Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F3 I0 R1
|
560 |
56.4 |
4650532 |
94.9% |
4413354 |
59.3 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
W3110S.gb |
2,829,103 |
T→C |
7.5% |
V212A (GTG→GCG) |
gutQ → |
predicted phosphosugar‑binding protein |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | W3110S.gb | 2,829,103 | 0 | T | C | 7.5%
| 175.8
/ 6.1
| 67 | V212A (GTG→GCG) | gutQ | predicted phosphosugar‑binding protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (36/26); new base C (2/3); total (38/29) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.45e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.40e-01 |
GGGCACTGGGCGCTCGCTTGCTGAATAAAGTGCATCATCTGATGCGCCGTGACGATGCCATCCCACAGGTGGCGTTAACCGCCAGCGTGATGGATGCGATGCTGGAACTCAGCCGCACCGGTCTGGGGCTGGTGGCGGTA > W3110S.gb/2829034‑2829173
|
gggCACTGGGCGCTCGCTTGCTGAATAAAGTGCATCATCTGATGCGCCGTGACGATGCCATCCCACAGGTg < 1:3266824/71‑1 (MQ=255)
ggCACTGGGCGCTCGCTTGCTGAATAAAGTGCATCATCTGATGCGCCGTGACGATGCCATCCCACAGGTgg > 1:2885209/1‑71 (MQ=255)
ggCACTGGGCGCTCGCTTGCTGAATAAAGTGCATCATCTGATGCGCCGTGACGATGCCATCCCACAGGTgg < 1:3807638/71‑1 (MQ=255)
ggCACTGGGCGCTCGCTTGCTGAATAAAGTGCATCATCTGATGCGCCGTGACGATGCCATCCCACAGGTg > 1:327546/1‑70 (MQ=255)
tGGGCGCTCGCTTGCTGAATAAAGTGCATCATCTGATGCGCCGTGACGATGCCATCCCACAGGTGGCGtt > 1:833568/1‑70 (MQ=255)
gggCGCTCGCTTGCTGAATAAAGTGCATCATCTGATGCGCCGTGACGATGCCATCCCACAGGTGGCGTTaa > 1:4297322/1‑71 (MQ=255)
gggCGCTCGCTTGCTGAATAAAGTGCATCATCTGATGCGCCGTGACGATGCCATCCCACAGGTGGCGTTa > 1:2424416/1‑70 (MQ=255)
ggCGCTCGCTTGCTGAATAAAGTGCATCATCTGATGCGCCGTGACGATGCCATCCCACAGGTGGCGTTa < 1:76346/69‑1 (MQ=255)
gcgcTCGCTTGCTGAATAAAGTGCATCATCTGATGCGCCGTGACGATGCCATCCCACAGGTGGCGTTAAcc > 1:4487908/1‑71 (MQ=255)
gctcgctTGCTGAATAAAGTGCATCATCTGATGCGCCGTGACGATGCCATCCCACAGGTGGCGTTAACCGc < 1:2811447/71‑1 (MQ=255)
gctcgctTGCTGAATAAAGTGCATCATCTGATGCGCCGTGACGATGCCATCCCACAGGTGGCGTTAACCGc < 1:1082614/71‑1 (MQ=255)
tcgctTGCTGAATAAAGTGCATCATCTGATGCGCCGTGACGATGCCATCCCACAGGTGGCGTTa < 1:3625197/64‑1 (MQ=255)
tcgctTGCTGAATAAAGTGCATCATCTGATGCGCCGTGACGATGCCATCCCACAGGTGGCGTTAACCGc > 1:585329/1‑69 (MQ=255)
cgctTGCTGAATAAAGTGCATCATCTGATGCGCCGTGACGATGCCATCCCACAGGTGGCGTTAACCGCCAg > 1:2752376/1‑71 (MQ=255)
gctTGCTGAATAAAGTGCATCATCTGATGCGCCGTGACGATGCCATCCCACAGGTGGCGTTAACCGCCAGc > 1:3235935/1‑71 (MQ=255)
gCTGAATAAAGTGCATCATCTGATGCGCCGTGACGATGCCATCCCACAGGTGGCGTTAACCGCCAGCGt < 1:3854077/69‑1 (MQ=255)
gCTGAATAAAGTGCATCATCTGATGCGCCGTGACGATGCCATCCCACAGGTGGCGTTAACCGCCAGCGt < 1:1324851/69‑1 (MQ=255)
cTGAATAAAGTGCATCATCTGATGCGCCGTGACGATGCCATCCCACAGGTGGCGTTAACCGCCAGCGTgat < 1:1216089/71‑1 (MQ=255)
aTAAAGTGCATCATCTGATGCGCCGTGACGATGCCATCCCACAGGTGGCGt > 1:4008626/1‑51 (MQ=255)
aTAAAGTGCATCATCTGATGCGCCGTGACGATGCCATCCCACAGGTGGCGt > 1:3350173/1‑51 (MQ=255)
tAAAGTGCATCATCTGATGCGCCGTGACGATGCCATCCCACAGGTGGCGTTAACCGCCAGCGTga > 1:770605/1‑65 (MQ=255)
aaaGTGCATCATCTGATGCGCCGTGACGATGCCATCCCACAGGCGGCGTTAACCGCCAGCGTGATGgatgc > 1:427738/1‑71 (MQ=255)
aGTGCATCATCTGATGCGCCGTGACGATGCCATCCCACAGGCGGCGTTAACCGc > 1:2741373/1‑54 (MQ=255)
gTGCATCATCTGATGCGCCGTGACGATGCCATCCCACAGGTGGCGTTAACCGCCAGCGTgatgga > 1:1976045/1‑65 (MQ=255)
catcatCTGATGCGCCGTGACGATGCCATCCCACAGGTGGCGTTAACCGCCAGCGTGATGGATGCGATGCt < 1:57854/71‑1 (MQ=255)
tcatcTGATGCGCCGTGACGATGCCATCCCACAGGTGGCGTTa < 1:3122352/43‑1 (MQ=255)
tcatcTGATGCGCCGTGACGATGCCATCCCACAGGTGGCGTTAACCGCCAGCGTGATGGATGCGATGCTg > 1:2344149/1‑70 (MQ=255)
atcTGATGCGCCGTGACGATGCCATCCCACAGGTGGCg > 1:2747687/1‑38 (MQ=255)
atcTGATGCGCCGTGACGATGCCATCCCACAGGTGGCGTTAAcc > 1:394/1‑44 (MQ=255)
atcTGATGCGCCGTGACGATGCCATCCCACAGGTGGCGTTAAcc > 1:3951345/1‑44 (MQ=255)
atcTGATGCGCCGTGACGATGCCATCCCACAGGTGGCGTTAAc > 1:2136185/1‑43 (MQ=255)
atcTGATGCGCCGTGACGATGCCATCCCACAGGTGGCGTTAACCGCCAGCGt < 1:1751122/52‑1 (MQ=255)
atcTGATGCGCCGTGACGATGCCATCCCACAGGTGGCGTTAACCGCCAGCGTgatgg > 1:2711574/1‑57 (MQ=255)
atcTGATGCGCCGTGACGATGCCATCCCACAGGTGGCGTTAACCGCCAGCGTgatgg > 1:4192919/1‑57 (MQ=255)
atcTGATGCGCCGTGACGATGCCATCCCACAGGTGGCGTTAACCGCCAGCGTGATGGATGCGATGCTGGaa > 1:3632851/1‑71 (MQ=255)
tcTGATGCGCCGTGACGATGCCATCCCACAGGTGGCGtt < 1:3922208/39‑1 (MQ=255)
tcTGATGCGCCGTGACGATGCCATCCCACAGGTGGCGtt < 1:2854086/39‑1 (MQ=255)
tcTGATGCGCCGTGACGATGCCATCCCACAGGTGGCGTTAACCGCCAGCGTGATGGATGCGATGCTGGAAc > 1:3079609/1‑71 (MQ=255)
cTGATGCGCCGTGACGATGCCATCCCACAGGTGGCGTTaa > 1:1859222/1‑40 (MQ=255)
tGATGCGCCGTGACGATGCCATCCCACAGGTGGCGTTAACCGCCGGCGTgat > 1:3652008/1‑52 (MQ=255)
tGATGCGCCGTGACGATGCCATCCCACAGGTGGCGTTAACCGCCAGCGTGATGGATGCGATGCTGGAACt > 1:2313813/1‑70 (MQ=255)
aTGCGCCGTTACGATGCCATCCCACAGGTGGCGTTAACCGCCAGCGGGATGGATGCGATGCTGGAACTCAg < 1:3630970/71‑1 (MQ=255)
aTGCGCCGTGACGATGCCATCCCACAGGTGGCGTTAACCGCCAGCGTGATGGATGCGATGCTGGAACTCa < 1:3896247/70‑1 (MQ=255)
cgcCGTGACGATGCCATCCCACAGGTGGCGTTAACCGCCAGCGTGATGGATGCGATGCTGGAAc < 1:3098905/64‑1 (MQ=255)
cgcCGTGACGATGCCATCCCACAGGTGGCGTTAACCGCCAGCGTGATGGATGCGATGCTGGAAc < 1:1379180/64‑1 (MQ=255)
cgcCGTGACGATGCCATCCCACAGGCGGCGTTAACCGCCAGCGTGATGGATGCGATGCTGGAACTCAGcc < 1:352480/70‑1 (MQ=255)
tGACGATGCCATCCCACAGGTGGCGTTAACCGCCAGCGTGATGGATGCGATGCTGGAACTCAGCCGCACCg < 1:1324297/71‑1 (MQ=255)
aCGATGCCATCCCACAGGTGGCGTTAACCGCCAGCGTGATGGATGCGATGCTGGAACTCAGCCGCACCgg > 1:4561563/1‑70 (MQ=255)
aCGATGCCATCCCACAGGTGGCGTTAACCGCCAGCGTGATGGATGCGATGCTGGAACTCAGCCGCACCGGt > 1:3833675/1‑71 (MQ=255)
aCGATGCCATCCCACAGGTGGCGTTAACCGCCAGCGTGATGGATGCGATGCTGGAACTCAGCCGCACCGGt > 1:4499956/1‑71 (MQ=255)
aCGATGACATCCCACAGGTGGCGTTAACCGCCAGCGTGATGGATGCGATGCTGGAACTCAGCCGCACCGGt > 1:8771/1‑71 (MQ=255)
gATGCCATCCCACAGGCGGCGTTAACCGCCAGCGTGATGGATGCGATGCTGGAACTCAGCCGCACCGGTCt < 1:2522530/71‑1 (MQ=255)
aTGCCATCCCACAGGTGGCGTTAACCGCCAGCGTGATGGATGCGATGCTGGAACTCAGCCGCACCGGTCTg < 1:880982/71‑1 (MQ=255)
tGCCATCCCACAGGTGGCGTTAACCGCCAGCGTGATGGATGCGATGCTGGAACTCAGCCGCACCGGTCTgg > 1:963566/1‑71 (MQ=255)
tGCCATCCCACAGGCGGCGTTAACCGCCAGCGTGATGGATGCGATGCTGGAACTCAGCCGCACCGGTCt < 1:1031417/69‑1 (MQ=255)
aTCCCACAGGTGGCGTTAACCGCCAGCGTGATGGATGCGATGCTGGAACTCAGCCGCACCGGTCTGGGGCt < 1:3055783/71‑1 (MQ=255)
cccACAGGTGGCGTTAACCGCCAGCGTGATGGATGCGATGCTGGAAc > 1:3860749/1‑47 (MQ=255)
cccACAGGTGGCGTTAACCGCCAGCGTGATGGATGCGATGCTGGAACTCAGCCGCACCGGTCTGGGGCtg > 1:2954332/1‑70 (MQ=255)
ccACAGGTGGCGTTAACCGCCAGCGTGATGGATGCGATGCTGGAACTCAGc > 1:4389059/1‑51 (MQ=255)
caGGTGGCGTTAACCGCCAGCGTGATGGATGCGATGCTGGAACTCAGCCGCACCGGTCTGGGGCTGGTGGc > 1:1837444/1‑71 (MQ=255)
ggTGGCGTTAACCGCCAGCGTGATGGATGCGATGCTGGaa > 1:4627831/1‑40 (MQ=255)
ggTGGCGTTAACCGCCAGCGTGATGGATGCGATGCTGGAACTCAGCCGCACCGGTc > 1:3584058/1‑56 (MQ=255)
gTGGCGTTAACCGCCAGCGTGATGGATGCGATGCTGGAACTCAGCCGCACCGGTCt < 1:4450338/56‑1 (MQ=255)
gTGGCGTTAACCGCCAGCGTGATGGATGCGATGCTGGAACTCAGCCGCACCGGTCTGGGGCTGGTGGCgg < 1:584460/70‑1 (MQ=255)
gTGGCGTTAACCGCCAGCGTGATGGATGCGATGCTGGAACTCAGCCGCACCGGTCTGGGGCTGGTGGCGGt < 1:3103462/71‑1 (MQ=255)
gTGGCGTTAACCGCCAGCGTGATGGATGCGATGCTGGAACTCAGCCGCACCGGTCTGGGGCTGGTGGCGGt < 1:3572035/71‑1 (MQ=255)
gTGGCGTTAACCGCCAGCGTGATGGATGCGATGCTGGAACTCAGCCGCACCGGGCt < 1:2917068/56‑1 (MQ=255)
tGGCGTTAACCGCCAGCGTGATGGATGCGATGCTGGAACTCAGCCGCACCGGTCTGGGGCTGGTGGCGGTa < 1:2744356/71‑1 (MQ=255)
|
GGGCACTGGGCGCTCGCTTGCTGAATAAAGTGCATCATCTGATGCGCCGTGACGATGCCATCCCACAGGTGGCGTTAACCGCCAGCGTGATGGATGCGATGCTGGAACTCAGCCGCACCGGTCTGGGGCTGGTGGCGGTA > W3110S.gb/2829034‑2829173
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
