Sample Resequencing Stats

Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
ALE, Flask, Isolate Predicted Mutations Mean Coverage Total Reads Percent Mapped Mapped Reads Average Read Length
A1 F28 I1 R2 328 63.0 4687567 98.0% 4593815 65.2

Breseq alignment

BRESEQ :: Evidence
Predicted mutation
evidence seq id position mutation annotation gene description
RA W3110S.gb 3,347,872 C→T R18W (CGG→TGG)  npr → phosphohistidinoprotein‑hexose phosphotransferase component of N‑regulated PTS system (Npr)

Read alignment evidence...
  seq id position ref new freq score (cons/poly) reads annotation genes product
*W3110S.gb3,347,8720CT98.7% 237.6 / NA 79R18W (CGG→TGG) nprphosphohistidinoprotein‑hexose phosphotransferase component of N‑regulated PTS system (Npr)
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base C (0/0);  major base T (45/33);  minor base A (1/0);  total (46/33)
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00

GGAAAAACGTAAACCATGACCGTCAAGCAAACTGTTGAAATCACAAACAAGCTGGGCATGCATGCCCGGCCTGCAATGAAGCTGTTTGAATTAATGCAGGGTTTTGACGCTGAAGTGCTCTTACGTAATGA  >  W3110S.gb/3347806‑3347936
                                                                  |                                                                
ggAAAAACGTAAACCATGACCGTCAAGCAAACTGTTGAAATCACAAACAAGCTGGGCATGCATGCCTGGcc                                                              >  1:2303273/1‑71 (MQ=255)
        gTAAACCATGACCGTCAAGCAAACTGTTGAAATCACAAACAAGCTGGGCATGCATGCCTGGCCTGCAATg                                                       >  1:1660403/1‑70 (MQ=255)
        gTAAACCATGACCGTCAAGCAAACTGTTGAAATCACAAACAAGCTGGGCATGCATGCCTGGCCTGCAATGa                                                      <  1:3543075/71‑1 (MQ=255)
           aaCCATGACCGTCAAGCAAACTGTTGAAATCACAAACAAGCTGGGCATGCATGCCTGGCCTGCAATGAAg                                                    <  1:1289042/70‑1 (MQ=255)
           aaCCATGACCGTCAAGCAAACTGTTGAAATCACAAACAAGCTGGGCATGCATGCCTGGCCTGCAATGAAGc                                                   >  1:3374036/1‑71 (MQ=255)
                  aCCGTCAAGCAAACTGTTGAAATCACAAACAAGCTGGGCATGCATGCCTGGCCTGCAATGAAGCTGTTTg                                             <  1:4363417/70‑1 (MQ=255)
                     gTCAAGCAAACTGTTGAAATCACAAACAAGCTGGGCATGCATGCCTGGCCTGCAATGAAGCTGTTTGAAtt                                         <  1:221301/71‑1 (MQ=255)
                        aaGCAAACTGTTGAAATCACAAACAAGCTGGGCATGCATGCCTGGc                                                               >  1:1084075/1‑46 (MQ=255)
                        aaGCAAACTGTTGAAATCACAAACAAGCTGGGCATGCATGCCTGGc                                                               >  1:3690693/1‑46 (MQ=255)
                        aaGCAAACTGTTGAAATCACAAACAAGCTGGGCATGCATGCCTGGc                                                               >  1:2414878/1‑46 (MQ=255)
                        aaGCAAACTGTTGAAATCACAAACAAGCTGGGCATGCATGCCTGGCCTGCAATGAAGCTGTTTGAATTAAt                                      >  1:2997961/1‑71 (MQ=255)
                           cAAACTGTTGAAATCACAAACAAGCTGGGCATGCATGCCTGGCCTGCAATGAAGCTGTTTGAATTAATg                                     >  1:295881/1‑69 (MQ=255)
                           cAAACTGTTGAAATCACAAACAAGCTGGGCATGCATGCCTGGCCTGCAATGAAGCTGTTTGAATTAATGCa                                   <  1:3211271/71‑1 (MQ=255)
                             aaCTGTTGAAATCACAAACAAGCTGGGCATGCATGCCTGGCCTGCAATGAAGCTGTTTGAATTAATGCAgg                                 <  1:2027205/71‑1 (MQ=255)
                               cTGTTGAAATCACAAACAAGCTGGGCATGCATGCCTGGCCTGCAATGAAGCTGTTTGAATTAATGCAGGGt                               >  1:3029931/1‑71 (MQ=255)
                               cTGTTGAAATCACAAACAAGCTGGGCATGCATGCCTGGCCTGCAATGAAGCTGTTTGAATTAATGCAGGGt                               >  1:1346347/1‑71 (MQ=255)
                                 gTTGAAATCACAAACAAGCTGGGCATGCATGCCTGGCCTGCAATGAAg                                                    >  1:3032479/1‑48 (MQ=255)
                                 gTTGAAATCACAAACAAGCTGGGCATGCATGCCTGGCCTGCAATGAAGCTGTTTGAATTaa                                       >  1:4469654/1‑61 (MQ=255)
                                 gTTGAAATCACAAACAAGCTGGGCATGCATGCCTGGCCTGCAATGAAGCTGTTTGAATTaa                                       >  1:2800855/1‑61 (MQ=255)
                                  ttGAAATCACAAACAAGCTGGGCATGCATGCCTGGCCTGCAATGAAGCTGTTTGAATTAATGCAGGGtttt                            <  1:2975139/71‑1 (MQ=255)
                                  ttGAAATCACAAACAAGCTGGGCATGCATGCCTGGCCTGCAATGAAGCTGTTTGAATTAATGCAGGGtttt                            <  1:22868/71‑1 (MQ=255)
                                    gAAATCACAAACAAGCTGGGCATGCATGCCTGGcc                                                              >  1:2402676/1‑35 (MQ=255)
                                     aaaTCACAAACAAGCTGGGCATGCATGCCTGGCCTGCAATGAAGCTGTTTGAATTAATGCAGGGTTTTGAc                         <  1:880140/71‑1 (MQ=255)
                                      aaTCACAAACAAGCTGGGCATGCATGCCTGGCCTGCAATGAAGCTGTTTGAATTAATGCAGGGTTTTGAc                         <  1:4481374/70‑1 (MQ=255)
                                          acaaacaaGCTGGGCATGCATGCCTGGCCTGCAATGAAGCTGTTTGAATTAAt                                      >  1:2337341/1‑53 (MQ=255)
                                          acaaacaaGCTGGGCATGCATGCCTGGCCTGCAATGAAGCTGTTTGAATTAAt                                      >  1:3410942/1‑53 (MQ=255)
                                          acaaacaaGCTGGGCATGCATGCCTGGCCTGCAATGAAGCTGTTTGAATTAAt                                      >  1:2443384/1‑53 (MQ=255)
                                          acaaacaaGCTGGGCATGCATGCCTGGCCTGCAATGAAGCTGTTTGAATTAAt                                      >  1:1440795/1‑53 (MQ=255)
                                          acaaacaaGCTGGGCATGCATGCCTGGCCTGCAATGAAGCTGTTTGAATTAATGCAGGGTTTTGACGCTg                     >  1:2950953/1‑70 (MQ=255)
                                          acaaacaaGCTGGGCATGCATGCCTGGCCTGCAATGAAGCTGTTTGAATTAATGCAGGGTTTTGACGCTg                     <  1:1754443/70‑1 (MQ=255)
                                          acaaacaaGCTGGGCATGCATGCCTGGCCTGCAATGAAGCTGTTTGAATTAATGCAGGGTTTTGACGCTg                     >  1:1437739/1‑70 (MQ=255)
                                           caaacaaGCTGGGCATGCATGCCTGGCCTGCAATGAAGCTGTTTGAATTAATGCAGGGtttt                            <  1:3569589/62‑1 (MQ=255)
                                               caaGCTGGGCATGCATGCCTGGCCTGCAATGAAGCTGTTTGAATTAATGCAGGGTTTTGACGCTGAAGTGc               >  1:1383460/1‑71 (MQ=255)
                                                     gggCATGCATGCCTGGCCTGCAATGAAGCTGTTTGAATTAATGCAGGGtttt                            <  1:3976493/52‑1 (MQ=255)
                                                      ggCATGCATGCCTGGCCTGCAATGAAGCTGTTTGAATTaa                                       >  1:4628969/1‑40 (MQ=255)
                                                       gcatgcatGCCTGGCCTGCAATGAAGCTGTTTGAATTAATGCAGGGTTTTGACGCTGAAGTGCTCTTACGt       <  1:1223038/71‑1 (MQ=255)
                                                       gcatgcatGCCTGGCCTGCAATGAAGCTGTTTGAATTAATGCAGGGTTTTGACGCTGAAGTGCTCTTACGt       <  1:4544703/71‑1 (MQ=255)
                                                       gcatgcatGCCTGGCCTGCAATGAAGCTGTTTGAATTAATGCAGGGTTTTGACGCTGAAGTGCTCTTACGt       <  1:1608766/71‑1 (MQ=255)
                                                       gcatgcatGCCTGGCCTGCAATGAAGCTGTTTGAATTAATGCAGGGTTTTGACGCTGAAGTGCTCTTACGt       <  1:4394621/71‑1 (MQ=255)
                                                       gcatgcatGCCTGGCCTGCAATGAAGCTGTTTGAATTAATGCAGGGTTTTGACGCTGAAGTGCTCTTACGt       <  1:1399953/71‑1 (MQ=255)
                                                       gcatgcatGCCTGGCCTGCAATGAAGCTGTTTGAATTAATGAAGGGTTTTGACGCTGAAGTGCTCTTACGt       <  1:2628313/71‑1 (MQ=255)
                                                          tgcatgcCTGGCCTTCAATGAAGCTGTTTGAATTAATGCAGGGTTTTGACGCTGa                    <  1:514254/55‑1 (MQ=255)
                                                          tgcatgcCTGGCCTGCAATGAAGCTGTTTGAATTAATGCAGGGtttt                            <  1:4479409/47‑1 (MQ=255)
                                                          tgcatgcCTGGCCTGCAATGAAGCTGTTTGAATTAATGCAGGGtttt                            <  1:675079/47‑1 (MQ=255)
                                                          tgcatgcCTGGCCTGCAATGAAGCTGTTTGAATTAATGCAGGGtttt                            <  1:1522484/47‑1 (MQ=255)
                                                          tgcatgcCTGGCCTGCAATGAAGCTGTTTGAATTAATGCAGGGtttt                            <  1:3075933/47‑1 (MQ=255)
                                                          tgcatgcCTGGCCTGCAATGAAGCTGTTTGAATTAATGCAGGGTTTTGACGCTGa                    <  1:4248610/55‑1 (MQ=255)
                                                          tgcatgcCTGGCCTGCAATGAAGCTGTTTGAATTAATGCAGGGTTTTGACGCTGAAGTGCTCTTACGt       <  1:2483964/68‑1 (MQ=255)
                                                          tgcatgcCTGGCCTGCAATGAAGCTGTTTGAATTAATGCAGGGTTTTGACGCTGAAGTGCTCTTACGt       <  1:4250900/68‑1 (MQ=255)
                                                          tgcatgcCTGGCCTGCAATGAAGCTGTTTGAATTAATGCAGGGTTTTGACGCTGAAGTGCTCTTACGt       <  1:2474278/68‑1 (MQ=255)
                                                          tgcatgcCTGGCCTGCAATGAAGCTGTTTGAATTAATGCAGGGTTTTGACGCTGAAGTGCTCTTACGt       <  1:4051996/68‑1 (MQ=255)
                                                          tgcatgcCTGGCCTGCAATGAAGCTGTTTGAATTAATGCAGGGTTTTGACGCTGAAGTGCTCTTACGt       <  1:489946/68‑1 (MQ=255)
                                                          tgcatgcCTGGCCTGCAATGAAGCTGTTTGAATTAATGCAGGGTTTTGACGCTGAAGTGCTCTTACGt       <  1:3005809/68‑1 (MQ=255)
                                                            catgcCTGGCCTGCAATGAAGCTGTTTGAATTAATGCATGGTTTTGACGCTGAAGTGCTCTTACGt       <  1:3755540/66‑1 (MQ=255)
                                                            catgcCTGGCCTGCAATGAAGCTGTTTGAATTAATGCAGGGttt                             >  1:1812397/1‑44 (MQ=255)
                                                            catgcCTGGCCTGCAATGAAGCTGTTTGAATTAATGCAGGGTTTTGACGCTGaa                   >  1:70988/1‑54 (MQ=255)
                                                            catgcCTGGCCTGCAATGAAGCTGTTTGAATTAATGCAGGGTTTTGACGCTGAAGTGCTCTTACGTaa     >  1:2959882/1‑68 (MQ=255)
                                                            catgcCTGGCCTGCAATGAAGCTGTTTGAATTAATGCAGGGTTTTGACGCTGAAGTGCTCTTACGTaa     >  1:4005452/1‑68 (MQ=255)
                                                            catgcCTGGCCTGCAATGAAGCTGTTTGAATTAATGCAGGGTTTTGACGCTGAAGTGCTCTTACGTAATg   <  1:887424/70‑1 (MQ=255)
                                                            catgcCTGGCCTGCAATGAAGCTGTTTGAATTAATGCAGGGTTTTGACGCTGAAGTGCTCTTACGTAATGa  >  1:4531193/1‑71 (MQ=255)
                                                            catgcCTGGCCTGCAATGAAGCTGTTTGAATTAATGCAGGGTTTTGACGCTGAAGTGCTCTTACGTAATGa  >  1:983405/1‑71 (MQ=255)
                                                            catgcCTGGCCTGCAATGAAGCTGTTTGAATTAATGCAGGGTTTTGACGCTGAAGTGCTCTTACGTAATGa  >  1:607716/1‑71 (MQ=255)
                                                            catgcCTGGCCTGCAATGAAGCTGTTTGAATTAATGCAGGGTTTTGACGCTGAAGTGCTCTTACGTAATGa  >  1:603094/1‑71 (MQ=255)
                                                            catgcCTGGCCTGCAATGAAGCTGTTTGAATTAATGCAGGGTTTTGACGCTGAAGTGCTCTTACGTAATGa  >  1:4428825/1‑71 (MQ=255)
                                                            catgcCTGGCCTGCAATGAAGCTGTTTGAATTAATGCAGGGTTTTGACGCTGAAGTGCTCTTACGTAATGa  >  1:4408352/1‑71 (MQ=255)
                                                            catgcCTGGCCTGCAATGAAGCTGTTTGAATTAATGCAGGGTTTTGACGCTGAAGTGCTCTTACGTAATGa  >  1:1120020/1‑71 (MQ=255)
                                                            catgcCTGGCCTGCAATGAAGCTGTTTGAATTAATGCAGGGTTTTGACGCTGAAGTGCTCTTACGTAATGa  >  1:3993712/1‑71 (MQ=255)
                                                            catgcCTGGCCTGCAATGAAGCTGTTTGAATTAATGCAGGGTTTTGACGCTGAAGTGCTCTTACGTAATGa  >  1:1282201/1‑71 (MQ=255)
                                                            catgcCTGGCCTGCAATGAAGCTGTTTGAATTAATGCAGGGTTTTGACGCTGAAGTGCTCTTACGTAATGa  >  1:351055/1‑71 (MQ=255)
                                                            catgcCTGGCCTGCAATGAAGCTGTTTGAATTAATGCAGGGTTTTGACGCTGAAGTGCTCTTACGTAATGa  >  1:3415663/1‑71 (MQ=255)
                                                            catgcCTGGCCTGCAATGAAGCTGTTTGAATTAATGCAGGGTTTTGACGCTGAAGTGCTCTTACGTAATGa  >  1:1302618/1‑71 (MQ=255)
                                                            catgcCTGGCCTGCAATGAAGCTGTTTGAATTAATGCAGGGTTTTGACGCTGAAGTGCTCTTACGTAATGa  >  1:1083746/1‑71 (MQ=255)
                                                            catgcCTGGCCTGCAATGAAGCTGTTTGAATTAATGCAGGGTTTTGACGCTGAAGTGCTCTTACGTAATGa  >  1:2997131/1‑71 (MQ=255)
                                                            catgcCTGGCCTGCAATGAAGCTGTTTGAATTAATGCAGGGTTTTGACGCTGAAGTGCTCTTACGTAATGa  >  1:2976127/1‑71 (MQ=255)
                                                            catgcCTGGCCTGCAATGAAGCTGTTTGAATTAATGCAGGGTTTTGACGCTGAAGTGCTCTTACGTAATGa  >  1:2534649/1‑71 (MQ=255)
                                                            catgcCTGGCCTGCAATGAAGCTGTTTGAATTAATGCAGGGTTTTGACGCTGAAGTGCTCTTACGTAATGa  >  1:2374393/1‑71 (MQ=255)
                                                            catgcCTGGCCTGCAATGAAGCTGTTTGAATTAATGCAGGGTTTTGACGCTGAAGTGCTCTTACGTAATGa  >  1:1819292/1‑71 (MQ=255)
                                                            catgcCTGGCCTGCAATGAAGCTGTTTGAATTAATGCAGGGTTTTGACGCTGAAGTGCTCTTACGTAATGa  >  1:1777609/1‑71 (MQ=255)
                                                            catgcCAGGCCTCCGATGAAGCTGTTTGAATTAATGCAGGGt                               >  1:4100645/1‑42 (MQ=255)
                                                                  |                                                                
GGAAAAACGTAAACCATGACCGTCAAGCAAACTGTTGAAATCACAAACAAGCTGGGCATGCATGCCCGGCCTGCAATGAAGCTGTTTGAATTAATGCAGGGTTTTGACGCTGAAGTGCTCTTACGTAATGA  >  W3110S.gb/3347806‑3347936

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑

GATK/CNVnator alignment

N/A