Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F3 I0 R1
|
560 |
56.4 |
4650532 |
94.9% |
4413354 |
59.3 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
W3110S.gb |
3,519,938 |
A→G |
20.9% |
E160E (GAA→GAG) |
glpK → |
glycerol kinase |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | W3110S.gb | 3,519,938 | 0 | A | G | 20.9%
| 135.4
/ 33.9
| 67 | E160E (GAA→GAG) | glpK | glycerol kinase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (25/28); new base G (3/11); total (28/39) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.28e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.69e-01 |
TTCTGGCACCAAAGTGAAGTGGATCCTCGACCATGTGGAAGGCTCTCGCGAGCGTGCACGTCGTGGTGAATTGCTGTTTGGTACGGTTGATACGTGGCTTATCTGGAAAATGACTCAGGGCCGTGTCCATGTGACCGAT > W3110S.gb/3519869‑3520007
|
ttCTGGCACCAAAGTGAAGTGGATCCTCGACCATGTGGAAGGCTCTCGCGAGCGTGCACGTCGTGGTGAAt > 1:2570960/1‑71 (MQ=255)
cTGGCACCAAAGTGAAGTGGATCCTCGACCATGTGGAAGGCTCTCGCGAGCGTGCACGTCGTGGTGAATTg > 1:2919409/1‑71 (MQ=255)
cAAAGTGAAGTGGATCCTCGACCATGTGGAAGGCTCTCGCGAGCGTGCACGTCGTGGTGaa > 1:2113015/1‑61 (MQ=255)
cAAAGTGAAGTGGATCCTCGACCATGTGGAAGGCTCTCGCGAGCGTGCACGTCGTGGTGAGTTGCTGTTTg > 1:481219/1‑71 (MQ=255)
cAAAGTGAAGTGGATCCTCGACCATGTGGAAGGCTCTCGCGAGCGTGCACGTCGTGGTGAATTGCTGTTTg > 1:1996542/1‑71 (MQ=255)
cAAAGTGAAGTGGATCCTCGACCATGTGGAAGGCTCTAGCGAGCGTGCACGTCGTGGTGAGTTGCTGTTTg > 1:2479514/1‑71 (MQ=255)
aaaGTGAAGTGGATCCTCGACCATGTGGAAGGCTCTCGCGAGCGTGCACGTCGTGGTGaa > 1:2937613/1‑60 (MQ=255)
aaaGTGAAGTGGATCCTCGACCATGTGGAAGGCTCTCGCGAGCGTGCACGTCGTGGTGaa > 1:4384032/1‑60 (MQ=255)
aaaGTGAAGTGGATCCTCGACCATGTGGAAGGCTCTCGCGAGCGTGCACGTCGTGGTGAGTTGCTGttt > 1:2033313/1‑69 (MQ=255)
aaaGTGAAGTGGATCCTCGACCATGTGGAAGGCTCTCGCGAGCGTGCACGTCGTGGTGAGTTGCTGTTTgg < 1:4067696/71‑1 (MQ=255)
aaaGTGAAGTGGATCCTCGACCATGTGGAAGGCTCTCGCGAGCGTGCACGTCGTGGTGAGTTGCTGTTTgg < 1:3143695/71‑1 (MQ=255)
aaaGTGAAGTGGATCCTCGACCATGTGGAAGGCTCTCGCGAGCGTGCACGTCGTGGTGAAt > 1:1461894/1‑61 (MQ=255)
aaaGTGAAGTGGATCCTCGACCATGTGGAAGGCTCTCGCGAGCGTGCACGTCGTGGTGAAt > 1:4132593/1‑61 (MQ=255)
aaaGTGAAGTGGATCCTCGACCATGTGGAAGGCTCTCGCGAGCGTGCACGTCGTGGTGAATTGCTGTTTgg < 1:1339906/71‑1 (MQ=255)
aaaGTGAAGTGGATCCTCGACCATGTGGAAGGCTCTCGCGAGCGTGCACGTCGTGGTGAATTGCTGTTTgg < 1:2342016/71‑1 (MQ=255)
aagtgaagtgGATCCTCGACCATGTGGAAGGCTCTCGCGAGCGTGCACGTCGTGGTGAATTGCTGtt > 1:187050/1‑67 (MQ=255)
tgaagtgGATCCTCGACCATGTGGAAGGCTCTCGCGAGCGTGCACGTCGTGGTGAATTGCTGTTTGGTACg > 1:2546834/1‑71 (MQ=255)
tgaagtgGATCCTCGACCATGTGGAAGGCTCTCGCGAGCGTGCAAGTCGTGGTGAAtt > 1:2179567/1‑58 (MQ=255)
aagtgGATCCTCGACCATGTGGAAGGCTCTCGCGAGCGTGCACGTCGTGGTGAATTGCTGTTTGGTACCGt > 1:677007/1‑71 (MQ=255)
agtgGATCCTCGACCATGTGGAAGGCTCTCGCGAGCGTGCACGTCGTGGTGAATTGCTGTTTGGTACGGtt < 1:2833674/71‑1 (MQ=255)
gtgGATCCTCGACCATGTGGAAGGCTCTCGCGAGCGTGCACGTCGTGGTGAGTTGCTGTTTGGTACGGTTg < 1:4255314/71‑1 (MQ=255)
gATCCTCGACCATGTGGAAGGCTCTCGCGAGCGTGCACGTCGTGGTGAATTGCTGTTTGGTACGGTTGAt < 1:2033955/70‑1 (MQ=255)
cTCGACCATGTGGAAGGCTCTCGCGAGCGTGCACGTCGTGGTGAGTTGCTGTTTGGTACGGTTGATACGt < 1:1736385/70‑1 (MQ=255)
cTCGACCATGTGGAAGGCTCTCGCGAGCGTGCACGTCGTGGTGAATTGCTGTTTGGTACGGtt < 1:2584985/63‑1 (MQ=255)
gACCATGTGGAAGGCTCTCGCGAGCGTGCACGTCGTGGTGAATTGCTGtt > 1:3964048/1‑50 (MQ=255)
aCCATGTGGAAGGCTCTCGCGAGCGTGCACGTCGTGGTGAGTTGCTGTTTGGTACGGTTGATACGTGGCtt < 1:3936220/71‑1 (MQ=255)
aCCATGTGGAAGGCTCTCGCGAGCGTGCACGTCGTGGTGAATTGCTGTTTGGTACGGTTGATACGTGGCtt < 1:83196/71‑1 (MQ=255)
cATGTGGAAGGCTCTCGCGAGCGTGCACGTCGTGGTGAATTGCTGTTTGGTACGGTTGATACGTGGCTTAt < 1:1013295/71‑1 (MQ=255)
cATGTGGAAGGCTCTCGCGAGCGTGCACGTCGTGGTGAATTGCTGTTTGGTACGGTTGATACGTGGCTTAt < 1:2459832/71‑1 (MQ=255)
cATGTGGAAGGCTCTCGCGAGCGTGCACGTCGTGGTGAATTGCTGTTTGGTACGGTTGATACGTGGCTTAt < 1:4610578/71‑1 (MQ=255)
aTGTGGAAGGCTCTCGCGAGCGTGCACGTCGTGGTGAATTGCTGTTTGGTAc < 1:4384277/52‑1 (MQ=255)
aTGTGGAAGGCTCTCGCGAGCGTGCACGTCGTGGTGAATTGCTGTTTGGTAc < 1:2954653/52‑1 (MQ=255)
tgtgGAAGGCTCTCGCGAGCGTGCACGTCGTGGTGAATTg < 1:2549902/40‑1 (MQ=255)
tgtgGAAGGCTCTCGCGAGCGTGCACGTCGTGGTGAATTGCTGTTTgg < 1:454520/48‑1 (MQ=255)
tgtgGAAGGCTCTCGCGAGCGTGCACGTCGTGGTGAATTGCTGTTTGGTACGGTTGATACg > 1:4369047/1‑61 (MQ=255)
tgtgGAAGGCTCTCGCGAGCGTGCACGTCGTGGTGAATTGCTGTTTGGTACGGTTGATACg > 1:795154/1‑61 (MQ=255)
tgtgGAAGGCTCTCGCGAGCGTGCACGTCGTGGTGAATTGCTGTTTGGTACGGTTGATACGTGGCTTATCt > 1:1159383/1‑71 (MQ=255)
gtgGAAGGCTCTCGCGAGCGTGCACGTCGTGGTGAATTGCTGTTTGGTACgg > 1:1738015/1‑52 (MQ=255)
tgGAAGGCTCTCGCGAGCGTGCACGTCGTGGTGAATTGCTGTTTGGTAc > 1:1345621/1‑49 (MQ=255)
tgGAAGGCTCTCGCGAGCGTGCACGTCGTGGTGAATTGCTGTTTGGTACGGTTGa < 1:1408839/55‑1 (MQ=255)
gAAGGCTCTCGCGAGCGTGCACGTCGTGGTGAGTTGCTGtt < 1:3734672/41‑1 (MQ=255)
gAAGGCTCTCGCGAGCGTGCACGTCGTGGTGAATTGCTGTTTGGTACGGTTGATACGt < 1:3233732/58‑1 (MQ=255)
gAAGGCTCTCGCGAGCGTGCACGTCGTGGTGAATTGCTGTTTGGTACGGTTGATACGt < 1:95587/58‑1 (MQ=255)
aGGCTCTCGCGAGCGTGCACGTCGTGGTGAATTGCTGTTTGGTACGGTTGATACGTgg > 1:3390969/1‑58 (MQ=255)
ctcGCGAGCGTGCACGTCGTGGTGAATTGCTGTTTgg < 1:671494/37‑1 (MQ=255)
ctcGCGAGCGTGCACGTCGTGGTGAATTGCTGTTTGGTACGGTTGATACGTGGCt < 1:2899738/55‑1 (MQ=255)
tcGCGAGCGTGCACGTCGTGGTGAGTTGCTGTTTGGTACGGTTGATACGt < 1:39363/50‑1 (MQ=255)
tcGCGAGCGTGCACGTCGTGGTGAGTTGCTGTTTGGTACGGTTGATACGt < 1:3136029/50‑1 (MQ=255)
tcGCGAGCGTGCACGTCGTGGTGAATTGCTGTTTGGTACGGTTGa < 1:678487/45‑1 (MQ=255)
tcGCGAGCGTGCACGTCGTGGTGAATTGCTGTTTGGTACGGTTGa < 1:672989/45‑1 (MQ=255)
tcGCGAGCGTGCACGTCGTGGTGAATTGCTGTTTGGTACGGTTGATACGTGGCTTATCTGGAAAATGACt > 1:522525/1‑70 (MQ=255)
gcgAGCGTGCACGTCGTGGTGAATTGCTGTTTGGTACgg > 1:962875/1‑39 (MQ=255)
gcgAGCGTGCACGTCGTGGTGAATTGCTGTTTGGTACGGTTGATACGTGGCTTATCTGGAAAATGACTc < 1:3737287/69‑1 (MQ=255)
gcgAGCGTGCACGTCGTGGTGAATTGCTGTTTGGTACGGTTGATACGTGGCTTATCTGGAAAATGACTCa < 1:2226146/70‑1 (MQ=255)
gcgAGCGTGCACGTCGTGGTGAATTGCTGTTTGGTACGGTTGATACGTGGCTTATCTGGAAAATGACTCAg > 1:1279479/1‑71 (MQ=255)
aGCGTGCACGTCGTGGTGAGTTGCTGTTTGGTACGGTTGATACGTGGCTTATCTGGAAAATGACTCAGGGc < 1:2632136/71‑1 (MQ=255)
aGCGTGCACGTCGTGGTGAATTGCTGTTTGGTACGGTTGATACGTGGCTTATCTGGAAAATGACTCAGGGc > 1:4588972/1‑71 (MQ=255)
gCACGTCGTGGTGAATTGCTGTTTGGTACGGTTGATACGTGGCTTATCTGGAAAATGACTCAGGGCCgtgt > 1:2452818/1‑71 (MQ=255)
cACGTCGTGGTGAATTGCTGTTTGGTACGGTTGATACGTGGCTTATCTGGAAAATGAc < 1:646790/58‑1 (MQ=255)
cACGTCGTGGTGAATTGATGTTTGGTACGGTTGATACGTGGCTTATCTGGAAAATGACTCAGGGCCGTGTc < 1:67037/71‑1 (MQ=255)
cgtcgtGGTGAATTGCTGTTTGGTACGGTTGATACGTGGCTTATCTGGAAAATGACTc > 1:226588/1‑58 (MQ=255)
gtcgtGGTGAATTGCTGTTTGGTACGGTTGATACGTGGCTTATCTGGAAAATGACTCAGGGCCGTGTCCAt > 1:2673022/1‑71 (MQ=255)
gtcgtGGTGAATTGCTGTTTGGTACGGTTGATACGTGGCTTATCTGGAAAATGACTCAGGGCCGTGTCCAt > 1:1794829/1‑71 (MQ=255)
cgtGGTGAATTGCTGTTTGGTACGGTTGATACGTGGCTTATCTGGAAAATGACTCAGGGCCGTGTCCAtgt > 1:1626010/1‑71 (MQ=255)
tggtgAATTGCTGTTTGGTACGGTTGATACGTGGCTTATCTGGAAAATGACTCAGGGCCGTGTCCATGTGa < 1:783320/71‑1 (MQ=255)
tgtgAATTGCTGTTTGGTACGGTTGATACGTGGCtt < 1:448646/35‑1 (MQ=255)
gtgAATTGCTGTTTGGTACGGTTGATACGTGGCTTATCTGGAAAATGACTCAGGGCCGTGTCCATGTGAcc < 1:4211148/71‑1 (MQ=255)
tgAGTTGCTGTTTGGTACGGTTGATACGTGGCTTATCTGGAAAATGACTCa < 1:4564413/51‑1 (MQ=255)
tgAGTTGCTGTTTGGTACGGTTGATACGTGGCTTATCTGGAAAATGACTCa < 1:4176399/51‑1 (MQ=255)
tgAATTGCTGTTTGGTACGGTTGATACGTGGCTTATCTGGAAAATGACTCAGGGCCGTGTCCATGTGAcc < 1:1524039/70‑1 (MQ=255)
aaTTGCTGTTTGGTACGGTTGATACGTGGCTTATCTGGAAAATGACTCAGGGCCGTGTCCATGTGAcc < 1:1664506/68‑1 (MQ=255)
aaTTGCTGTTTGGTACGGTTGATACGTGGCTTATCTGGAAAATGACTCAGGGCCGTGTCCATGTGACCGa < 1:4030915/70‑1 (MQ=255)
aaTTGCTGTTTGGTACGGTTGATACGTGGCTTATCTGGAAAATGACTCAGGGCCGTGTCCATGTGACCGAt < 1:2546311/71‑1 (MQ=255)
aTTGCTGTTTGGTACGGTTGATACGTGGCTTATCTGGaa < 1:2198956/39‑1 (MQ=255)
aTTGCTGTTTGGTACGGTTGATACGTGGCTTATCTGGAAAATGACTCAGGGCGGTGTcc < 1:2551/59‑1 (MQ=255)
aTTGCTGTTTGGTACGGTTGATACGTGGCTTATCTGGAAAATGACTCAGGGCCGTGTcc < 1:4014279/59‑1 (MQ=255)
aTTGCTGTTTGGTACGGTTGATACGTGGCTTATCTGGAAAATGACTCAGGGCCGTGTCCATGTGACCGAt < 1:3920007/70‑1 (MQ=255)
aTTGCTGTTTGGCACGGTTGATACGTGGCTTATCTGGaa < 1:1927429/39‑1 (MQ=255)
|
TTCTGGCACCAAAGTGAAGTGGATCCTCGACCATGTGGAAGGCTCTCGCGAGCGTGCACGTCGTGGTGAATTGCTGTTTGGTACGGTTGATACGTGGCTTATCTGGAAAATGACTCAGGGCCGTGTCCATGTGACCGAT > W3110S.gb/3519869‑3520007
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
