Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F28 I1 R2
|
328 |
63.0 |
4687567 |
98.0% |
4593815 |
65.2 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
W3110S.gb |
264,394 |
T→C |
N13D (AAC→GAC) |
yafX ← |
hypothetical protein |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | W3110S.gb | 264,394 | 0 | T | C | 100.0%
| 246.6
/ NA
| 72 | N13D (AAC→GAC) | yafX | hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); new base C (26/46); total (26/46) |
CTGTGGCCAGAAATCGATACGCTGTTCATCGGGGACCGGCGTGACGGTCAGTTCAAATTCGGGTTGGTTAGCGGGTGCGAGGTCGTGCTGCGTCTGTGTTGTCATGGGTATGTCTCCGTCAATAAA > W3110S.gb/264326‑264451
|
cTGTGGCCGGAAATCGATACGCTGTTCATCGGGGACCGGCGTGACGGTCAGTTCAAATTCGGGTTGGTCAg < 1:2099596/71‑1 (MQ=255)
cTGTGGCCAGAAATCGATACGCTGTTCATCGGGGACCGGCGTGACGGTCAGTTCAAATTCGGGTTGGTCAg > 1:2768468/1‑71 (MQ=255)
atgtgGCCAGAAATCGATACGCTGTTCATCGGGGACCGGAGTGACGGTCAGTTCAAATTCGGGTTGGTCAg > 1:209207/2‑71 (MQ=255)
tgGCCAGAAATCGATACGCTGTTCATCGGGGACCGGCGTGACGGTCAGTTCAAATTCGGGTTGGTCAGCg < 1:4077104/70‑1 (MQ=255)
gCCAGAAATCGATACGCTGTTCATCGGGGACCGGCGTGACGGTCAGTTCAAATTCGGGTTGGTCAGCGGGt > 1:1408878/1‑71 (MQ=255)
gCCAGAAATCGATACGCTGTTCATCGGGGACCGGCGTGACGGTCAGTTCAAATTCGGGTTGGTCAGCGGGt > 1:1009439/1‑71 (MQ=255)
gCCAGAAATCGATACGCTGTTCATCGGGGACCGGCGTGACGGTCAGTTCAAATTCGGGTTGGTCAGCGGGt < 1:3062791/71‑1 (MQ=255)
gAAATCGATACGCTGTTCATCGGGGACCGGCGTGACGGTCAGTTCAAATTCGGGTTGGTCAGCGGGTGc > 1:4296473/1‑69 (MQ=255)
aTCGATACGCTGTTCATCGGGGACCGGCGTGACGGTCAGTTCAAATTCGGGTTGGTCAGCGGGTGCGAGGt > 1:941455/1‑71 (MQ=255)
aTCGATACGCTGTTCATCGGGGACCGGCGTGACGGTCAGTTCAAATTCGGGTTGGTCAGCGGGTGCGAGGt > 1:3549628/1‑71 (MQ=255)
aTCGATACGCTGTTCATCGGGGACCGGCGTGACGGTCAGTTCAAATTCGGGTTGGTCAGCGGGTGCGAGGt < 1:3913982/71‑1 (MQ=255)
aTCGATACGCTGTTCATCGGGGACCGGCGTGACGGTCAGTTCAAATTCGGGTTGGTCAGCGGGTGCGAGGt < 1:2722668/71‑1 (MQ=255)
gATACGCTGTTCATCGGGGACCGGCGTGACGGTCAGTTCAAATTCGGGTTGGTCAGCGGGTGCGAGGTCGt > 1:2138830/1‑71 (MQ=255)
aCGCTGTTCATCGGGGACCGGCGTGACGGTCAGTTCAAATTCGGGTTGGTCAGCGGGTGCGAGGTCGtgct > 1:4363235/1‑71 (MQ=255)
cGCTGTTCATCGGGGACCGGCGTGACGGTCAGTTCAAATTCGGGTTGGTCAGCGGGTGCGAGGTCGtgctg > 1:1734063/1‑71 (MQ=255)
cTGTTCATCGGGGACCGGCGTGACGGTCAGTTCAAATTCGGGTTGGTCAGCGGGTGCGAGGTCGtgctgc > 1:2565399/1‑70 (MQ=255)
cTGTTCATCGGGGACCGGCGTGACGGTCAGTTCAAATTCGGGTTGGTCAGCGGGTGCGAGGTCGTGCTGCg > 1:2023267/1‑71 (MQ=255)
cTGTTCATCGGGGACCGGCGTGACGGTCAGTTCAAATTCGGGTTGGTCAGCGGGTGCGAGGTCGTGCTGCg > 1:2479387/1‑71 (MQ=255)
ttCATCGGGGACCGGCGTGACGGTCAGTTCAAATTCGGGTTGGTCAGCGGGTGCGAGGTCGTGCTGCGTc < 1:2445731/70‑1 (MQ=255)
cATCGGGGACCGGCGTGACGGTCAGTTCAAATTCGGGTTGGTCAGCGGGTGCGAGGTCGTGCTGCGTCtgt > 1:2049649/1‑71 (MQ=255)
cATCGGGGACCGGCGTGACGGTCAGTTCAAATTCGGGTTGGTCAGCGGGTGCGAGGTCGTGCTGCGTCtgt > 1:867777/1‑71 (MQ=255)
cATCGGGGACCGGCGTGACGGTCAGTTCAAATTCGGGTTGGTCAGCGGGTGCGAGGTCGTGCTGCGTCtg < 1:443376/70‑1 (MQ=255)
tCGGGGACCGGCGTGACGGTCAGTTCAAATTCGGGTTGGTCAGCGGGTGCGAGGTCGTGCTGCGTCTgtgt < 1:2111845/71‑1 (MQ=255)
ggggACCGGCGTGACGGTCAGTTCAAATTCGGGTTGGTCAGCGGGTGCGAGGTCGTGCTGCGTCTGtgttg > 1:4100124/1‑71 (MQ=255)
ggggACCGGCGTGACGGTCAGTTCAAATTCGGGTTGGTCAGCGGGTGCGAGGTCGTGCTGCGTCTGtgttg > 1:2443406/1‑71 (MQ=255)
ggggACCGGCGTGACGGTCAGTTCAAATTCGGGTTGGTCAGCGGGTGCGAGGTCGTGCTGCGTCTGtgttg > 1:4302659/1‑71 (MQ=255)
ggggACCGGCGTGACGGTCAGTTCAAATTCGGGTTGGTCAGCGGGTGCGAGGTCGTGCTGCGTCTGtgttg > 1:3057561/1‑71 (MQ=255)
gggACCGGCGTGACGGTCAGTTCAAATTCGGGTTGGTCAGCGGGTGCGAGGTCGTGCTGCGTCTGtgttgt < 1:2358401/71‑1 (MQ=255)
gggACCGGCGTGACGGTCAGTTCAAATTCGGGTTGGTCAGCGGGTGCGAGGTCGTGCTGCGTCTGtgttgt < 1:3962355/71‑1 (MQ=255)
gggACCGGCGTGACGGTCAGTTCAAATTCGGGTTGGTCAGCGGGTGCGAGGTCGTGCTGCGTCTGtgttgt < 1:3454253/71‑1 (MQ=255)
gggACCGGCGTGACGGTCAGTTCAAATTCGGGTTGGTCAGCGGGTGCGAGGTCGTGCTGCGTCTGtgttgt < 1:4039410/71‑1 (MQ=255)
gggACCGGCGTGACGGTCAGTTCAAATTCGGGTTGGTCAGCGGGTGCGAGGTCGTGCTGCGTCTGtgttgt < 1:665398/71‑1 (MQ=255)
gggACCGGCGTGACGGTCAGTTCAAATTCGGGTTGGTCAGCGGGTGCGAGGTCGTGCTGCGTCTGtgttgt < 1:3081389/71‑1 (MQ=255)
gggACCGGCGTGACGGTCAGTTCAAATTCGGGTTGGTCAGCGGGTGCGAGGTCGTGCTGCGTCTGtgttgt < 1:65804/71‑1 (MQ=255)
gggACCGGCGTGACGGTCAGTTCAAATTCGGGTTGGTCAGCGGGTGCGAGGTCGTGCTGCGTCTGtgttgt < 1:2322326/71‑1 (MQ=255)
gggACCGGCGTGACGGTCAGTTCAAATTCGGGTTGGTCAGCGGGTGCGAGGTCGTGCTGCGTCTGtgttgt < 1:1873846/71‑1 (MQ=255)
gggACCGGCGTGACGGTCAGTTCAAATTCGGGTTGGTCAGCGGGTGCGAGGTCGTGCTGCGTCTGtgttgt < 1:4055991/71‑1 (MQ=255)
gggACCGGCGTGACGGTCAGTTCAAATTCGGGTTGGTCAGCGGGTGCGAGGTCGTGCTGCGTCTGtgttgt < 1:1854849/71‑1 (MQ=255)
gggACCGGCGTGACGGTCAGTTCAAATTCGGGTTGGTCAGCGGGTGCGAGGTCGTGCTGCGTCTGtgttgt < 1:1775394/71‑1 (MQ=255)
gggACCGGCGGGACGGTCAGTTCAAATTCGGGTTGGTCAGCGGGTGCGAGGTCGTGCTGCGTCTGtgttgt < 1:4350327/71‑1 (MQ=255)
gggACCGGAGTGACGGTCAGTTCAAATTCGGGTTGGTCAGCGGGTGCGAGGTCGTGCTGCGTCTGtgttgt < 1:2997874/71‑1 (MQ=255)
ggCGTGACGGTCAGTTCAAATTCGGGTTGGTCAGCGGGTGCGAGGTCGTGCTGCGTCTGTGTTGTCATggg < 1:3141714/71‑1 (MQ=255)
ggCGTGACGGTCAGTTCAAATTCGGGTTGGTCAGCGGGTGCGAGGTCGTGCTGCGTCTGTGTTGTCATggg < 1:4009096/71‑1 (MQ=255)
ggCGTGACGGTCAGTTCAAATTCGGGTTGGTCAGCGGGTGCGAGGTCGTGCTGCGTCTGTGTTGTCATggg < 1:4051121/71‑1 (MQ=255)
ggCGTGACGGTCAGTTCAAATTCGGGTTGGTCAGCGGGTGCGAGGTCGTGCTGCGTCTGTGTTGTCATggg < 1:3506200/71‑1 (MQ=255)
ggCGTGACGGTCAGTTCAAATTCGGGTTGGTCAGCGGGTGCGAGGTCGTGCTGCGTCTGTGTTGTCATggg < 1:143841/71‑1 (MQ=255)
ggCGTGACGGTCAGTTCAAATTCGGGTTGGTCAGCGGGTGCGAGGTCGTGCTGCGTCTGTGTTGTCATggg < 1:3284594/71‑1 (MQ=255)
ggCGTGACGGTCAGTTCAAATTCGGGTTGGTCAGCGGGTGCGAGGTCGTGCTGCGTCTGTGTTGTCATggg < 1:1654379/71‑1 (MQ=255)
gCGTGACGGTCAGTTCAAATTCGGGTTGGTCAGCGGGTGCGAGGTCGTGCTGCg < 1:4494455/54‑1 (MQ=255)
tGACGGTCAGTTCAAATTCGGGTTGGTCAGCGGGTGCGAGGTCGTGCTGCGTCTGTGTTGTCATGGGTATg < 1:2683292/71‑1 (MQ=255)
aCGGTCAGTTCAAATTCGGGTTGGTCAGCGGGTGCTAGGTCGTGCTGCGTCTGtgttgt < 1:1415227/59‑1 (MQ=37)
aCGGTCAGTTCAAATTCGGGTTGGTCAGCGGGTGCGAGGTCGTGCTGCGTCTGTGTTGTCa > 1:4492793/1‑61 (MQ=255)
aCGGTCAGTTCAAATTCGGGTTGGTCAGCGGGTGCGAGGTCGTGCTGCGTCTGTGTTGTCATGGGTATGtc > 1:2063636/1‑71 (MQ=255)
aCGGTCAGTTCAAATTCGGGTTGGTCAGCGGGTGCGAGGTCGTGCTGCGTCTGTGTTGTCATGGGTATGtc > 1:3399040/1‑71 (MQ=255)
gTCAGTTCAAATTCGGGTTGGTCAGCGGGTGCGAGGTCGTGCTGCGTCTGTGTTGTCTTggg < 1:4073063/62‑1 (MQ=255)
gTCAGTTCAAATTCGGGTTGGTCAGCGGGTGCGAGGTCGTGCTGCGTCTGTGTTGTCATggg < 1:523716/62‑1 (MQ=255)
cAGTTCAAATTCGGGTTGGTCAGCGGGTGCGAGGTCGTGCTGCGTCTGTGTTGTCa > 1:3634023/1‑56 (MQ=255)
cAGTTCAAATTCGGGTTGGTCAGCGGGTGCGAGGTCGTGCTGCGTCTGTGTTGTCATGGGTATGTCTCCGt > 1:2392871/1‑71 (MQ=255)
aGTTCAAATTCGGGTTGGTCAGCGGGTGCGAGGTCGTGCTGCGTCTGtgttgt < 1:289533/53‑1 (MQ=255)
aGTTCAAATTCGGGTTGGTCAGCGGGTGCGAGGTCGTGCTGCGTCTGtgttgt < 1:553050/53‑1 (MQ=255)
aGTTCAAATTCGGGTTGGGCAGCGGGTGCGAGGTCGTGCTGCGTCTGtgttgt < 1:3381803/53‑1 (MQ=25)
gTTCAAATTCGGGTTGGTCAGCGGGTGCGAGGTCGTGCTGCGTCTGTGTTGTCATggg < 1:4274912/58‑1 (MQ=255)
gTTCAAATTCGGGTTGGGCAGCGGGTGCGAGGTCGTGCTGCGTCTGtgttgt < 1:3508562/52‑1 (MQ=25)
ttCAAATTCGGGTTTGTCAGCGGGTGCGAGGTCGTGCTGCGTCTGTGTTGTCATggg < 1:2305052/57‑1 (MQ=18)
tCAAATTCGGGTTGGTCAGCGGGTGCGAGGTCGTGCTGCGTCTGTGTTGTCa > 1:1030827/1‑52 (MQ=255)
cAAATTCGGGTTGGTCAGCGGGTGCGAGGTCGTGCTGCGTCTGTGTTGTCATGGGTATGTCTCCGTCaa > 1:3355771/1‑69 (MQ=255)
aaTTCGGGTTGGTCAGCGGGTGCGAGGTCGTGCTGCGTCTGTGTTGTCATGGGTATGTCTCCGTCAATaaa < 1:504830/71‑1 (MQ=255)
aaTTCGGGTTGGTCAGCGGGTGCGAGGTCGTGCTGCGTCTGTGTTGTCATGGGTATGTCTCCGTCAATaaa < 1:1592184/71‑1 (MQ=255)
aaTTCGGGTTGGTCAGCGGGTGCGAGGTCGTGCTGCGTCTGTGTTGTCATGGGTATGTCTCCGTCAATaaa < 1:4405041/71‑1 (MQ=255)
aaTTCGGGTTGGTCAGCGGGTGCGAGGTCGTGCTGCGTCTGTGTTGTCATGGGTATGTCTCCGTCAATaaa < 1:799210/71‑1 (MQ=255)
ttCGGGTTGGTCAGCGGGTGCGAGGTCGTGCTGCGTCTGTGTTGTCATggg < 1:500982/51‑1 (MQ=255)
ttCGGGTTGGTCAGCGGGTGCGAGGTCGTGCTGCGTCTGTGTTGTCATggg < 1:2430711/51‑1 (MQ=255)
ttggtcAGCGGGTGCGAGGTCGTGCTGCGTCTGTGTTGTCATggg < 1:1157184/45‑1 (MQ=255)
ggtcAGCGGGTGCGAGGTCGTGCTGCGTCTGtgttgt < 1:2157198/37‑1 (MQ=255)
|
CTGTGGCCAGAAATCGATACGCTGTTCATCGGGGACCGGCGTGACGGTCAGTTCAAATTCGGGTTGGTTAGCGGGTGCGAGGTCGTGCTGCGTCTGTGTTGTCATGGGTATGTCTCCGTCAATAAA > W3110S.gb/264326‑264451
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
