Sample Resequencing Stats

Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
ALE, Flask, Isolate Predicted Mutations Mean Coverage Total Reads Percent Mapped Mapped Reads Average Read Length
A5 F28 I2 R1 721 0.0 1472758 54.8% 807071 56.1

Breseq alignment

BRESEQ :: Evidence
Predicted mutation
evidence seq id position mutation annotation gene description
RA W3110S.gb 4,336,252 G→C G357G (GGG→GGC)  proP → proline/glycine betaine transporter

Read alignment evidence...
  seq id position ref new freq score (cons/poly) reads annotation genes product
*W3110S.gb4,336,2520GC78.6% 189.4 / 47.7 98G357G (GGG→GGC) proPproline/glycine betaine transporter
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base G (0/21);  new base C (0/77);  total (0/98)
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.70e-01

ATTAACAGTAACGTCATCGGCCTGATTTTTGCCGGGTTACTGATGCTGGCGGTGATCCTTAACTGCTTTA  >  W3110S.gb/4336217‑4336286
                                   |                                  
aTTAACAGTAACTTCATCGGCCTGATTTTTGCCGGCTTACTGATGCTGGCGGTGATc               <  1:766394/57‑1 (MQ=39)
aTTAACAGTAACGTCATCGGCCTGATTTTTGCCGGCTTACTGATTCTGGCCGTGATc               <  1:407540/57‑1 (MQ=38)
aTTAACAGTAACGTCATCGGCCTGATTTTTGCCGGCTTACTGATGCTGGCGGTGATc               <  1:431791/57‑1 (MQ=255)
aTTAACAGTAACGTCATCGGCCTGATTTTTGCCGGCTTACTGATGCTGGCGGTGATc               <  1:592441/57‑1 (MQ=255)
aTTAACAGTAACGTCATCGGCCTGATTTTTGCCGGCTTACTGATGCTGGCGGTGATc               <  1:575877/57‑1 (MQ=255)
aTTAACAGTAACGTCATCGGCCTGATTTTTGCCGGCTTACTGATGCTGGCGGTGATc               <  1:541053/57‑1 (MQ=255)
aTTAACAGTAACGTCATCGGCCTGATTTTTGCCGGCTTACTGATGCTGGCGGTGATc               <  1:532678/57‑1 (MQ=255)
aTTAACAGTAACGTCATCGGCCTGATTTTTGCCGGCTTACTGATGCTGGCGGTGATc               <  1:513379/57‑1 (MQ=255)
aTTAACAGTAACGTCATCGGCCTGATTTTTGCCGGCTTACTGATGCTGGCGGTGATc               <  1:481363/57‑1 (MQ=255)
aTTAACAGTAACGTCATCGGCCTGATTTTTGCCGGCTTACTGATGCTGGCGGTGATc               <  1:46222/57‑1 (MQ=255)
aTTAACAGTAACGTCATCGGCCTGATTTTTGCCGGCTTACTGATGCTGGCGGTGATc               <  1:449837/57‑1 (MQ=255)
aTTAACAGTAACGTCATCGGCCTGATTTTTGCCGGCTTACTGATGCTGGCGGTGATc               <  1:444902/57‑1 (MQ=255)
aTTAACAGTAACGTCATCGGCCTGATTTTTGCCGGCTTACTGATGCTGGCGGTGATc               <  1:432037/57‑1 (MQ=255)
aTTAACAGTAACGTCATCGGCCTGATTTTTGCCGGCTTACTGATGCTGGCGGTGATc               <  1:594611/57‑1 (MQ=255)
aTTAACAGTAACGTCATCGGCCTGATTTTTGCCGGCTTACTGATGCTGGCGGTGATc               <  1:417652/57‑1 (MQ=255)
aTTAACAGTAACGTCATCGGCCTGATTTTTGCCGGCTTACTGATGCTGGCGGTGATc               <  1:397144/57‑1 (MQ=255)
aTTAACAGTAACGTCATCGGCCTGATTTTTGCCGGCTTACTGATGCTGGCGGTGATc               <  1:384557/57‑1 (MQ=255)
aTTAACAGTAACGTCATCGGCCTGATTTTTGCCGGCTTACTGATGCTGGCGGTGATc               <  1:384475/57‑1 (MQ=255)
aTTAACAGTAACGTCATCGGCCTGATTTTTGCCGGCTTACTGATGCTGGCGGTGATc               <  1:37506/57‑1 (MQ=255)
aTTAACAGTAACGTCATCGGCCTGATTTTTGCCGGCTTACTGATGCTGGCGGTGATc               <  1:335862/57‑1 (MQ=255)
aTTAACAGTAACGTCATCGGCCTGATTTTTGCCGGCTTACTGATGCTGGCGGTGATc               <  1:329534/57‑1 (MQ=255)
aTTAACAGTAACGTCATCGGCCTGATTTTTGCCGGCTTACTGATGCTGGCGGTGATc               <  1:299493/57‑1 (MQ=255)
aTTAACAGTAACGTCATCGGCCTGATTTTTGCCGGCTTACTGATGCTGGCGGTGATc               <  1:27303/57‑1 (MQ=255)
aTTAACAGTAACGTCATCGGCCTGATTTTTGCCGGCTTACTGATGCTGGCGGTGATc               <  1:838931/57‑1 (MQ=255)
aTTAACAGTAACGTCATCGGCCTGATTTTTGCCGGCTTACTGATGCTGGCGGTGATc               <  1:991940/57‑1 (MQ=255)
aTTAACAGTAACGTCATCGGCCTGATTTTTGCCGGCTTACTGATGCTGGCGGTGATc               <  1:98822/57‑1 (MQ=255)
aTTAACAGTAACGTCATCGGCCTGATTTTTGCCGGCTTACTGATGCTGGCGGTGATc               <  1:948257/57‑1 (MQ=255)
aTTAACAGTAACGTCATCGGCCTGATTTTTGCCGGCTTACTGATGCTGGCGGTGATc               <  1:94139/57‑1 (MQ=255)
aTTAACAGTAACGTCATCGGCCTGATTTTTGCCGGCTTACTGATGCTGGCGGTGATc               <  1:900385/57‑1 (MQ=255)
aTTAACAGTAACGTCATCGGCCTGATTTTTGCCGGCTTACTGATGCTGGCGGTGATc               <  1:896926/57‑1 (MQ=255)
aTTAACAGTAACGTCATCGGCCTGATTTTTGCCGGCTTACTGATGCTGGCGGTGATc               <  1:879206/57‑1 (MQ=255)
aTTAACAGTAACGTCATCGGCCTGATTTTTGCCGGCTTACTGATGCTGGCGGTGATc               <  1:85355/57‑1 (MQ=255)
aTTAACAGTAACGTCATCGGCCTGATTTTTGCCGGCTTACTGATGCTGGCGGTGATc               <  1:844568/57‑1 (MQ=255)
aTTAACAGTAACGTCATCGGCCTGATTTTTGCCGGCTTACTGATGCTGGCGGTGATc               <  1:842794/57‑1 (MQ=255)
aTTAACAGTAACGTCATCGGCCTGATTTTTGCCGGCTTACTGATGCTGGCGGTGATc               <  1:34537/57‑1 (MQ=255)
aTTAACAGTAACGTCATCGGCCTGATTTTTGCCGGCTTACTGATGCTGGCGGTGATc               <  1:811376/57‑1 (MQ=255)
aTTAACAGTAACGTCATCGGCCTGATTTTTGCCGGCTTACTGATGCTGGCGGTGATc               <  1:80144/57‑1 (MQ=255)
aTTAACAGTAACGTCATCGGCCTGATTTTTGCCGGCTTACTGATGCTGGCGGTGATc               <  1:753730/57‑1 (MQ=255)
aTTAACAGTAACGTCATCGGCCTGATTTTTGCCGGCTTACTGATGCTGGCGGTGATc               <  1:747174/57‑1 (MQ=255)
aTTAACAGTAACGTCATCGGCCTGATTTTTGCCGGCTTACTGATGCTGGCGGTGATc               <  1:729280/57‑1 (MQ=255)
aTTAACAGTAACGTCATCGGCCTGATTTTTGCCGGCTTACTGATGCTGGCGGTGATc               <  1:720644/57‑1 (MQ=255)
aTTAACAGTAACGTCATCGGCCTGATTTTTGCCGGCTTACTGATGCTGGCGGTGATc               <  1:694487/57‑1 (MQ=255)
aTTAACAGTAACGTCATCGGCCTGATTTTTGCCGGCTTACTGATGCTGGCGGTGATc               <  1:684529/57‑1 (MQ=255)
aTTAACAGTAACGTCATCGGCCTGATTTTTGCCGGCTTACTGATGCTGGCGGTGATc               <  1:616744/57‑1 (MQ=255)
aTTAACAGTAACGTCATCGGCCTGATTTTTGCCGGCTTACTGATGCTGGCGGTGATc               <  1:1081301/57‑1 (MQ=255)
aTTAACAGTAACGTCATCGGCCTGATTTTTGCCGGCTTACTGATGCTGGCGGTGATc               <  1:1412323/57‑1 (MQ=255)
aTTAACAGTAACGTCATCGGCCTGATTTTTGCCGGCTTACTGATGCTGGCGGTGATc               <  1:1402426/57‑1 (MQ=255)
aTTAACAGTAACGTCATCGGCCTGATTTTTGCCGGCTTACTGATGCTGGCGGTGATc               <  1:1397450/57‑1 (MQ=255)
aTTAACAGTAACGTCATCGGCCTGATTTTTGCCGGCTTACTGATGCTGGCGGTGATc               <  1:1373775/57‑1 (MQ=255)
aTTAACAGTAACGTCATCGGCCTGATTTTTGCCGGCTTACTGATGCTGGCGGTGATc               <  1:1056253/57‑1 (MQ=255)
aTTAACAGTAACGTCATCGGCCTGATTTTTGCCGGCTTACTGATGCTGGCGGTGATc               <  1:1347938/57‑1 (MQ=255)
aTTAACAGTAACGTCATCGGCCTGATTTTTGCCGGCTTACTGATGCTGGCGGTGATc               <  1:1335128/57‑1 (MQ=255)
aTTAACAGTAACGTCATCGGCCTGATTTTTGCCGGCTTACTGATGCTGGCGGTGATc               <  1:130707/57‑1 (MQ=255)
aTTAACAGTAACGTCATCGGCCTGATTTTTGCCGGCTTACTGATGCTGGCGGTGATc               <  1:1023219/57‑1 (MQ=255)
aTTAACAGTAACGTCATCGGCCTGATTTTTGCCGGCTTACTGATGCTGGCGGTGATc               <  1:1111139/57‑1 (MQ=255)
aTTAACAGTAACGTCATCGGCCTGATTTTTGCCGGCTTACTGATGCTGGCGGTGATc               <  1:1257071/57‑1 (MQ=255)
aTTAACAGTAACGTCATCGGCCTGATTTTTGCCGGCTTACTGATGCTGGCGGTGATc               <  1:1144634/57‑1 (MQ=255)
aTTAACAGTAACGTCATCGGCCTGATTTTTGCCGGCTTACTGATGCTGGCGGTGATc               <  1:1239040/57‑1 (MQ=255)
aTTAACAGTAACGTCATCGGCCTGATTTTTGCCGGCTTACTGATGCTGGCGGTGATc               <  1:1227522/57‑1 (MQ=255)
aTTAACAGTAACGTCATCGGCCTGATTTTTGCCGGCTTACTGATGCTGGCGGTGATc               <  1:1192570/57‑1 (MQ=255)
aTTAACAGTAACGTCATCGGCCTGATTTTTGCCGGCTTACTGATGCTGGCGGTGATc               <  1:1171015/57‑1 (MQ=255)
aTTAACAGTAACGTCATCGGCCTGATTTTTGCCGGCTTACTGATGCTGGCGGTGATc               <  1:1056160/57‑1 (MQ=255)
aTTAACAGTAACGTCATCGGCCTGATTTTTGCCGGCTTACTGATGCTGGCGGTGATc               <  1:1414980/57‑1 (MQ=255)
aTTAACAGTAACGTCATCGGCCTGATTTTTGCCGGCTTACTGATGCTGGCGGTGATc               <  1:1421046/57‑1 (MQ=255)
aTTAACAGTAACGTCATCGGCCTGATTTTTGCCGGCTTACTGATGCTGGCGGTGATc               <  1:1030880/57‑1 (MQ=255)
aTTAACAGTAACGTCATCGGCCTGATTTTTGCCGGCTTACTGATGCTGGCGGTGATc               <  1:1054225/57‑1 (MQ=255)
aTTAACAGTAACGTCATCGGCCTGATTTTTGCCGGCTTACTGATGCTGGCGGTGATc               <  1:155/57‑1 (MQ=255)
aTTAACAGTAACGTCATCGGCCTGATTTTTGCCGGCTTACTGATGCTGGCGGTGATc               <  1:166965/57‑1 (MQ=255)
aTTAACAGTAACGTCATCGGCCTGATTTTTGCCGGCTTACTGATGCTGGCGGTGATc               <  1:179947/57‑1 (MQ=255)
aTTAACAGTAACGTCATCGGCCTGATTTTTGCCGGCTTACTGATGCTGGCGGTGATc               <  1:1050281/57‑1 (MQ=255)
aTTAACAGTAACGTCATCGGCCTGATTTTTGCCGGCTTACTGATGCTGGCGGTGATc               <  1:208801/57‑1 (MQ=255)
aTTAACAGTAACGTCATCGGCCTGATTTTTGCCGGCTTACTGATGCTGGCGGTGATc               <  1:191455/57‑1 (MQ=255)
aTTAACAGTAACGTCATCGGCCTGATTTTTGCCGGCTTACTGATGCTGGCGGTGATc               <  1:1030983/57‑1 (MQ=255)
aTTAACAGTAACGTCATCGGCCTGATTTTTGCCGGCTTACTGATACTGGCGGTGATc               <  1:1051026/57‑1 (MQ=39)
        tagcGTTATCGGCCTGATTTTTGCCGGGTTACTGATGCTGGCGGTGATCCTTAACTGCTTTa  <  1:141213/59‑1 (MQ=255)
        tAACGTCATCGGCCTGATTTTTGCCGGGTTACTGATGCTGGCGGTGATCCTTAACTGCTTTa  <  1:798830/62‑1 (MQ=255)
        tAACGTCATCGGCCTGATTTTTGCCGGGTTACTGATGCTGGCGGTGATCCTTAACTGCTTTa  <  1:1120718/62‑1 (MQ=255)
        tAACGTCATCGGCCTGATTTTTGCCGGGTTACTGATGCTGGCGGTGATCCTTAACTGCTTTa  <  1:985109/62‑1 (MQ=255)
        tAACGTCATCGGCCTGATTTTTGCCGGGTTACTGATGCTGGCGGTGATCCTTAACTGCTTTa  <  1:794762/62‑1 (MQ=255)
        tAACGTCATCGGCCTGATTTTTGCCGGGTTACTGATGCTGGCGGTGATCCTTAACTGCTTTa  <  1:881762/62‑1 (MQ=255)
        tAACGTCATCGGCCTGATTTTTGCCGGGTTACTGATGCTGGCGGTGATCCTTAACTGCTTTa  <  1:612570/62‑1 (MQ=255)
        tAACGTCATCGGCCTGATTTTTGCCGGGTTACTGATGCTGGCGGTGATCCTTAACTGCTTTa  <  1:1412995/62‑1 (MQ=255)
        tAACGTCATCGGCCTGATTTTTGCCGGGTTACTGATGCTGGCGGTGATCCTTAACTGCTTTa  <  1:296868/62‑1 (MQ=255)
        tAACGTCATCGGCCTGATTTTTGCCGGGTTACTGATGCTGGCGGTGATCCTTAACTGCTTTa  <  1:190586/62‑1 (MQ=255)
        tAACGTCATCGGCCTGATTTTTGCCGGGTTACTGATGCTGGCGGTGATCCTTAACTGCTTTa  <  1:425392/62‑1 (MQ=255)
        tAACGTCATCGGCCTGATTTTTGCCGGGTTACTGATGCTGGCGGTGATCCTTAACTGCTTTa  <  1:1443277/62‑1 (MQ=255)
        tAACGTCATCGGCCTGATTTTTGCCGGGTTACTGATGCTGGCGGTGATCCTTAACTGCTTTa  <  1:1216256/62‑1 (MQ=255)
        tAACGTCATCGGCCTGATTTTTGCCGGGTTACTGATGCTGGCGGTGATCCTTAACTGCTTTa  <  1:611926/62‑1 (MQ=255)
        tAACGTCATCGGCCTGATTTTTGCCGGGTTACTGATGCTGGCGGTGATCCTTAACTGCTTTa  <  1:266407/62‑1 (MQ=255)
        tAACGTCATCGGCCTGATTTTTGCCGGGTTACTGATGCTGGCGGTGATCCTTAACTGCTTTa  <  1:1266408/62‑1 (MQ=255)
        tAACGTCATCGGCCTGATTTTTGCCGGGTTACTGATGCTGGCGGTGATCCTTAACTGCTTTa  <  1:689613/62‑1 (MQ=255)
        tAACGTCATCGGCCTGATTTTTGCCGGGTTACTGATGCTGGCGGTGATCCTTAACTGCTTTa  <  1:1251673/62‑1 (MQ=255)
         aaCGTCATCGGCCTGATTTTTGCCGGGTTACTGATGCTGGCGGTGATCCTTAACTGCTTTa  <  1:1105230/61‑1 (MQ=255)
         aaCGTCATCGGCCTGATTTTTGCCGGGTTACTGATGCTGGCGGTGATCCTTAACTGCTTTa  <  1:265302/61‑1 (MQ=255)
         aaCGTCATCGGCCTGATTTTTGCCGGCTTACTGATGCTGGCGGTGATc               <  1:144911/48‑1 (MQ=255)
           cGTCATCGGCCTGATTTTTGCCGGCTTACTGATGCTGGCGGTGATc               <  1:264884/46‑1 (MQ=255)
              cATCGGCCTGATTTTTGCCGGGTTACTGATGCTGGCGGTGATCCTTAACTGCTTTa  <  1:101774/56‑1 (MQ=255)
                tCGGCCTGATTTTTGCCGGCTTACTGATGCTGGCGGTGATc               <  1:569645/41‑1 (MQ=255)
                                   |                                  
ATTAACAGTAACGTCATCGGCCTGATTTTTGCCGGGTTACTGATGCTGGCGGTGATCCTTAACTGCTTTA  >  W3110S.gb/4336217‑4336286

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑

GATK/CNVnator alignment

N/A