Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A2 F28 I1 R1
|
122 |
92.7 |
4382561 |
94.3% |
4132755 |
66.1 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
minE |
1,231,014 |
C→T |
G581D (GGT→GAT) |
ptrB ← |
protease II |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | minE | 1,231,014 | 0 | C | T | 100.0%
| 246.5
/ NA
| 73 | G581D (GGT→GAT) | ptrB | protease II |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); new base T (37/36); total (37/36) |
CGGTGACGTTGTCATACGGGCTGTAGCTTTTCATGTACTCGTAATATTGCGGATCCTGCGGGTTACCCCACTCTTCAAACTCACCAGTGGTAAGAGGAATTGATTCATCAAGCATCGTTGTTAC > minE/1230949‑1231072
|
cGGTGACGTTGTCATACTGGCTGTAGCTTTTCATGTACTCTTAATATTGCGGATCCTGAGGGTTATCCCAc < 1:2661668/71‑1 (MQ=255)
cGGTGACGTTGTCATACTGGCTGTAGCTTTTCATGTACTCGTAATATTGCGGATCCTGCGGGTTATCCCAc < 1:3566133/71‑1 (MQ=255)
cGGTGACGTTGTCATACGGGCTGTAGCTTTTCATGTACTCGTAATATTGCGGATCCTGCGGGTTATCCCAc < 1:2887279/71‑1 (MQ=255)
cGGTGACGTTGTCATACGGGCTGTAGCTTTTCATGTACTCGTAATATTGCGGATCCTGCGGGTTATCCCAc < 1:4071565/71‑1 (MQ=255)
cGGTGACGTTGTCATACGGGCTGTAGCTTTTCATGTACTCGTAATATTGCGGATCCTGCGGGTTATCCCAc < 1:256384/71‑1 (MQ=255)
cGGTGACGTTGTCATACGGGCTGTAGCTTTTCATGTACTCGTAATATTGCGGATCCTGCGGGTTATCCCAc < 1:2424973/71‑1 (MQ=255)
cGGTGACGTTGTCATACGGGCTGTAGCTTTTCATGTACTCGTAATATTGCGGATCCTGCGGGTTATCCCAc < 1:2613103/71‑1 (MQ=255)
cGGTGACGTTGTCATACGGGCTGTAGCTTTTCATGTACTCGTAATATTGCGGATCCTGCGGGTTATCCCAc < 1:2399269/71‑1 (MQ=255)
cGGTGACGTTGTCATACGGGCTGTAGCTTTTCATGTACTCGTAATATTGCGGATCCTGCGGGTTATCCCAc < 1:2241231/71‑1 (MQ=255)
cGGTGACGTTGTCATACGGGCTGTAGCTTTTCATGTACTCGTAATATTGCGGATCCTGCGGGTTATCCCAc < 1:2641663/71‑1 (MQ=255)
cGGTGACGTTGTCATACGGGCTGTAGCTTTTCATGTACTCGTAATATTGCGGATCCTGCGGGTTATCCCAc < 1:2086482/71‑1 (MQ=255)
cGGTGACGTTGTCATACGGGCTGTAGCTTTTCATGTACTCGTAATATTGCGGATCCTGCGGGTTATCCCAc < 1:2025529/71‑1 (MQ=255)
cGGTGACGTTGTCATACGGGCTGTAGCTTTTCATGTACTCGTAATATTGCGGATCCTGCGGGTTATCCCAc < 1:703669/71‑1 (MQ=255)
cGGTGACGTTGTCATACGGGCTGTAGCTTTTCATGTACTCGTAATATTGCGGATCCTGCGGGTTATCCCAc < 1:15572/71‑1 (MQ=255)
cGGTGACGTTGTCATACGGGCTGTAGCTTTTCATGTACTCGTAATATTGCGGATCCTGCGGGTTATCCCAc < 1:3895870/71‑1 (MQ=255)
cGGTGACGTTGTCATACGGGCTGTAGCTTTTCATGTACTCGTAATATTGCGGATCCTGCGGGTTATCCCAc < 1:3321299/71‑1 (MQ=255)
cGGTGACGTTGTCATACGGGATGTAGCTTTTCATGTACTCGTAATATTGCGGATCCTGCGGGTTATCCCAc < 1:2842096/71‑1 (MQ=255)
tAGCTTTTCATTTACTCGTAATATTGCGGATCCTGCGGGTTATCCCACTCTTCAAACTCACCAGTGGt > 1:1888759/1‑68 (MQ=255)
tAGCTTTTCATGTACTCGTAATATTGCGGATCCTGCGGGTTATCCCACTCTTCAAACTCACCAGTgg > 1:4324042/1‑67 (MQ=255)
tAGCTTTTCATGTACTCGTAATATTGCGGATCCTGCGGGTTATCCCACTCTTCAAACTCACCAGTgg > 1:764174/1‑67 (MQ=255)
tAGCTTTTCATGTACTCGTAATATTGCGGATCCTGCGGGTTATCCCACTCTTCAAACTCACCAGTGGt > 1:368874/1‑68 (MQ=255)
tAGCTTTTCATGTACTCGTAATATTGCGGATCCTGCGGGTTATCCCACTCTTCAAACTCACCAGTGGt > 1:2866419/1‑68 (MQ=255)
tAGCTTTTCATGTACTCGTAATATTGCGGATCCTGCGGGTTATCCCACTCTTCAAACTCACCAGTGGt > 1:4207114/1‑68 (MQ=255)
tAGCTTTTCATGTACTCGTAATATTGCGGATCCTGCGGGTTATCCCACTCTTCAAACTCACCAGTGGt > 1:4224276/1‑68 (MQ=255)
tAGCTTTTCATGTACTCGTAATATTGCGGATCCTGCGGGTTATCCCACTCTTCAAACTCACCAGTGGt > 1:2126101/1‑68 (MQ=255)
tAGCTTTTCATGTACTCGTAATATTGCGGATCCTGCGGGTTATCCCACTCTTCAAACTCACCAGTGGt > 1:1482101/1‑68 (MQ=255)
tAGCTTTTCATGTACTCGTAATATTGCGGATCCTGCGGGTTATCCCACTCTTCAAACTCACCAGTGGt > 1:1443810/1‑68 (MQ=255)
gCTTTTCATGTACTCGTAATATTGCGGATCCTGCGGGTTATCCCACTCTTCAAACTCACCAGTGGTAagag > 1:568552/1‑71 (MQ=255)
gCTTTTCATGTACTCGTAATATTGCGGATCCTGCGGGTTATCCCACTCTTCAAACTCACCAGTGGTAagag > 1:82659/1‑71 (MQ=255)
gCTTTTCATGTACTCGTAATATTGCGGATCCTGCGGGTTATCCCACTCTTCAAACTCACCAGTGGTAagag > 1:3331474/1‑71 (MQ=255)
gCTTTTCATGTACTCGTAATATTGCGGATCCTGCGGGTTATCCCACTCTTCAAACTCACCAGTGGTAagag > 1:869008/1‑71 (MQ=255)
gCTTTTCATGTACTCGTAATATTGCGGATCCTGCGGGTTATCCCACTCTTCAAACTCACCAGTGGTAagag > 1:92148/1‑71 (MQ=255)
gCTTTTCATGTACTCGTAATATTGCGGATCCTGCGGGTTATCCCACTCTTCAAACTCACCAGTGGTAagag > 1:990211/1‑71 (MQ=255)
gCTTTTCATGTACTCGTAATATTGCGGATCCTGCGGGTTATCCCACTCTTCAAACTCACCAGTGGTAagag > 1:3093544/1‑71 (MQ=255)
gCTTTTCATGTACTCGTAATATTGCGGATCCTGCGGGTTATCCCACTCTTCAAACTCACCAGTGGTAagag > 1:2408717/1‑71 (MQ=255)
gCTTTTCATGTACTCGTAATATTGCGGATCCTGCGGGTTATCCCACTCTTCAAACTCACCAGTGGTAagag > 1:1402141/1‑71 (MQ=255)
gCTTTTCATGTACTCGTAATATTGCGGATCCTGCGGGTTATCCCACTCTTCAAACTCACAAGTGGTAagag > 1:413693/1‑71 (MQ=255)
cTTTTCATGTACTCGTAATATTGGGGATCCTGCGGGTTATCCCACTCTTCAAACTCACCAGTGGTAAGAgg < 1:522037/71‑1 (MQ=255)
cTTTTCATGTACTCGTAATATTGCGGATCCTGCGGGTTATCCCACTCTTCAAACTCACCAGTGGTAAGAgg < 1:1687356/71‑1 (MQ=255)
cTTTTCATGTACTCGTAATATTGCGGATCCTGCGGGTTATCCCACTCTTCAAACTCACCAGTGGTAAGAgg < 1:1869808/71‑1 (MQ=255)
cTTTTCATGTACTCGTAATATTGCGGATCCTGCGGGTTATCCCACTCTTCAAACTCACCAGTGGTAAGAgg < 1:252711/71‑1 (MQ=255)
cTTTTCATGTACTCGTAATATTGCGGATCCTGCGGGTTATCCCACTCTTCAAACTCACCAGTGGTAAGAgg < 1:3896688/71‑1 (MQ=255)
cTTTTCATGTACTCGTAATATTGCGGATCCTGCGGGTTATCCCACTCTTCAAACTCACCAGTGGTAAGAgg < 1:3719339/71‑1 (MQ=255)
cTTTTCATGTACTCGTAATATTGCGGATCCTGCGGGTTATCCCACTCTTCAAACTCACCAGTGGTAAGAgg < 1:366213/71‑1 (MQ=255)
cTTTTCATGTACTCGTAATATTGCGGATCCTGCGGGTTATCCCACTCTTCAAACTCACCAGTGGTAAGAgg < 1:133484/71‑1 (MQ=255)
cTTTTCATGTACTCGTAATATTGCGGATCCTGCGGGTTATCCCACTCTTCAAACTCACCAGTGGTAAGAgg < 1:28096/71‑1 (MQ=255)
cTTTTCATGTACTCGTAATATTGCGGATCCTGCGGGTTATCCCACTCTTCAAACTCACCAGTGGTAAGAgg < 1:2819015/71‑1 (MQ=255)
cTTTTCATGTACTCGTAATATTGCGGATCCTGCGGGTTATCCCACTCTTCAAACTCACCAGTGGTAAGAgg < 1:1214069/71‑1 (MQ=255)
cTTTTCATGTACTCGTAATATTGCGGATCCTGCGGGTTATCCCACTCTTCAAACTCACCAGTGGTAAGAgg < 1:2852503/71‑1 (MQ=255)
cTTTTCATGTACTCGTAATATTGCGGATCCTGCGGGTTATCCCACTCTTCAAACTCACCAGTGGTAAGAgg < 1:2939858/71‑1 (MQ=255)
ttCATGTACTCGTAATATTGCGGATCCTGCGGGTTATCCCACTCTTCAAACTCACCAGTGGTAAGAGGAAt > 1:170734/1‑71 (MQ=255)
atatTGCGGATCCTGCGGGTTATCCCACTCTTCAAACTCACCAGTGGTAAGAGGAATTGATTCATCAAGCa > 1:818723/1‑71 (MQ=255)
gCGGATCCTGCGGGTTATCCCACTCTTCAAACTCACCAGTGGTAAGAGGAATTGATTCATCAAGCATCgtt > 1:1184400/1‑71 (MQ=255)
gCGGATCCTGCGGGTTATCCCACTCTTCAAACTCACCAGTGGTAAGAGGAATTGATTCATCAAGCATCgtt > 1:1400908/1‑71 (MQ=255)
gCGGATCCTGCGGGTTATCCCACTCTTCAAACTCACCAGTGGTAAGAGGAATTGATTCATCAAGCATCgtt > 1:699859/1‑71 (MQ=255)
gCGGATCCTGCGGGTTATCCCACTCTTCAAACTCACCAGTGGTAAGAGGAATTGATTCATCAAGCATCgtt > 1:947538/1‑71 (MQ=255)
gCGGATCCTGCGGGTTATCCCACTCTTCAAACTCACCAGTGGTAAGAGGAATTGATTCATCAAGCATCgtt > 1:4081711/1‑71 (MQ=255)
gCGGATCCTGCGGGTTATCCCACTCTTCAAACTCACCAGTGGTAAGAGGAATTGATTCATCAAGCATCgtt > 1:2762823/1‑71 (MQ=255)
gCGGATCCTGCGGGTTATCCCACTCTTCAAACTCACCAGTGGTAAGAGGAATTGATTCATCAAGCATCgtt > 1:3489230/1‑71 (MQ=255)
gCGGATCCTGCGGGTTATCCCACTCTTCAAACTCACCAGTGGTAAGAGGAATTGATTCATCAAGCATCgt > 1:4123988/1‑70 (MQ=255)
gCGGATCCTGCGGGTTATCCCACTCTTCAAACTCACCAGTGGTAAGAGGAATTGATTCATCAAGCATCgt > 1:655481/1‑70 (MQ=255)
gCGGATCCTGCGGGTTATCCCACTCTTCAAACTCACCAGTGGTAAGAGGAATTAATTCATCAATCATCgtt > 1:4179154/1‑71 (MQ=255)
gATCCTGCGGGTTATCCCACTCTTCAAACTCACCAGTGGTAAGAGGAATTGATTCATCAAGCATCgttgt > 1:1043382/1‑70 (MQ=255)
gATCCTGCGGGTTATCCCACTCTTCAAACTCACCAGTGGTAAGAGGAATTGATTCATCAAGCATCgttgt > 1:3190342/1‑70 (MQ=255)
gATCCTGCGGGTTATCCCACTCTTCAAACTCACCAGTGGTAAGAGGAATTGATTCATCAAGCATCgttgt > 1:2808429/1‑70 (MQ=255)
gATCCTGCGGGTTATCCCACTCTTCAAACTCACCAGTGGTAAGAGGAATTGATTCATCAAGCATCgttgt > 1:717165/1‑70 (MQ=255)
gATCCTGCGGGTTATCCCACTCTTCAAACTCACCAGTGGTAAGAGGAATTGATTCATCAAGCATCgttgt > 1:523511/1‑70 (MQ=255)
tCCTGCGGGTTATCCCACTCTTCAAACTCACCAGTGGTAAGAGGAATTGATTCATCAAGCATCGTTGTTac < 1:3635977/71‑1 (MQ=255)
tCCTGCGGGTTATCCCACTCTTCAAACTCACCAGTGGTAAGAGGAATTGATTCATCAAGCATCGTTGTTac < 1:3536274/71‑1 (MQ=255)
tCCTGCGGGTTATCCCACTCTTCAAACTCACCAGTGGTAAGAGGAATTGATTCATCAAGCATCGTTGTTac < 1:2788315/71‑1 (MQ=255)
tCCTGCGGGTTATCCCACTCTTCAAACTCACCAGTGGTAAGAGGAATTGATTCATCAAGCATCGTTGTTac < 1:3157603/71‑1 (MQ=255)
tCCTGCGGGTTATCCCACTCTTCAAACTCACCAGTGGTAAGAGGAATTGATTCATCAAGCATCGTTGTTac < 1:2437617/71‑1 (MQ=255)
tCCTGCGGGTTATCCCACTCTTCAAACTCACCAGTGGTAAGAGGAATTGATACATCAAGCATCGTTGTTac < 1:356870/71‑1 (MQ=255)
|
CGGTGACGTTGTCATACGGGCTGTAGCTTTTCATGTACTCGTAATATTGCGGATCCTGCGGGTTACCCCACTCTTCAAACTCACCAGTGGTAAGAGGAATTGATTCATCAAGCATCGTTGTTAC > minE/1230949‑1231072
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
