Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A2 F3 I0 R2
|
232 |
76.3 |
4135488 |
90.9% |
3759158 |
60.7 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
minE |
2,523,040 |
T→C |
31.9% |
K225K (AAA→AAG) |
dinD ← |
DNA‑damage‑inducible protein |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | minE | 2,523,040 | 0 | T | C | 31.9%
| 178.6
/ 132.4
| 141 | K225K (AAA→AAG) | dinD | DNA‑damage‑inducible protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (46/50); new base C (19/26); total (65/76) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.89e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.22e-01 |
Only 100 of 144 total aligned reads displayed.
CCGCCAAGTTCCTGAATGGTTTGCCTCACCTTGCGACCCACGTCAAAGTGTGTGGTGTTTGCTTGCTGTTTTGAATTCACGCCATCCCGCTTGAGTTTTTCTTCTGTTTGGGTAGCTCGAAAGAGATTAG > minE/2522972‑2523101
|
gCCAAGTTCCTGAATGGTTTGCCTCACCTTGCGACCCACGTCAAAGTGTGTGGTGTTTGCTTGCTGTTTTg < 1:446980/71‑1 (MQ=255)
gCCAAGTTCCTGAATGGTTTGCCTCACCTTGCGACCCACGTCAAAGTGTGTGGTGTTTGCTTGCTGTTTTg < 1:2930776/71‑1 (MQ=255)
gCCAAGTTCCTGAATGGTTTGCCTCACCTTGCGACCCACGTCAAAGTGTGTGGTGTTTGCTTGCTGTTTTg < 1:3746251/71‑1 (MQ=255)
cAAGTTCCTGAATGGTTTGCCTCACCTTGCGACCCACGTCAAAGTGTGTGGTGTTTGCTTGCTGCTTTGaa < 1:2957950/71‑1 (MQ=255)
cAAGTTCCTGAATGGTTTGCCTCACCTTGCGACCCACGTCAAAGTGTGTGGTGTTTGCTTGCTGCTTTGaa < 1:120995/71‑1 (MQ=255)
cAAGTTCCTGAATGGTTTGCCTCACCTTGCGACCCACGTCAAAGTGTGTGGTGTTTGCTTGCTGCTTTGaa < 1:832218/71‑1 (MQ=255)
cAAGTTCCTGAATGGTTTGCCTCACCTTGCGACCCACGTCAAAGTGTGTGGTGTTTGCTTGCTGCTTTGaa < 1:3313755/71‑1 (MQ=255)
ccTGAATGGTTTGCCTCACCTTGCGACCCACGTCAAAGTGTGTGGTGTTTGCTTGCTGCTTTGAATTCACg > 1:2681245/1‑71 (MQ=255)
gAATGGTTTGCCTCACCTTGCGACCCACGTCAAAGTGTGTGGTGTTTGCTTGCTGTTTTGAATTCACGCCa > 1:1815991/1‑71 (MQ=255)
gAATGGTTTGCCTCACCTTGCGACCCACGTCAAAGTGTGTGGTGTTTGCTTGCTGTTTTGAATTCACGCCa > 1:2069481/1‑71 (MQ=255)
aaTGGTTTGCCTCACCTTGCGACCCACGTCAAAGTGTGTGGTGTTTGCTTGCTGTTTTGAATTCACGcc < 1:1114106/69‑1 (MQ=255)
aaTGGTTTGCCTCACCTTGCGACCCACGTCAAAGTGTGTGGTGTTTGCTTGCTGTTTTGAATTCACGcc < 1:3422031/69‑1 (MQ=255)
tGGTTTGCCTCACCTTGCGACCCACGTCAGAGTGTGTGGTGTTTGCTTGCTGTTTTg < 1:3450553/57‑1 (MQ=255)
tGGTTTGCCTCACCTTGCGACCCACGTCAAAGTGTGTGGTGTTTGCTTGCTGCTTTGAATTCACGCCATcc > 1:4107268/1‑71 (MQ=255)
tGGTTTGCCTCACCTTGCGACCCACGTCAAAGTGTGTGGTGTTTGCTTGCTGCTTTGAATTCACGCCATcc > 1:973305/1‑71 (MQ=255)
tttGCCTCACCTTGCGACCCACGTCAAAGTGTGTGGTGTTTGCTTGCTGtttt < 1:377503/53‑1 (MQ=255)
tttGCCTCACCTTGCGACCCACGTCAAAGTGTGTGGTGTTTGCTTGCTGtttt < 1:2274712/53‑1 (MQ=255)
ccTCACCTTGCGACCCACGTCAAAGTGTGTGGTGTTTGCTTGCTGCTTTGAATTCACTCCATCCCGCTTGa < 1:2371233/71‑1 (MQ=255)
ccTCACCTTGCGACCCACGTCAAAGTGTGTGGTGTTTGCTTGCTGCTTTGAATTCACGCCATCCCGCTTGa < 1:3669440/71‑1 (MQ=255)
ccTCACCTTGCGACCCACGTCAAAGTGTGTGGTGTTTGCTTGCTGCTTTGAATTCACGCCATCCCGCTTGa < 1:1007143/71‑1 (MQ=255)
ccTCACCTTGCGACCCACGTCAAAGTGTGTGGTGTTTGCTTGCTGCTTTGAATTCACGCCATCCCGCTTGa < 1:1407141/71‑1 (MQ=255)
ccTCACCTTGCGACCCACGTCAAAGTGTGTGGTGTTTGCTTGCTGCTTTGAATTCACGCCATCCCGCTTGa < 1:108310/71‑1 (MQ=255)
ccTCACCTTGCGACCCACGTCAAAGTGTGTGGTGTTTGCTTGCTGCTTTGAATTCACGCCATCCCGCTTGa < 1:567937/71‑1 (MQ=255)
cACCTTGCGACCCACGTCAAAGTGTGTGGTGTTTGCTTGCTGTTTTGAATTCa > 1:2897886/1‑53 (MQ=255)
cACCTTGCGACCCACGTCAAAGTGTGTGGTGTTTGCTTGCTGTTTTGAATTCa > 1:1264882/1‑53 (MQ=255)
cACCTTGCGACCCACGTCAAAGTGTGTGGTGTTTGCTTGCTGTTTTGAATTCa > 1:1311373/1‑53 (MQ=255)
ccTTGCGACCCACGTCAAAGTGTGTGGTGTTTGCTTGCTGTTTTGAATTCACGCCATCCCGCTTGAGtttt < 1:2516122/71‑1 (MQ=255)
tGCGACCCACGTCAAAGTGTGTGGTGTTTGCTTGCTGCTTTGaa < 1:2236972/44‑1 (MQ=255)
gCGACCCACGTCAAAGTGTGTGGTGTTTGCTTGCTGTTTTGAATTCa > 1:1098375/1‑47 (MQ=255)
gCGACCCACGTCAAAGTGTGTGGTGTTTGCTTGCTGTTTTGAATTCa > 1:3865850/1‑47 (MQ=255)
gCGACCCACGTCAAAGTGTGTGGTGTTTGCTTGCTGTTTTGAATTCa > 1:3304737/1‑47 (MQ=255)
gCGACCCACGTCAAAGTGTGTGGTGTTTGCTTGCTGTTTTGAATTCa > 1:1442755/1‑47 (MQ=255)
gCGACCCACGTCAAAGTGTGTGGTGTTTGCTTGCTGTTTTGAATTCa > 1:2439094/1‑47 (MQ=255)
gCGACCCACGTCAAAGTGTGTGGTGTTTGCTTGCTGTTTTGAATTCACGCCATCCCGCTTGAGTTTttct < 1:3034319/70‑1 (MQ=255)
gCGACCAACGTCAAAGTGTGTGGTGTTTGCTTGCTGTTTAGAAATc > 1:2432353/1‑46 (MQ=255)
cGACCCACGTCAAAGTGTGTGGTGTTTGCTTGCTGTTTTGAATTCACGCCATCCCGCTTGAGTTTttcttc < 1:3870462/71‑1 (MQ=255)
cGACCCACGTCAAAGTGTGTGGTGTTTGCTTGCTGTTTTGAATTCACGCCATCCCGCTTGAGTTTttcttc < 1:835078/71‑1 (MQ=255)
cGACCCACGTCAAAGTGTGTGGTGTTTGCTTGCTGTTTTGAATTCACGCCATCCCGCTTGAGTTTttcttc < 1:2523774/71‑1 (MQ=255)
gACCCACGTCAAAGTGTGTGGTGTTTGCTTGCTGCTTTGAATTCACGCCATCCCGCTTGAGTTTTtcttct < 1:753260/71‑1 (MQ=255)
ccACGTCAAAGTGTGTGGTGTTTGCTTGCTGTTTTGAATTCACGCCATCCCGCTTGAGTTTTTCTTCTGtt > 1:2651518/1‑71 (MQ=255)
gTCAAAGTGTGTGGTGTTTGCTTGCTGTTTTGAAt < 1:2456997/35‑1 (MQ=255)
gTCAAAGTGTGTGGTGTTTGCTTGCTGTTTTGAAt < 1:2667376/35‑1 (MQ=255)
gTCAAAGTGTGTGGTGTTTGCTTGCTGTTTTGAAt < 1:228056/35‑1 (MQ=255)
gTCAAAGTGTGTGGTGTTTGCTTGCTGTTTTGAAt < 1:3970602/35‑1 (MQ=255)
gTCAAAGTGTGTGGTGTTTGCTTGCTGTTTTGAAt < 1:1122975/35‑1 (MQ=255)
gTCAAAGTGTGTGGTGTTTGCTTGCTGTTTTGAAt < 1:1460467/35‑1 (MQ=255)
gTCAAAGTGTGTGGTGTTTGCTTGCTGTTTTGAATTCa > 1:2991123/1‑38 (MQ=255)
gTCAAAGTGTGTGGTGTTTGCTTGCTGTTTTGAATTCa > 1:3204315/1‑38 (MQ=255)
tCAAAGTGTGTGGTGTTTGCTTGCTGTTTTGAATTc < 1:2149204/36‑1 (MQ=255)
tCAAAGTGTGTGGTGTTTGCTTGCTGTTTTGAATTc < 1:2231834/36‑1 (MQ=255)
tCAAAGTGTGTGGTGTTTGCTTGCTGTTTTGAATTc < 1:3662934/36‑1 (MQ=255)
tCAAAGTGTGTGGTGTTTGCTTGCTGTTTTGAATTc < 1:3194249/36‑1 (MQ=255)
tCAAAGTGTGTGGTGTTTGCTTGCTGTTTTGAATTc < 1:3397621/36‑1 (MQ=255)
tCAAAGTGTGTGGTGTTTGCTTGCTGTTTTGAATTCACGCCATCCCGCtt < 1:788489/50‑1 (MQ=255)
tCAAAGTGTGTGGTGTTTGCTTGCTGTTTTGAATTCACGCCATCCCGCTTGAGTTTTTCTTCTTTTTggg < 1:527049/70‑1 (MQ=255)
tCAAAGTGTGTGGTGTTTGCTTGCTGTTTTGAATTCACGCCATCCCGCTTGAGTTTTTCTTCTGTTTggg < 1:3807455/70‑1 (MQ=255)
tCAAAGTGTGTGGTGTTTGCTTGCTGTTTTGAATTCACGCCATCCCGCTTGAGTTTTTCTTCTGTTTggg < 1:1051397/70‑1 (MQ=255)
cAAAGTGTGTGGTGTTTGCTTGCTGCTTTGAATTCACGCCATCCGGCTTGAGttttt > 1:3980993/1‑57 (MQ=255)
cAAAGTGTGTGGTGTTTGCTTGCTGCTTTGAATTCACGCCATCCCGCTTGAGttttt > 1:2417059/1‑57 (MQ=255)
cAAAGTGTGTGGTGTTTGCTTGCTGCTTTGAATTCACGCCATCCCGCTTGAGTTTTTCTTCTGTTTggg > 1:958524/1‑69 (MQ=255)
cAAAGTGTGTGGTGTTTGCTTGCTGCTTTGAATTCACGCCATACCGCTTGAGTTTTTCTTCTGTTTggg > 1:798802/1‑69 (MQ=255)
aaaGTGTGTGGTGTTTGCTTGCTGTTTTGAATTAACGCCATCCCGCTTGAGTTTTTCTTCTGTTTggg > 1:2388650/1‑68 (MQ=255)
aaGTGTGTGGTGTTTGCTTGCTGTTTTGAATTCACGCCATCCCGCTTGAGTTATTCTTCTGTTTGGGTAg < 1:3775372/70‑1 (MQ=255)
tgtgGTGTTTGCTTGCTGTTTTGAATTCACGCCATCCCGCTTGAGTTTTTCTTCTGTTTGGGTAGCTCGa > 1:1521319/1‑70 (MQ=255)
tgtgGTGTTTGCTTGCTGTTTTGAATTCACGCCATCCCGCTTGAGTTTTTCTTCTGTTTGGGTAGCTCGa > 1:1338423/1‑70 (MQ=255)
tgtgGTGTTTGCTTGCTGCTTTGAATTCACGCCATCCCGCTTGAGTTTTTCTTCTGTTTGGGTAGCTCGa < 1:3607194/70‑1 (MQ=255)
tgtgGTGTTTGCTTGCTGCTTTGAATTCACGCCATCCCGCTTGAGTTTTTCTTCTGTTTGGGTAGCTCGa < 1:3168632/70‑1 (MQ=255)
gtgtTTGCTTGCTGTTTTGAATTCACGCCATCCCGCTTGAGTTTTTCTTCTGTTTGGGTAGCTCGaaa > 1:1243378/1‑68 (MQ=255)
gtgtTTGCTTGCTGTTTTGAATTCACGCCATCCCGCTTGAGTTTTTCTTCTGTTTGGGTAGCTCGaaa > 1:3952075/1‑68 (MQ=255)
gtgtTTGCTTGCTGTTTTGAATTCACGCCATCCCGCTTGAGTTTTTCTTCTGTTTGGGTAGCTCGAAaga < 1:4088091/70‑1 (MQ=255)
gtgtTTGCTTGCTGCTTTGAATTCACGCCATCCCGCTTGAGTTTTTCTTCTGTTTGGGTAGCTCGaaa > 1:559421/1‑68 (MQ=255)
tgtTTGCTTGCTGCTTTGAATTCACGCCATCCCGCTTGAGTTTTTCTTCTGTTTGGGTAGCTCGAAaga < 1:2005382/69‑1 (MQ=255)
tttGCTTGCTGTTTTGAATTCACGCCATCCCGCtt < 1:1695577/35‑1 (MQ=255)
tttGCTTGCTGTTTTGAATTCACGCCATCCCGCtt < 1:3121127/35‑1 (MQ=255)
tttGCTTGCTGTTTTGAATTCACGCCATCCCGCTTGAGtttt < 1:1332536/42‑1 (MQ=255)
tttGCTTGCTGTTTTGAATTCACGCCATCCCGCTTGAGtttt < 1:917658/42‑1 (MQ=255)
tttGCTTGCTGTTTTGAATTCACGCCATCCCGCTTGAGTTTTTCTTCTGTTTGGGTAGCTCGAAAGAGAt < 1:4002349/70‑1 (MQ=255)
ttgcttgcTGTTTTGAATTCACGCCATCCCGCTTGAGTTTttc > 1:4123937/1‑43 (MQ=255)
ttgcttgcTGTTTTGAATTCACGCCATCCCGCTTGAGTTTttc > 1:3761775/1‑43 (MQ=255)
tgcttgctGTTTTGAATTCACGCCATCCCGCTTGAGTTTTTCTTCTGtt > 1:1743971/1‑49 (MQ=255)
tgcttgctGTTTTGAATTCACGCCATCCCGCTTGAGTTTTTCTTCTGTTTgg > 1:867764/1‑52 (MQ=255)
tgcttgctGTTTTGAATTCACGCCATCCCGCTTGAGTTTTTCTTCTGTTTgg > 1:291322/1‑52 (MQ=255)
tgcttgctGTTTTGAATTCACGCCATCCCGCTTGAGTTTTTCTTCTGTTTGGGTAGGTCGAAAGAGAt > 1:301231/1‑68 (MQ=255)
tgcttgctGTTTTGAATTCACGCCATCCCGCTTGAGTTTTTCTTCTGTTTGGGTAGCTCGAAAGAGAt > 1:2353090/1‑68 (MQ=255)
tgcttgctGTTTTGAATTCACGCCATCCCGCTTGAGTTTTTCTTCTGTTTGGGTAGCTCGAAAGAGAt > 1:3366405/1‑68 (MQ=255)
tgcttgctGTTTTGAATTCACGCCATCCCGCTTGAGTTTTTCTTCTGTTTGGGTAGCTCGAAAGAGATTAg > 1:3913232/1‑71 (MQ=255)
tgcttgctGTTTTGAATTCACGCCATCCCGCTTGAGTTTTTCTTCTGTTTGGGTAGCTCGAAAGAGATTAg > 1:3953628/1‑71 (MQ=255)
tgcttgctGTTTTGAATTCACGCCATCCCGCTTGAGTTTTTCTTCTGTTTGGGTAGCTCGAAAGAGATTAg > 1:2057742/1‑71 (MQ=255)
tgcttgctGTTTTGAATTCACGCCATCCCGCTTGAGTTTTTCTTCTGTTTGGGTAGCTCGAAAGAGATTAg > 1:1222634/1‑71 (MQ=255)
tgcttgctGCTTTGAATTCACGCCATCCCGCTTGAGTTTttc > 1:3011038/1‑42 (MQ=255)
tgcttgctGCTTTGAATTCACGCCATCCCGCTTGAGTTTTTCTTCTGTTTGGGTAGCTCGAAAGAGATTAg > 1:628587/1‑71 (MQ=255)
tgcttgctGCTTTGAATTCACGCCATCCCGCTTGAGTTTTTCTTCTGTTTGGGTAGCTCGAAAGAGATTAg > 1:622762/1‑71 (MQ=255)
ttgctGTTTTGAATTCACGCCATCCCGCTTGAGTTTTTCTTCTGTTTGGGTAGCTCGAAaga < 1:3793914/62‑1 (MQ=255)
ttgctGTTTTGAATTCACGCCATCCCGCTTGAGTTTTTCTTCTGTTTGGGTAGCTCGAAaga < 1:1537312/62‑1 (MQ=255)
ttgctGTTTTGAATTCACGCCATCCCGCTTGAGTTTTTCTTCTGTTTGGGTAGCTCGAAaga < 1:1309312/62‑1 (MQ=255)
ttgctGTTTTGAATTCACGCCATCCCGCTTGAGTTTTTCTTCTGTTTGGGTAGCTCGAAaga < 1:103765/62‑1 (MQ=255)
ttgctGCTTTGAATTCACGCCATCCCGCTTGAGTTTTTCTTCTGTTTGGGTAGCTCg < 1:288766/57‑1 (MQ=255)
ttgctGCTTTGAATTCACGCCATCCCGCTTGAGTTTTTCTTCTGTTTGGGTAGCTCGAAaga < 1:526603/62‑1 (MQ=255)
ttgctGCTTTGAATTCACGCCATCCCGCTTGAGTTTTTCTTCTGTTTGGGTAGCTCGAAaga < 1:3728540/62‑1 (MQ=255)
ttgctGCTTTGAATTCACGCCATCCCGCTTGAGTTTTTCTTCTGTTTGGGTAGCTCGAAaga < 1:1209629/62‑1 (MQ=255)
|
CCGCCAAGTTCCTGAATGGTTTGCCTCACCTTGCGACCCACGTCAAAGTGTGTGGTGTTTGCTTGCTGTTTTGAATTCACGCCATCCCGCTTGAGTTTTTCTTCTGTTTGGGTAGCTCGAAAGAGATTAG > minE/2522972‑2523101
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
