Sample Resequencing Stats

Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
ALE, Flask, Isolate Predicted Mutations Mean Coverage Total Reads Percent Mapped Mapped Reads Average Read Length
A5 F28 I1 R1 826 0.0 88706 74.7% 66263 57.1

Breseq alignment

BRESEQ :: Evidence
Predicted mutation
evidence seq id position mutation annotation gene description
RA W3110S.gb 664,905 A→G S236S (AGT→AGC)  rlpA ← minor lipoprotein

Read alignment evidence...
  seq id position ref new freq score (cons/poly) reads annotation genes product
*W3110S.gb664,9050AG100.0% 152.0 / NA 78S236S (AGT→AGC) rlpAminor lipoprotein
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base A (0/0);  new base G (0/78);  total (0/78)

GTCGTTGGTGCGCCGAGGAAACCGCTACTGGTTACCGGCGCGCCGGTCGGATCTTCGCTT  >  W3110S.gb/664879‑664938
                          |                                 
ggcGTTGGTGCGCCGAGGAAACCGCTGCTGGTTACCGGCGCGCCGGTCGGATCTTCGCtt  <  1:68476/58‑1 (MQ=255)
ggcGTTGGTGCGCCGAGGAAACCGCTGCTGGTTACCGGCGCGCCGGTCGGATCTTCGCtt  <  1:14179/58‑1 (MQ=255)
ggcGTTGGTGCGCCGAGGAAACCGCTGCTGGTTACCGGCGCGCCGGTCGGATCTTCGCtt  <  1:18064/58‑1 (MQ=255)
ggcGTTGGTGCGCCGAGGAAACCGCTGCTGGTTACCGGCGCGCCGGTCGGATCTTCGCtt  <  1:75414/58‑1 (MQ=255)
ggcGTTGGTGCGCCGAGGAAACCGCTGCTGGTTACCGGCGCGCCGGTCGGAGCTTCGCtt  <  1:42340/58‑1 (MQ=255)
gTCGTTGGTGCGCCTAGGAAACCGCTGCTGGTTACCGGCGCGCCGGTCGGATCTTCGCtt  <  1:4569/60‑1 (MQ=255)
gTCGTTGGTGCGCCGAGGAAACCGCTGCTGGTTACCGGCGCGCCGGTCGGATCTTCGCtt  <  1:53072/60‑1 (MQ=255)
gTCGTTGGTGCGCCGAGGAAACCGCTGCTGGTTACCGGCGCGCCGGTCGGATCTTCGCtt  <  1:66030/60‑1 (MQ=255)
gTCGTTGGTGCGCCGAGGAAACCGCTGCTGGTTACCGGCGCGCCGGTCGGATCTTCGCtt  <  1:63840/60‑1 (MQ=255)
gTCGTTGGTGCGCCGAGGAAACCGCTGCTGGTTACCGGCGCGCCGGTCGGATCTTCGCtt  <  1:62446/60‑1 (MQ=255)
gTCGTTGGTGCGCCGAGGAAACCGCTGCTGGTTACCGGCGCGCCGGTCGGATCTTCGCtt  <  1:59551/60‑1 (MQ=255)
gTCGTTGGTGCGCCGAGGAAACCGCTGCTGGTTACCGGCGCGCCGGTCGGATCTTCGCtt  <  1:5882/60‑1 (MQ=255)
gTCGTTGGTGCGCCGAGGAAACCGCTGCTGGTTACCGGCGCGCCGGTCGGATCTTCGCtt  <  1:55333/60‑1 (MQ=255)
gTCGTTGGTGCGCCGAGGAAACCGCTGCTGGTTACCGGCGCGCCGGTCGGATCTTCGCtt  <  1:55247/60‑1 (MQ=255)
gTCGTTGGTGCGCCGAGGAAACCGCTGCTGGTTACCGGCGCGCCGGTCGGATCTTCGCtt  <  1:53721/60‑1 (MQ=255)
gTCGTTGGTGCGCCGAGGAAACCGCTGCTGGTTACCGGCGCGCCGGTCGGATCTTCGCtt  <  1:69189/60‑1 (MQ=255)
gTCGTTGGTGCGCCGAGGAAACCGCTGCTGGTTACCGGCGCGCCGGTCGGATCTTCGCtt  <  1:52678/60‑1 (MQ=255)
gTCGTTGGTGCGCCGAGGAAACCGCTGCTGGTTACCGGCGCGCCGGTCGGATCTTCGCtt  <  1:5208/60‑1 (MQ=255)
gTCGTTGGTGCGCCGAGGAAACCGCTGCTGGTTACCGGCGCGCCGGTCGGATCTTCGCtt  <  1:52053/60‑1 (MQ=255)
gTCGTTGGTGCGCCGAGGAAACCGCTGCTGGTTACCGGCGCGCCGGTCGGATCTTCGCtt  <  1:5164/60‑1 (MQ=255)
gTCGTTGGTGCGCCGAGGAAACCGCTGCTGGTTACCGGCGCGCCGGTCGGATCTTCGCtt  <  1:48361/60‑1 (MQ=255)
gTCGTTGGTGCGCCGAGGAAACCGCTGCTGGTTACCGGCGCGCCGGTCGGATCTTCGCtt  <  1:68614/60‑1 (MQ=255)
gTCGTTGGTGCGCCGAGGAAACCGCTGCTGGTTACCGGCGCGCCGGTCGGATCTTCGCtt  <  1:12276/60‑1 (MQ=255)
gTCGTTGGTGCGCCGAGGAAACCGCTGCTGGTTACCGGCGCGCCGGTCGGATCTTCGCtt  <  1:69266/60‑1 (MQ=255)
gTCGTTGGTGCGCCGAGGAAACCGCTGCTGGTTACCGGCGCGCCGGTCGGATCTTCGCtt  <  1:70070/60‑1 (MQ=255)
gTCGTTGGTGCGCCGAGGAAACCGCTGCTGGTTACCGGCGCGCCGGTCGGATCTTCGCtt  <  1:71778/60‑1 (MQ=255)
gTCGTTGGTGCGCCGAGGAAACCGCTGCTGGTTACCGGCGCGCCGGTCGGATCTTCGCtt  <  1:72903/60‑1 (MQ=255)
gTCGTTGGTGCGCCGAGGAAACCGCTGCTGGTTACCGGCGCGCCGGTCGGATCTTCGCtt  <  1:73538/60‑1 (MQ=255)
gTCGTTGGTGCGCCGAGGAAACCGCTGCTGGTTACCGGCGCGCCGGTCGGATCTTCGCtt  <  1:73692/60‑1 (MQ=255)
gTCGTTGGTGCGCCGAGGAAACCGCTGCTGGTTACCGGCGCGCCGGTCGGATCTTCGCtt  <  1:77079/60‑1 (MQ=255)
gTCGTTGGTGCGCCGAGGAAACCGCTGCTGGTTACCGGCGCGCCGGTCGGATCTTCGCtt  <  1:77876/60‑1 (MQ=255)
gTCGTTGGTGCGCCGAGGAAACCGCTGCTGGTTACCGGCGCGCCGGTCGGATCTTCGCtt  <  1:78962/60‑1 (MQ=255)
gTCGTTGGTGCGCCGAGGAAACCGCTGCTGGTTACCGGCGCGCCGGTCGGATCTTCGCtt  <  1:79502/60‑1 (MQ=255)
gTCGTTGGTGCGCCGAGGAAACCGCTGCTGGTTACCGGCGCGCCGGTCGGATCTTCGCtt  <  1:81307/60‑1 (MQ=255)
gTCGTTGGTGCGCCGAGGAAACCGCTGCTGGTTACCGGCGCGCCGGTCGGATCTTCGCtt  <  1:81886/60‑1 (MQ=255)
gTCGTTGGTGCGCCGAGGAAACCGCTGCTGGTTACCGGCGCGCCGGTCGGATCTTCGCtt  <  1:86540/60‑1 (MQ=255)
gTCGTTGGTGCGCCGAGGAAACCGCTGCTGGTTACCGGCGCGCCGGTCGGATCTTCGCtt  <  1:8852/60‑1 (MQ=255)
gTCGTTGGTGCGCCGAGGAAACCGCTGCTGGTTACCGGCGCGCCGGTCGGATCTTCGCtt  <  1:22064/60‑1 (MQ=255)
gTCGTTGGTGCGCCGAGGAAACCGCTGCTGGTTACCGGCGCGCCGGTCGGATCTTCGCtt  <  1:34816/60‑1 (MQ=255)
gTCGTTGGTGCGCCGAGGAAACCGCTGCTGGTTACCGGCGCGCCGGTCGGATCTTCGCtt  <  1:33607/60‑1 (MQ=255)
gTCGTTGGTGCGCCGAGGAAACCGCTGCTGGTTACCGGCGCGCCGGTCGGATCTTCGCtt  <  1:29266/60‑1 (MQ=255)
gTCGTTGGTGCGCCGAGGAAACCGCTGCTGGTTACCGGCGCGCCGGTCGGATCTTCGCtt  <  1:28576/60‑1 (MQ=255)
gTCGTTGGTGCGCCGAGGAAACCGCTGCTGGTTACCGGCGCGCCGGTCGGATCTTCGCtt  <  1:27886/60‑1 (MQ=255)
gTCGTTGGTGCGCCGAGGAAACCGCTGCTGGTTACCGGCGCGCCGGTCGGATCTTCGCtt  <  1:27618/60‑1 (MQ=255)
gTCGTTGGTGCGCCGAGGAAACCGCTGCTGGTTACCGGCGCGCCGGTCGGATCTTCGCtt  <  1:27169/60‑1 (MQ=255)
gTCGTTGGTGCGCCGAGGAAACCGCTGCTGGTTACCGGCGCGCCGGTCGGATCTTCGCtt  <  1:22633/60‑1 (MQ=255)
gTCGTTGGTGCGCCGAGGAAACCGCTGCTGGTTACCGGCGCGCCGGTCGGATCTTCGCtt  <  1:32779/60‑1 (MQ=255)
gTCGTTGGTGCGCCGAGGAAACCGCTGCTGGTTACCGGCGCGCCGGTCGGATCTTCGCtt  <  1:18642/60‑1 (MQ=255)
gTCGTTGGTGCGCCGAGGAAACCGCTGCTGGTTACCGGCGCGCCGGTCGGATCTTCGCtt  <  1:18526/60‑1 (MQ=255)
gTCGTTGGTGCGCCGAGGAAACCGCTGCTGGTTACCGGCGCGCCGGTCGGATCTTCGCtt  <  1:14353/60‑1 (MQ=255)
gTCGTTGGTGCGCCGAGGAAACCGCTGCTGGTTACCGGCGCGCCGGTCGGATCTTCGCtt  <  1:14349/60‑1 (MQ=255)
gTCGTTGGTGCGCCGAGGAAACCGCTGCTGGTTACCGGCGCGCCGGTCGGATCTTCGCtt  <  1:13524/60‑1 (MQ=255)
gTCGTTGGTGCGCCGAGGAAACCGCTGCTGGTTACCGGCGCGCCGGTCGGATCTTCGCtt  <  1:13113/60‑1 (MQ=255)
gTCGTTGGTGCGCCGAGGAAACCGCTGCTGGTTACCGGCGCGCCGGTCGGATCTTCGCtt  <  1:11066/60‑1 (MQ=255)
gTCGTTGGTGCGCCGAGGAAACCGCTGCTGGTTACCGGCGCGCCGGTCGGATCTTCGCtt  <  1:4012/60‑1 (MQ=255)
gTCGTTGGTGCGCCGAGGAAACCGCTGCTGGTTACCGGCGCGCCGGTCGGATCTTCGCtt  <  1:47018/60‑1 (MQ=255)
gTCGTTGGTGCGCCGAGGAAACCGCTGCTGGTTACCGGCGCGCCGGTCGGATCTTCGCtt  <  1:4461/60‑1 (MQ=255)
gTCGTTGGTGCGCCGAGGAAACCGCTGCTGGTTACCGGCGCGCCGGTCGGATCTTCGCtt  <  1:40903/60‑1 (MQ=255)
gTCGTTGGTGCGCCGAGGAAACCGCTGCTGGTTACCGGCGCGCCGGTCGGATCTTCGCtt  <  1:40450/60‑1 (MQ=255)
gTCGTTGGTGCGCCGAGGAAACCGCTGCTGGTTACCGGCGCGCCGGTCGGATCTTCGCtt  <  1:3900/60‑1 (MQ=255)
gTCGTTGGTGCGCCGAGGAAACCGCTGCTGGTTACCGGCGCGCCGGTCGGATCTTCGCtt  <  1:38547/60‑1 (MQ=255)
gTCGTTGGTGCGCCGAGGAAACCGCTGCTGGTTACCGGCGCGCCGGTCGGATCTTCGCtt  <  1:35947/60‑1 (MQ=255)
gTCGTTGGTGCGCCGAGGAAACCGCTGCTGGTTACCGGCGCGCCGGTCGGATCTTCGCtt  <  1:35292/60‑1 (MQ=255)
gTCGTTGGTGCGCCGAGGAAACCGCTGCTGGTTACCGGCGCGCCGGTCGGATCTTCGCtt  <  1:34984/60‑1 (MQ=255)
gTCGTTGGTGCGCCGAGGAAACCGCTGCTGGTTACCGGCGCGCCGGTCGGAGCTTCGCtt  <  1:64462/60‑1 (MQ=255)
 tCGTTGGTGCGCGGAGGAAACCGCTGCTGGTTACCGGCGCGCCGGTCGGATCTTCGCtt  <  1:79782/59‑1 (MQ=255)
 tCGTTGGTGCGCCGAGGAAACCGCTGCTGGTTACCGGCGCGCCGGTCGGATCTTCGCtt  <  1:61420/59‑1 (MQ=255)
 tCGTTGGTGCGCCGAGGAAACCGCTGCTGGTTACCGGCGCGCCGGTCGGATCTTCGCtt  <  1:44943/59‑1 (MQ=255)
  cGTTTGTGCGCCGAGGAAACCGCTGCTGGTTACCGGCGCGCCGGTCGGATCTTCGCtt  <  1:81917/58‑1 (MQ=255)
  cGTTGGTGCGCCGAGGAAACCGCTGCTGGTTACCGGCGCGCCGGTCGGATCTTCGCtt  <  1:81460/58‑1 (MQ=255)
   gTTGGTGCGCCGAGGAAACCGCTGCTGGTTACCGGCGCGCCGGTCGGATCTTCGCtt  <  1:28214/57‑1 (MQ=255)
      ggTGCGCCGAGGAAACCGCTGCTGGTTAGCGGCGCGCGGGTCGGATCTTCGCtt  <  1:47546/54‑1 (MQ=38)
      ggTGCGCCGAGGAAACCGCTGCTGGTTACCGGCGCGCCGGTCGGATCTTCGCtt  <  1:13016/54‑1 (MQ=255)
        tGCGCGGAGGAAACCGCTGCTGGTTACCGGCGCGCCGGTCGGATCTTCGCtt  <  1:51101/52‑1 (MQ=255)
         gcgcCGAGGAAACCGCTGCTGGTTACCGGCGCGCCGGTCGGATCTTCGCtt  <  1:68269/51‑1 (MQ=255)
          cgcCGAGGAAACCGCTGCTGGTTACCGGCGCGCCGGTCGGATCTTCGCtt  <  1:36210/50‑1 (MQ=255)
                ggAAACCGCTGCTGGTTACCGGCGCGCCGGTCGGATCTTCGCtt  <  1:69647/44‑1 (MQ=255)
                 gAAACCGCTGCTGGTTACCGGCGCGCCGGTCGGATCTTCGCtt  <  1:46991/43‑1 (MQ=255)
                          |                                 
GTCGTTGGTGCGCCGAGGAAACCGCTACTGGTTACCGGCGCGCCGGTCGGATCTTCGCTT  >  W3110S.gb/664879‑664938

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑

GATK/CNVnator alignment

N/A