Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F8 I0 R2
|
422 |
46.8 |
3726540 |
94.7% |
3529033 |
61.7 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
W3110S.gb |
3,566,303 |
T→C |
77.2% |
C8C (TGT→TGC) |
yihR → |
predicted aldose‑1‑epimerase |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | W3110S.gb | 3,566,303 | 0 | T | C | 77.2%
| 160.4
/ 43.7
| 79 | C8C (TGT→TGC) | yihR | predicted aldose‑1‑epimerase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (12/6); new base C (19/41); total (32/47) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.26e-02 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
CGGTGCAGTTTTTGGGTTTGACATCAGCCTCACGGGAGGCTGTATGTCGTTAATTAAGGTGCCTTGTATGCAAATCACCAATATGCATTGCAGTGGACAGACCGTTTCACTTGCCGCGGGGGATTA > W3110S.gb/3566237‑3566362
|
cGGTGCAGTTTTTGGGTTTGACATCAGCCTCACGGGAGGCTGTATGTCGTTAATTAAGGTGCCTTGCATg > 1:2561858/1‑70 (MQ=255)
gTGCAGTTTTTGGGTTTGACATCAGCCTCACGGGAGGCTGTATGTCGTTAATTAAGGTGCCTTGCATGCaa < 1:3288223/71‑1 (MQ=255)
gTGCAGTTTTTGGGTTTGACATCAGCCTCACGGGAGGCTGTATGTCGTTAATTAAGGTGCCTTGCATGCaa < 1:1547088/71‑1 (MQ=255)
tttGGGTTTGACATCAGCCTCACGGGAGGCTGTATGTCGTTAATTAAGGTGCCTTGCATGCAAATCAcaa < 1:3700712/70‑3 (MQ=255)
tttGGGTTTGACATCAGCCTCACGGGAGGCTGTATGTCGTTAATTAAGGTGCCTTGCATGCAAATCACCaa > 1:543710/1‑71 (MQ=255)
ttGGGTTTGACATCAGCCTCACGTGAGGCTGTATGTCGTTAATTAAGGTGCCTTGCATGCAAATCACCaa < 1:1429182/70‑1 (MQ=255)
ttGGGTTTGACATCAGCCTCACGGGAGGCTGTATGTCGTTAATTAAGGTGCCTTGCATGCAAATCACCaa < 1:1035551/70‑1 (MQ=255)
ttGGGTTTGACATCAGCCTCACGGGAGGCTGTATGTCGTTAATTAAGGTGCCTTGCATGCAAATCACCaa < 1:797862/70‑1 (MQ=255)
ttGGGTTTGACATCAGCCTCACGGGAGGCTGTATGTCGTTAATTAAGGTGCCTTGCATGCAAATCACCaa < 1:3689884/70‑1 (MQ=255)
ttGGGTTTGACATCAGCCTCACGGGAGGCTGTATGTCGTTAATTAAGGTGCCTTGCATGCAAATCACCaa < 1:3276904/70‑1 (MQ=255)
ttGGGTTTGACATCAGCCTCACGGGAGGCTGTATGTCGTTAATTAAGGGGCCTTGCATGCAAATCACCaa < 1:2187793/70‑1 (MQ=255)
cAGCCTCACGGGAGGCTGTATGTCGTTAATTAAGGTGCCTTGTATGCAAATCACCAATATGCATTGCAGt > 1:514092/1‑70 (MQ=255)
cAGCCTCACGGGAGGCTGTATGTCGTTAATTAAGGTGCCTTGTATGCAAATCACCAATATGAATTGCAGTg > 1:2313176/1‑71 (MQ=255)
aGCCTCACGGGAGGCTGTATGTCGTTAATTAAGGTGCCTTGTATGc > 1:879510/1‑46 (MQ=255)
aGCCTCACGGGAGGCTGTATGTCGTTAATTAAGGTGCCTTGTATGCAAATCACCAATATGCATTGCAGTg > 1:2719774/1‑70 (MQ=255)
aGCCTCACGGGAGGCTGTATGTCGTTAATTAAGGTGCCTTGTATGCAAATCACCAATATGCATTGCAGTg > 1:1022806/1‑70 (MQ=255)
aGCCTCACGGGAGGCTGTATGTCGTTAATTAAGGTGCCTTGTATGCAAATCACCAATATGAATTGCAGTg > 1:1792687/1‑70 (MQ=255)
aGCCTCACGGGAGGCTGTATGTCGTTAATTAAGGTGCCTTGCATGCAAATCACCAATATGCa > 1:3178756/1‑62 (MQ=255)
aGCCTCACGGGAGGCTGTATGTCGTTAATTAAGGTGCCTTGCATGCAAATCACCAATATGCa > 1:969665/1‑62 (MQ=255)
aGCCTCACGGGAGGCTGTATGTCGTTAATTAAGGTGCCTTGCATGCAAATCACCAATATGCa > 1:594339/1‑62 (MQ=255)
aGCCTCACGGGAGGCTGTATGTCGTTAATTAAGGTGCCTTGCATGCAAATCACCAATATGCa > 1:1567823/1‑62 (MQ=255)
cTCACGGGAGGCTGTATGTCGTTAATTAAGGTGCCTTGCATGCAAATCACCaa < 1:918560/53‑1 (MQ=255)
cTCACGGGAGGCTGTATGTCGTTAATTAAGGTGCCTTGCATGCAAATCACCaa < 1:3235811/53‑1 (MQ=255)
cACGGGAGGCTGTATGTCGTTAATTAAGGTGCCTTGCATGCAAATCACCAATATGCATTGCAGTGGACAGa > 1:1187074/1‑71 (MQ=255)
aCGGGAGGCTGTATGTCGTTAATTAAGGTGCCTTGCATGCAAATCACCAATATGCATTGCAGTGGACAgcc > 1:1768604/1‑69 (MQ=255)
aCGGGAGGCTGTATGTCGTTAATTAAGGTGCCTTGCATGCAAATCACCAATATGCATTGCAGTGGACAGAc > 1:2750934/1‑71 (MQ=255)
aCGGGAGGCTGTATGTCGTTAATTAAGGTGCCTTGCATGCAAATCACCAATATGCATTGCAGTGGACAGAc > 1:1594478/1‑71 (MQ=255)
aCGGGAGGCTGTATGTCGTTAATTAAGGTGCCTTGCATGCAAATCACCAATATGCATTGCAGTGGACAGAc > 1:562712/1‑71 (MQ=255)
ggAGGCTGTATGTCGTTAATTAAGGTGCCTTGTATGCAAATCACCAATATGCATTGCAGTGGACAGACCGt > 1:1966427/1‑71 (MQ=255)
ggAGGCTGTATGTCGTTAATTAAGGTGCCTTGTATGCAAATCACCAATATGCATTGCAGTGGACAGACCGt > 1:1989632/1‑71 (MQ=255)
ggAGGCTGTATGTCGTTAATTAAGGTGCCTTGTATGCAAATCACCAATATGCATTGCAGTGGACAGACCGt > 1:3653367/1‑71 (MQ=255)
gCTGTATGTCGTTAATTAAGGTGCCTTGCATGCAAATCACCAATATg < 1:2927582/47‑1 (MQ=255)
gCTGTATGTCGTTAATTAAGGTGCCTTGCATGCAAATCACCAATATg < 1:3103275/47‑1 (MQ=255)
gCTGTATGTCGTTAATTAAGGTGCCTTGCATGCAAATCACCAATATg < 1:1309029/47‑1 (MQ=255)
gCTGTATGTCGTTAATTAAGGTGCCTTGCATGCAAATCACCAATATg < 1:122256/47‑1 (MQ=255)
gCTGTATGTCGTTAATTAAGGTGCCTTGCATGCAAATCACCAATATg < 1:1089640/47‑1 (MQ=255)
gCTGTATGTCGTTAATTAAGGTGCCTTGCATGCAAATCACCAATATg < 1:852986/47‑1 (MQ=255)
gCTGTATGTCGTTAATTAAGGTGCCTTGCATGCAAATCACCAATATGCATTGCAGTGGACAGACCGttt < 1:3296398/69‑1 (MQ=255)
gCTGTATGTCGTTAATTAAGGTGCCTTGCATGCAAATCACCAATATGCATTGCAGTGGACAGACCGttt < 1:1527109/69‑1 (MQ=255)
gCTGTATGTCGTTAATTAAGGTGCCTTGCATGCAAATCACCAATATGCATTGCAGTGGACAGACCGttt < 1:3254395/69‑1 (MQ=255)
gCTGTATGTCGTTAATTAAGGTGCCTTGCATGCAAATCACCAATATGCATTGCAGTGGACAGACCGttt < 1:580699/69‑1 (MQ=255)
gCTGTATGTCGTTAATTAAGGTGCCTTGCATGCAAATCACCAATATGCATTGCAGTGGACAGACCGttt < 1:3002319/69‑1 (MQ=255)
gCTGTATGTCGTTAATTAAGGTGCCTTGCATGCAAATCACCAATATGCATTGCAGTGGACAGACCGttt < 1:1718460/69‑1 (MQ=255)
tGTATGTCGTTAATTAAGGTGCCTTGCATGCAAATCACCAATATGCATTGCAGTGGACAGACCGTTTCACt > 1:2466605/1‑71 (MQ=255)
tGTATGTCGTTAATTAAGGTGCCTTGCATGCAAATCACCAATATGCATTGCAGTGGACAGACCGTTTCACt > 1:2396704/1‑71 (MQ=255)
gTATGTCGTTAATTAAGGTGCCTTGTATGCAAATCACCAATATGCATTGc < 1:433687/50‑1 (MQ=255)
gTATGTCGTTAATTAAGGTGCCTTGTATGCAAATCACCAATATGCATTGc < 1:2735533/50‑1 (MQ=255)
gTATGTCGTTAATTAAGGTGCCTTGTATGCAAATCACCAATATGCATTGc < 1:1871500/50‑1 (MQ=255)
gTATGTCGTTAATTAAGGTGCCTTGCATGCAAATCAcc < 1:1643571/38‑1 (MQ=255)
gTATGTCGTTAATTAAGGTGCCTTGCATGCAAATCAcc < 1:2439058/38‑1 (MQ=255)
tATGTCGTTAATTAAGGTTCCTTGCATGCAAATCACCAATATGc < 1:519775/44‑1 (MQ=38)
tATGTCGTTAATTAAGGTGCCTTGCATGCAAATCAcc < 1:2591912/37‑1 (MQ=255)
tATGTCGTTAATTAAGGTGCCTTGCATGCAAATCAcc < 1:2473768/37‑1 (MQ=255)
tATGTCGTTAATTAAGGTGCCTTGCATGCAAATCAcc < 1:1337099/37‑1 (MQ=255)
tATGTCGTTAATTAAGGTGCCTTGCATGCAAATCAcc < 1:1067495/37‑1 (MQ=255)
tATGTCGTTAATTAAGGTGCCTTGCATGCAAATCACCAATATg < 1:3639998/43‑1 (MQ=255)
tATGTCGTTAATTAAGGTGCCTTGCATGCAAATCACCAATATg < 1:3220066/43‑1 (MQ=255)
tATGTCGTTAATTAAGGTGCCTTGCATGCAAATCACCAATATGc < 1:3254291/44‑1 (MQ=255)
tATGTCGTTAATTAAGGTGCCTTGCATGCAAATCACCAATATGCATTGCAGTGGACAGACCGTTTCACTTg < 1:390376/71‑1 (MQ=255)
aTGTCGTTAATTAAGGTGCCTTGCATGCAAATCACCAATTTg < 1:2685034/42‑1 (MQ=38)
aTGTCGTTAATTAAGGTGCCTTGCATGCAAATCACCAATATGCATTGCAGTGGACAGACCGTTTCACTTg < 1:2594762/70‑1 (MQ=255)
tGTCGTTAATTAAGGTGCCTTGCATGCAAATCACCaa < 1:2860445/37‑1 (MQ=255)
tGTCGTTAATTAAGGTGCCTTGCATGCAAATCACCAATATGCAt > 1:221830/1‑44 (MQ=255)
tGTCGTTAATTAAGGTGCCTTGAATGCAAATCACCAATATGCATTGCAGTGGACAGACCGTTTCACTTGcc > 1:2998908/1‑71 (MQ=255)
tCGTTAATTAAGGTGCCTTGCATGCAAATCACCAata > 1:436733/1‑37 (MQ=255)
ttaattaaGGTGCCTTGTATGCAAATCACCAATATGCATTGCAGTGGACAGAc > 1:1831689/1‑53 (MQ=255)
ttaattaaGGTGCCTTGTATGCAAATCACCAATATGCATTGCAGTGGACAGACCGTTTCACTTGCCGCggg > 1:423696/1‑71 (MQ=255)
ttaattaaGGTGCCTTGTATGCAAATCACCAATATGCATTGCAGTGGACAGACCGTTTCACTTGCCGCggg > 1:1233887/1‑71 (MQ=255)
aattaaGGTGCCTTGCATGCAAATCACCAATATGCATTGCAGTGGACAGACCGTTTCAc > 1:2247055/1‑59 (MQ=255)
aattaaGGTGCCTTGCATGCAAATCACCAATATGCATTGCAGTGGACAGACCGTTTCAc > 1:742440/1‑59 (MQ=255)
attaaGGTGCCTTGCATGCAAATCACCAATATGCATTGCAGTGGTCAGACCGTTTCACTTGCCGCggggg < 1:2529320/70‑1 (MQ=255)
taaGGTGCCTTGCATGCAAATCACCAATATGCATTGCAGTGGACAGACCGTTTCACTTGCCGCGGGGGAt > 1:1679738/1‑70 (MQ=255)
aaGGTGCCTTGTATGCAAATCACCAATATGCATTGCAGTGGACAGACCGTTTCACTTGCCGCGGGGGAtt < 1:3629550/70‑1 (MQ=255)
aaGGTGCCTTGTATGCAAATCACCAATATGCATTGCAGTGGACAGACCGTTTCACTTGCCGCGGGGGAtt < 1:3258827/70‑1 (MQ=255)
aaGGTGCCTTGTATGCAAATCACCAATATGCATTGCAGTGGACAGACCGTTTCACTTGCCGCGGGGGAtt < 1:1540854/70‑1 (MQ=255)
aaGGTGCCTTGCATGCAAATCACCAATATGCATTGCAGTGGACAGACCGTTTCACTTGCCGCGGGGGATTa > 1:701208/1‑71 (MQ=255)
ggTGCCTTGCATGCAAATCACCAATATGCATTGCAGTGGACAGACCGttt < 1:2436531/50‑1 (MQ=255)
ggTGCCTTGCATGCAAATCACCAATATGCATTGCAGTGGACAGACCGttt < 1:3509758/50‑1 (MQ=255)
ggTGCCTTGCATGCAAATCACCAATATGCATTGCAGTGGACAGACCGttt < 1:2221825/50‑1 (MQ=255)
|
CGGTGCAGTTTTTGGGTTTGACATCAGCCTCACGGGAGGCTGTATGTCGTTAATTAAGGTGCCTTGTATGCAAATCACCAATATGCATTGCAGTGGACAGACCGTTTCACTTGCCGCGGGGGATTA > W3110S.gb/3566237‑3566362
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
