Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A2 F8 I0 R2
|
296 |
77.6 |
4260404 |
88.1% |
3753415 |
61.2 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
minE |
286,800 |
T→C |
46.7% |
P302P (CCT→CCC) |
clpX → |
ATPase and specificity subunit of ClpX‑ClpP ATP‑dependent serine protease |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | minE | 286,800 | 0 | T | C | 46.7%
| 9.4
/ 108.7
| 75 | P302P (CCT→CCC) | clpX | ATPase and specificity subunit of ClpX‑ClpP ATP‑dependent serine protease |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (12/28); new base C (11/24); total (23/52) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
CAAAGCAAGCGAAGGCGAGCTGCTGGCGCAGGTTGAACCGGAAGATCTGATCAAGTTTGGTCTTATCCCTGAGTTTATTGGTCGTCTGCCGGTTGTCGCAACGTTGAATGAACTGAGCGAAGAAGCTCTGAT > minE/286731‑286862
|
cAAAGCAAGCGAAGGCGAGCTGCTGGCGCAGGTTGAACCGGAAGATCTGATCAAGTTTGGTCTTATCCCt < 1:3409380/70‑1 (MQ=255)
gcaagcGAAGGCGAGCTGCTGGCGCAGGTTGAACCGGAAGATCTGATCAAGTTTGGTCTTATCCCTGAGtt < 1:1096315/71‑1 (MQ=255)
gcaagcGAAGGCGAGCTGCTGGCGCAGGTTGAACCGGAAGATCTGATCAAGTTTGGTCTTATCCCTGAGtt < 1:3348844/71‑1 (MQ=255)
caagcGAAGGCGAGCTGCTGGCGCAGGTTGAACCGGAAGATCTGATCAAGTTTGGTCTTATCCCTGAGttt < 1:2811917/71‑1 (MQ=255)
caagcGAAGGCGAGCTGCTGGCGCAGGTTGAACCGGAAGATCTGATCAAGTTTGGTCTTATCCCCGAGttt < 1:2251999/71‑1 (MQ=255)
aagcGAAGGCGAGCTGCTGGCGCAGGTTGAACCGGAAGATCTGATCAAGTTTGGTCTTATCCCTGAGttt < 1:1346751/70‑1 (MQ=255)
aagcGAAGGCGAGCTGCTGGCGCAGGTTGAACCGGAAGATCTGATCAAGTTTGGTCTTATCCCTGAGTTTa < 1:1295172/71‑1 (MQ=255)
ggCGAGCTGCTGGCGCAGGTTGAACCGGAAGATCTGATCAAGTTTGGTCTTATCCCCGAGTTTATTGgtcg > 1:2935032/1‑71 (MQ=255)
ggCGAGCTGCTGGCGAAGGTTGAACCGGAAGATCTGATCAAGTTTGGTCTTATCCCCGAGTTTATTGgtcg > 1:2074069/1‑71 (MQ=255)
ctgGCGCAGGTTGAACCGGAAGATCTGATCAAGTTTGGTCTTATCCCTGAGTTTATTgg > 1:3434648/1‑59 (MQ=255)
ctgGCGCAGGTTGAACCGGAAGATCTGATCAAGTTTGGTCTTATCCCTGAGTTTATTgg > 1:1951628/1‑59 (MQ=255)
ctgGCGCAGGTTGAACCGGAAGATCTGATCAAGTTTGGTCTTATCCCTGAGTTTATTgg > 1:3162223/1‑59 (MQ=255)
ctgGCGCAGGTTGAACCGGAAGATCTGATCAAGTTTGGTCTTATCCCTGAGTTTATTgg > 1:1036744/1‑59 (MQ=255)
ggCGCAGGTTGAACCGGAAGATCTGATCAAGTTTGGTCTTATCCCTGAGtt < 1:4135270/51‑1 (MQ=255)
gcgcAGGTTGAACCGGAAGATCTGATCAAGTTTGGTCTTATCCCCGAGTTTATTGGTCGTCTGCCGGtt < 1:2113395/69‑1 (MQ=255)
gcgcAGGTTGAACCGGAAGATCTGATCAAGTTTGGTCTTATCCCCGAGTTTATTGGTCGTCTGCCGGTTGt < 1:3039690/71‑1 (MQ=255)
gcgcAGGTTGAACCGGAAGATCTGATCAAGTTTGGTCTTATCCCCGAGTTTATTGGTCGTCTGCCGGTTGt < 1:2899314/71‑1 (MQ=255)
gcgcAGGTTGAACCGGAAGATCTGATCAAGTTTGGTCTTATCCCCGAGTTTATTGGTCGTCTGCCGGTTGt < 1:72187/71‑1 (MQ=255)
gcAGGTTGAACCGGAAGATCTGATCAAGTTTGGTCTTATCCCTGAGTTTATTGGTCGTCTGCCGGTTGTCg > 1:2648309/1‑71 (MQ=255)
gcAGGTTGAACCGGAAGATCTGATCAAGTTTGCTCTTATCCCTGAGTTTATTGgt > 1:1468626/1‑55 (MQ=255)
gTTGAACCGGAAGATCTGATCAAGTTTGGTCTTATCCCCGAGTTTATTGGTCGTCTGCCGGTTGTCGCaa < 1:2976105/70‑1 (MQ=255)
gTTGAACCGGAAGATCTGATCAAGTTTGGTCTTATCCCCGAGTTTATTGGTCGTCTGCCGGTTGTCGCaa < 1:1707884/70‑1 (MQ=255)
gTTGAACCGGAAGATCTGATCAAGTTTGGTCTTATCCCCGAGTTTATTGGTCGTCTGCCGGTTGTCGCaa < 1:3058952/70‑1 (MQ=255)
ttGAACCGGAAGATCTGATCAAGTTTGGTCTTATCCCCGAGTTTATTGGTCGTCTGCCGGTTGTCGCAACg < 1:2910860/71‑1 (MQ=255)
ttGAACCGGAAGATCTGATCAAGTTTGGTCTTATCCCCGAGTTTATTGGTCGTCTGCCGGTTGTCGCAACg < 1:3040165/71‑1 (MQ=255)
ttGAACCGGAAGATCTGATCAAGTTTGGTCTTATCCCCGAGTTTATTGGTCGTCTGCCGGTTGTCGCAACg < 1:2884014/71‑1 (MQ=255)
ttGAACCGGAAGATCTGATCAAGTTTGGTCTTATCCCCGAGTTTATTGGTCGTCTGCCGGTTGTCGCAACg < 1:4068550/71‑1 (MQ=255)
ttGAACCGGAAGATCTGATCAAGTTTGGTCTTATCCCCGAGTTTATTGGTCGTCTGCCGGTTGTCGCAACg < 1:1723441/71‑1 (MQ=255)
tGAACCGGAAGATCTGATCAAGTTTGGTCTTATCCCTGAGTTTATTGGTCGTCTGCCGGTTGta > 1:445481/1‑63 (MQ=255)
tGAACCGGAAGATCTGATCAAGTTTGGTCTTATCCCTGAGTTTATTGGTCGTCTGCCGGTTGTCGCAACGt > 1:2530837/1‑71 (MQ=255)
tGAACCGGAAGATCTGATCAAGTTTGGTCTTATCCCTGAGTTTATTGGTCGTCTGCCGGTTGTCGCAACGt > 1:1280655/1‑71 (MQ=255)
tGAACCGGAAGATCTGATCAAGTTTGGTCTTATCCCTGAGTTTATTGGTCGTCTGCCGGTTGTCGCAACGt > 1:533128/1‑71 (MQ=255)
tGAACCGGAAGATCTGATCAAGTTTGGTCTTATCCCCGAGTTTATTGGTCGTCTGCCGGTTGTCGCAACGt > 1:3231347/1‑71 (MQ=255)
tGAACCGGAAGATCTGATCAAGTTTGGTCTTATCCCCGAGTTTATTGGTCGTCTGCCGGTTGTCGCAACGt > 1:3856436/1‑71 (MQ=255)
tGAACCGGAAGATCTGATCAAGTTTGGTCTTATCCCCGAGTTTATTGGTCGTCTGCCGGTTGTCGCAACGt > 1:2984653/1‑71 (MQ=255)
gAACCGGAAGATCTGATCAAGTTTGGTCTTATCCCTGAGTTTAt < 1:4156402/44‑1 (MQ=255)
gAACCGGAAGATCTGATCAAGTTTGGTCTTATCCCTGAGTTTAt < 1:119846/44‑1 (MQ=255)
gAACCGGAAGATCTGATCAAGTTTGGTCTTATCCCTGAGTTTAt < 1:491802/44‑1 (MQ=255)
gAACCGGAAGATCTGATCAAGTTTGGTCTTATCCCTGAGTTTAt < 1:2053525/44‑1 (MQ=255)
gAACCGGAAGATCTGATCAAGTTTGGTCTTATCCCTGAGTTTAt < 1:2118780/44‑1 (MQ=255)
aaCCGGAAGATCTGATCAAGTTTGGTCTTATCCCCGAGTTTATTGGTCGTCTGCCGGTTGTCGCAACGtt < 1:296228/70‑1 (MQ=255)
aaCCGGAAGATCTGATCAAGTTTGGTCTTATCCCCGAGTTTATTGGTCGTCTGCCGGTTGTCGCAACGtt < 1:1395413/70‑1 (MQ=255)
aaCCGGAAGATCTGATCAAGTTTGGTCTTATCCCCGAGTTTATTGGTCGTCTGCCGGTTGTCGCAACGtt < 1:222686/70‑1 (MQ=255)
aaCCGGAAGATCTGATCAAGTTTGGTCTTATCCCCGAGTTTATTGGTCGTCTGCCGGTTGTCGCAACGTtg < 1:306765/71‑1 (MQ=255)
cGGAAGATCTGATCAAGTTTGGTCTTATCCCCGAGttt < 1:2221526/38‑1 (MQ=255)
cGGAAGATCTGATCAAGTTTGGTCTTATCCCCGAGttt < 1:3312306/38‑1 (MQ=255)
ggAAGATCTGATCAAGTTTGGTCTTATCCCTGAGTTTATTGGTCGTCTGCCGGTTGTCGCAACGTtgaatg < 1:3818388/71‑1 (MQ=255)
ggAAGATCTGATCAAGTTTGGTCTTATCCCTGAGTTTATTGGTCGTCTGCCGGTTGTCGCAACGTtgaatg < 1:2834914/71‑1 (MQ=255)
ggAAGATCTGATCAAGTTTGGTCTTATCCCTGAGTTTATTGGTCGTCTGCCGGTTGTCGCAACGTtgaatg < 1:2563/71‑1 (MQ=255)
ggAAGATCTGATCAAGTTTGGTCTTATCCCCGAGttt < 1:2473368/37‑1 (MQ=255)
gAAGATCTGATCAAGTTTGGTCTTATCCCTGAGtt < 1:835400/35‑1 (MQ=255)
aaGATCTGATCAAGTTTGGTCTTATCCCCGAGTTTATTGGTCGTCTGCCGGTTGTCGCAACGTtgaatgaa < 1:3509992/71‑1 (MQ=255)
aTCTGATCAAGTTTGGTCTTATCCCTGAGTTTATTGGTCGTCTGCCGGTTGTCGc < 1:3062387/55‑1 (MQ=255)
aTCTGATCAAGTTTGGTCTTATCCCTGAGTTTATTGGTCGTCTGCCGGTTGTCGc < 1:662097/55‑1 (MQ=255)
aTCTGATCAAGTTTGGTCTTATCCCTGAGTTTATTGGTCGTCTGCCGGTTGTCGc < 1:2579115/55‑1 (MQ=255)
aTCTGATCAAGTTTGGTCTTATCCCTGAGTTTATTGGTCGTCTGCCGGTTGTCGc < 1:3708939/55‑1 (MQ=255)
aTCTGATCAAGTTTGGTCTTATCCCTGAGTTTATTGGTCGTCTGCCGGTTGTCGc < 1:2472368/55‑1 (MQ=255)
aTCTGATCAAGTTTGGTCTTATCCCTGAGTTTATTGGTCGTCTGCCGGTTGTCGc < 1:2123668/55‑1 (MQ=255)
tCTGATCAAGTTTGGTCTTATCCCTGAGTTTATTGGTCGTCTGCCGGTTGTCGCAACGTTGAATGAACt > 1:378033/1‑69 (MQ=255)
cTGATCAAGTTTGGTCTTATCCCCGAGTTTATTGGTCGTCTGCCgg > 1:3341466/1‑46 (MQ=255)
cTGATCAAGTTTGGTCTTATCCCCGAGTTTATTGGTCGTCTGCCGGt > 1:598407/1‑47 (MQ=255)
cTGATCAAGTTTGGTCTTATCCCCGAGTTTATTGGTCGTCTGCCGGt > 1:4158732/1‑47 (MQ=255)
cTGATCAAGTTTGGTCTTATCCCCGAGTTTATTGGTCGTCTGCCGGTTGTCGCAACGt > 1:2551714/1‑58 (MQ=255)
cTGATCAAGTTTGGTCTTATCCCCGAGTTTATTGGTCGTCTGCCGGTTGTCGCAACGt > 1:2379429/1‑58 (MQ=255)
aTCAAGTTTGGTCTTATCCCTGAGTTTATTGGTCGTCTGCCGGTTGTCGCAACGTTGAATGAACTGAGCga < 1:2396040/71‑1 (MQ=255)
aTCAAGTTTGGTCTTATCCCTGAGTTTATTGGTCGTCTGCCGGTTGTCGCAACGTTGAATGAACTGAGCga < 1:3209006/71‑1 (MQ=255)
tCAAGTTTGGTCTTATCCCCGAGTTTATTGGTCGTCTGCCGGTTGTCGCAACGTTGAATGAACTGAGCgaa < 1:2958159/71‑1 (MQ=255)
aaGTTTGGTCTTATCCCTGAGTTTATTGGTCGTCTGCCGGtt < 1:1246927/42‑1 (MQ=255)
aaGTTTGGTCTTATCCCTGAGTTTATTGGTCGTCTGCCGGtt < 1:1075005/42‑1 (MQ=255)
tCTTATCCCCGAGTTTATTGGTCGTCTGCCGGTTGTCGCAACGTTGAATGAACTGAGCGAAGAAGCTCTGa < 1:1559331/71‑1 (MQ=255)
cTTATCCCTGAGTTTATTGGTCGTCTGCCGGTTGTCGCAACGTTGAATGAACTTAGCgaaga < 1:142989/62‑1 (MQ=255)
ttATCCCCGAGTTTATTGGTCGTCTGCCGGTTGTCGCAACGtt < 1:3713241/43‑1 (MQ=255)
ttATCCCCGAGTTTATTGGTCGTCTGCCGGTTGTCGCAACGt > 1:1347115/1‑42 (MQ=255)
aTCCCTTAGTTTATTGGTCGTCTGCCGGTTGTCGCAACGTTGAATGAACTGAGCGAAGAAGCTCTGAt < 1:457535/68‑1 (MQ=255)
aTCCCTGAGTTTATTGGTCGTCTGCCGGTTGTCGCAACGTTGAATGAACTGAGCGAAGAAGctc > 1:3497640/1‑64 (MQ=255)
aTCCCTGAGTTTATTGGTCGTCTGCCGGTTGTCGCAACGTTGAATGAACTGAGCGAAGAAGCTCTGAt < 1:1398101/68‑1 (MQ=255)
|
CAAAGCAAGCGAAGGCGAGCTGCTGGCGCAGGTTGAACCGGAAGATCTGATCAAGTTTGGTCTTATCCCTGAGTTTATTGGTCGTCTGCCGGTTGTCGCAACGTTGAATGAACTGAGCGAAGAAGCTCTGAT > minE/286731‑286862
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
