Sample Resequencing Stats

Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
ALE, Flask, Isolate Predicted Mutations Mean Coverage Total Reads Percent Mapped Mapped Reads Average Read Length
A1 F28 I2 R2 356 55.1 4139924 95.4% 3949487 63.8

Breseq alignment

BRESEQ :: Evidence
Predicted mutation
evidence seq id position mutation annotation gene description
RA W3110S.gb 1,522,458 G→A R161R (AGG→AGA)  yncC → predicted DNA‑binding transcriptional regulator

Read alignment evidence...
  seq id position ref new freq score (cons/poly) reads annotation genes product
*W3110S.gb1,522,4580GA96.5% 178.3 / ‑1.7 58R161R (AGG→AGA) yncCpredicted DNA‑binding transcriptional regulator
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base G (2/0);  new base A (21/35);  total (23/35)
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.53e-01
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.95e-01

TAGCGATTTATCATCGCTCAAATATGCCCATCCTGTGTGAGATGATTGAGCAACTGTGGGTCAGGATGGGGCCTGGTTTACATTATCTCTATGAAGCGATTAATCCAGCGGAATTACGG  >  W3110S.gb/1522394‑1522512
                                                                |                                                      
tAGCGATTTATCATCGCTCAAATATGCCCATCCTGTGTGAGATGATTGAGCAACTGTGGGTCAGAATgggg                                                  >  1:2297991/1‑71 (MQ=255)
tAGCGATTTATCATCGCTCAAATATGCCCATCCTGTGTGAGATGATTGAGCAACTGTGGGTCAGAATgggg                                                  >  1:2293326/1‑71 (MQ=255)
tAGCGATTTATCATCGCTCAAATATGCCCATCCTGTGTGAGATGATTGAGCAACTGTGGGTCAGAATgggg                                                  >  1:4117994/1‑71 (MQ=255)
tAGCGATTTATCATCGCTCAAATATGCCCATCCTGTGTGAGATGATTGAGCAACTGTGGGTCAGAATgggg                                                  >  1:1757983/1‑71 (MQ=255)
tAGCGATTTATCATCGCTCAAATATGCCCATCCTGTGTGAGATGATTGAGCAACTGTGGGTCAGAATgggg                                                  >  1:3264197/1‑71 (MQ=255)
tAGCGATTTATCATCGCTCAAATATGCCCATCCTGTGTGAGATGATTGAGCAACTGTGGGTCAGAATggg                                                   >  1:326527/1‑70 (MQ=255)
     aTTTATCATCGCTCAAATATGCCCATCCTGTGTGAGATGATTGAGCAACTGTGGGTCAGAATGGGGCCTgg                                             <  1:828320/71‑1 (MQ=255)
     aTTTATCATCGCTCAAATATGCCCATCCTGTGTGAGATGATTGAGCAACTGTGGGTCAGAATGGGGCCTgg                                             <  1:2409949/71‑1 (MQ=255)
     aTTTATCATCGCTCAAATATGCCCATCCTGTGTGAGATGATTGAGCAACTGTGGGTCAGAATGGGGCCTgg                                             <  1:3916509/71‑1 (MQ=255)
     aTTTATCATCGCTCAAATATGCCCATCCTGTGTGAGATGATTGAGCAACTGTGGGTCAGAATGGGGCCTgg                                             <  1:55977/71‑1 (MQ=255)
     aTTTATCATCGCTCAAATATGCCCATCCTGTGTGAGATGATTGAGCAACTGTGGGTCAGAATGGGGCCTgg                                             <  1:609754/71‑1 (MQ=255)
     aTTTATCATCGCTCAAATATGCCCATCCTGTGTGAGATGATTGAGCAACTGTGGGTCAGAATGGGGCCTgg                                             <  1:2948256/71‑1 (MQ=255)
        tATCATCGCTCAAATATGCCCATCCTGTGTGAGATGATTGAGCAACTGTGGGTCAGAATGGGGCCTGttt                                           <  1:1771454/70‑1 (MQ=255)
        tATCATCGCTCAAATATGCCCATCCTGTGTGAGATGATTGAGCAACTGTGGGTCAGAATGGGGCCTGGtt                                           <  1:1659260/70‑1 (MQ=255)
        tATCATCGCTCAAATATGCCCATCCTGTGTGAGATGATTGAGCAACTGTGGGTCAGAATGGGGCCTGGtt                                           <  1:3798028/70‑1 (MQ=255)
        tATCATCGCTCAAATATGCCCATCCTGTGTGAGATGATTGAGCAACTGTGGGTCAGAATGGGGCCTGGtt                                           <  1:1941972/70‑1 (MQ=255)
        tATCATCGCTCAAATATGCCCATCCTGTGTGAGATGATTGAGCAACTGTGGGTCAGAATGGGGCCTGGtt                                           <  1:3685649/70‑1 (MQ=255)
        tATCATCGCTCAAATATGCCCATCCTGTGTGAGATGATTGAGCAACTGTGGGTCAGAATGGGGCCTGGtt                                           <  1:3316258/70‑1 (MQ=255)
        tATCATCGCTCAAATATGCCCATCCTGTGTGAGATGATTGAGCAACTGTGGGTCAGAATGGGGCCTGGtt                                           <  1:2262555/70‑1 (MQ=255)
          tcatcGCTCAAATATGCCCATCCTGTGTGAGATGATTGAGCAACTGTGGGTCAGAATGGGGCCTTGTTTa                                         <  1:1972413/70‑1 (MQ=255)
          tcatcGCTCAAATATGCCCATCCTGTGTGAGATGATTGAGCAACTGTGGGTCAGAATGGGGCCTGGTTTa                                         <  1:2520272/70‑1 (MQ=255)
          tcatcGCTCAAATATGCCCATCCTGTGTGAGATGATTGAGCAACTGTGGGTCAGAATGGGGCCTGGTTTa                                         <  1:288014/70‑1 (MQ=255)
          tcatcGCTCAAATATGCCCATCCTGTGTGAGATGATTGAGCAACTGTGGGTCAGAATGGGGCCTGGTTTa                                         <  1:3795927/70‑1 (MQ=255)
          tcatcGCTCAAATATGCCCATCCTGTGTGAGATGATTGAGCAACTGTGGGTCAGAATGGGGCCTGGTTTa                                         <  1:4005884/70‑1 (MQ=255)
          tcatcGCTCAAATATGCCCATCCTGTGTGAGATGATTGAGCAACTGTGGGTCAGAATGGGGCCTGGTTTa                                         <  1:1308459/70‑1 (MQ=255)
          tcatcGCTCAAATATGCCCATCCTGTGTGAGATGATTGAGCAACTGTGGGTCAGAATGGGGCCGGGTTTa                                         <  1:3918385/70‑1 (MQ=255)
                        tGCCCATCCTGTGTGAGATGATTGAGCAACTGTGGGTCAGAATGGGGCCTGGTTTACATTATCTCTATg                            >  1:1238311/1‑69 (MQ=255)
                        tGCCCATCCTGTGTGAGATGATTGAGCAACTGTGGGTCAGAATGGGGCCTGGTTTACATTATCTCTATGa                           <  1:2927694/70‑1 (MQ=255)
                        tGCCCATCCTGTGTGAGATGATTGAGCAACTGTGGGTCAGAATGGGGCCTGGTTTACATTATCTCTATGa                           <  1:2592375/70‑1 (MQ=255)
                        tGCCCATCCTGTGTGAGATGATTGAGCAACTGTGGGTCAGAATGGGGCCTGGTTTACATTATCTCTATGa                           <  1:3074819/70‑1 (MQ=255)
                        tGCCCATCCTGTGTGAGATGATTGAGCAACTGTGGGTCAGAATGGGGCCTGGTTTACATTATCTCTATGa                           <  1:914924/70‑1 (MQ=255)
                        tGCCCATCCTGTGTGAGATGATTGAGCAACTGTGGGTCAGAATGGGGCCTGGTTTACATTATCTCTATGa                           <  1:3095745/70‑1 (MQ=255)
                        tGCCCATCCTGTGTGAGATGATTGAGCAACTGTGGGTCAGAATGGGGCCTGGTTTACATTATCTCTATGa                           <  1:708247/70‑1 (MQ=255)
                        tGCCCATCCTGTGTGAGATGATTGAGCAACTGTGGGTCAGAATGGGGCCTGGTTTACATTATCTCTATGa                           <  1:602178/70‑1 (MQ=255)
                         gCCCATCCTGTGTGAGATGATTGAGCAACTGTGGGTCAGAATGGGGCCTGGTTTACATTATCTCTATGa                           <  1:1311091/69‑1 (MQ=255)
                             aTCCTGTGTGAGATGATTGAGCAACTGTGGGTCAGAATGGGGCCTGGTTTACATTATCTCTATGaa                          <  1:977524/66‑1 (MQ=255)
                             aTCCTGTGTGAGATGATTGAGCAACTGTGGGTCAGAATGGGGCCTGGTTTACATTATCTCTATGaa                          <  1:733102/66‑1 (MQ=255)
                             aTCCTGTGTGAGATGATTGAGCAACTGTGGGTCAGAATGGGGCCTGGTTTACATTATCTCTATGaa                          <  1:1336521/66‑1 (MQ=255)
                             aTCCTGTGTGAGATGATTGAGCAACTGTGGGTCAGAATGGGGCCTGGTTTACATTATCTCTATGaa                          <  1:2149489/66‑1 (MQ=255)
                                cTGTGTGAGATGATTGAGCAACTGTGGGTCAGGATGGGGCCTGGTTTACATTATCTCTATGAAGCGATTaa                  >  1:3487939/1‑71 (MQ=255)
                                cTGTGTGAGATGATTGAGCAACTGTGGGTCAGGATGGGGCCTGGTTTACATTATCTCTATGAAGCGATTaa                  >  1:1441594/1‑71 (MQ=255)
                                cTGTGTGAGATGATTGAGCAACTGTGGGTCAGAATGGGGCCTGGTTTACATTATCTCTATGAAGCGATTaa                  >  1:2450714/1‑71 (MQ=255)
                                cTGTGTGAGATGATTGAGCAACTGTGGGTCAGAATGGGGCCTGGTTTACATTATCTCTATGAAGCGATTaa                  >  1:308326/1‑71 (MQ=255)
                                cTGTGTGAGATGATTGAGCAACTGTGGGTCAGAATGGGGCCTGGTTTACATTATCTCTATGAAGCGATTaa                  >  1:864233/1‑71 (MQ=255)
                                cTGTGTGAGATGATTGAGCAACTGTGGGTCAGAATGGGGCCTGGTTTACATTATCTCTATGAAGCGATTaa                  >  1:819967/1‑71 (MQ=255)
                                cTGTGTGAGATGATTGAGCAACTGTGGGTCAGAATGGGGCCTGGTTTACATTATCTCTATGAAGCGATTaa                  >  1:3195626/1‑71 (MQ=255)
                                cTGTGTGAGATGATTGAGCAACTGTGGGTCAGAATGGGGCCTGGTTTACATTATCTCTATGAAGCGATTaa                  >  1:1365067/1‑71 (MQ=255)
                                cTGTGTGAGATGATTGAGCAACTGTGGGTCAGAATGGGGCCTGGTTTACATTATCTCTATGAAGCGATTa                   <  1:1977687/70‑1 (MQ=255)
                                cTGTGTGAGATGATTGAGCAACTGTGGGTCAGAATGGGGCCTGGTTTACATTATCTCTATGAAGCGATTa                   <  1:2590870/70‑1 (MQ=255)
                                cTGTGTCAGATGATTGAGCAACTGTGGGTCAGAATGGGGCCTGGTTTACATTATCTCTATGAAGCGATTaa                  >  1:8875/1‑71 (MQ=255)
                                     tgAGATGATTGAGCAACTGTGGGTCAGAATGGGGcc                                                >  1:1765360/1‑36 (MQ=255)
                                     tgAGATGATTGAGCAACTGTGGGTCAGAATGGGGCCTGGTTTACATTAtc                                  >  1:3261897/1‑50 (MQ=255)
                                     tgAGATGATTGAGCAACTGTGGGTCAGAATGGGGCCTGGTTTACATTAtc                                  >  1:3250503/1‑50 (MQ=255)
                                     tgAGATGATTGAGCAACTGTGGGTCAGAATGGGGCCTGGTTTACATTAtc                                  >  1:1883399/1‑50 (MQ=255)
                                       agaTGATTGAGCAACTGTGGGTCAGAATGGGGCCTGGTTTACATTATCTCTATGa                           <  1:1387307/55‑1 (MQ=255)
                                          tgatTGAGCAACTGTGGGTCAGAATGGGGCCTGGTTTACATTATCTCTATGAAGCGATTAATCCAGCGGaa        >  1:1740729/1‑71 (MQ=255)
                                                  cAACTGTGGGTCAGAATGGGGCCTGGTTTACATTATCTCTATGAAGCGATTAATCCAGCGGAATTACgg  >  1:2173607/1‑69 (MQ=255)
                                                  cAACTGTGGGTCAGAATGGGGCCTGGTTTACATTATCTCTATGAAGCGATTAATCCAGCGGAATTACgg  >  1:1019665/1‑69 (MQ=255)
                                                                |                                                      
TAGCGATTTATCATCGCTCAAATATGCCCATCCTGTGTGAGATGATTGAGCAACTGTGGGTCAGGATGGGGCCTGGTTTACATTATCTCTATGAAGCGATTAATCCAGCGGAATTACGG  >  W3110S.gb/1522394‑1522512

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑

GATK/CNVnator alignment

N/A