Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F28 I1 R2
|
328 |
63.0 |
4687567 |
98.0% |
4593815 |
65.2 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
W3110S.gb |
1,352,814 |
G→A |
intergenic (‑61/+307) |
fabI ← / ← ycjD |
enoyl‑[acyl‑carrier‑protein] reductase, NADH‑dependent/conserved hypothetical protein |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | W3110S.gb | 1,352,814 | 0 | G | A | 100.0%
| 139.1
/ NA
| 47 | intergenic (‑61/+307) | fabI/ycjD | enoyl‑[acyl‑carrier‑protein] reductase, NADH‑dependent/conserved hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); new base A (24/23); total (24/23) |
AAACCCATAGCTTTAATCCTTATTGTTGATGCTTGTTGTGCCTGAAAATCAGGCGATTCGTCGTTTTAGTAAACAGTACGAACAGATAAACGGTTATTATAATCAACCTGGCTGTGAGTAGCTATAGTTGCCAGGT > W3110S.gb/1352746‑1352881
|
aaaCCCATAGCTTTAATCCTTATTGTTGATGCTTGTTGTGCCTGAAAATCAGGCGATTCGTCGTTTTAATa < 1:3353164/71‑1 (MQ=255)
aaaCCCATAGCTTTAATCCTTATTGTTGATGCTTGTTGTGCCTGAAAATCAGGCGATTCGTCGTTTTAATa < 1:4259518/71‑1 (MQ=255)
cATAGCTTTAATCCTTATTGTTGATGCTTGTTGTGCCTGAAAATCAGGCGATTCGTCGTTTTAATAAACAg < 1:613040/71‑1 (MQ=255)
tAGCTTTAATCCTTATTGTTGATGCTTGTTGTGCCTGAAAATCAGGCGATTCGTCGTTTTAATaaa < 1:2371910/66‑1 (MQ=255)
gCTTTAATCCTTATTGTTGATGCTTGTTGTGCCTGAAAATCAGGCGATTCGTCGTTTTAATAAACAGTAc > 1:1019874/1‑70 (MQ=255)
gCTTTAATCCTTATTGTTGATGCTTGTTGTGCCTGAAAATCAGGCGATTCGTCGTTTTAATAAACAGTAc > 1:3178011/1‑70 (MQ=255)
gCTTTAATCCTTATTGTTGATGCTTGTTGTGCCTGAAAATCAGGCGATTCGTCGTTTTAATAAACAGTAc > 1:2505079/1‑70 (MQ=255)
gCTTTAATCCTTATTGTTGATGCTTGTTGTGCCTGAAAATCAGGCGATTCGTCGTTTTAATAAACAGTAc > 1:2431216/1‑70 (MQ=255)
gCTTTAATCCTTATTGTTGATGCTTGTTGTGCCTGAAAATCAGGCGATTCGTCGTTTTAATAAACAGTAc > 1:2372192/1‑70 (MQ=255)
gCTTTAATCCTTATTGTTGATGCTTGTTGTGCCTGAAAATCAGGCGATTCGTCGTTTTAATAAACAGTAc > 1:2351161/1‑70 (MQ=255)
gCTTTAATCCTTATTGTTGATGCTTGTTGTGCCTGAAAATCAGGCGATTCGTCGTTTTAATAAACAGTACg < 1:2272123/71‑1 (MQ=255)
gCTTTAATCCTTATTGTTGATGCTTGTTGTGCCTGAAAATCAGGCGATTCGTCGTTTTAATAAACAGTACg < 1:2982801/71‑1 (MQ=255)
gCTTTAATCCTTATTGTTGATGCTTGTTGTGCCTGAAAATCAGGCGATTCGTCGTTTTAATAAACAGTACg < 1:3117910/71‑1 (MQ=255)
gCTTTAATCCTTATTGTTGATGCTTGTTGTGCCTGAAAATCAGGCGATTCGTAGTTTTAATAAACAGTAc > 1:792427/1‑70 (MQ=255)
gCTTTAATCCTTATTCTTGATGCTTGTTGTGCCTGAAAATCAGGCGATTCGTCGTTTTAATAAACAGTAc > 1:4440374/1‑70 (MQ=255)
ttAATCCTTATTGTTGATGCTTGTTGTGCCTGAAAATCAGGCGATTCGTCGTTTTAATAAACAGTa > 1:1777030/1‑66 (MQ=255)
tCCTTATT‑TTGATGCTTGTTGTGCCTGAAAATCAGGCGATTCGTCGTTTTAATAAACAGTACGAACAGATa < 1:2132807/71‑1 (MQ=255)
cTTATTGTTGATGCTTGTTGTGCCTGAAAATCAGGCGATTCGTCGTTTTAATAAACAGTACGAACa < 1:1543690/66‑1 (MQ=255)
cTTATTGTTGATGCTTGTTGTGCCTGAAAATCAGGCGATTCGTCGTTTTAATAAACAGTACGAACa < 1:4282714/66‑1 (MQ=255)
cTTATTGTTGATGCTTGTTGTGCCTGAAAATCAGGCGATTCGTCGTTTTAATAAACAGTACGAACAGATa < 1:3611406/70‑1 (MQ=255)
ttgttgATGCTTGTTGTGCCTGAAAATCAGGCGATTCGTCGTTTTAATAAACAGTACGAACa < 1:4036206/62‑1 (MQ=255)
gttgATGCTTGTTGTGCCTGAAAATCAGGCGATTCGTCGTTTTAATAAACAGTACGAACAGATAAACGGt < 1:1646174/70‑1 (MQ=255)
gttgATGCTTGTTGTGCCTGAAAATCAGGCGATTCGTCGTTTTAATAAACAGTACGAACAGATAAACGGt < 1:1480109/70‑1 (MQ=255)
gttgATGCTTGTTGTGCCTGAAAATCAGGCGATTCGTCGTTTTAATAAACAGTACGAACAGATAAACGGt > 1:697240/1‑70 (MQ=255)
gATGCTTGTTGTGCCTGAAAATCAGGCGATTCGTCGTTTTAATAAACAGTACGAACAGATAAACGGttat > 1:3716049/1‑70 (MQ=255)
gATGCTTGTTGTGCCTGAAAATCAGGCGATTCGTCGTTTTAATAAACAGTACGAACAGATAAACGGttat > 1:948669/1‑70 (MQ=255)
tGCTTGTTGTGCCTGAAAATCAGGCGATTCGTCGTTTTAATAAACAGTACGAACAGATAAACGGttatta > 1:1369509/1‑70 (MQ=255)
tGCTTGTTGTGCCTGAAAATCAGGCGATTCGTCGTTTTAATAAACAGTACGAACAGATAAACGGttatta > 1:1903009/1‑70 (MQ=255)
ttgtGCCTGAAAATCAGGCGATTCGTCGTTTTAATAAACAGTACGAACAGATAAACGGTTATTATAATCa < 1:4049868/70‑1 (MQ=255)
ttgtGCCTGAAAATCAGGCGATTCGTCGTTTTAATAAACAGTACGAACAGATAAACGGTTATTATAATCa < 1:2692190/70‑1 (MQ=255)
ttgtGCCTGAAAATCAGGCGATTCGTCGTTTTAATAAACAGTACGAACAGATAAACGGTTATTATAATCa < 1:4281424/70‑1 (MQ=255)
ttgtGCCTGAAAATCAGGCGATTCGTCGTTTTAATAAACAGTACGAACAGATAAACGGTTATTATAATCa < 1:3036360/70‑1 (MQ=255)
ttgtGCCTGAAAATCAGGCGATTCGTCGTTTTAATAAACAGTACGAACAGATAAACGGTTATTATAATCa < 1:1195165/70‑1 (MQ=255)
gtgCCTGAAAATCAGGCGATTCGTCGTTTTAATAAACAg > 1:1503971/1‑39 (MQ=255)
gtgCCTGAAAATCAGGCGATTCGTCGTTTTAATAAACAGTACGAACAGATAAACGGTTATTATAATCAAcc > 1:4482129/1‑71 (MQ=255)
tGAAAATCAGGCGATTCGTCGTTTTAATAAACAGTACGAACAGATAAACGGTTATTATAATCAAc > 1:2994466/1‑65 (MQ=255)
aaaaTCAGGCGATTCGTCGTTTTAATAAACAGTACGAACAGATAAACGGTTATTATAATCAACctgtctgt < 1:14852/71‑1 (MQ=255)
aaTCAGGCGATTCGTCGTTTTAATAAACAGTACGAACAGATAAACGGTTATTATAATCAACCTGGCtgt > 1:3620916/1‑69 (MQ=255)
cAGGCGATTCGTCGTTTTAATAAACAGTACGAACAGATAAACGGTTATTATAATCAACCTGGCTGTGAg > 1:3868007/1‑69 (MQ=255)
ttCGTCGTTTTAATAAACAGTACGAACAGATAAACGGTTATTATAATc < 1:747948/48‑1 (MQ=255)
tcgtcgTTTTAATAAACAGTACGAACAGATAAACGGTTATTATAATCAACCTGGCTGTGAg > 1:988308/1‑61 (MQ=255)
tcgtcgTTTTAATAAACAGTACGAACAGATAAACGGTTATTATAATCAACCTGGCTGTGAGTAGCTATAGt > 1:1249022/1‑71 (MQ=255)
tcgtcgTTTTAATAAACAGTACGAACAGATAAACGGTTATTATAATCAACCTGGCTGTGAGTAGCTATAGt > 1:1177342/1‑71 (MQ=255)
cgtcgtTTTAATAAACAGTACGAACAGATAAACGGTTATTATAATCAACCTGGCTGTGAGTAGCTATAGtt > 1:1381967/1‑71 (MQ=255)
gtcgtTTTAATAAACAGTACGAACAGATAAACGGTTATTATAATCAACCTGGCTGTGAGTAGCTATAGtt < 1:4142545/70‑1 (MQ=255)
gtcgtTTTAATAAACAGTACGAACAGATAAACGGTTATTATAATCAACCTGGCTGTGAGTAGCTATAGtt < 1:2834095/70‑1 (MQ=255)
ttAATAAACAGTACGAACAGATAAACGGTTATTATAATCAACCTGGCTGTGAGTAGCTATAGTTGCCAGGt > 1:325953/1‑71 (MQ=255)
|
AAACCCATAGCTTTAATCCTTATTGTTGATGCTTGTTGTGCCTGAAAATCAGGCGATTCGTCGTTTTAGTAAACAGTACGAACAGATAAACGGTTATTATAATCAACCTGGCTGTGAGTAGCTATAGTTGCCAGGT > W3110S.gb/1352746‑1352881
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
