Sample Resequencing Stats

Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
ALE, Flask, Isolate Predicted Mutations Mean Coverage Total Reads Percent Mapped Mapped Reads Average Read Length
A5 F28 I1 R1 826 0.0 88706 74.7% 66263 57.1

Breseq alignment

BRESEQ :: Evidence
Predicted mutation
evidence seq id position mutation annotation gene description
RA W3110S.gb 4,335,388 T→C L69L (CTT→CTC)  proP → proline/glycine betaine transporter

Read alignment evidence...
  seq id position ref new freq score (cons/poly) reads annotation genes product
*W3110S.gb4,335,3880TC100.0% 199.1 / NA 105L69L (CTT→CTC) proPproline/glycine betaine transporter
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base T (0/0);  new base C (0/105);  total (0/105)

Only 100 of 105 total aligned reads displayed.

CTGACCCCAGCGTGCAGATGGTTGCTGCACTTGCCACTTTCTCCGTTCCCTTTCTGATTCGAC  >  W3110S.gb/4335357‑4335419
                               |                               
cTGACCCCAGCGTGCAGATGGTTGCTGCACTCGCCACTTTCTCCGTTCCCTTTCTGATTCGa   <  1:36554/62‑1 (MQ=255)
 tGACCCCAGCGTGCTGATGGTTGCTGCACTCGCCACTTTCTCCGTTCCCTTTCTGATTCGAc  <  1:73936/62‑1 (MQ=255)
 tGACCCCAGCGTGCAGATGGTTGCTGCACTCGCCACTTTCTCCGTTCGCTTTCTGATTCGAc  <  1:82865/62‑1 (MQ=255)
 tGACCCCAGCGTGCAGATGGTTGCTGCACTCGCCACTTTCTCCGTTCCCTTTCTGATTCGAc  <  1:56248/62‑1 (MQ=255)
 tGACCCCAGCGTGCAGATGGTTGCTGCACTCGCCACTTTCTCCGTTCCCTTTCTGATTCGAc  <  1:62854/62‑1 (MQ=255)
 tGACCCCAGCGTGCAGATGGTTGCTGCACTCGCCACTTTCTCCGTTCCCTTTCTGATTCGAc  <  1:61968/62‑1 (MQ=255)
 tGACCCCAGCGTGCAGATGGTTGCTGCACTCGCCACTTTCTCCGTTCCCTTTCTGATTCGAc  <  1:61796/62‑1 (MQ=255)
 tGACCCCAGCGTGCAGATGGTTGCTGCACTCGCCACTTTCTCCGTTCCCTTTCTGATTCGAc  <  1:61216/62‑1 (MQ=255)
 tGACCCCAGCGTGCAGATGGTTGCTGCACTCGCCACTTTCTCCGTTCCCTTTCTGATTCGAc  <  1:59654/62‑1 (MQ=255)
 tGACCCCAGCGTGCAGATGGTTGCTGCACTCGCCACTTTCTCCGTTCCCTTTCTGATTCGAc  <  1:59395/62‑1 (MQ=255)
 tGACCCCAGCGTGCAGATGGTTGCTGCACTCGCCACTTTCTCCGTTCCCTTTCTGATTCGAc  <  1:59302/62‑1 (MQ=255)
 tGACCCCAGCGTGCAGATGGTTGCTGCACTCGCCACTTTCTCCGTTCCCTTTCTGATTCGAc  <  1:59063/62‑1 (MQ=255)
 tGACCCCAGCGTGCAGATGGTTGCTGCACTCGCCACTTTCTCCGTTCCCTTTCTGATTCGAc  <  1:58634/62‑1 (MQ=255)
 tGACCCCAGCGTGCAGATGGTTGCTGCACTCGCCACTTTCTCCGTTCCCTTTCTGATTCGAc  <  1:5849/62‑1 (MQ=255)
 tGACCCCAGCGTGCAGATGGTTGCTGCACTCGCCACTTTCTCCGTTCCCTTTCTGATTCGAc  <  1:5820/62‑1 (MQ=255)
 tGACCCCAGCGTGCAGATGGTTGCTGCACTCGCCACTTTCTCCGTTCCCTTTCTGATTCGAc  <  1:63392/62‑1 (MQ=255)
 tGACCCCAGCGTGCAGATGGTTGCTGCACTCGCCACTTTCTCCGTTCCCTTTCTGATTCGAc  <  1:54693/62‑1 (MQ=255)
 tGACCCCAGCGTGCAGATGGTTGCTGCACTCGCCACTTTCTCCGTTCCCTTTCTGATTCGAc  <  1:54201/62‑1 (MQ=255)
 tGACCCCAGCGTGCAGATGGTTGCTGCACTCGCCACTTTCTCCGTTCCCTTTCTGATTCGAc  <  1:53658/62‑1 (MQ=255)
 tGACCCCAGCGTGCAGATGGTTGCTGCACTCGCCACTTTCTCCGTTCCCTTTCTGATTCGAc  <  1:52939/62‑1 (MQ=255)
 tGACCCCAGCGTGCAGATGGTTGCTGCACTCGCCACTTTCTCCGTTCCCTTTCTGATTCGAc  <  1:51245/62‑1 (MQ=255)
 tGACCCCAGCGTGCAGATGGTTGCTGCACTCGCCACTTTCTCCGTTCCCTTTCTGATTCGAc  <  1:50341/62‑1 (MQ=255)
 tGACCCCAGCGTGCAGATGGTTGCTGCACTCGCCACTTTCTCCGTTCCCTTTCTGATTCGAc  <  1:10488/62‑1 (MQ=255)
 tGACCCCAGCGTGCAGATGGTTGCTGCACTCGCCACTTTCTCCGTTCCCTTTCTGATTCGAc  <  1:49513/62‑1 (MQ=255)
 tGACCCCAGCGTGCAGATGGTTGCTGCACTCGCCACTTTCTCCGTTCCCTTTCTGATTCGAc  <  1:49005/62‑1 (MQ=255)
 tGACCCCAGCGTGCAGATGGTTGCTGCACTCGCCACTTTCTCCGTTCCCTTTCTGATTCGAc  <  1:71213/62‑1 (MQ=255)
 tGACCCCAGCGTGCAGATGGTTGCTGCACTCGCCACTTTCTCCGTTCCCTTTCTGATTCGAc  <  1:88270/62‑1 (MQ=255)
 tGACCCCAGCGTGCAGATGGTTGCTGCACTCGCCACTTTCTCCGTTCCCTTTCTGATTCGAc  <  1:87426/62‑1 (MQ=255)
 tGACCCCAGCGTGCAGATGGTTGCTGCACTCGCCACTTTCTCCGTTCCCTTTCTGATTCGAc  <  1:80864/62‑1 (MQ=255)
 tGACCCCAGCGTGCAGATGGTTGCTGCACTCGCCACTTTCTCCGTTCCCTTTCTGATTCGAc  <  1:79173/62‑1 (MQ=255)
 tGACCCCAGCGTGCAGATGGTTGCTGCACTCGCCACTTTCTCCGTTCCCTTTCTGATTCGAc  <  1:77576/62‑1 (MQ=255)
 tGACCCCAGCGTGCAGATGGTTGCTGCACTCGCCACTTTCTCCGTTCCCTTTCTGATTCGAc  <  1:767/62‑1 (MQ=255)
 tGACCCCAGCGTGCAGATGGTTGCTGCACTCGCCACTTTCTCCGTTCCCTTTCTGATTCGAc  <  1:75663/62‑1 (MQ=255)
 tGACCCCAGCGTGCAGATGGTTGCTGCACTCGCCACTTTCTCCGTTCCCTTTCTGATTCGAc  <  1:74507/62‑1 (MQ=255)
 tGACCCCAGCGTGCAGATGGTTGCTGCACTCGCCACTTTCTCCGTTCCCTTTCTGATTCGAc  <  1:73262/62‑1 (MQ=255)
 tGACCCCAGCGTGCAGATGGTTGCTGCACTCGCCACTTTCTCCGTTCCCTTTCTGATTCGAc  <  1:72495/62‑1 (MQ=255)
 tGACCCCAGCGTGCAGATGGTTGCTGCACTCGCCACTTTCTCCGTTCCCTTTCTGATTCGAc  <  1:71301/62‑1 (MQ=255)
 tGACCCCAGCGTGCAGATGGTTGCTGCACTCGCCACTTTCTCCGTTCCCTTTCTGATTCGAc  <  1:63317/62‑1 (MQ=255)
 tGACCCCAGCGTGCAGATGGTTGCTGCACTCGCCACTTTCTCCGTTCCCTTTCTGATTCGAc  <  1:70975/62‑1 (MQ=255)
 tGACCCCAGCGTGCAGATGGTTGCTGCACTCGCCACTTTCTCCGTTCCCTTTCTGATTCGAc  <  1:70073/62‑1 (MQ=255)
 tGACCCCAGCGTGCAGATGGTTGCTGCACTCGCCACTTTCTCCGTTCCCTTTCTGATTCGAc  <  1:68832/62‑1 (MQ=255)
 tGACCCCAGCGTGCAGATGGTTGCTGCACTCGCCACTTTCTCCGTTCCCTTTCTGATTCGAc  <  1:68586/62‑1 (MQ=255)
 tGACCCCAGCGTGCAGATGGTTGCTGCACTCGCCACTTTCTCCGTTCCCTTTCTGATTCGAc  <  1:67703/62‑1 (MQ=255)
 tGACCCCAGCGTGCAGATGGTTGCTGCACTCGCCACTTTCTCCGTTCCCTTTCTGATTCGAc  <  1:67162/62‑1 (MQ=255)
 tGACCCCAGCGTGCAGATGGTTGCTGCACTCGCCACTTTCTCCGTTCCCTTTCTGATTCGAc  <  1:66456/62‑1 (MQ=255)
 tGACCCCAGCGTGCAGATGGTTGCTGCACTCGCCACTTTCTCCGTTCCCTTTCTGATTCGAc  <  1:65973/62‑1 (MQ=255)
 tGACCCCAGCGTGCAGATGGTTGCTGCACTCGCCACTTTCTCCGTTCCCTTTCTGATTCGAc  <  1:63684/62‑1 (MQ=255)
 tGACCCCAGCGTGCAGATGGTTGCTGCACTCGCCACTTTCTCCGTTCCCTTTCTGATTCGAc  <  1:49888/62‑1 (MQ=255)
 tGACCCCAGCGTGCAGATGGTTGCTGCACTCGCCACTTTCTCCGTTCCCTTTCTGATTCGAc  <  1:20320/62‑1 (MQ=255)
 tGACCCCAGCGTGCAGATGGTTGCTGCACTCGCCACTTTCTCCGTTCCCTTTCTGATTCGAc  <  1:26446/62‑1 (MQ=255)
 tGACCCCAGCGTGCAGATGGTTGCTGCACTCGCCACTTTCTCCGTTCCCTTTCTGATTCGAc  <  1:48803/62‑1 (MQ=255)
 tGACCCCAGCGTGCAGATGGTTGCTGCACTCGCCACTTTCTCCGTTCCCTTTCTGATTCGAc  <  1:25554/62‑1 (MQ=255)
 tGACCCCAGCGTGCAGATGGTTGCTGCACTCGCCACTTTCTCCGTTCCCTTTCTGATTCGAc  <  1:24814/62‑1 (MQ=255)
 tGACCCCAGCGTGCAGATGGTTGCTGCACTCGCCACTTTCTCCGTTCCCTTTCTGATTCGAc  <  1:24380/62‑1 (MQ=255)
 tGACCCCAGCGTGCAGATGGTTGCTGCACTCGCCACTTTCTCCGTTCCCTTTCTGATTCGAc  <  1:23721/62‑1 (MQ=255)
 tGACCCCAGCGTGCAGATGGTTGCTGCACTCGCCACTTTCTCCGTTCCCTTTCTGATTCGAc  <  1:23596/62‑1 (MQ=255)
 tGACCCCAGCGTGCAGATGGTTGCTGCACTCGCCACTTTCTCCGTTCCCTTTCTGATTCGAc  <  1:23477/62‑1 (MQ=255)
 tGACCCCAGCGTGCAGATGGTTGCTGCACTCGCCACTTTCTCCGTTCCCTTTCTGATTCGAc  <  1:23378/62‑1 (MQ=255)
 tGACCCCAGCGTGCAGATGGTTGCTGCACTCGCCACTTTCTCCGTTCCCTTTCTGATTCGAc  <  1:22937/62‑1 (MQ=255)
 tGACCCCAGCGTGCAGATGGTTGCTGCACTCGCCACTTTCTCCGTTCCCTTTCTGATTCGAc  <  1:21115/62‑1 (MQ=255)
 tGACCCCAGCGTGCAGATGGTTGCTGCACTCGCCACTTTCTCCGTTCCCTTTCTGATTCGAc  <  1:208/62‑1 (MQ=255)
 tGACCCCAGCGTGCAGATGGTTGCTGCACTCGCCACTTTCTCCGTTCCCTTTCTGATTCGAc  <  1:26429/62‑1 (MQ=255)
 tGACCCCAGCGTGCAGATGGTTGCTGCACTCGCCACTTTCTCCGTTCCCTTTCTGATTCGAc  <  1:19588/62‑1 (MQ=255)
 tGACCCCAGCGTGCAGATGGTTGCTGCACTCGCCACTTTCTCCGTTCCCTTTCTGATTCGAc  <  1:18851/62‑1 (MQ=255)
 tGACCCCAGCGTGCAGATGGTTGCTGCACTCGCCACTTTCTCCGTTCCCTTTCTGATTCGAc  <  1:17247/62‑1 (MQ=255)
 tGACCCCAGCGTGCAGATGGTTGCTGCACTCGCCACTTTCTCCGTTCCCTTTCTGATTCGAc  <  1:15277/62‑1 (MQ=255)
 tGACCCCAGCGTGCAGATGGTTGCTGCACTCGCCACTTTCTCCGTTCCCTTTCTGATTCGAc  <  1:14987/62‑1 (MQ=255)
 tGACCCCAGCGTGCAGATGGTTGCTGCACTCGCCACTTTCTCCGTTCCCTTTCTGATTCGAc  <  1:14705/62‑1 (MQ=255)
 tGACCCCAGCGTGCAGATGGTTGCTGCACTCGCCACTTTCTCCGTTCCCTTTCTGATTCGAc  <  1:14100/62‑1 (MQ=255)
 tGACCCCAGCGTGCAGATGGTTGCTGCACTCGCCACTTTCTCCGTTCCCTTTCTGATTCGAc  <  1:12928/62‑1 (MQ=255)
 tGACCCCAGCGTGCAGATGGTTGCTGCACTCGCCACTTTCTCCGTTCCCTTTCTGATTCGAc  <  1:11702/62‑1 (MQ=255)
 tGACCCCAGCGTGCAGATGGTTGCTGCACTCGCCACTTTCTCCGTTCCCTTTCTGATTCGAc  <  1:11567/62‑1 (MQ=255)
 tGACCCCAGCGTGCAGATGGTTGCTGCACTCGCCACTTTCTCCGTTCCCTTTCTGATTCGAc  <  1:10550/62‑1 (MQ=255)
 tGACCCCAGCGTGCAGATGGTTGCTGCACTCGCCACTTTCTCCGTTCCCTTTCTGATTCGAc  <  1:35218/62‑1 (MQ=255)
 tGACCCCAGCGTGCAGATGGTTGCTGCACTCGCCACTTTCTCCGTTCCCTTTCTGATTCGAc  <  1:44434/62‑1 (MQ=255)
 tGACCCCAGCGTGCAGATGGTTGCTGCACTCGCCACTTTCTCCGTTCCCTTTCTGATTCGAc  <  1:44433/62‑1 (MQ=255)
 tGACCCCAGCGTGCAGATGGTTGCTGCACTCGCCACTTTCTCCGTTCCCTTTCTGATTCGAc  <  1:44619/62‑1 (MQ=255)
 tGACCCCAGCGTGCAGATGGTTGCTGCACTCGCCACTTTCTCCGTTCCCTTTCTGATTCGAc  <  1:43014/62‑1 (MQ=255)
 tGACCCCAGCGTGCAGATGGTTGCTGCACTCGCCACTTTCTCCGTTCCCTTTCTGATTCGAc  <  1:4525/62‑1 (MQ=255)
 tGACCCCAGCGTGCAGATGGTTGCTGCACTCGCCACTTTCTCCGTTCCCTTTCTGATTCGAc  <  1:40186/62‑1 (MQ=255)
 tGACCCCAGCGTGCAGATGGTTGCTGCACTCGCCACTTTCTCCGTTCCCTTTCTGATTCGAc  <  1:2692/62‑1 (MQ=255)
 tGACCCCAGCGTGCAGATGGTTGCTGCACTCGCCACTTTCTCCGTTCCCTTTCTGATTCGAc  <  1:3927/62‑1 (MQ=255)
 tGACCCCAGCGTGCAGATGGTTGCTGCACTCGCCACTTTCTCCGTTCCCTTTCTGATTCGAc  <  1:35443/62‑1 (MQ=255)
 tGACCCCAGCGTGCAGATGGTTGCTGCACTCGCCACTTTCTCCGTTCCCTTTCTGATTCGAc  <  1:34260/62‑1 (MQ=255)
 tGACCCCAGCGTGCAGATGGTTGCTGCACTCGCCACTTTCTCCGTTCCCTTTCTGATTCGAc  <  1:33935/62‑1 (MQ=255)
 tGACCCCAGCGTGCAGATGGTTGCTGCACTCGCCACTTTCTCCGTTCCCTTTCTGATTCGAc  <  1:32374/62‑1 (MQ=255)
 tGACCCCAGCGTGCAGATGGTTGCTGCACTCGCCACTTTCTCCGTTCCCTTTCTGATTCGAc  <  1:31902/62‑1 (MQ=255)
 tGACCCCAGCGTGCAGATGGTTGCTGCACTCGCCACTTTCTCCGTTCCCTTTCTGATTCGAc  <  1:30834/62‑1 (MQ=255)
 tGACCCCAGCGTGCAGATGGTTGCTGCACTCGCCACTTTCTCCGTTCCCTTTCTGATTCGAc  <  1:28221/62‑1 (MQ=255)
 tGACCCCAGCGTGCAGATGGTTGCTGCACTCGCCACTTTCTCCGTTCCCTTTCTGATTCGAc  <  1:27826/62‑1 (MQ=255)
 tGACCCCAGCGTGCAGATGGTTGCTGCACTCGCCACTTTCTCCGTTCCCTTTCTGATTCGAc  <  1:26960/62‑1 (MQ=255)
 tGACCCCAGCGTGCAGATGGTTGCTGCACTCGCCACTTTCTCCGTTCCCTTTCTGATTCGAc  <  1:46615/62‑1 (MQ=255)
 tGACCCCAGCGTGCAGATGGTTGCTGCACTCGCCACTTTCTCCGTTCCCTTGCTGATTCGAc  <  1:51011/62‑1 (MQ=255)
  gACCCCAGCGTGCAGATGGTTGCTGCACTCGCCACTTTCTCCGTTCCCTTTCTGATTCGAc  <  1:57574/61‑1 (MQ=255)
  gACCCCAGCGTGCAGATGGTTGCTGCACTCGCCACTTTCTCCGTTCCCTTTCTGATTCGAc  <  1:7660/61‑1 (MQ=255)
  gACCCCAGCGTGCAGATGGTTGCTGCACTCGCCACTTTCTCCGTTCCCTTTCTGATTCGAc  <  1:63231/61‑1 (MQ=255)
     cccAGCGTGCAGATGGTTGCTGCACTCGCCACTTTCTCCGTTCCCTTTCTGATTCGAc  <  1:45641/58‑1 (MQ=255)
       cAGCGTGCAGATGGTTGCTGCACTCGCCACTTTCTCCGTTCCCTTTCTGATTCGAc  <  1:74374/56‑1 (MQ=255)
            tGCAGATGGTTGCTGCACTCGCCACTTTCTCCGTTCCCTTTCTGATTCGAc  <  1:84467/51‑1 (MQ=255)
             gCAGATGGTTGCTGCACTCGCCACTTTCTCCGTTCCCTTTCTGATTCGAc  <  1:40549/50‑1 (MQ=255)
                               |                               
CTGACCCCAGCGTGCAGATGGTTGCTGCACTTGCCACTTTCTCCGTTCCCTTTCTGATTCGAC  >  W3110S.gb/4335357‑4335419

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑

GATK/CNVnator alignment

N/A