Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F28 I2 R1
|
330 |
0.0 |
2544031 |
91.9% |
2337964 |
62.1 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
W3110S.gb |
1,265,644 |
C→T |
L118L (CTC→CTT) |
hemA → |
glutamyl tRNA reductase |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | W3110S.gb | 1,265,644 | 0 | C | T | 100.0%
| 164.4
/ NA
| 48 | L118L (CTC→CTT) | hemA | glutamyl tRNA reductase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); new base T (19/29); total (19/29) |
GCCAGCGGCCTGGATTCACTGGTTCTGGGGGAGCCGCAGATCCTCGGTCAGGTTAAAAAAGCGTTTGCCGATTCGCAAAAAGGTCATA > W3110S.gb/1265600‑1265687
|
gCCAGCGGCCTGGATTCTCTGGTTCTGGGGGAGCCGCAGATCCTTGGTCAGGTTAAAAAAGCGtt > 1:1991603/1‑65 (MQ=255)
gCCAGCGGCCTGGATTCACTGGTTCTGGGGGAGCCGCAGATCCTTGGTCAGGTTAAAAAAGCGtt > 1:939736/1‑65 (MQ=255)
gCCAGCGGCCTGGATTCACTGGTTCTGGGGGAGCCGCAGATCCTTGGTCAGGTTAAAAAAGCGtt > 1:283212/1‑65 (MQ=255)
gCCAGCGGCCTGGATTCACTGGTTCTGGGGGAGCCGCAGATCCTTGGTCAGGTTAAAAAAGCGtt > 1:1494908/1‑65 (MQ=255)
gCCAGCGGCCTGGATTCACTGGTTCTGGGGGAGCCGCAGATCCTTGGTCAGGTTAAAAAAGCGtt > 1:1183982/1‑65 (MQ=255)
gCCAGCGGCCTGGATTCACTGGTTCTGGGGGAGCCGCAGATCCTTGGTCAGGTTAAAAAAGCGt > 1:870418/1‑64 (MQ=255)
cTGGTTCTGGGGGAGCCGCAGATCCTTGGTCAGGTTAAAAAAGCGTTTGCCGATTCGCAAAAAg < 1:79748/64‑1 (MQ=255)
cTGGTTCTGGGGGAGCCGCAGATCCTTGGTCAGGTTAAAAAAGCGTTTGCCGATTCGCAAAAAg < 1:72578/64‑1 (MQ=255)
cTGGTTCTGGGGGAGCCGCAGATCCTTGGTCAGGTTAAAAAAGCGTTTGCCGATTCGCAAAAAg < 1:70418/64‑1 (MQ=255)
cTGGTTCTGGGGGAGCCGCAGATCCTTGGTCAGGTTAAAAAAGCGTTTGCCGATTCGCAAAAAg < 1:49349/64‑1 (MQ=255)
cTGGTTCTGGGGGAGCCGCAGATCCTTGGTCAGGTTAAAAAAGCGTTTGCCGATTCGCAAAAAg < 1:347126/64‑1 (MQ=255)
cTGGTTCTGGGGGAGCCGCAGATCCTTGGTCAGGTTAAAAAAGCGTTTGCCGATTCGCAAAAAg < 1:271445/64‑1 (MQ=255)
cTGGTTCTGGGGGAGCCGCAGATCCTTGGTCAGGTTAAAAAAGCGTTTGCCGATTCGCAAAAAg < 1:265176/64‑1 (MQ=255)
cTGGTTCTGGGGGAGCCGCAGATCCTTGGTCAGGTTAAAAAAGCGTTTGCCGATTCGCAAAAAg < 1:2484667/64‑1 (MQ=255)
cTGGTTCTGGGGGAGCCGCAGATCCTTGGTCAGGTTAAAAAAGCGTTTGCCGATTCGCAAAAAg < 1:2458219/64‑1 (MQ=255)
cTGGTTCTGGGGGAGCCGCAGATCCTTGGTCAGGTTAAAAAAGCGTTTGCCGATTCGCAAAAAg < 1:2258338/64‑1 (MQ=255)
cTGGTTCTGGGGGAGCCGCAGATCCTTGGTCAGGTTAAAAAAGCGTTTGCCGATTCGCAAAAAg < 1:2074167/64‑1 (MQ=255)
cTGGTTCTGGGGGAGCCGCAGATCCTTGGTCAGGTTAAAAAAGCGTTTGCCGATTCGCAAAAAg < 1:2091553/64‑1 (MQ=255)
cTGGTTCTGGGGGAGCCGCAGATCCTTGGTCAGGTTAAAAAAGCGTTTGCCGATTCGCAAAAAg < 1:198746/64‑1 (MQ=255)
cTGGTTCTGGGGGAGCCGCAGATCCTTGGTCAGGTTAAAAAAGCGTTTGCCGATTCGCAAAAAg < 1:1183052/64‑1 (MQ=255)
cTGGTTCTGGGGGAGCCGCAGATCCTTGGTCAGGTTAAAAAAGCGTTTGCCGATTCGCAAAAAg < 1:1478490/64‑1 (MQ=255)
cTGGTTCTGGGGGAGCCGCAGATCCTTGGTCAGGTTAAAAAAGCGTTTGCCGATTCGCAAAAAg < 1:1482060/64‑1 (MQ=255)
cTGGTTCTGGGGGAGCCGCAGATCCTTGGTCAGGTTAAAAAAGCGTTTGCCGATTCGCAAAAAg < 1:1972541/64‑1 (MQ=255)
cTGGTTCTGGGGGAGCCGCAGATCCTTGGTCAGGTTAAAAAAGCGTTTGCCGATTCGCAAAAAg < 1:1707062/64‑1 (MQ=255)
cTGGTTCTGGGGGAGCCGCAGATCCTTGGTCAGGTTAAAAAAGCGTTTGCCGATTCGCAAAAAg < 1:1712035/64‑1 (MQ=255)
cTGGTTCTGGGGGAGCCGCAGATCCTTGGTCAGGTTAAAAAAGCGTTTGCCGATTCGCAAAAAg < 1:1842122/64‑1 (MQ=255)
cTGGTTCTGGGGGAGCCGCAGATCCTTGGTCAGGTTAAAAAAGCGTTTGCCGATTCGCAAAAAg < 1:1416844/64‑1 (MQ=255)
cTGGTTCTGGGGGAGCCGCAGATCCTTGGTCAGGTTAAAAAAGCGTTTGCCGATTCGCAAAAAg < 1:1394218/64‑1 (MQ=255)
tGGTTCTGGGGGAGCCGCAGATCCTTGGTCAGGTTAAAAAAGCGTTTGCCGATTCGCAAAAAg < 1:1770561/63‑1 (MQ=255)
tGGTTCTGGGGGAGCCGCAGATCCTTGGTCAGGTTAAAAAAGCGTTTGCCGATTCGCAAAAAg < 1:1061573/63‑1 (MQ=255)
tGGTTCTGGGGGAGCCGCAGATCCTTGGTCAGGTTAAAAAAGCGTTTGCCGATTCGCAAAAAg < 1:515222/63‑1 (MQ=255)
tGGTTCTGGGGGAGCCGCAGATCCTTGGTCAGGTTAAAAAAGCGTTTGCCGATTCGCAAAAAg < 1:1642091/63‑1 (MQ=255)
cTGGGGGAGCCGCAGATCCTTGGTCAGGTTAAAAAAGCGTTTGCCGATTCGCGAAAAGGTCata > 1:1461449/1‑64 (MQ=255)
cTGGGGGAGCCGCAGATCCTTGGTCAGGTTAAAAAAGCGTTTGCCGATTCGCAAAAAGGTCata > 1:61081/1‑64 (MQ=255)
cTGGGGGAGCCGCAGATCCTTGGTCAGGTTAAAAAAGCGTTTGCCGATTCGCAAAAAGGTCata > 1:533534/1‑64 (MQ=255)
cTGGGGGAGCCGCAGATCCTTGGTCAGGTTAAAAAAGCGTTTGCCGATTCGCAAAAAGGTCata > 1:742842/1‑64 (MQ=255)
cTGGGGGAGCCGCAGATCCTTGGTCAGGTTAAAAAAGCGTTTGCCGATTCGCAAAAAGGTCata > 1:1275219/1‑64 (MQ=255)
cTGGGGGAGCCGCAGATCCTTGGTCAGGTTAAAAAAGCGTTTGCCGATTCGCAAAAAGGTCata > 1:269179/1‑64 (MQ=255)
cTGGGGGAGCCGCAGATCCTTGGTCAGGTTAAAAAAGCGTTTGCCGATTCGCAAAAAGGTCata > 1:1659370/1‑64 (MQ=255)
cTGGGGGAGCCGCAGATCCTTGGTCAGGTTAAAAAAGCGTTTGCCGATTCGCAAAAAGGTCata > 1:2391433/1‑64 (MQ=255)
cTGGGGGAGCCGCAGATCCTTGGTCAGGTTAAAAAAGCGTTTGCCGATTCGCAAAAAGGTCata > 1:2309229/1‑64 (MQ=255)
cTGGGGGAGCCGCAGATCCTTGGTCAGGTTAAAAAAGCGTTTGCCGATTCGCAAAAAGGTCata > 1:2222314/1‑64 (MQ=255)
cTGGGGGAGCCGCAGATCCTTGGTCAGGTTAAAAAAGCGTTTGCCGATTCGCAAAAAGGTCata > 1:2174072/1‑64 (MQ=255)
cTGGGGGAGCCGCAGATCCTTGGTCAGGTTAAAAAAGCGTTTGCCGATTCGCAAAAAGGTCata > 1:1853418/1‑64 (MQ=255)
cTGGGGGAGCCGCAGATCCTTGGTCAGGTTAAAAAAGCGTTTGCCGATTCGCAAAAAGGTCata > 1:1862830/1‑64 (MQ=255)
ggAGCCGCAGATCCTTGGTCAGGTTAAAAAAGCGTTTGCCGATTCGCAAAAAg < 1:2038199/53‑1 (MQ=255)
aTCCTTGGTCAGGTTAAAAAAGCGTTTGCCGATTCGCAAAAAg < 1:984408/43‑1 (MQ=255)
aTCCTTGGTCAGGTTAAAAAAGCGTTTGCCGATTCGCAAAAAg < 1:2139066/43‑1 (MQ=255)
|
GCCAGCGGCCTGGATTCACTGGTTCTGGGGGAGCCGCAGATCCTCGGTCAGGTTAAAAAAGCGTTTGCCGATTCGCAAAAAGGTCATA > W3110S.gb/1265600‑1265687
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
