Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A2 F17 I0 R2
|
278 |
43.2 |
2215644 |
94.6% |
2095999 |
61.4 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
minE |
2,971,396 |
T→C |
13.9% |
V71A (GTG→GCG) |
serB → |
3‑phosphoserine phosphatase |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | minE | 2,971,396 | 0 | T | C | 13.9%
| 93.6
/ 10.9
| 44 | V71A (GTG→GCG) | serB | 3‑phosphoserine phosphatase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (17/20); new base C (3/3); total (20/24) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.91e-01 |
TAAACAACGTCTGACCCAATACCAGAGCAAACTGGGTGCGGCGATGGTGATTGTTGCCGCCTGGTGCGTGGAAGATTATCAGGTGATTCGTCTGGCAGGTTCACTCACCGCACGGGCTACACGCCTGGCCCACG > minE/2971328‑2971461
|
tAAACAACGTCTGACCCAATACCAGAGCAAACTGGGTGCGGCGATGGTGATTGTTGCCGCCTGGTGCGTg > 1:990284/1‑70 (MQ=255)
tAAACAACGTCTGACCCAATACCAGAGCAAACTGGGTGCGGCGATGGTGATTGTTGCCGCCTGGTGCGTg > 1:1637164/1‑70 (MQ=255)
aacaacGTCTGACCCAATACCAGAGCAAACTGGGTGCGGCGATGGTGATTGTTGCCGCCTGGTGCGCGGaa < 1:665071/71‑1 (MQ=255)
acaacGTCTGACCCAATACCAGAGCAAACTGGGTGCGGCGATGGTGATTGTTGCCGCCTGGTGCGTGGa > 1:896859/1‑69 (MQ=255)
acaacGTCTGACCCAATACCAGAGCAAACTGGGTGCGGCGATGGTGATTGTTGCCGCCTGGTGCGTGGAAg < 1:588761/71‑1 (MQ=255)
caacGTCTGACCCAATACCAGAGCAAACTGGGTGCGGCGATGGTGATTGTTGCCGCCTGGTGCGTgg > 1:915142/1‑67 (MQ=255)
cGTCTGACCCAATACCAGAGCAAACTGGGTGCGGCGATGGTGATTGTTGCCGCCTGGTGCGCGGAAGATTa < 1:2034078/71‑1 (MQ=255)
gTCTGACCCAATACCAGAGCAAACTGGGTGCGGCGATGGTGATTGTTGCCGCCTGGTGCGTGGAAGATTAt > 1:20557/1‑71 (MQ=255)
tGACCCAATACCAGAGCAAACTGGGTGCGGCGATGGTGATTGTTGCCGCCTGGTGCGTGGAAGATTAt > 1:1423374/1‑68 (MQ=255)
tGACCCAATACCAGAGCAAACTGGGTGCGGCGATGGTGATTGTTGCCGCCTGGTGCGTGGAAGATTATCAg > 1:959341/1‑71 (MQ=255)
tGACCCAATACCAGAGCAAACTGGGTGCGGCGATGGTGATTGTTGCCGCCTGGTGCGTGGAAGATTATCAg > 1:561565/1‑71 (MQ=255)
aCCCAATACCAGAGCAAACTGGGTGCGGCGATGGTGATTGTTGCCGCCTGGTGCGTGGAAGATTATCAGGt < 1:1837701/71‑1 (MQ=255)
cccAATACCAGAGCAAACTGGGTGCGGCGATGGTGATTGTTGCCGCCTGGTGCGTGGAAGATTATCAGGTg < 1:319795/71‑1 (MQ=255)
aaTACCAGAGCAAACTGGGTGCGGCGATGGTGATTGTTGCCGCCTGGTGCGTGGAAGATTAt > 1:2010541/1‑62 (MQ=255)
aTACCAGAGCAAACTGGGTGCGGCGATGGTGATTGTTGCCGCCTGGTGCGTGGAAGATTATCAGGTGa < 1:678389/68‑1 (MQ=255)
tACCAGAGCAAACTGGGTGCGGCGATGGTGATTGTTGCCGCCTGGTGCGTGGAAGATTATCAGGTGATTCg < 1:2151314/71‑1 (MQ=255)
tACCAGAGCAAACTGGGTGCGGCGATGGTGATTGTTGCCGCCTGGTGCGTGGAAGATTATCAGGTGATTCg < 1:2084331/71‑1 (MQ=255)
aCCAGAGCAAACTGGGTGCGGCGATGGTGATTGTTGCCGCCTGGTGCGTGGAAGATTATCAGGTGATTCGt > 1:1083486/1‑71 (MQ=255)
agagCAAACTGGGTGCGGCGATGGTGATTGTTGCCGCCTGGTGCGTGGAAGATTATCAGGTGATTCGTCTg > 1:1211964/1‑71 (MQ=255)
gagCAAACTGGGTGCGGCGATGGTGATTGTTGCCGCCTGGTGCGTGGAAGATTATCAGGTGATTCGTCTgg > 1:928804/1‑71 (MQ=255)
cAAACTGGGTGCGGCGATGGTGATTGTTGCCGCCTGGTGCGTGGAAGATTATCAGGTGATTCGTCt < 1:235895/66‑1 (MQ=255)
cAAACTGGGTGCGGCGATGGTGATTGTTGCCGCCTGGTGCGCGGAAGATTATCAGGt > 1:1037600/1‑57 (MQ=255)
aCTGGGTGCGGCGATGGTGATTGTTGCCGCCTGGTGCGTGGAAGATTATCAGGTGATTCGTCTGGCAGGtt < 1:18562/71‑1 (MQ=255)
aCTGGGTGCGGCGATGGTGATTGTTGCCGCCTGGTGCGTGGAAGATTATCAGGTGATTCGTCTGGCAGGtt < 1:46095/71‑1 (MQ=255)
aCTGGGTGCGGCGATGGTGATTGTTGCCGCCTGGTGCGTGGAAGATTATCAGGTGATTCGTCTGGCAGGtt < 1:472727/71‑1 (MQ=255)
gTGCGGCGATGGTGATTGTTGCCGCCTGGTGCGTGGAAGATTATCAGGTGATTCGTCTGGCAGGTtcactc < 1:1175742/71‑1 (MQ=255)
gTGCGGCGATGGTGATTGTTGCCGCCTGGTGCGTGGAAGATTATCAGGTGATTCGTCTGGCAGGTtcactc < 1:1907522/71‑1 (MQ=255)
gTGCGGCGATGGTGATTGTTGCCGCCTGGTGCGTGGAAGATTATCAGGTGATTCGTCTGGCAGGTtcactc < 1:1800098/71‑1 (MQ=255)
gTGCGGCGATGGTGATTGTTGCCGCCTGGTGCGTGGAAGATTATCAGGTGATTCGTCTGGCAGGTtcactc < 1:901747/71‑1 (MQ=255)
cggcgATGGTGATTGTTGCCGCCTTGTGCGTGGAAGATTATCAGGTGATTCGTCTGGCAGGTtcactcac < 1:2099171/70‑1 (MQ=255)
gcgATGGTGATTGTTGCCGCCTGGTGCGTGGAAGa < 1:1822818/35‑1 (MQ=255)
gcgATGGTGATTGTTGCCGCCTGGTGCGTGGAAGa < 1:816842/35‑1 (MQ=255)
aTGGTGATTGTTGCCGCCTGGTGCGTGGAAGATTATCAGGTGATTCGTCTGGCAGGTtcactca > 1:645775/1‑64 (MQ=255)
gTGATTGTTGCCGCCTGGTGCGTGGAAGATTATCAGGTGATTCGTCTGGCAGGTtcac > 1:17924/1‑58 (MQ=255)
gTGATTGTTGCCGCCTGGTGCGTGGAAGATTATCAGGTGATTCGTCTGGCAGGTtcac > 1:970589/1‑58 (MQ=255)
tGATTGTTGCCGCCTGGTGCGTGGAAGATTATCAGGTGATTCGTCTGGCAGGTtcactca < 1:560817/60‑1 (MQ=255)
gATTGTTGCCGCCTGGTGCGTGGAAGATTATCAGGTGATTCGTCTGGCAGGTTCACTCACCGCAAGGGCTa > 1:1654835/1‑71 (MQ=255)
aTTGTTGCCGCCTGGTGCGGGGAAGATTATCAGGTGATTCGTCTGGCAGGTTCACTCACCGCACGGGCTa < 1:1548259/70‑1 (MQ=255)
ttgttgCCGCCTGGTGCGTGGAAGATTATCAGGTGa > 1:91991/1‑36 (MQ=255)
ttgttgCCGCCTGGTGCGTGGAAGATTATCAGGGGATTCGTCTGGCAGGTTCACTCACCGCACGGGCTa < 1:778508/69‑1 (MQ=255)
ttgttgCCGCCTGGTGCGCGGAAGATTATCAGGTGATTCGt < 1:2100991/41‑1 (MQ=255)
ccTGGTGCGCGGAAGATTATCAGGTGATTCGTCTGGCAGGTTCACTCACCGCACGGGCTACACGCCTGGcc > 1:2055320/1‑71 (MQ=255)
ccTGGTGCGCGGAAGATTATCAGGTGATTCGTCTGGCAGGTTCACTCACCGCACGGGCTACACGCCTGGcc > 1:2000236/1‑71 (MQ=255)
gTGCGTGGAAGATTATCAGGTGATTCGTCTGGCAGGTTCACTCACCGCACGGGCTACACGCCTGGCCCACg < 1:1933337/71‑1 (MQ=255)
|
TAAACAACGTCTGACCCAATACCAGAGCAAACTGGGTGCGGCGATGGTGATTGTTGCCGCCTGGTGCGTGGAAGATTATCAGGTGATTCGTCTGGCAGGTTCACTCACCGCACGGGCTACACGCCTGGCCCACG > minE/2971328‑2971461
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
