Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F28 I1 R1
|
354 |
41.7 |
3110465 |
93.1% |
2895842 |
61.9 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
W3110S.gb |
3,594,183 |
A→G |
D28D (GAT→GAC) |
yihE ← |
predicted kinase |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | W3110S.gb | 3,594,183 | 0 | A | G | 100.0%
| 153.5
/ NA
| 41 | D28D (GAT→GAC) | yihE | predicted kinase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); new base G (11/30); total (11/30) |
TCCTGAAATTGATAGACACGGTTTTCATAGCTGTTAAGCGGGGTAAGACCGGAATCCACCCGGATCCCATGCTCAAACAGAGCGTCCATGATGGTATCCGGGTGTAGTGTCTG > W3110S.gb/3594130‑3594242
|
tCCTGAAATTGATAGACACGGTTTTCATAGCTGTTAAGCGGGGTAAGACCGGAGTCCACCCgg < 1:2818225/63‑1 (MQ=255)
tCCTGAAATTGATAGACACGGTTTTCATAGCTGTTAAGCGGGGTAAGACCGGAGTCCACCCgg < 1:144508/63‑1 (MQ=255)
tCCTGAAATTGATAGACACGGTTTTCATAGCTGTTAAGCGGGGTAAGACCGGAGTCCACCCgg < 1:92048/63‑1 (MQ=255)
tCCTGAAATTGATAGACACGGTTTTCATAGCTGTTAAGCGGGGTAAGACCGGAGTCCACCCgg < 1:2882398/63‑1 (MQ=255)
tCCTGAAATTGATAGACACGGTTTTCATAGCTGTTAAGCGGGGTAAGACCGGAGTCCACCCgg < 1:3055855/63‑1 (MQ=255)
tCCTGAAATTGATAGACACGGTTTTCATAGCTGTTAAGCGGGGTAAGACCGGAGTCCACCCgg < 1:1684722/63‑1 (MQ=255)
tCCTGAAATTGATAGACACGGTTTTCATAGCTGTTAAGCGGGGTAAGACCGGAGTCCACCCgg < 1:2562750/63‑1 (MQ=255)
tCCTGAAATTGATAGACACGGTTTTCATAGCTGTTAAGCGGGGTAAGACCGGAGTCCACCCgg < 1:55817/63‑1 (MQ=255)
tCCTGAAATTGATAGACACGGTTTTCATAGCTGTTAAGCGGGGTAAGACCGGAGTCCACCCgg < 1:442496/63‑1 (MQ=255)
tCCTGAAATTGATAGACACGGTTTTCATAGCTGTTAAGCGGGGTAAGACCGGAGTCCACCCgg < 1:2088740/63‑1 (MQ=255)
tCCTGAAATTGATAGACACGGTTTTCATAGCTGTTAAGCGGGGTAAGACCGGAGTCCACCCgg < 1:2174272/63‑1 (MQ=255)
tCCTGAAATTGATAGACACGGTTTTCATAGCTGTTAAGCGGGGTAAGACCGGAGTCCACCCgg < 1:2230712/63‑1 (MQ=255)
tCCTGAAATTGATAGACACGGTTTTCATAGCTGTTAAGCGGGGTAAGACCGGAGTCCACCCgg < 1:237706/63‑1 (MQ=255)
ttttCATAGCTGTTAAGCGGGGTAAGACCGGAGTCCACCCgg < 1:573204/42‑1 (MQ=255)
gCGGGGTAAGACCGGAGTCCACCCGGATCCTATGCTCAAACAGAGCGTCCATGATGGTATCCgg < 1:137787/64‑1 (MQ=255)
gCGGGGTAAGACCGGAGTCCACCCGGATCCCATGCTCAAACAGAGCGTCCATGATGGTATCCgg < 1:517202/64‑1 (MQ=255)
gCGGGGTAAGACCGGAGTCCACCCGGATCCCATGCTCAAACAGAGCGTCCATGATGGTATCCgg < 1:3095109/64‑1 (MQ=255)
gCGGGGTAAGACCGGAGTCCACCCGGATCCCATGCTCAAACAGAGCGTCCATGATGGTATCCgg < 1:627266/64‑1 (MQ=255)
gCGGGGTAAGACCGGAGTCCACCCGGATCCCATGCTCAAACAGAGCGTCCATGATGGTATCCgg < 1:861266/64‑1 (MQ=255)
gCGGGGTAAGACCGGAGTCCACCCGGATCCCATGCTCAAACAGAGCGTCCATGATGGTATCCgg < 1:904103/64‑1 (MQ=255)
gCGGGGTAAGACCGGAGTCCACCCGGATCCCATGCTCAAACAGAGCGTCCATGATGGTATCCgg < 1:1430408/64‑1 (MQ=255)
gCGGGGTAAGACCGGAGTCCACCCGGATCCCATGCTCAAACAGAGCGTCCATGATGGTATCCgg < 1:2857748/64‑1 (MQ=255)
gCGGGGTAAGACCGGAGTCCACCCGGATCCCATGCTCAAACAGAGCGTCCATGATGGTATCCgg < 1:2652765/64‑1 (MQ=255)
gCGGGGTAAGACCGGAGTCCACCCGGATCCCATGCTCAAACAGAGCGTCCATGATGGTATCCgg < 1:2567701/64‑1 (MQ=255)
gCGGGGTAAGACCGGAGTCCACCCGGATCCCATGCTCAAACAGAGCGTCCATGATGGTATCCgg < 1:1554887/64‑1 (MQ=255)
gCGGGGTAAGACCGGAGTCCACCCGGATCCCATGCTCAAACAGAGCGTCCATGATGGTATCCgg < 1:1622452/64‑1 (MQ=255)
gCGGGGTAAGACCGGAGTCCACCCGGATCCCATGCTCAAACAGAGCGTCCATGATGGTATCCgg < 1:1972967/64‑1 (MQ=255)
gCGGGGTAAGACCGGAGTCCACCCGGATCCCATGCTCAAACAGAGCGTCCATGATGGTATCCgg < 1:1807548/64‑1 (MQ=255)
gggTAAGACCGGAGTCCACCCGGATCCCATGCTCAAACAGAGCGTCCATGATGGTATCCGGgtgt < 1:1904836/65‑1 (MQ=255)
ggTAAGACCGGAGTCCACCCGGATCCCATGCTCAAACAGAGCGTCCATGATGGTATCCGGgtgt < 1:608325/64‑1 (MQ=255)
cGGAGTCCACCCGGATCCCATGCTCAAACAGAGCg > 1:287746/1‑35 (MQ=255)
cGGAGTCCACCCGGATCCCATGCTCAAACAGAGCGTCCATGATGGTATCCGGgt > 1:2839157/1‑54 (MQ=255)
cGGAGTCCACCCGGATCCCATGCTCAAACAGAGCGTCCATGATGGTATCCGGGTTTAGTGTCTg > 1:2888785/1‑64 (MQ=255)
cGGAGTCCACCCGGATCCCATGCTCAAACAGAGCGTCCATGATGGTATCCGGGTGTAGTGTc > 1:2987823/1‑62 (MQ=255)
cGGAGTCCACCCGGATCCCATGCTCAAACAGAGCGTCCATGATGGTATCCGGGTGTAGTGTc > 1:445952/1‑62 (MQ=255)
cGGAGTCCACCCGGATCCCATGCTCAAACAGAGCGTCCATGATGGTATCCGGGTGTAGTGTCt > 1:940102/1‑63 (MQ=255)
cGGAGTCCACCCGGATCCCATGCTCAAACAGAGCGTCCATGATGGTATCCGGGTGTAGTGTCTg > 1:1868928/1‑64 (MQ=255)
cGGAGTCCACCCGGATCCCATGCTCAAACAGAGCGTCCATGATGGTATCCGGGTGTAGTGTCTg > 1:1631923/1‑64 (MQ=255)
cGGAGTCCACCCGGATCCCATGCTCAAACAGAGCGTCCATGATGGTATCCGGGTGTAGTGTCTg > 1:481979/1‑64 (MQ=255)
cGGAGTCCACCCGGATCCCATGCTCAAACAGAGCGTCCATGATGGTATCCGGGTGTAGTGTCTg > 1:2382430/1‑64 (MQ=255)
cGGAGTCCACCCGGATCCCATGCTCAAACAGAGCGTCCATGATGGTATCCGGGTGTAGTGTCTg > 1:2529393/1‑64 (MQ=255)
|
TCCTGAAATTGATAGACACGGTTTTCATAGCTGTTAAGCGGGGTAAGACCGGAATCCACCCGGATCCCATGCTCAAACAGAGCGTCCATGATGGTATCCGGGTGTAGTGTCTG > W3110S.gb/3594130‑3594242
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
