Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F28 I1 R1
|
354 |
41.7 |
3110465 |
93.1% |
2895842 |
61.9 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
W3110S.gb |
1,265,644 |
C→T |
L118L (CTC→CTT) |
hemA → |
glutamyl tRNA reductase |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | W3110S.gb | 1,265,644 | 0 | C | T | 100.0%
| 75.2
/ NA
| 24 | L118L (CTC→CTT) | hemA | glutamyl tRNA reductase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); new base T (19/5); total (19/5) |
GCGTGTTGCCAGCGGCCTGGATTCACTGGTTCTGGGGGAGCCGCAGATCCTCGGTCAGGTTAAAAAAGCGTTTGCCGATTCGCAAAAAGGTCATATGAAGGCCA > W3110S.gb/1265593‑1265696
|
gCGTGTTGCCAGCGGCCTGGATTCACTGGTTCTGGGGGAGCCGCAGATCCTTGGTCAGGTTaa > 1:1416451/1‑63 (MQ=255)
gCGTGTTGCCAGCGGCCTGGATTCACTGGTTCTGGGGGAGCCGCAGATCCTTGGTCAGGTTaa > 1:2912297/1‑63 (MQ=255)
gCGTGTTGCCAGCGGCCTGGATTCACTGGTTCTGGGGGAGCCGCAGATCCTTGGTCAGGTTaa > 1:284417/1‑63 (MQ=255)
gCGTGTTGCCAGCGGCCTGGATTCACTGGTTCTGGGGGAGCCGCAGATCCTTGGTCAGGTTaa > 1:2770444/1‑63 (MQ=255)
gCGTGTTGCCAGCGGCCTGGATTCACTGGTTCTGGGGGAGCCGCAGATCCTTGGTCAGGTTaa > 1:2708691/1‑63 (MQ=255)
gCGTGTTGCCAGCGGCCTGGATTCACTGGTTCTGGGGGAGCCGCAGATCCTTGGTCAGGTTaa > 1:2704680/1‑63 (MQ=255)
gCGTGTTGCCAGCGGCCTGGATTCACTGGTTCTGGGGGAGCCGCAGATCCTTGGTCAGGTTaa > 1:2329569/1‑63 (MQ=255)
gCGTGTTGCCAGCGGCCTGGATTCACTGGTTCTGGGGGAGCCGCAGATCCTTGGTCAGGTTaa > 1:1862446/1‑63 (MQ=255)
gCGTGTTGCCAGCGGCCTGGATTCACTGGTTCTGGGGGAGCCGCAGATCCTTGGTCAGGTTaa > 1:1800683/1‑63 (MQ=255)
gCGTGTTGCCAGCGGCCTGGATTCACTGGTTCTGGGGGAGCCGCAGATCCTTGGTCAGGTTaa > 1:174476/1‑63 (MQ=255)
gCGTGTTGCCAGCGGCCTGGATTCACTGGTTCTGGGGGAGCCGCAGATCCTTGGTCAGGTTaa > 1:1572898/1‑63 (MQ=255)
gCGTGTTGCCAGCGGCCTGGATTCACTGGTTCTGGGGGAGCCGCAGATCCTTGGTCAGGTTaa > 1:14643/1‑63 (MQ=255)
gCGTGTTGCCAGCGGCCTGGATTCACTGGTTCTGGGGGAGCCGCAGATCCTTGGTCAGGTTaa > 1:1204831/1‑63 (MQ=255)
gCGTGTT‑CCAGCGGCCTGGATTCACTGGTTCTGGGGGAGCCGCAGATCCTTGGTCAGGTTaaaaa > 1:1475921/1‑65 (MQ=255)
ggTTCTGGGGGAGCCGCAGATCCTTGGTCAGGTTAAAAAAGCGTTTGCCGATTCGCAAAAAgg > 1:440982/1‑63 (MQ=255)
ggTTCTGGGGGAGCCGCAGATCCTTGGTCAGGTTAAAAAAGCGTTTGCCGATTCGCAAAAAGGt > 1:1929914/1‑64 (MQ=255)
ggTTCTGGGGGAGCCGCAGATCCTTGGTCAGGTTAAAAAAGCGTTTGCCGATTCGCAAAAAGGt > 1:274383/1‑64 (MQ=255)
ggTTCTGGGGGAGCCGCAGATCCTTGGTCAGGTTAAAAAAGCGTTTGCCGATTCGCAAAAAGGt > 1:436054/1‑64 (MQ=255)
ggTTCTGGGGGAGCAGCAGATCCTTGGTCAGGTTAAAAAAGCGTTTGCCGATTCGCAAAAAGGt > 1:1503132/1‑64 (MQ=255)
tCCTTGGTCAGGTTAAAAAAGCGTTTGCCGATTCGCAAAAAGGTCATATGAAGGCCa < 1:1690082/57‑1 (MQ=255)
tCCTTGGTCAGGTTAAAAAAGCGTTTGCCGATTCGCAAAAAGGTCATATGAAGGCCa < 1:1575803/57‑1 (MQ=255)
tCCTTGGTCAGGTTAAAAAAGCGTTTGCCGATTCGCAAAAAGGTCATATGAAGGCCa < 1:2729519/57‑1 (MQ=255)
tCCTTGGTCAGGTTAAAAAAGCGTTTGCCGATTCGCAAAAAGGTCATATGAAGGCCa < 1:3099590/57‑1 (MQ=255)
tCCTTGGTCAGGTTAAAAAAGCGTTTGCCGATTCGCAAAAAGGTCATATGAAGGCCa < 1:612990/57‑1 (MQ=255)
|
GCGTGTTGCCAGCGGCCTGGATTCACTGGTTCTGGGGGAGCCGCAGATCCTCGGTCAGGTTAAAAAAGCGTTTGCCGATTCGCAAAAAGGTCATATGAAGGCCA > W3110S.gb/1265593‑1265696
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
