCCGCCTTACCTGCGGCCCATCAATATGATGTTTCAGTCTTAc   >  1:1253280/1‑62 (MQ=255)
gCGTCGATTTGTCACAGGTGCCGCCTTACCTGCGGCCCATCAATATGATGTTTCAGTCTTAc   >  1:1208593/1‑62 (MQ=255)
gCGTCGATTTGTCACAGGTGCCGCCTTACCTGCGGCCCATCAATATGATGTTTCAGTCTTAc   >  1:1200313/1‑62 (MQ=255)
gCGTCGATTTGTCACAGGTGCCGCCTTACCTGCGGCCCATCAATATGATGTTTCAGTCTTAc   >  1:1197266/1‑62 (MQ=255)
gCGTCGATTTGTCACAGGTGCCGCCTTACCTGCGGCCCATCAATATGATGTTTCAGTCTTAc   >  1:1187184/1‑62 (MQ=255)
gCGTCGATTTGTCACAGGTGCCGCCTTACCTGCGGCCCATCAATATGATGTTTCAGTCTTAc   >  1:1168219/1‑62 (MQ=255)
gCGTCGATTTGTCACAGGTGCCGCCTTACCTGCGGCCCATCAATATGATGTTTCAGTCTTAc   >  1:329244/1‑62 (MQ=255)
gCGTCGATTTGTCACAGGTGCCGCCTTACCTGCGGCCCATCAATATGATGTTTCAGTCTTAc   >  1:1141952/1‑62 (MQ=255)
gCGTCGATTTGTCACAGGTGCCGCCTTACCTGCGGCCCATCAATATGATGTTTCAGTCTTAc   >  1:1116568/1‑62 (MQ=255)
gCGTCGATTTGTCACAGGTGCCGCCTTACCTGCGGCCCATCAATATGATGTTTCAGTCTTAc   >  1:1116343/1‑62 (MQ=255)
gCGTCGATTTGTCACAGGTGCCGCCTTACCTGCGGCCCATCAATATGATGTTTCAGTCTTAc   >  1:1114283/1‑62 (MQ=255)
gCGTCGATTTGTCACAGGTGCCGCCTTACCTGCGGCCCATCAATATGATGTTTCAGTCTTAc   >  1:1102948/1‑62 (MQ=255)
gCGTCGATTTGTCACAGGTGCCGCCTTACCTGCGGCCCATCAATATGATGTTTCAGTCTTAc   >  1:1076673/1‑62 (MQ=255)
gCGTCGATTTGTCACAGGTGCCGCCTTACCTGCGGCCCATCAATATGATGTTTCAGTCTTAc   >  1:1068003/1‑62 (MQ=255)
gCGTCGATTTGTCACAGGTGCCGCCTTACCTGCGGCCCATCAATATGATGTTTCAGTCTTAc   >  1:1057749/1‑62 (MQ=255)
gCGTCGATTTGTCACAGGTGCCGCCTTACCTGCGGCCCATCAATATGATGTTTCAGTCTTAc   >  1:1057635/1‑62 (MQ=255)
gCGTCGATTTGTCACAGGTGCCGCCTTACCTGCGGCCCATCAATATGATGTTTCAGTCTTAc   >  1:1045230/1‑62 (MQ=255)
gCGTCGATTTGTCACAGGTGCCGCCTTACCTGCGGCCCATCAATATGATGTTTCAGTCTTAc   >  1:183634/1‑62 (MQ=255)
gCGTCGATTTGTCACAGGTGCCGCCTTACCTGCGGCCCATCAATATGATGTTTCAGTCTTAc   >  1:341970/1‑62 (MQ=255)
gCGTCGATTTGTCACAGGTGCCGCCTTACCTGCGGCCCATCAATATGATGTTTCAGTCTTAc   >  1:295532/1‑62 (MQ=255)
gCGTCGATTTGTCACAGGTGCCGCCTTACCTGCGGCCCATCAATATGATGTTTCAGTCTTAc   >  1:295229/1‑62 (MQ=255)
gCGTCGATTTGTCACAGGTGCCGCCTTACCTGCGGCCCATCAATATGATGTTTCAGTCTTAc   >  1:281613/1‑62 (MQ=255)
gCGTCGATTTGTCACAGGTGCCGCCTTACCTGCGGCCCATCAATATGATGTTTCAGTCTTAc   >  1:258383/1‑62 (MQ=255)
gCGTCGATTTGTCACAGGTGCCGCCTTACCTGCGGCCCATCAATATGATGTTTCAGTCTTAc   >  1:232589/1‑62 (MQ=255)
gCGTCGATTTGTCACAGGTGCCGCCTTACCTGCGGCCCATCAATATGATGTTTCAGTCTTAc   >  1:222508/1‑62 (MQ=255)
gCGTCGATTTGTCACAGGTGCCGCCTTACCTGCGGCCCATCAATATGATGTTTCAGTCTTAc   >  1:209636/1‑62 (MQ=255)
gCGTCGATTTGTCACAGGTGCCGCCTTACCTGCGGCCCATCAATATGATGTTTCAGTCTTAc   >  1:207909/1‑62 (MQ=255)
gCGTCGATTTGTCACAGGTGCCGCCTTACCTGCGGCCCATCAATATGATGTTTCAGTCTTAc   >  1:192616/1‑62 (MQ=255)
gCGTCGATTTGTCACAGGTGCCGCCTTACCTGCGGCCCATCAATATGATGTTTCAGTCTTAc   >  1:1314682/1‑62 (MQ=255)
gCGTCGATTTGTCACAGGTGCCGCCTTACCTGCGGCCCATCAATATGATGTTTCAGTCTTAc   >  1:159417/1‑62 (MQ=255)
gCGTCGATTTGTCACAGGTGCCGCCTTACCTGCGGCCCATCAATATGATGTTTCAGTCTTAc   >  1:156000/1‑62 (MQ=255)
gCGTCGATTTGTCACAGGTGCCGCCTTACCTGCGGCCCATCAATATGATGTTTCAGTCTTAc   >  1:1469534/1‑62 (MQ=255)
gCGTCGATTTGTCACAGGTGCCGCCTTACCTGCGGCCCATCAATATGATGTTTCAGTCTTAc   >  1:1463000/1‑62 (MQ=255)
gCGTCGATTTGTCACAGGTGCCGCCTTACCTGCGGCCCATCAATATGATGTTTCAGTCTTAc   >  1:1440788/1‑62 (MQ=255)
gCGTCGATTTGTCACAGGTGCCGCCTTACCTGCGGCCCATCAATATGATGTTTCAGTCTTAc   >  1:142642/1‑62 (MQ=255)
gCGTCGATTTGTCACAGGTGCCGCCTTACCTGCGGCCCATCAATATGATGTTTCAGTCTTAc   >  1:1386623/1‑62 (MQ=255)
gCGTCGATTTGTCACAGGTGCCGCCTTACCTGCGGCCCATCAATATGATGTTTCAGTCTTAc   >  1:1373028/1‑62 (MQ=255)
gCGTCGATTTGTCACAGGTGCCGCCTTACCTGCGGCCCATCAATATGATGTTTCAGTCTTAc   >  1:1330912/1‑62 (MQ=255)
gCGTCGATTTGTCACAGGTGCCGCCTTACCTGCG‑GCCATCAATATGATGTTTCAGTCTTAcg  >  1:193720/1‑62 (MQ=255)
gCGTCGATTTGTCACAGGTGCCGCCTTACCTGCAGCCCATCAATATGATGTTTCAGTCTTAc   >  1:672209/1‑62 (MQ=255)
gCGTCGATTTGTCACAGGAGCCGCCTTACCTGCGGCCCATCAATATGATGTTTCAGTCTTAc   >  1:1132422/1‑62 (MQ=255)
gCGTCGATATGTCACAGGTGCCGCCTTACCTGCGGCCCATCAATATGATGTTTCAGTCTTa    >  1:165408/1‑61 (MQ=255)
                                  |                            
GCGTCGATTTGTCACAGGTTCCGCCTTACCTGCGCCCCATCAATATGATGTTTCAGTCTTACG  >  W3110S.gb/895651‑895713

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑

GATK/CNVnator alignment

N/A